基因页:WWC1
Summary?
基因ID | 23286 |
Symbol | WWC1 |
同义词 | hbebp3 | hbebp36 | kibra | memryqtl | ppp1r168 |
描述 | WW和C2域包含1 |
参考 | MIM:610533|HGNC:HGNC:29435|ENSEMBL:ENSG00000113645|HPRD:10033|Vega:Otthumg00000130408 |
基因类型 | 蛋白质编码 |
地图位置 | 5Q34 |
Pascal P值 | 0.175 |
Sherlock P值 | 0.013 |
胎儿β | 0.469 |
主持人 | 元 |
支持 | CompositeSet Darnell FMRP目标 Ascano FMRP目标 潜在的突触基因 |
基因in Data Sources
基因集名称 | 基因组方法 | 描述 | 信息 |
---|---|---|---|
简历:PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
PMID:cooccur | 高通量文献搜索 | PubMed中的系统搜索与SCZ关键字共发生的基因。总共包括3027个基因。 | |
gsma_iie | Genome scan meta-analysis (European-ancestry samples) | PSR:0.01718 | |
GSMA_IIA | 基因组扫描荟萃分析(所有样品) | Psr: 0.00459 | |
GSMA_IIA | 基因组扫描荟萃分析(所有样品) | PSR:0.0276 | |
文学 | 高通量文献搜索 | 与精神分裂症关键词共同存在:精神分裂症,精神分裂症 | 点击显示详细信息 |
网络 | 最短路径距离核心基因在人类protein-protein interaction network | PPI网络中最短路径的贡献:0.0762 |
Section I. Genetics and epigenetics annotation
第二节。转录组注释
一般基因表达(GTEX)
![无法使用](http://www.tjghsg.com/bioinfo/SZGR/GeneImg/WWC1_DE_GTEx.png)
Devlopment期间的基因表达(BrainCloud)
Footnote:
总共绘制了269个时间点,n = 38个胎儿样品(x = 1:38)。每个三角形代表一个时间点。
时间变化的基因表达(brainspan)
Footnote:
SC:亚皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶皮层
ST1:胎儿(13-26个概念后周),ST2:婴儿早期至童年(4个月至11年)和ST3:青春期至成年期(13-23年)
所示的栏表示表达分布的较低25%和上层25%。
大脑区域的顶级共表达基因
前10个积极共表达的基因 | ||
基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
RFK | 0.79 | 0.84 |
TCEAL1 | 0.77 | 0.80 |
RNF11 | 0.76 | 0.83 |
Gabra5 | 0.76 | 0.81 |
UPP2 | 0.75 | 0.75 |
MOCS2 | 0.75 | 0.73 |
ARF3 | 0.74 | 0.82 |
arl6 | 0.73 | 0.79 |
SNX3 | 0.73 | 0.70 |
AMN1 | 0.73 | 0.78 |
前10个负共表达基因 | ||
基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
Sorbs3 | -0.44 | -0.46 |
AF347015.18 | -0.41 | -0.37 |
NSBP1 | -0.40 | -0.47 |
AC010618.2 | -0.40 | -0.39 |
AC069281.3 | -0.39 | -0.44 |
Arhgef1 | -0.39 | -0.38 |
micall2 | -0.39 | -0.40 |
SLC27A1 | -0.38 | -0.36 |
AC098691.2 | -0.38 | -0.41 |
PLXNB1 | -0.38 | -0.40 |
第三节。基因本体论注释
分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
---|---|---|---|---|
去:0005515 | 蛋白质结合 | IEA | - | |
细胞分量 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
去:0005737 | cytoplasm | IEA | - |
V.途径注释
第六节。microRNA注释
mirna家族 | 目标位置 | mirna id | mirna seq | ||
---|---|---|---|---|---|
UTR开始 | UTR结束 | 匹配方法 | |||
miR-138 | 221 | 227 | 1a | HSA-MIR-138脑 | Agcugguuguguugaauc |
mir-155 | 224 | 231 | 1A,M8 | HSA-MIR-155 | uuaaugcuaaucgugauagggg |
mir-25/32/92/363/367 | 380 | 386 | 1a | HSA-MIR-25脑 | Cauugcacuugucucggucuga |
HSA-MIR-32 | uauugcacauacuaaguugc | ||||
HSA-MIR-92 | uauugcacuugucccgcgcug | ||||
HSA-MIR-367 | AAUUGCACUUUAGCAAUGGUGA | ||||
HSA-MIR-92BSZ | uauugcacucgucccgcgcuc | ||||
mir-381 | 242 | 248 | 1a | HSA-MIR-381 | uauacaagggcaagcucucugu |
HSA-MIR-381 | uauacaagggcaagcucucugu |