Gene Page:NCBP2

概括?
基因 22916
Symbol NCBP2
Synonyms CBC2|CBP20|NIP1|PIG55
Description nuclear cap binding protein subunit 2
Reference MIM:605133|HGNC:HGNC:7659|Ensembl:ENSG00000114503|HPRD:05503|Vega:OTTHUMG00000155520
Gene type protein-coding
Map location 3q29
Pascal p-value 0.426
Sherlock p-value 0.32
Fetal beta 0.995
DMG 2 (# studies)
eGene 元

数据源中的基因
Gene set name Method of gene set Description Info
CNV:YES Copy number variation studies Manual curation
CV:PGCnp Genome-wide Association Study GWAS
DMG:Jaffe_2016 Genome-wide DNA methylation analysis This dataset includes 2,104 probes/CpGs associated with SZ patients (n=108) compared to 136 controls at Bonferroni-adjusted P < 0.05. 2
DMG:Nishioka_2013 Genome-wide DNA methylation analysis The authors investigated the methylation profiles of DNA in peripheral blood cells from 18 patients with first-episode schizophrenia (FESZ) and from 15 normal controls. 2

Section I. Genetics and epigenetics annotation

@Differentially methylated gene

Probe Chromosome Position Nearest gene P (dis) Beta (dis) FDR (dis) Study
cg17036441 3 196669217 NCBP2 -0.023 0.55 DMG:Nishioka_2013
cg17036441 3 196669217 NCBP2 5.72E-9 -0.016 3.12E-6 DMG:Jaffe_2016


Section II. Transcriptome annotation

General gene expression (GTEx)

Not available

Gene expression during devlopment (BrainCloud)

脚注：
A total of 269 time points ploted, with n=38 fetal samples (x=1:38). Each triangle represents one time point.

Gene expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
死神:胎儿(13 - 26 postconception一周s), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

Top co-expressed genes in brain regions

Top 10 positively co-expressed genes
Gene Pearson's Correlation Spearman's Correlation
APPL1 0.92 0.93
DMXL1 0.91 0.92
TM9SF3 0.90 0.92
UBR3 0.90 0.91
clcn3 0.90 0.91
FAM91A1 0.90 0.91
AKAP10 0.90 0.90
COL4A3BP 0.90 0.89
RAB11FIP2 0.90 0.89
TRIM23 0.90 0.90
Top 10 negatively co-expressed genes
Gene Pearson's Correlation Spearman's Correlation
AF347015.21 -0.55 -0.48
MT-CO2 -0.52 -0.52
HIGD1B -0.52 -0.52
FXYD1 -0.52 -0.51
CSAG1 -0.51 -0.50
EIF4EBP3 -0.50 -0.53
AL022328.1 -0.49 -0.53
AF347015.31 -0.49 -0.51
IL32 -0.49 -0.45
C1orf61 -0.49 -0.59

