基因页：VPS39
概括？
| 基因 | 23339 |
| 象征 | VPS39 |
| 同义词 | TLP | VAM6 | HVAM6P |
| 描述 | VPS39，啤酒花复杂亚基 |
| 参考 | MIM：612188|HGNC：HGNC：20593|ENSEMBL：ENSG00000166887|HPRD：10300|Vega：Otthumg00000130467 |
| 基因类型 | 蛋白质编码 |
| 地图位置 | 15Q15.1 |
| Pascal P值 | 3.627E-4 |
| Sherlock P值 | 0.064 |
| 主持人 | 海马 迈尔斯的顺式和跨性别 |
| 支持 | COMPOSITESET Ascano FMRP目标 |
数据源中的基因
| 基因集名称 | 基因组方法 | 描述 | 信息 |
|---|---|---|---|
| 简历：PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
| DNM：XU_2012 | 整个外显子组测序分析 | 在这项研究中，通过795个样品的外显子组测序鉴定了4个基因的从头突变 | |
| PMID：cooccur | 高通量文献搜索 | PubMed中的系统搜索与SCZ关键字共发生的基因。总共包括3027个基因。 | |
| 文学 | 高通量文献搜索 | 与精神分裂症关键词共同存在：精神分裂症，精神分裂症 | 点击显示详细信息 |
第一节遗传学和表观遗传学注释
DNM表
DNM表| 基因 | 染色体 | 位置 | 参考 | alt | 成绩单 | AA更改 | 突变类型 | 筛 | CG46 | 特征 | 学习 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| VPS39 | CHR15 | 42454322 | G | 一个 | NM_015289 | p.790r> c | 错过 | 精神分裂症 | DNM：XU_2012 |
EQTL注释
| SNP ID | 染色体 | 位置 | 主持人 | Gene Entrez ID | PVALUE | QVALUE | TSS距离 | EQTL类型 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| RS4864466 | CHR4 | 54403975 | VPS39 | 23339 | 0.2 | 反式 |
第二节。转录组注释
一般基因表达（GTEX）
时间变化的基因表达（brainspan）
脚注：
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。
大脑区域的顶级共表达基因
| 前10个积极共表达的基因 | ||
| 基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
| LRRC40 | 0.89 | 0.89 |
| ASNSD1 | 0.89 | 0.90 |
| PWP1 | 0.88 | 0.90 |
| FAM164A | 0.88 | 0.89 |
| ARMCX1 | 0.88 | 0.89 |
| COPB1 | 0.88 | 0.91 |
| CDC42 | 0.87 | 0.87 |
| NCUBE1 | 0.87 | 0.87 |
| 卡姆格 | 0.87 | 0.89 |
| 拉拉 | 0.87 | 0.87 |
| 前10个负共表达基因 | ||
| 基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
| MT-CO2 | -0.74 | -0.81 |
| AF347015.33 | -0.72 | -0.80 |
| AF347015.8 | -0.71 | -0.82 |
| mt-cyb | -0.71 | -0.81 |
| AF347015.26 | -0.71 | -0.84 |
| AF347015.27 | -0.70 | -0.78 |
| AF347015.31 | -0.70 | -0.79 |
| AF347015.2 | -0.70 | -0.82 |
| AF347015.15 | -0.70 | -0.81 |
| AIFM3 | -0.69 | -0.77 |
V.途径注释
| 路径名 | 路径大小 | ＃szgr 2.0基因 | 信息 |
|---|---|---|---|
| 彭亮氨酸剥夺 | 142 | 93 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Nouzova维甲酸和H4乙酰化 | 143 | 85 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Browne HCMV感染48小时DN | 504 | 323 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Krige对Tosedostat 6小时的反应 | 953 | 554 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Krige对Tosedostat的反应24小时 | 783 | 442 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Iwanaga癌变由Kras Pten DN | 353 | 226 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| CADWELL ATG16L1靶向DN | 70 | 43 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Kim所有疾病少突胶质细胞编号corr up | 756 | 494 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |