Gene Page:Gabra1
Summary？
| 基因 | 2554 |
| 象征 | Gabra1 |
| Synonyms | ECA4 | EIEE19 | EJM | EJM5 |
| Description | γ-氨基丁酸A型受体α1亚基 |
| Reference | MIM: 137160|HGNC：HGNC：4075|ENSEMBL：ENSG00000022355|HPRD：00662|Vega:OTTHUMG00000163586 |
| 基因类型 | 蛋白质编码 |
| Map location | 5Q34 |
| Pascal p-value | 0.01 |
| Sherlock p-value | 0.843 |
| 胎儿β | -4.369 |
| DMG | 2（＃研究） |
| Support | 配体门控离子信号传导 G2Cdb.human_BAYES-COLLINS-HUMAN-PSD-CONSENSUS G2CDB.HUMAN_BAYES-COLLINS-HUMAN-PSD-FULL G2CDB.HUMAN_BAYES-COLLINS-MOUSE-PSD-CONSUS CompositeSet |
Gene in Data Sources
| 基因集名称 | Method of gene set | Description | 信息 |
|---|---|---|---|
| adt:Sun_2012 | 系统研究抗精神病药及其靶标 | A total of 382 drug-target associations involving 43 antipsychotic drugs and 49 target genes. | |
| CV:PGCnp | 全基因组关联研究 | GWAS | |
| DMG：JAFFE_2016 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括与SZ患者相关的2,104个探针/CPG（n = 108），而在Bonferroni调整后的P <0.05时，其中136个对照。 | 2 |
| DMG：Wockner_2014 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括4641个差异甲基化探针，对应于精神分裂症患者（n = 24）和对照组（n = 24）之间的2929个独特基因。 | 2 |
| PMID：cooccur | High-throughput literature-search | PubMed中的系统搜索与SCZ关键字共发生的基因。总共包括3027个基因。 | |
| 协会 | A combined odds ratio method (Sun等。2008), association studies | 2 | Link to SZGene |
| GSMA_I | Genome scan meta-analysis | PSR：0.0032 | |
| gsma_iie | Genome scan meta-analysis (European-ancestry samples) | Psr: 0.01718 | |
| GSMA_IIA | Genome scan meta-analysis (All samples) | Psr: 0.00459 | |
| Literature | High-throughput literature-search | 与精神分裂症关键词共同存在：精神分裂症，精神分裂症，精神分裂症 | 点击显示详细信息 |
| go_annotation | 将与神经相关的关键字映射到基因本体论注释 | 与神经相关关键字的命中：4 | |
| Network | Shortest path distance of core genes in the Human protein-protein interaction network | PPI网络中最短路径的贡献：0.3066 |
Section I. Genetics and epigenetics annotation
差异甲基化基因
差异甲基化基因| Probe | 染色体 | 位置 | 最近的基因 | p（dis） | Beta (dis) | fdr（dis） | 学习 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| CG02469186 | 5 | 161277234 | Gabra1 | 3.18e-4 | 0.459 | 0.04 | DMG：Wockner_2014 |
| CG02065387 | 5 | 161274307 | Gabra1 | 4.18E-8 | -0.034 | 1.17E-5 | DMG：JAFFE_2016 |
第二节。转录组注释
一般基因表达（GTEX）
Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）
Footnote:
A total of 269 time points ploted, with n=38 fetal samples (x=1:38). Each triangle represents one time point.