Section V. Pathway annotation

Pathway name Pathway size # SZGR 2.0 genes in pathway Info
KEGG SPLICEOSOME 128 72 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME PROCESSING OF INTRONLESS PRE MRNAS 14 6 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME METABOLISM OF NON CODING RNA 49 29 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME PROCESSING OF CAPPED INTRON CONTAINING PRE MRNA 140 77 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME TRANSPORT OF MATURE TRANSCRIPT TO CYTOPLASM 54 34 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome SLBP依赖于复制依赖性组蛋白PRERNA的处理 11 5 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome RNA Pol II转录 105 54 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME MRNA CAPPING 30 11 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME MRNA PROCESSING 161 86 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME MRNA SPLICING 111 58 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME MRNA SPLICING MINOR PATHWAY 45 19 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME PROCESSING OF CAPPED INTRONLESS PRE MRNA 23 10 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME TRANSCRIPTION 210 127 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME TRANSPORT OF MATURE MRNA DERIVED FROM AN INTRONLESS TRANSCRIPT 33 21 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME FORMATION OF RNA POL II ELONGATION COMPLEX 45 19 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME MRNA 3 END PROCESSING 35 18 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME METABOLISM OF MRNA 284 128 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME METABOLISM OF RNA 330 155 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME RNA POL II PRE TRANSCRIPTION EVENTS 61 32 该途径中的所有SZGR 2.0基因
反应组在终止区域增长的转录本的裂解 44 22 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME HIV INFECTION 207 122 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME HIV LIFE CYCLE 125 69 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME ABORTIVE ELONGATION OF HIV1 TRANSCRIPT IN THE ABSENCE OF TAT 23 7 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME FORMATION OF THE HIV1 EARLY ELONGATION COMPLEX 34 11 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME LATE PHASE OF HIV LIFE CYCLE 104 61 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME NONSENSE MEDIATED DECAY ENHANCED BY THE EXON JUNCTION COMPLEX 176 57 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PARENT MTOR SIGNALING UP 567 375 该途径中的所有SZGR 2.0基因
THUM SYSTOLIC HEART FAILURE UP 423 283 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DIAZ CHRONIC MEYLOGENOUS LEUKEMIA UP 1382 904 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BORCZUK MALIGNANT MESOTHELIOMA UP 305 185 该途径中的所有SZGR 2.0基因
VECCHI GASTRIC CANCER EARLY UP 430 232 该途径中的所有SZGR 2.0基因
JAEGER METASTASIS UP 44 23 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BIDUS METASTASIS UP 214 134 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DODD NASOPHARYNGEAL CARCINOMA DN 1375 806 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RODRIGUES THYROID CARCINOMA POORLY DIFFERENTIATED UP 633 376 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RODRIGUES THYROID CARCINOMA ANAPLASTIC UP 722 443 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SCHLOSSER SERUM RESPONSE DN 712 443 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DACOSTA UV RESPONSE VIA ERCC3 UP 309 199 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GRUETZMANN PANCREATIC CANCER UP 358 245 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PUJANA BRCA1 PCC NETWORK 1652 1023 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PUJANA ATM PCC NETWORK 1442 892 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PUJANA CHEK2 PCC NETWORK 779 480 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GROSS HYPOXIA VIA ELK3 UP 209 139 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GROSS HYPOXIA VIA ELK3 ONLY DN 44 30 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RICKMAN TUMOR DIFFERENTIATED WELL VS POORLY UP 236 139 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BENPORATH MYC MAX TARGETS 775 494 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MORI MATURE B LYMPHOCYTE DN 75 43 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BROCKE APOPTOSIS REVERSED BY IL6 144 98 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LI WILMS TUMOR VS FETAL KIDNEY 1 DN 163 115 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BLALOCK ALZHEIMERS DISEASE DN 1237 837 该途径中的所有SZGR 2.0基因
罗德斯癌元签名 64 47 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PAL PRMT5 TARGETS UP 203 135 该途径中的所有SZGR 2.0基因
dazard对紫外线nhek的反应 244 151 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SESTO RESPONSE TO UV C0 107 72 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DAZARD UV RESPONSE CLUSTER G1 67 41 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KRIGE RESPONSE TO TOSEDOSTAT 6HR DN 911 527 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KRIGE RESPONSE TO TOSEDOSTAT 24HR DN 1011 592 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FUJII YBX1 TARGETS DN 202 132 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ACEVEDO LIVER CANCER UP 973 570 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ACEVEDO LIVER TUMOR VS NORMAL ADJACENT TISSUE UP 863 514 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHNG MULTIPLE MYELOMA HYPERPLOID UP 52 25 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Lee Liver Cancer生存DN 175 103 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LINDSTEDT DENDRITIC CELL MATURATION D 68 44 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CAIRO HEPATOBLASTOMA CLASSES UP 605 377 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DANG BOUND BY MYC 1103 714 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WONG EMBRYONIC STEM CELL CORE 335 193 该途径中的所有SZGR 2.0基因
YAO TEMPORAL RESPONSE TO PROGESTERONE CLUSTER 13 172 107 该途径中的所有SZGR 2.0基因