Gene Page:NCAPH

概括?
基因 23397
象征 NCAPH
Synonyms BRRN1|CAP-H
Description non-SMC condensin I complex subunit H
Reference MIM:602332|HGNC：HGNC：1112|Ensembl:ENSG00000121152|HPRD:03820|Vega:OTTHUMG00000130451
Gene type protein-coding
Map location 2q11.2
Pascal p-value 8.763E-4
Fetal beta 3.094
DMG 1 (# studies)

数据源中的基因
Gene set name Method of gene set Description Info
CV:PGCnp Genome-wide Association Study GWAS
DMG:Jaffe_2016 Genome-wide DNA methylation analysis This dataset includes 2,104 probes/CpGs associated with SZ patients (n=108) compared to 136 controls at Bonferroni-adjusted P < 0.05. 1
GSMA_I Genome scan meta-analysis Psr: 0.0004

第一节遗传学和表观遗传学注释

@Differentially methylated gene

Probe Chromosome Position Nearest gene P (dis) Beta (dis) FDR (dis) Study
cg26625319 2 97001960 NCAPH 7.46E-8 -0.012 1.77E-5 DMG:Jaffe_2016


Section II. Transcriptome annotation

General gene expression (GTEx)

Not available

Gene expression during devlopment (BrainCloud)

脚注：
A total of 269 time points ploted, with n=38 fetal samples (x=1:38). Each triangle represents one time point.

Gene expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

Top co-expressed genes in brain regions

Top 10 positively co-expressed genes
Gene Pearson's Correlation Spearman's Correlation
TSC2 0.97 0.96
ATP13A1 0.96 0.97
MEN1 0.96 0.97
SMPD4 0.95 0.95
ZNF574 0.95 0.97
USP19 0.95 0.95
ZC3H3 0.95 0.95
FZR1 0.95 0.96
GLT25D1 0.95 0.96
PPIL2 0.94 0.96
Top 10 negatively co-expressed genes
Gene Pearson's Correlation Spearman's Correlation
AF347015.31 -0.81 -0.89
AF347015.27 -0.80 -0.89
MT-CO2 -0.79 -0.88
AF347015.33 -0.78 -0.85
AF347015.8 -0.77 -0.88
MT-CYB -0.77 -0.86
AF347015.21 -0.75 -0.93
AF347015.15 -0.74 -0.84
S100B -0.73 -0.82
COPZ2 -0.72 -0.78

Section III. Gene Ontology annotation

生物过程 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0000278 mitotic cell cycle IEA -
GO:0007067 mitosis IEA -
GO:0007076 mitotic chromosome condensation IDA 11694586
GO:0051301 cell division IEA -
Cellular component 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0005856 cytoskeleton IDA 18029348
GO:0005634 nucleus IEA -
GO:0005737 细胞质 IEA -

