基因页：FOXC1

概括？
基因 2296
象征 FOXC1
同义词 ara | fkhl7 | freac-3 | freac3 | igda | ihg1 | irid1 | rieg3
描述 叉子盒C1
参考 MIM：601090|HGNC：HGNC：3800|Ensembl：ENSG00000054598|HPRD：03054|Vega：Otthumg0000000016182
基因类型 蛋白质编码
地图位置 6p25
Pascal P值 0.307
胎儿β 1.557
DMG 1（＃研究）
主持人 迈尔斯的顺式和跨性别

数据源中的基因
基因集名称 基因组方法 描述 信息
简历：PGCNP 全基因组协会研究 GWAS
DMG：JAFFE_2016 全基因组DNA甲基化分析 该数据集包括与SZ患者相关的2,104个探针/CPG（n = 108），而在Bonferroni调整后的P <0.05时，其中136个对照。 1
PMID：cooccur 高通量文献搜索 PubMed中的系统搜索与SCZ关键字共发生的基因。总共包括3027个基因。
GSMA_I 基因组扫描荟萃分析 PSR：0.0159
文学 高通量文献搜索 与精神分裂症关键词共同存在：精神分裂症，精神分裂症 点击显示详细信息
go_annotation 将与神经相关的关键字映射到基因本体论注释 与神经相关的关键字的命中：1

第一节遗传学和表观遗传学注释

@差异甲基化基因

探测 染色体 位置 最近的基因 p（dis） beta（dis） fdr（dis） 学习
CG23867624 6 1610197 FOXC1 2.07E-8 -0.009 7.09e-6 DMG：JAFFE_2016

@EQTL注释

SNP ID 染色体 位置 主持人 Gene Entrez ID PVALUE QVALUE TSS距离 EQTL类型
RS12530461 CHR6 614352 FOXC1 2296 0.04 顺式
RS1320385 CHR1 54064468 FOXC1 2296 1.021E-4 反式
RS12036675 CHR1 54066317 FOXC1 2296 1.021E-4 反式
RS12062528 CHR1 54070830 FOXC1 2296 2.137E-4 反式
RS12561793 CHR1 220647005 FOXC1 2296 0.16 反式
RS4522651 CHR2 34048 FOXC1 2296 0 反式
RS17077856 CHR3 45504326 FOXC1 2296 0.12 反式
RS2922180 CHR3 125280472 FOXC1 2296 2.337E-6 反式
RS2976809 CHR3 125451738 FOXC1 2296 0.03 反式
RS865499 CHR3 165446956 FOXC1 2296 0.17 反式
RS1216383 CHR4 129503677 FOXC1 2296 0.19 反式
RS7448349 0 FOXC1 2296 3.582e-5 反式
SNP_A-2229839 0 FOXC1 2296 0 反式
RS248049 CHR5 126489320 FOXC1 2296 0.13 反式
RS816736 CHR5 154271947 FOXC1 2296 2.953E-5 反式
RS6934246 CHR6 35154494 FOXC1 2296 0.02 反式
RS4711782 CHR6 44363229 FOXC1 2296 0.1 反式
RS6455226 CHR6 67930295 FOXC1 2296 0.2 反式
RS12056282 CHR7 18882202 FOXC1 2296 0.07 反式
RS2739708 CHR8 17992280 FOXC1 2296 0 反式
RS714131 CHR8 17992832 FOXC1 2296 0.01 反式
RS10955813 CHR8 118415080 FOXC1 2296 0.07 反式
RS10969120 Chr9 29400711 FOXC1 2296 0.02 反式
RS4743989 Chr9 97859191 FOXC1 2296 0.15 反式
RS651134 Chr10 27549960 FOXC1 2296 0.03 反式
RS11006556 Chr10 61287609 FOXC1 2296 0.15 反式
RS1159612 Chr10 85329057 FOXC1 2296 0 反式
RS10886877 Chr10 85425690 FOXC1 2296 0.16 反式
RS7071168 Chr10 95829674 FOXC1 2296 0.01 反式
RS12572674 Chr10 107733982 FOXC1 2296 0.07 反式
RS4612791 Chr11 40768423 FOXC1 2296 0.05 反式
RS481843 Chr11 116525866 FOXC1 2296 0.02 反式
RS2909003 CHR12 12208768 FOXC1 2296 0.04 反式
RS11049036 CHR12 27650292 FOXC1 2296 0.04 反式
RS7303819 CHR12 33990776 FOXC1 2296 0.1 反式
RS10879027 CHR12 70237156 FOXC1 2296 0.12 反式
RS11115813 CHR12 83808239 FOXC1 2296 2.957E-4 反式
RS17073665 CHR13 81541961 FOXC1 2296 0.01 反式
RS1457420 CHR14 66958675 FOXC1 2296 0.1 反式
RS1872761 CHR15 40003815 FOXC1 2296 0.18 反式
RS190183 CHR15 97546708 FOXC1 2296 0.15 反式
RS17137819 CHR16 5372534 FOXC1 2296 0.02 反式
RS16958302 CHR16 57647432 FOXC1 2296 0.01 反式
RS9959804 CHR18 20264142 FOXC1 2296 0 反式
RS17066440 CHR18 57648274 FOXC1 2296 0.03 反式
RS17001072 CHR19 11099774 FOXC1 2296 0.04 反式
RS6095741 CHR20 48666589 FOXC1 2296 0 反式
RS7265852 CHR20 48823717 FOXC1 2296 0.03 反式
RS5991662 Chrx 43335796 FOXC1 2296 0.11 反式
RS1545676 Chrx 93530472 FOXC1 2296 2.545e-4 反式
RS242163 Chrx 132311662 FOXC1 2296 0.04 反式

