基因页:synm
概括?
基因 | 23336 |
象征 | synm |
同义词 | DMN | SYN |
描述 | 同步 |
参考 | MIM:606087|HGNC:HGNC:24466|ENSEMBL:ENSG00000182253|HPRD:07305|Vega:Otthumg00000171887 |
基因类型 | 蛋白质编码 |
地图位置 | 15Q26.3 |
Pascal P值 | 0.053 |
Sherlock P值 | 2.655e-5 |
胎儿β | -2.417 |
DMG | 1(#研究) |
主持人 | 小脑半球 小脑 皮质 元 |
数据源中的基因
基因集名称 | 基因组方法 | 描述 | 信息 |
---|---|---|---|
简历:PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
DMG:JAFFE_2016 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括与SZ患者相关的2,104个探针/CPG(n = 108),而在Bonferroni调整后的P <0.05时,其中136个对照。 | 1 |
第一节遗传学和表观遗传学注释
差异甲基化基因
探测 | 染色体 | 位置 | 最近的基因 | p(dis) | beta(dis) | fdr(dis) | 学习 |
---|---|---|---|---|---|---|---|
CG24917799 | 15 | 99602817 | synm | 1.04E-7 | -0.009 | 2.28e-5 | DMG:JAFFE_2016 |
第二节。转录组注释
一般基因表达(GTEX)
![无法使用](http://www.tjghsg.com/bioinfo/SZGR/GeneImg/SYNM_DE_GTEx.png)
Devlopment期间的基因表达(BrainCloud)
脚注:
总共绘制了269个时间点,n = 38个胎儿样品(x = 1:38)。每个三角形代表一个时间点。
时间变化的基因表达(brainspan)
脚注:
SC:亚皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶皮层
ST1:胎儿(13-26个概念后周),ST2:婴儿早期至童年(4个月至11年)和ST3:青春期至成年期(13-23年)
所示的栏表示表达分布的较低25%和上层25%。
大脑区域的顶级共表达基因
前10个积极共表达的基因 | ||
基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
got1 | 0.91 | 0.88 |
ATP6V1E1 | 0.90 | 0.89 |
GHITM | 0.89 | 0.87 |
HPRT1 | 0.89 | 0.90 |
FBXO9 | 0.89 | 0.89 |
GDE1 | 0.89 | 0.85 |
MDH1 | 0.89 | 0.86 |
ATG7 | 0.89 | 0.85 |
鼻烟 | 0.88 | 0.89 |
MAPK10 | 0.88 | 0.86 |
前10个负共表达基因 | ||
基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
SH3BP2 | -0.42 | -0.48 |
FADS2 | -0.41 | -0.36 |
cdc42ep4 | -0.41 | -0.39 |
SH2D2A | -0.40 | -0.43 |
AF347015.18 | -0.39 | -0.16 |
AC010300.1 | -0.39 | -0.38 |
anp32c | -0.39 | -0.38 |
OLFM2 | -0.39 | -0.34 |
RBMX2 | -0.39 | -0.36 |
SMTN | -0.38 | -0.40 |
V.途径注释
路径名 | 路径大小 | #szgr 2.0基因 | 信息 |
---|---|---|---|
Onken紫菜叶黑色素瘤DN | 526 | 357 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
turashvili乳房导管癌与导管正常DN | 198 | 110 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
turashvili乳房导管癌与小叶正常DN | 69 | 43 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
turashvili乳房小叶癌与导管正常DN | 91 | 53 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
turashvili乳房小叶癌与小叶正常 | 94 | 59 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
vecchi胃癌早期DN | 367 | 220 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
甲状腺癌DN | 232 | 154 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Gaussmann MLL AF4融合靶向F | 185 | 119 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Perez TP53目标 | 1174 | 695 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
dacosta ercc3等位基因XPCS vs TTD DN | 36 | 27 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Dacosta UV响应通过ERCC3 UP | 309 | 199 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Martoriati MDM4靶向神经上皮 | 176 | 111 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Martoriati MDM4靶向胎儿肝 | 227 | 137 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Koyama Sema3b靶向DN | 411 | 249 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Nikolsky乳腺癌15Q26 AMPLICON | 22 | 19 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Onder CDH1目标2向上 | 256 | 159 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
阿尔茨海默氏症疾病 | 1691年 | 1088 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
葡萄病毒感染DN的Debiasi凋亡DN | 287 | 208 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Browne HCMV感染12小时 | 111 | 68 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Bild E2F3致癌特征 | 246 | 153 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Iwanaga癌变由Kras Pten DN | 353 | 226 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
骨骼DN中的Smid乳腺癌复发 | 315 | 197 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
SMID乳腺癌腔B DN | 564 | 326 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Smid乳腺癌正常 | 476 | 285 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Smid乳腺癌基础 | 648 | 398 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Boquest干细胞培养与新鲜 | 425 | 298 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
具有H3K4ME3和H3K27ME3的Meissner NPC HCP | 142 | 103 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Croonquist NRAS与基质刺激 | 41 | 26 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Poola侵入性乳腺癌DN | 134 | 83 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Mikkelsen NPC HCP,带有H3K4ME3和H3K27ME3 | 210 | 148 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Nielsen Gist vs滑膜肉瘤DN | 20 | 17 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
尼尔森·吉斯特(Nielsen Gist) | 98 | 66 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
EWSR1 ETS融合DN的Miyagawa目标 | 229 | 135 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
通过p38完成的phong TNF响应 | 227 | 151 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
前列腺癌模型DN中的Acevedo FGFR1靶标 | 308 | 187 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
林乳腺干细胞向上 | 489 | 314 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |