基因页：EPB41L3
概括?
| 基因ID | 23136 |
| Symbol | EPB41L3 |
| 同义词 | 4.1B|DAL-1|DAL1 |
| 描述 | 红细胞膜蛋白条带4.1样3 |
| 参考 | MIM：605331|HGNC：HGNC：3380|Ensembl:ENSG00000082397|HPRD:05622|Vega:OTTHUMG00000131562 |
| 基因type | protein-coding |
| 地图位置 | 18p11.32 |
| Pascal P值 | 0.138 |
| Sherlock P值 | 0.944 |
| Fetal beta | -1.693 |
| DMG | 1（＃研究） |
| 支持 | STRUCTURAL PLASTICITY G2CDB.HUMAN_BAYES-COLLINS-HUMAN-PSD-CONSESUS G2Cdb.human_BAYES-COLLINS-HUMAN-PSD-FULL G2Cdb.human_BAYES-COLLINS-MOUSE-PSD-CONSENSUS COMPOSITESET |
数据源中的基因
| 基因set name | 基因组方法 | 描述 | Info |
|---|---|---|---|
| 简历：PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
| DMG:Wockner_2014 | Genome-wide DNA methylation analysis | This dataset includes 4641 differentially methylated probes corresponding to 2929 unique genes between schizophrenia patients (n=24) and controls (n=24). | 1 |
第一节遗传学和表观遗传学注释
差异甲基化基因
差异甲基化基因| 探测 | Chromosome | Position | 最近的基因 | P (dis) | beta（dis） | FDR (dis) | Study |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| cg06459104 | 18 | 5456880 | EPB41L3 | 4.183E-4 | -0.688 | 0.044 | DMG:Wockner_2014 |
Section II. Transcriptome annotation
基因ral gene expression (GTEx)
基因expression during devlopment (BrainCloud)
脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。
基因expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)
脚注：
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.
Top co-expressed genes in brain regions
| Top 10 positively co-expressed genes | ||
| 基因 | 皮尔逊的相关性 | Spearman's Correlation |
| flcn | 0.90 | 0.90 |
| DPP9 | 0.89 | 0.89 |
| ZNF335 | 0.89 | 0.90 |
| FAM160B2 | 0.89 | 0.91 |
| FLII | 0.89 | 0.90 |
| 波尔 | 0.89 | 0.89 |
| ATP8B2 | 0.89 | 0.92 |
| PLEKHM1 | 0.88 | 0.89 |
| SYVN1 | 0.88 | 0.88 |
| HMGXB3 | 0.87 | 0.88 |
| 前10个负共表达基因 | ||
| 基因 | 皮尔逊的相关性 | Spearman's Correlation |
| AF347015.21 | -0.73 | -0.74 |
| AF347015.31 | -0.67 | -0.65 |
| GNG11 | -0.65 | -0.66 |
| C1orf54 | -0.63 | -0.68 |
| MT-CO2 | -0.63 | -0.62 |
| AF347015.27 | -0.63 | -0.63 |
| AF347015.8 | -0.62 | -0.61 |
| AL050337.1 | -0.59 | -0.61 |
| MT-CYB | -0.59 | -0.57 |
| MT-ATP8 | -0.58 | -0.65 |
Section III. Gene Ontology annotation
| Molecular function | 去的术语 | Evidence | Neuro keywords | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|
| 去：0003779 | 肌动蛋白结合 | IEA | - | |
| GO:0005488 | 捆绑 | IEA | - | |
| GO:0005198 | 结构分子活性 | IEA | - | |
| Biological process | 去的术语 | Evidence | Neuro keywords | PubMed ID |
| 去：0008150 | 生物_Process | ND | - | |
| GO:0030866 | 皮质肌动蛋白细胞骨架组织 | IEA | - | |
| 细胞分量 | 去的术语 | Evidence | Neuro keywords | PubMed ID |
| GO:0005856 | cytoskeleton | IEA | - | |
| GO:0005737 | 细胞质 | IEA | - | |
| 去：0005911 | cell-cell junction | 艾达 | 12234973 | |
| GO:0005886 | 质膜 | NAS | 9892180 | |
| GO:0019898 | 外膜到膜 | IEA | - |
第四节。蛋白质蛋白相互作用注释
| Interactors | Aliases B | Official full name B | Experimental | 资源 | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|---|
| CADM1 | BL2 | DKFZp686F1789 | IGSF4 | IGSF4A | MGC149785 | MGC51880 | NECL2 | Necl-2 | RA175 | ST17 | SYNCAM | TSLC1 | sTSLC-1 | sgIGSF | synCAM1 | cell adhesion molecule 1 | - | HPRD，Biogrid | 12234973 |
| CD44 | CDW44 | CSPG8 | ECMR-III | HCELL | IN | LHR | MC56 | MDU2 | MDU3 | MGC10468 | MIC4 | MUTCH-I | Pgp1 | CD44molecule (Indian blood group) | EPB41L3（DAL-1）与CD44的未指定同工型相互作用。 | BIND | 15688033 |
| CEP152 | KIAA0912 | centrosomal protein 152kDa | - | HPRD | 12421765 |