第二节。转录组注释

一般基因表达（GTEX）

无法使用

Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）

脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。

时间变化的基因表达（brainspan）

脚注：
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。

大脑区域的顶级共表达基因

前10个积极共表达的基因
基因 皮尔逊的相关性 斯皮尔曼的相关性
PLXNA1 0.88 0.87
ZNF778 0.86 0.82
NAV1 0.86 0.85
CELSR3 0.86 0.81
cacna1e 0.85 0.81
KIAA1549 0.85 0.82
DLG5 0.85 0.85
ZNF629 0.85 0.84
anks1a 0.85 0.83
AMMECR1L 0.84 0.84
前10个负共表达基因
基因 皮尔逊的相关性 斯皮尔曼的相关性
C5orf53 -0.57 -0.66
COPZ2 -0.55 -0.66
AF347015.31 -0.55 -0.72
AF347015.27 -0.54 -0.70
S100B -0.54 -0.68
MT-CO2 -0.54 -0.71
HLA-F -0.54 -0.57
AIFM3 -0.54 -0.58
TSC22D4 -0.53 -0.62
FXYD1 -0.53 -0.69

第三节。基因本体论注释

分子功能 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
去：0003705 RNA聚合酶II转录因子活性，增强子结合 IEA -
去：0008301 DNA弯曲活性 艾达 7957066
去：0008134 转录因子结合 IPI 15684392
GO：0016563 转录激活剂活性 nas 8499623
GO：0043565 序列特异性DNA结合 艾达 7957066|15277473
生物过程 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
去：0007420 大脑发育 IEA 大脑（GO期限：7） -
去：0001568 血管发育 IEA -
去：0001501 骨骼系统开发 IEA -
去：0001503 骨化 IEA -
去：0001657 输尿管芽开发 IEA -
去：0001701 在子宫胚胎开发中 IEA -
去：0001541 卵巢卵泡发育 IEA -
去：0003007 心形形态发生 IEA -
去：0001822 肾脏发展 IEA -
去：0001945 淋巴管发育 IEA -
去：0001974 血管重塑 IEA -
GO：0055010 心室心肌形态发生 IEA -
去：0006350 转录 IEA -
去：0007219 Notch信号通路 IEA -
去：0008354 生殖细胞迁移 IEA -
GO：0014032 神经rest细胞发育 IEA -
GO：0048010 血管内皮生长因子受体信号通路 IEA -
去：0006916 抗凋亡 IEA -
去：0030203 糖胺聚糖代谢过程 IEA -
GO：0042475 含牙齿的牙齿的牙生成 小鬼 12614756
去：0030199 胶原纤维组织 IEA -
去：0043010 相机型眼睛开发 IEA -
GO：0035050 胚胎心管发育 IEA -
GO：0032808 泪腺发育 IEA -
GO：0048341 近期中胚层的形成 IEA -
去：0045930 有丝分裂细胞周期的负调控 艾达 12408963
GO：0045944 RNA聚合酶II启动子的转录阳性调节 IEA -
GO：0050880 血管大小的调节 IEA -
去：0046620 器官生长调节 IEA -
GO：0048844 动脉形态发生 IEA -
GO：0048762 间充质细胞分化 IEA -
去：0060038 心肌细胞增殖 IEA -
细胞分量 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
去：0005634 核 我知道了 7957066
去：0005634 核 艾达 15277473|16449236
去：0005720 核异染色质 艾达 15684392

