Gene Page:PSD3
Summary?
基因 | 23362 |
象征 | PSD3 |
Synonyms | efa6d | efa6r | hca67 |
Description | pleckstrin and Sec7 domain containing 3 |
Reference | MIM:614440|HGNC:HGNC:19093|Ensembl:ENSG00000156011|HPRD:11462|Vega:Otthumg00000163711 |
基因类型 | 蛋白质编码 |
Map location | 8p21.3 |
Pascal p-value | 9.249e-5 |
Sherlock p-value | 0.5 |
胎儿β | 1.154 |
DMG | 1 (# studies) |
主持人 | 小脑 Myers' cis & trans |
Support | 细胞内信号转导 g2cdb.humanpsd G2CDB.HUMANPSP CompositeSet |
Gene in Data Sources
基因集名称 | Method of gene set | Description | 信息 |
---|---|---|---|
CV:GWASdb | Genome-wide Association Studies | 精神分裂症的GWASDB记录 | |
CV:PGCnp | 全基因组协会研究 | GWAS | |
DMG:Wockner_2014 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括4641个差异甲基化探针,对应于精神分裂症患者(n = 24)和对照组(n = 24)之间的2929个独特基因。 | 2 |
GSMA_I | Genome scan meta-analysis | Psr: 0.031 | |
GSMA_IIA | Genome scan meta-analysis (All samples) | PSR:0.03086 | |
gsma_iie | Genome scan meta-analysis (European-ancestry samples) | Psr: 0.00057 | |
go_annotation | 将与神经相关的关键字映射到基因本体论注释 | 与神经相关的关键字的命中:1 |
Section I. Genetics and epigenetics annotation
差异甲基化基因
Probe | 染色体 | 位置 | 最近的基因 | p(dis) | Beta (dis) | fdr(dis) | 学习 |
---|---|---|---|---|---|---|---|
CG05835241 | 8 | 18448662 | PSD3 | 2.68E-4 | 0.368 | 0.038 | DMG:Wockner_2014 |
cg08040428 | 8 | 18870913 | PSD3 | 3.762E-4 | -0.362 | 0.043 | DMG:Wockner_2014 |
EQTL注释
SNP ID | 染色体 | 位置 | 主持人 | Gene Entrez ID | pvalue | QVALUE | TSS距离 | EQTL类型 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
RS10994209 | Chr10 | 61877705 | PSD3 | 23362 | 0.16 | 反式 |
第二节。转录组注释
一般基因表达(GTEX)
![不可用](http://www.tjghsg.com/bioinfo/SZGR/GeneImg/PSD3_DE_GTEx.png)
Devlopment期间的基因表达(BrainCloud)
Footnote:
A total of 269 time points ploted, with n=38 fetal samples (x=1:38). Each triangle represents one time point.
时间变化的基因表达(brainspan)
Footnote:
SC:亚皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶皮层
ST1:胎儿(13-26个概念后周),ST2:婴儿早期至童年(4个月至11年)和ST3:青春期至成年期(13-23年)
所示的栏表示表达分布的较低25%和上层25%。
大脑区域的顶级共表达基因
前10个积极共表达的基因 | ||
Gene | Pearson's Correlation | 斯皮尔曼的相关性 |
DDX23 | 0.96 | 0.95 |
UBE2R2 | 0.95 | 0.95 |
polr3d | 0.95 | 0.95 |
ZNF259 | 0.95 | 0.96 |
PJA1 | 0.95 | 0.96 |
SPATS2 | 0.95 | 0.94 |
PA2G4 | 0.94 | 0.93 |
GPN1 | 0.94 | 0.93 |
SF3B2 | 0.94 | 0.94 |
NOC2L | 0.94 | 0.94 |
Top 10 negatively co-expressed genes | ||
Gene | Pearson's Correlation | 斯皮尔曼的相关性 |
MT-CO2 | -0.82 | -0.90 |
AF347015.31 | -0.82 | -0.90 |
AF347015.33 | -0.81 | -0.90 |
FXYD1 | -0.81 | -0.91 |
AF347015.27 | -0.80 | -0.89 |
mt-cyb | -0.79 | -0.88 |
AF347015.8 | -0.78 | -0.89 |
S100B | -0.77 | -0.85 |
HIGD1B | -0.77 | -0.88 |
ifi27 | -0.77 | -0.86 |
第三节。基因本体论注释
分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
---|---|---|---|---|
去:0005086 | ARF guanyl-nucleotide exchange factor activity | 国际能源机构 | - | |