V.途径注释

Pathway name Pathway size # SZGR 2.0 genes in pathway Info
PID AURORA B PATHWAY 39 24 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SOTIRIOU BREAST CANCER GRADE 1 VS 3 UP 151 84 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHEMNITZ RESPONSE TO PROSTAGLANDIN E2 UP 146 86 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHOU INFLAMMATORY RESPONSE LIVE DN 384 220 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CASORELLI ACUTE PROMYELOCYTIC LEUKEMIA DN 663 425 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ODONNELL TFRC TARGETS DN 139 76 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TIEN INTESTINE PROBIOTICS 24HR UP 557 331 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KINSEY TARGETS OF EWSR1 FLII FUSION UP 1278 748 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SCIBETTA KDM5B TARGETS DN 81 55 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BIDUS METASTASIS UP 214 134 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DODD NASOPHARYNGEAL CARCINOMA DN 1375 806 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHIARADONNA NEOPLASTIC TRANSFORMATION KRAS UP 126 72 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Markey RB1慢性洛夫 115 78 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GRAESSMANN APOPTOSIS BY DOXORUBICIN DN 1781 1082 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BERENJENO通过RHOA转换 536 340 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MISSIAGLIA REGULATED BY METHYLATION DN 122 67 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Kong E2F3目标 97 58 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ROSTY CERVICAL CANCER PROLIFERATION CLUSTER 140 73 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LI WILMS TUMOR ANAPLASTIC UP 19 12 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PUJANA BRCA1 PCC NETWORK 1652 1023 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PUJANA BRCA2 PCC NETWORK 423 265 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NUYTTEN EZH2 TARGETS DN 1024 594 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FERREIRA EWINGS SARCOMA UNSTABLE VS STABLE UP 167 92 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BENPORATH ES 1 379 235 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BENPORATH ES 2 40 21 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BENPORATH CYCLING GENES 648 385 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GEORGES CELL CYCLE MIR192 TARGETS 62 46 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GEORGES TARGETS OF MIR192 AND MIR215 893 528 该途径中的所有SZGR 2.0基因
莫RI PRE BI LYMPHOCYTE UP 80 54 该途径中的所有SZGR 2.0基因
莫RI LARGE PRE BII LYMPHOCYTE UP 86 49 该途径中的所有SZGR 2.0基因
莫RI IMMATURE B LYMPHOCYTE DN 90 55 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LE EGR2 TARGETS UP 108 75 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LENAOUR DENDRITIC CELL MATURATION UP 114 84 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ALCALAY AML BY NPM1 LOCALIZATION DN 184 132 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SU TESTIS 76 53 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RAMASWAMY METASTASIS DN 61 47 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RHODES UNDIFFERENTIATED CANCER 69 44 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BURTON ADIPOGENESIS 3 101 64 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CUI TCF21 TARGETS 2 UP 428 266 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARSON BOUND BY E2F4 UNSTIMULATED 728 415 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FUJII YBX1 TARGETS DN 202 132 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CCND1和CDK4 DN的Molenaar靶标 58 25 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Mitsiades对aplidin DN的反应 249 165 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Smid乳腺癌腔A DN 18 7 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SMID BREAST CANCER BASAL UP 648 398 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WHITEFORD PEDIATRIC CANCER MARKERS 116 63 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GOLDRATH ANTIGEN RESPONSE 346 192 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHANG CYCLING GENES 148 83 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HOFFMANN LARGE TO SMALL PRE BII LYMPHOCYTE UP 163 102 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SHEDDEN LUNG CANCER POOR SURVIVAL A6 456 285 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MEISSNER BRAIN HCP WITH H3K4ME3 AND H3K27ME3 1069 729 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CROONQUIST IL6 DEPRIVATION DN 98 69 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CROONQUIST NRAS SIGNALING DN 72 47 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Ishida E2F目标 53 27 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HOSHIDA LIVER CANCER SURVIVAL UP 73 49 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KOBAYASHI EGFR SIGNALING 24HR DN 251 151 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WINNEPENNINCKX MELANOMA METASTASIS UP 162 86 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WONG EMBRYONIC STEM CELL CORE 335 193 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NAKAYAMA SOFT TISSUE TUMORS PCA2 UP 87 50 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BROWNE HCMV INFECTION 30MIN DN 150 99 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Browne HCMV感染4小时DN 254 158 该途径中的所有SZGR 2.0基因
惠特菲尔德细胞周期G2 182 102 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Dutertre雌二醇反应24小时 324 193 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PILON KLF1 TARGETS DN 1972 1213 该途径中的所有SZGR 2.0基因
JOHNSTONE PARVB TARGETS 3 DN 918 550 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PURBEY TARGETS OF CTBP1 NOT SATB1 DN 448 282 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GOBERT OLIGODENDROCYTE DIFFERENTIATION UP 570 339 该途径中的所有SZGR 2.0基因

Section VI. microRNA annotation

miRNA family Target position miRNA ID miRNA seq
UTR start UTR end Match method
mir-493-5p 408 414 m8 hsa-miR-493-5p UUGUACAUGGUAGGCUUUCAUU