V.途径注释

路径名 路径大小 ＃szgr 2.0基因 信息
中村肿瘤区周围与中央DN 634 384 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Chemnitz对前列腺素E2 DN的反应 391 222 该途径中的所有SZGR 2.0基因
乳腺癌腔与间充质DN 460 312 该途径中的所有SZGR 2.0基因
多恩乳腺癌类DN 34 26 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Doane乳腺癌ESR1 DN 48 28 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Gargalovic对氧化磷脂的反应灰色DN 74 44 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NUP98 HOXA9 Fusion 8D的Takeda目标 157 91 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Senese HDAC3靶向 501 327 该途径中的所有SZGR 2.0基因
EWSR1 FLII融合DN的Kinsey目标 329 219 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Kim WT1靶向 214 155 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ENK UV响应角质形成细胞 530 342 该途径中的所有SZGR 2.0基因
阿霉素DN的Graessmann凋亡 1781年 1082 该途径中的所有SZGR 2.0基因
tomida转移DN 18 11 该途径中的所有SZGR 2.0基因
黄端癌症 25 17 该途径中的所有SZGR 2.0基因
riz红细胞分化6小时 40 23 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Perez TP53目标 1174 695 该途径中的所有SZGR 2.0基因
农民乳腺癌根源与基础 330 217 该途径中的所有SZGR 2.0基因
农民乳腺癌基础与仙女 330 215 该途径中的所有SZGR 2.0基因
留置权乳腺癌化生型与导管 83 51 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Dawson TCL1中的甲基化 59 45 该途径中的所有SZGR 2.0基因
YANG乳腺癌ESR1激光DN 50 38 该途径中的所有SZGR 2.0基因
刘鼻咽癌 70 38 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Benporath EED目标 1062 725 该途径中的所有SZGR 2.0基因
与H3K27me3的Benporath ES 1118 744 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Benporath ES核心九相关 100 68 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Amit EGF响应60 HELA 46 32 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Okumura炎症反应LPS 183 115 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NPM1本地化的Alcalay AML 140 83 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NPM1的Verhaak AML突变 183 111 该途径中的所有SZGR 2.0基因
郑对砷DN的反应 18 15 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CUI TCF21目标2 DN 830 547 该途径中的所有SZGR 2.0基因
dazard对紫外线nhek的反应 244 151 该途径中的所有SZGR 2.0基因
贝尔德糖尿病性肾病DN 434 302 该途径中的所有SZGR 2.0基因
斯坦因·埃斯拉（Stein Esrra）瞄准 388 234 该途径中的所有SZGR 2.0基因
马丁内斯RB1靶向 673 430 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Martinez TP53目标DN 593 372 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Martinez RB1和TP53靶向DN 591 366 该途径中的所有SZGR 2.0基因
阿塞维多肝癌 973 570 该途径中的所有SZGR 2.0基因
阿塞维多肝肿瘤与正常的相邻组织向上 863 514 该途径中的所有SZGR 2.0基因
骨骼DN中的Smid乳腺癌复发 315 197 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SMID乳腺癌腔B DN 564 326 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Smid乳腺癌基础 648 398 该途径中的所有SZGR 2.0基因
mirlet7a3的Brueckner目标 111 69 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GU PDEF目标DN 39 20 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Vantveer乳腺癌ESR1 DN 240 153 该途径中的所有SZGR 2.0基因
4EBP1和4EBP2的COLINA目标 356 214 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Meissner Brain HCP带有H3K4ME3和H3K27ME3 1069 729 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Valk AML群集6 33 22 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Yagi AML与11q23重新排列 351 238 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Stein Esrra目标 535 325 该途径中的所有SZGR 2.0基因
黄成人组织茎模块 721 492 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Browne HCMV感染4小时DN 254 158 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BHAT ESR1目标不是通过AKT1向上的 211 131 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Bruins通过TP53组A的UVC响应 898 516 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CTBP1和SATB1的Purbey目标 87 52 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CTBP1的Purbey目标不是SATB1 DN 448 282 该途径中的所有SZGR 2.0基因
肢体芽中的schmidt por目标 26 21 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Katsanou Elavl1靶向 169 105 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Plasari TGFB1目标10小时DN 244 157 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Wang MLL目标 289 188 该途径中的所有SZGR 2.0基因
通过p38完成的phong TNF响应 227 151 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Zwang 1类由EGF瞬时诱导 516 308 该途径中的所有SZGR 2.0基因

第六节。microRNA注释

mirna家族 目标位置 mirna id mirna seq
UTR开始 UTR结束 匹配方法
mir-103/107 1755年 1761年 1a HSA-MIR-103脑 agcagcauuguacggcuauga
HSA-MIR-107脑 agcagcauuguacgggcuauca
mir-133 538 544 1a HSA-MIR-133A uugguccccuucaaccagcugu
HSA-MIR-133B uguguccccuucaaccagcua
mir-137 1398 1405 1A，M8 HSA-MIR-137 uauugcuuaagaauacgcguag
mir-138 160 167 1A，M8 HSA-MIR-138脑 Agcugguuguguugaauc
HSA-MIR-138脑 Agcugguuguguugaauc
mir-204/211 619 626 1A，M8 HSA-MIR-204脑 Uucccuuugucauccuaugccu
HSA-MIR-211 uucccuuugucauccuucgccu
mir-24 1166 1172 1a HSA-MIR-24SZ uggcucucagagcaggaagag
mir-28 1681年 1687年 1a HSA-MIR-28脑 Aaggagcucacagucuauugag
mir-320 746 752 1a HSA-MIR-320 aaaagcugggugagaggggcgaa
mir-330 928 935 1A，M8 HSA-MIR-330脑 GCAAAGCACGGCCUGCAGAGA
mir-374 612 618 1a HSA-MIR-374 uuauaauacaAccugauaagug
mir-495 682 688 M8 HSA-MIR-495脑 Aaacaaacauggugcacuuuuu
HSA-MIR-495脑 Aaacaaacauggugcacuuuuu
mir-496 488 494 1a HSA-MIR-496 Auuacauggccaaucuc