| CNTNAP2 | AUTS15 |caspr2 |CDFE |DKFZP781D1846 |NRXN4 | contactin associated protein-like 2 | - | HPRD，Biogrid | 12542678 |
| MBIP | - | MAP3K12结合抑制蛋白1 | 两个杂交 | BioGRID | 16189514 |
| PLA2G2A | MOM1 | PLA2 | PLA2B | PLA2L | PLA2S | PLAS1 | sPLA2 | 磷脂酶A2，IIA组（血小板，滑液） | EPB41L3 (DAL-1) interacts with an unspecified isoform of PLA2G2A (14-3-3). | BIND | 15688033 |
| SMYD2 | HSKM-B | KMT3C | MGC119305 | ZMYND14 | SET and MYND domain containing 2 | 亲和力捕获ms | BioGRID | 17353931 |
| SPTBN1 | 精灵|SPTB2 |Betaspii | 光谱，β，非肉毒杆菌1 | Reconstituted Complex | BioGRID | 15116094 |
| SPTBN1 | 精灵|SPTB2 |Betaspii | 光谱，β，非肉毒杆菌1 | EPB41L3 (DAL-1) interacts with an unspecified isoform of SPTBN1 (beta-II-spectrin). | BIND | 15688033 |
| ywhab | GW128 | HS1 | KCIP-1 | tyrosine 3-monooxygenase/tryptophan 5-monooxygenase activation protein, beta polypeptide | - | HPRD，Biogrid | 11996670 |
| 是的 | 14-3-3GAMMA | 酪氨酸3-单加氧酶/色氨酸5-单加氧酶激活蛋白，伽马多肽 | - | HPRD，Biogrid | 11996670 |
| 是的 | ywha1 | tyrosine 3-monooxygenase/tryptophan 5-monooxygenase activation protein, eta polypeptide | - | HPRD，Biogrid | 11996670 |
| ywhaq | 14-3-3 | 1C5 | HS1 | tyrosine 3-monooxygenase/tryptophan 5-monooxygenase activation protein, theta polypeptide | 亲和力捕获ms | BioGRID | 17353931 |
| ywhaz | KCIP-1 | MGC111427 | MGC126532 | MGC138156 | 酪氨酸3-单加氧酶/色氨酸5-单加氧酶激活蛋白，Zeta多肽 | 亲和力捕获ms | BioGRID | 17353931 |
V.途径注释
| Pathway name | Pathway size | ＃szgr 2.0基因 | Info |
|---|---|---|---|
| kegg thright连接点 | 134 | 86 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 刘前列腺癌DN | 481 | 290 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| turashvili乳房导管癌与导管正常 | 44 | 25 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| TURASHVILI BREAST DUCTAL CARCINOMA VS LOBULAR NORMAL UP | 73 | 50 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| turashvili乳腺癌导管与小叶 | 21 | 14 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| DIAZ CHRONIC MEYLOGENOUS LEUKEMIA DN | 116 | 79 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| PEPPER CHRONIC LYMPHOCYTIC LEUKEMIA UP | 33 | 28 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| SENESE HDAC1 AND HDAC2 TARGETS DN | 232 | 139 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| SENESE HDAC3 TARGETS DN | 536 | 332 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| SABATES COLORECTAL ADENOMA DN | 291 | 176 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| DODD NASOPHARYNGEAL CARCINOMA DN | 1375 | 806 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 甲状腺癌DN | 232 | 154 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| HAMAI APOPTOSIS VIA TRAIL UP | 584 | 356 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| PAX3 FOXO1融合的Ebauer目标 | 207 | 128 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| PEREZ TP53 TARGETS | 1174 | 695 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| PEREZ TP63 TARGETS | 355 | 243 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| PEREZ TP53 AND TP63 TARGETS | 205 | 145 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| LUI THYROID CANCER CLUSTER 2 | 42 | 31 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| dacosta ercc3等位基因XPCS vs ttd Up | 28 | 19 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| MARTORIATI MDM4 TARGETS FETAL LIVER DN | 514 | 319 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Wood EBV EBNA1目标DN | 47 | 33 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| MANTOVANI VIRAL GPCR SIGNALING UP | 86 | 54 