生物过程 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
GO:0032012 | 调节ARF蛋白信号转导 | 国际能源机构 | - | |
Cellular component | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
GO:0045211 | postsynaptic membrane | 国际能源机构 | 突触,神经递质(GO期限:5) | - |
GO:0045202 | 突触 | 国际能源机构 | neuron, Synap, Neurotransmitter, Glial (GO term level: 2) | - |
去:0005622 | 细胞内 | 国际能源机构 | - | |
去:0005624 | membrane fraction | 国际能源机构 | - | |
去:0005886 | plasma membrane | 国际能源机构 | - | |
GO:0030054 | cell junction | 国际能源机构 | - |
Section V. Pathway annotation
第六节。microRNA注释
mirna家族 | Target position | miRNA ID | mirna seq | ||
---|---|---|---|---|---|
UTR开始 | UTR结束 | 匹配方法 | |||
Let-7/98 | 821 | 827 | 1a | hsa-let-7abrain | ugagguaguaguauauaguu |
hsa-let-7bbrain | ugagguaguagguuguguguguu | ||||
hsa-let-7cbrain | UGAGGUAGUAGGUUGUAUGGUU | ||||
hsa-let-7dbrain | AGAGGUAGUAGGUUGCAUAGU | ||||
hsa-let-7ebrain | ugagguaggagguuauauagu | ||||
hsa-let-7fbrain | UGAGGUAGUAGAUUGUAUAGUU | ||||
HSA-MIR-98brain | ugagguaaguuguauuguu | ||||
hsa-let-7gSZ | ugagguaguuguuguacagu | ||||
hsa-let-7ibrain | ugagguaguugugugugugcugu | ||||
miR-134 | 453 | 460 | 1A,M8 | HSA-MIR-134brain | ugugacuggugaccagaggg |
miR-135 | 6013 | 6019 | M8 | HSA-MIR-135A | UAUGGCUUUUUAUUCCUAUGUGA |
HSA-MIR-135B | Uauggcuuuucauuccuaugug | ||||
miR-136 | 6952 | 6959 | 1A,M8 | HSA-MIR-136 | Acuccauuuuuuugaugaugaugga |
miR-138 | 5562 | 5568 | 1a | HSA-MIR-138brain | AGCUGGUGUUGUGAAUC |
miR-139 | 1362 | 1368 | 1a | HSA-MIR-139brain | ucuacagugcacgugucu |
miR-143 | 856 | 862 | M8 | HSA-MIR-143brain | UGAGAUGAAGCACUGUAGCUCA |
miR-145 | 382 | 388 | M8 | HSA-MIR-145 | guccaguuucccaggaaucccuu |
miR-18 | 215 | 221 | M8 | HSA-MIR-18A | uaagguggaugugcagaua |
HSA-MIR-18B | UAAGGUGCAUCUAGUGCAGUUA | ||||
miR-186 | 5157 | 5163 | 1a | HSA-MIR-186 | caaagaauuuugggcuu |
miR-23 | 438 | 444 | 1a | HSA-MIR-23Abrain | AUCACAUUGCCAGGGAUUUCC |
HSA-MIR-23Bbrain | AUCACAUUGCCAGGGAUUACC | ||||
miR-26 | 4462 | 4469 | 1A,M8 | HSA-MIR-26Abrain | UUCAAGUAAUCCAGGAUAGGC |
HSA-MIR-26BSZ | UUCAAGUAAUUCAGGAUAGGUU | ||||
mir-30-5p | 8090 | 8096 | 1a | HSA-MIR-30A-5P | uguaaaacauccuccugagaag |
hsa-miR-30cbrain | UGUAAACAUCCUACACUCUCAGC | ||||
hsa-miR-30dSZ | UGUAAACAUCCCCGACUGGAAG | ||||
hsa-miR-30bSZ | uguaaacauccuaccucucagcu | ||||
hsa-miR-30e-5p | UGUAAACAUCCUUGACUGGA | ||||
mir-335 | 167 | 174 | 1A,M8 | hsa-miR-335brain | UCAAGAGCAAUAACGAAAAAUAUGU |
mir-338 | 578 | 584 | 1a | hsa-miR-338brain | uccagauuuuuguuga |
miR-381 | 8129 | 8135 | 1a | HSA-MIR-381 | uauacaagggcaagcucucugu |
mir-448 | 6084 | 6090 | M8 | hsa-miR-448 | UUGCAUAUGUAGGAUGUCCCAU |
miR-495 | 139 | 145 | 1a | HSA-MIR-495brain | Aaacaaacauggugcacuuuuu |
miR-496 | 8390 | 8397 | 1A,M8 | HSA-MIR-496 | Auuacauggccaaucuc |
mir-9 | 5474 | 5480 | 1a | hsa-miR-9SZ | UCUUUGGUUAUCUAGCUGUAUGA |