基因页：PTF1A
概括？
| 基因 | 256297 |
| 象征 | PTF1A |
| 同义词 | paca | pagen2 | ptf1-p48 | bhlha29 |
| 描述 | 胰比转录因子，1A |
| 参考 | MIM：607194|HGNC：HGNC：23734|ENSEMBL：ENSG00000168267|HPRD：09526|Vega：Otthumg0000000017815 |
| 基因类型 | 蛋白质编码 |
| 地图位置 | 10p12.2 |
| Pascal P值 | 0.196 |
| 胎儿β | -0.394 |
| DMG | 1（＃研究） |
数据源中的基因
| 基因集名称 | 基因组方法 | 描述 | 信息 |
|---|---|---|---|
| 简历：PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
| DMG：Wockner_2014 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括4641个差异甲基化探针，对应于精神分裂症患者（n = 24）和对照组（n = 24）之间的2929个独特基因。 | 1 |
| go_annotation | 将与神经相关的关键字映射到基因本体论注释 | 与神经相关关键字的命中：3 |
第一节遗传学和表观遗传学注释
差异甲基化基因
差异甲基化基因| 探测 | 染色体 | 位置 | 最近的基因 | p（dis） | beta（dis） | fdr（dis） | 学习 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| CG18759960 | 10 | 23481776 | PTF1A | 2.72E-5 | -0.249 | 0.018 | DMG：Wockner_2014 |
第二节。转录组注释
一般基因表达（GTEX）
Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）
脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。
时间变化的基因表达（brainspan）
脚注：
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。
大脑区域没有共表达基因
第三节。基因本体论注释
| 分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|
| 去：0003677 | DNA结合 | ISS | - | |
| 去：0005515 | 蛋白质结合 | IEA | - | |
| GO：0030528 | 转录调节器活性 | IEA | - | |
| 生物过程 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| GO：0048699 | 神经元的产生 | IEA | 神经元，神经发生（GO期限：7） | - |
| GO：0048663 | 神经元的命运承诺 | IEA | 神经元（GO期限：9） | - |
| 去：0030902 | 后脑发展 | IEA | 大脑（GO期限：8） | - |
| 去：0006355 | 调节转录，DNA依赖性的调节 | ISS | - | |
| 去：0009790 | 胚胎发展 | IEA | - | |
| 去：0009888 | 组织发育 | 艾达 | 12185368 | |
| 去：0031017 | 外分泌胰腺发展 | ISS | - | |
| GO：0048384 | 视黄酸受体信号通路 | IEA | - | |
| GO：0045941 | 转录的正调节 | IEA | - | |
| 细胞分量 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| 去：0005634 | 核 | ISS | - | |
| 去：0005667 | 转录因子复合物 | ISS | - | |
| 去：0005737 | 细胞质 | ISS | - |
V.途径注释
| 路径名 | 路径大小 | ＃szgr 2.0基因 | 信息 |
|---|---|---|---|
| pid his hey pathway | 48 | 39 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Reactome发育生物学 | 396 | 292 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| β细胞开发的反应组调节 | 30 | 23 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Benporath Suz12目标 | 1038 | 678 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Benporath EED目标 | 1062 | 725 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 与H3K27me3的Benporath ES | 1118 | 744 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Benporath PRC2目标 | 652 | 441 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 伊万诺娃造血早期祖先 | 532 | 309 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 周胰腺外分泌祖细胞 | 11 | 10 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Meissner Brain HCP带有H3K27Me3 | 269 | 159 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 具有H3K4ME2和H3K27ME3的Meissner NPC HCP | 349 | 234 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Mikkelsen MCV6 HCP带有H3K27ME3 | 435 | 318 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Mikkelsen NPC HCP带有H3K27ME3 | 341 | 243 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Mikkelsen MEF HCP带有H3K27ME3 | 590 | 403 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
第六节。microRNA注释
| mirna家族 | 目标位置 | mirna id | mirna seq | ||
|---|---|---|---|---|---|
| UTR开始 | UTR结束 | 匹配方法 | |||
| mir-410 | 182 | 188 | 1a | HSA-MIR-410 | aauauaacacagauggcugu |