时间变化的基因表达（brainspan）
Footnote:
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。
大脑区域的顶级共表达基因
| 前10个积极共表达的基因 | ||
| Gene | Pearson's Correlation | 斯皮尔曼的相关性 |
| 鼻 | 0.41 | 0.40 |
| CCDC136 | 0.40 | 0.35 |
| CACNA1G | 0.39 | 0.33 |
| CAPRIN2 | 0.39 | 0.39 |
| DQX1 | 0.38 | 0.27 |
| GRM1 | 0.38 | 0.36 |
| GBA2 | 0.38 | 0.41 |
| FBXO10 | 0.37 | 0.41 |
| IL21R | 0.37 | 0.21 |
| TMEM41A | 0.37 | 0.28 |
| Top 10 negatively co-expressed genes | ||
| Gene | Pearson's Correlation | 斯皮尔曼的相关性 |
| GNG11 | -0.27 | -0.34 |
| prkcdbp | -0.25 | -0.25 |
| CLEC3B | -0.25 | -0.29 |
| Metrn | -0.24 | -0.24 |
| myl12a | -0.24 | -0.27 |
| AL138743.2 | -0.24 | -0.25 |
| CCDC72 | -0.23 | -0.30 |
| VAMP5 | -0.23 | -0.25 |
| RPL35 | -0.23 | -0.25 |
| IGFBP7 | -0.23 | -0.25 |
第三节。基因本体论注释
| 分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|
| 去：0030594 | 神经递质受体活性 | IEA | 神经递质（GO期限：5） | - |
| 去：0004890 | GABA-A受体活性 | TAS | GABA (GO term level: 7) | 2465923 |
| 去：0005515 | 蛋白质结合 | IEA | - | |
| 去：0005254 | 氯化物通道活性 | IEA | - | |
| 去：0005216 | ion channel activity | IEA | - | |
| 去：0005230 | extracellular ligand-gated ion channel activity | IEA | - | |
| GO：0031404 | chloride ion binding | IEA | - | |
| 生物过程 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| 去：0007214 | gamma-aminobutyric acid signaling pathway | TAS | GABA, Neurotransmitter (GO term level: 8) | 2465923 |
| 去：0006821 | 氯化物运输 | IEA | - | |
| 去：0006811 | ion transport | IEA | - | |
| Cellular component | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| GO:0045211 | postsynaptic membrane | IEA | 突触，神经递质（GO期限：5） | - |
| GO:0045202 | 突触 | IEA | neuron, Synap, Neurotransmitter, Glial (GO term level: 2) | - |
| 去：0005886 | plasma membrane | IEA | - | |
| 去：0005887 | integral to plasma membrane | TAS | 2465923 | |
| GO:0030054 | cell junction | IEA | - |
Section V. Pathway annotation
第六节。microRNA注释
| mirna家族 | Target position | miRNA ID | mirna seq | ||
|---|---|---|---|---|---|
| UTR开始 | UTR结束 | 匹配方法 | |||
| miR-137 | 1483 | 1489 | 1a | HSA-MIR-137 | uauugcuuaagaauacgcguag |
| miR-146 | 53 | 59 | 1a | HSA-MIR-146A | ugagaacugaauuccaugggug |
| HSA-MIR-146Bbrain | ugagaacugaauuccauaggcu | ||||
| miR-15/16/195/424/497 | 1791 | 1797 | 1a | HSA-MIR-15Abrain | uagcagcacauaugguugug |
| hsa-miR-16brain | UAGCAGCACGUAAAUAUUGGCG | ||||
| HSA-MIR-15Bbrain | UAGCAGCACAUCAUGGUUUACA | ||||
| HSA-MIR-195SZ | uagcagaaaaauauuggc | ||||
| hsa-miR-424 | CAGCAGCAAUUCAUGUUUUGAA | ||||
| HSA-MIR-497 | cagcagcacacuguguuugu | ||||
| miR-181 | 913 | 920 | 1A，M8 | HSA-MIR-181Abrain | AACAUUCAACGCUGUCGGUGAGU |
| HSA-MIR-181BSZ | aacauucauugcugucggggg | ||||
| HSA-MIR-181Cbrain | AACAUUCAACCUGUCGGUGAGU | ||||
| HSA-MIR-181Dbrain | aacauucauuguugucggggguggguu | ||||
| HSA-MIR-181Abrain | AACAUUCAACGCUGUCGGUGAGU | ||||
| HSA-MIR-181BSZ | aacauucauugcugucggggg | ||||
| HSA-MIR-181Cbrain | AACAUUCAACCUGUCGGUGAGU | ||||
| HSA-MIR-181Dbrain | aacauucauuguugucggggguggguu | ||||
| mir-203.1 | 1921年 | 1928年 | 1A，M8 | hsa-miR-203 | ugaaauguuuaggaccacuag |
| mir-216 | 1015 | 1021 | M8 | hsa-miR-216 | uaaucucagcuggcaacugug |
| mir-221/222 | 1401 | 1408 | 1A，M8 | hsa-miR-221brain | agcuacauugucugugggggguc |
| hsa-miR-222brain | agcuacaucuggcuacugggucuc | ||||
| mir-320 | 944 | 950 | 1a | hsa-miR-320 | aaaagcugggugagaggggcgaa |
| miR-34b | 1877 | 1883 | 1a | hsa-miR-34b | uaggcagugucauagcugauug |
| mir-376c | 1504 | 1510 | 1a | HSA-MIR-376C | aacauagaggaaauuccacg |
| mir-410 | 926 | 932 | 1a | hsa-miR-410 | aauauaacacagauggcugu |
| miR-493-5p | 1432 | 1438 | M8 | HSA-MIR-493-5p | uuguacaugguaggcuuucauu |
| miR-496 | 999 | 1005 | 1a | HSA-MIR-496 | Auuacauggccaaucuc |
| mir-503 | 1791 | 1797 | 1a | hsa-miR-503 | UAGCAGCGGGAACAGUUCUGCAG |
| mir-505 | 910 | 916 | 1a | hsa-miR-505 | gucaacuugcugguuccuc |