基因页：Pogz
Summary？
| 基因ID | 23126 |
| Symbol | Pogz |
| 同义词 | MRD37 | WHSUS | ZNF280E | Znf635 | Znf635m |
| 描述 | 带有ZNF域的POGO转座元件 |
| 参考 | MIM：614787|HGNC：HGNC：18801|ENSEMBL：ENSG00000143442|HPRD：11445|Vega：Otthumg0000000012499 |
| 基因类型 | 蛋白质编码 |
| 地图位置 | 1q21.3 |
| Sherlock P值 | 0.775 |
| TADA P值 | 0.004 |
| 胎儿β | 2.346 |
| DMG | 1（＃研究） |
| 主持人 | 小脑半球 小脑 |
| 支持 | CompositeSet |
基因in Data Sources
| 基因集名称 | 基因组方法 | 描述 | 信息 |
|---|---|---|---|
| 简历：PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
| DMG：JAFFE_2016 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括与SZ患者相关的2,104个探针/CPG（n = 108），而在Bonferroni调整后的P <0.05时，其中136个对照。 | 1 |
| DNM:Fromer_2014 | 整个外显子组测序分析 | 这项研究报道了WES对623个精神分裂症三重奏的研究，该研究使用基因组DNA报告了DNM。 | |
| DNM：Gulsuner_2013 | 整个外显子组测序分析 | 155 DNM通过外显子组对精神分裂症个体及其父母的三重奏测序确定。 | |
| GSMA_I | 基因组扫描荟萃分析 | PSR：0.0235 | |
| GSMA_IIA | 基因组扫描荟萃分析（所有样品） | PSR：0.00814 |
Section I. Genetics and epigenetics annotation
DNM表
DNM表| 基因 | 染色体 | 位置 | 参考 | alt | 成绩单 | AA更改 | 突变类型 | Sift | CG46 | 特征 | 学习 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Pogz | CHR1 | 151377574..151377575 | CA | C | NM_001194937 NM_001194938 NM_015100 NM_145796 NM_207171 |
。 。 。 。 。 |
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Schizophrenia | DNM:Fromer_2014 | ||
| Pogz | CHR1 | 151377883 | t | C | NM_001194937 NM_001194938 NM_015100 NM_145796 NM_207171 |
p.1201t> a p.1148t> a p.1210t> a p.1115t> a p.1157t> a |
错义 错义 错义 错义 错义 |
Schizophrenia | DNM：Gulsuner_2013 |
差异甲基化基因
| 探测 | 染色体 | 位置 | 最近的基因 | p（dis） | beta（dis） | fdr（dis） | 学习 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| cg10700717 | 1 | 151430878 | Pogz | 4.59e-8 | -0.023 | 1.25e-5 | DMG：JAFFE_2016 |
第二节。转录组注释
一般基因表达（GTEX）
Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）
Footnote:
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。
时间变化的基因表达（brainspan）
Footnote:
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。
大脑区域的顶级共表达基因
| 前10个积极共表达的基因 | ||
| 基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
| Rapgef3 | 0.79 | 0.78 |
| FAM38A | 0.77 | 0.75 |
| micall2 | 0.76 | 0.77 |
| SLC27A1 | 0.75 | 0.76 |
| ACACB | 0.74 | 0.69 |
| FBXW4 | 0.73 | 0.68 |
| DNHD1 | 0.73 | 0.75 |
| KIAA1755 | 0.72 | 0.66 |
| TJAP1 | 0.72 | 0.74 |
| 梨1 | 0.72 | 0.68 |
| 前10个负共表达基因 | ||
| 基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
| PSMA6 | -0.59 | -0.68 |
| sub1 | -0.58 | -0.59 |
| RWDD1 | -0.58 | -0.62 |
| VPS29 | -0.57 | -0.59 |
| COX16 | -0.57 | -0.64 |
| MRPL1 | -0.57 | -0.61 |
| NFU1 | -0.56 | -0.60 |
| PSMC6 | -0.55 | -0.55 |
| MRPL47 | -0.55 | -0.58 |
| MRPS23 | -0.55 | -0.60 |
第三节。基因本体论注释
| 分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|
| 去：0003677 | DNA结合 | IEA | - | |
| 去：0005515 | 蛋白质结合 | IPI | 10976766 | |
| 去：0008270 | 锌离子结合 | IEA | - | |
| GO：0046872 | 金属离子结合 | IEA | - | |
| Biological process | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| 去：0007275 | 多细胞生物发育 | IEA | - | |
| GO：0045449 | 转录的调节 | IEA | - | |
| 细胞分量 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| 去：0005622 | 细胞内 | IEA | - | |
| 去：0005634 | 核 | IEA | - | |
| 去：0005737 | cytoplasm | 艾达 | 18029348 |
V.途径注释
第六节。microRNA注释
| mirna家族 | 目标位置 | mirna id | mirna seq | ||
|---|---|---|---|---|---|
| UTR开始 | UTR结束 | 匹配方法 | |||
| Let-7/98 | 367 | 373 | 1a | HSA-LET-7A脑 | ugagguaguaguauauaguu |
| HSA-LET-7B脑 | ugagguaguagguuguguguguu | ||||
| HSA-LET-7C脑 | ugagguaguagguuguaugguu | ||||
| HSA-LET-7D脑 | AGAGGUAGUAGGUUGCAUAGU | ||||
| HSA-LET-7E脑 | ugagguaggagguuauauagu | ||||
| HSA-LET-7F脑 | ugagguagauuguauauaguu | ||||
| HSA-MIR-98脑 | UGAGGUAGUAAGUUGUAUUGUU | ||||
| HSA-LET-7GSZ | ugagguaguuguuguacagu | ||||
| HSA-LET-7I脑 | ugagguaguugugugugugcugu | ||||
| mir-101 | 1275 | 1282 | 1A，M8 | hsa-miR-101 | uacaguacugauaacugaag |
| mir-144 | 1276 | 1282 | 1a | HSA-MIR-144 | uacaguauagauguauguaguag |
| mir-208 | 548 | 554 | 1a | hsa - mir - 208 | AUAAGACGAGCAAAAAGCUUGU |
| mir-221/222 | 492 | 498 | M8 | hsa-miR-221脑 | agcuacauugucugugggggguc |
| hsa-miR-222脑 | agcuacaucuggcuacugggucuc | ||||
| mir-24 | 198 | 205 | 1A，M8 | HSA-MIR-24SZ | uggcucucagagcaggaagag |
| mir-320 | 1720年 | 1726年 | M8 | HSA-MIR-320 | aaaagcugggugagaggggcgaa |
| mir-34/449 | 1186 | 1193 | 1A，M8 | hsa-miR-34a脑 | uggcaguguuaguguguuuu |
| hsa-miR-34c | Aggcaguguaguagcugauugc | ||||
| hsa - mir - 449 | UGGCAGUGUAUUGUUAGCUGGU | ||||
| HSA-MIR-449B | Aggcaguguauuguuagcuggc | ||||
| mir-410 | 560 | 566 | 1a | HSA-MIR-410 | AAUAUAACACAGAUGGCCUGU |
| miR-499 | 548 | 554 | 1a | HSA-MIR-499 | uuaagacuugcagugauguuaa |