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| FRASOR RESPONSE TO ESTRADIOL UP | 37 | 28 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| FLECHNER BIOPSY KIDNEY TRANSPLANT REJECTED VS OK DN | 546 | 351 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| ALCALAY AML BY NPM1 LOCALIZATION UP | 140 | 83 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 松本自然杀手差分 | 475 | 313 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| NPM1的Verhaak AML突变 | 183 | 111 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Kaab心脏中心与心室 | 249 | 170 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| YAMAZAKI TCEB3 TARGETS UP | 175 | 116 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 通过nova2拼接 | 43 | 38 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 麦克道尔急性肺损伤DN | 48 | 33 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| TRACEY RESISTANCE TO IFNA2 DN | 32 | 23 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| KRIGE RESPONSE TO TOSEDOSTAT 6HR UP | 953 | 554 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Krige对Tosedostat的反应24小时 | 783 | 442 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Kondo EZH2目标 | 245 | 148 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| BONOME OVARIAN CANCER SURVIVAL SUBOPTIMAL DEBULKING | 510 | 309 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| GRADE COLON VS RECTAL CANCER DN | 56 | 36 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| ALONSO METASTASIS UP | 198 | 128 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Rutella对CSF2RB和IL4 DN的响应 | 315 | 201 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| RUTELLA RESPONSE TO HGF UP | 418 | 282 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| RUTELLA RESPONSE TO HGF VS CSF2RB AND IL4 UP | 408 | 276 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| HAN SATB1 TARGETS DN | 442 | 275 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 陈代谢综合征网络 | 1210 | 725 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| ROME INSULIN TARGETS IN MUSCLE DN | 204 | 114 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Valk AML群集5 | 33 | 24 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| MEISSNER NPC HCP WITH H3K4ME2 | 491 | 319 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| MIKKELSEN MCV6 HCP WITH H3K27ME3 | 435 | 318 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 金所有障碍少突细胞数量ORR UP | 756 | 494 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Verhaak胶质母细胞瘤神经 | 129 | 85 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| FEVR CTNNB1靶向 | 682 | 433 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| YANG BCL3 TARGETS UP | 364 | 236 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| BOUDOUKHA BOUND BY IGF2BP2 | 111 | 59 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| PECE MAMMARY STEM CELL DN | 146 | 88 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| ZWANG TRANSIENTLY UP BY 2ND EGF PULSE ONLY | 1725年 | 838 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Section VI. microRNA annotation
| miRNA family | 目标位置 | mirna id | miRNA seq | ||
|---|---|---|---|---|---|
| UTR start | UTR end | Match method | |||
| miR-124.1 | 938 | 944 | 1A | HSA-MIR-124A | UUAAGGCACGCGGUGAAUGCCA |
| miR-223 | 89 | 95 | m8 | HSA-MIR-223 | UGUCAGUUUGUCAAAUACCCC |
| mir-26 | 874 | 881 | 1A,m8 | hsa-miR-26a脑 | Uucaaguaauccaggauaggc |
| hsa-miR-26bSZ | uucaaguaauucaggauagguu | ||||
| miR-96 | 493 | 499 | m8 | hsa-miR-96脑 | UUUGGCACUAGCACAUUUUUGC |