Gene Page:RAI14

概括?
基因 26064
象征 RAI14
Synonyms Norpeg | Rai13
Description retinoic acid induced 14
Reference MIM:606586|HGNC：HGNC：14873|Ensembl:ENSG00000039560|HPRD:09416|Vega:OTTHUMG00000162019
Gene type protein-coding
Map location 5P13.3-P13.2
Pascal p-value 0.215
Sherlock p-value 0.021
Fetal beta 2.792
eGene Putamen basal ganglia
Myers' cis & trans

数据源中的基因
Gene set name Method of gene set Description Info
CV:PGCnp Genome-wide Association Study GWAS
DNM:McCarthy_2014 Whole Exome Sequencing analysis Whole exome sequencing of 57 trios with sporadic or familial schizophrenia.
Network 人蛋白蛋白质相互作用网络中核心基因的最短路径距离 Contribution to shortest path in PPI network: 0.5203

第一节遗传学和表观遗传学注释

@DNM table

Gene Chromosome Position Ref Alt Transcript AA change Mutation type 筛 CG46 Trait Study
RAI14 chr5 34687042 G A NM_001145520 p.A6A synonymous SNV 精神分裂症 DNM:McCarthy_2014

@eQTL annotation

SNP ID Chromosome Position eGene Gene Entrez ID pvalue qvalue TSS distance eQTL type
snp_a-1841078 0 RAI14 26064 0.16 trans
rs7544671 chr1 116965557 RAI14 26064 0.16 trans
RS6592556 0 RAI14 26064 0.05 trans
rs2068673 chr12 60333402 RAI14 26064 0.09 trans
rs452688 5 34628430 RAI14 ENSG0000000039560.9 4.61189E-7 0 -27912 gtex_brain_putamen_basal
rs455326 5 34648725 RAI14 ENSG0000000039560.9 4.10924E-8 0 -7617 gtex_brain_putamen_basal
rs464827 5 34649646 RAI14 ENSG0000000039560.9 3.04231E-7 0 -6696 gtex_brain_putamen_basal

Section II. Transcriptome annotation

General gene expression (GTEx)

Not available

Gene expression during devlopment (BrainCloud)

脚注：
A total of 269 time points ploted, with n=38 fetal samples (x=1:38). Each triangle represents one time point.

Gene expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
死神:胎儿(13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

No co-expressed genes in brain regions


Section III. Gene Ontology annotation

Molecular function 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0005515 protein binding 新闻学会 17353931
Cellular component 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0005856 cytoskeleton IEA -
GO:0005737 细胞质 IEA -
GO:0005739 mitochondrion IEA -

Section V. Pathway annotation

Pathway name Pathway size # SZGR 2.0 genes in pathway Info
PICCALUGA ANGIOIMMUNOBLASTIC LYMPHOMA UP 205 140 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ONKEN UVEAL MELANOMA UP 783 507 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FULCHER INFLAMMATORY RESPONSE LECTIN VS LPS UP 579 346 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHARAFE BREAST CANCER LUMINAL VS MESENCHYMAL DN 460 312 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DOANE RESPONSE TO ANDROGEN DN 241 146 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KIM WT1 TARGETS UP 214 155 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DODD NASOPHARYNGEAL CARCINOMA DN 1375 806 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RODRIGUES THYROID CARCINOMA POORLY DIFFERENTIATED UP 633 376 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ENK UV RESPONSE EPIDERMIS DN 508 354 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LINDGREN BLADDER CANCER CLUSTER 1 DN 378 231 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GRAESSMANN APOPTOSIS BY DOXORUBICIN DN 1781 1082 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GRAESSMANN RESPONSE TO MC AND DOXORUBICIN DN 770 415 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GAUSSMANN MLL AF4 FUSION TARGETS G UP 238 135 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HAMAI APOPTOSIS VIA TRAIL UP 584 356 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SHETH LIVER CANCER VS TXNIP LOSS PAM1 229 137 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KHETCHOUMIAN TRIM24 TARGETS UP 47 38 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NUYTTEN NIPP1 TARGETS DN 848 527 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MANALO HYPOXIA UP 207 145 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REN ALVEOLAR RHABDOMYOSARCOMA DN 408 274 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BROWNE HCMV INFECTION 48HR DN 504 323 该途径中的所有SZGR 2.0基因
IVANOVA HEMATOPOIESIS STEM CELL AND PROGENITOR 681 420 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BAELDE DIABETIC NEPHROPATHY DN 434 302 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SANSOM APC TARGETS REQUIRE MYC 210 123 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Riggins他莫昔芬抵抗DN 220 147 该途径中的所有SZGR 2.0基因
STEIN ESRRA TARGETS RESPONSIVE TO ESTROGEN DN 41 26 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FOSTER TOLERANT MACROPHAGE DN 409 268 该途径中的所有SZGR 2.0基因
IWANAGA CARCINOGENESIS BY KRAS UP 170 107 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Bonome卵巢癌的生存次优秀 510 309 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BOQUEST STEM CELL CULTURED VS FRESH UP 425 298 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HUANG DASATINIB RESISTANCE UP 81 53 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHANG TLX TARGETS 60HR UP 293 203 该途径中的所有SZGR 2.0基因
STEIN ESR1 TARGETS 85 55 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FOURNIER ACINAR DEVELOPMENT LATE 2 277 172 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WONG ADULT TISSUE STEM MODULE 721 492 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MIKKELSEN ES ICP WITH H3K4ME3 718 401 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MIKKELSEN NPC ICP WITH H3K4ME3 445 257 该途径中的所有SZGR 2.0基因
中村脂肪形成早期DN 38 27 该途径中的所有SZGR 2.0基因
中村脂肪形成晚期DN 38 25 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GABRIELY MIR21 TARGETS 289 187 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BRUINS UVC RESPONSE VIA TP53 GROUP B 549 316 该途径中的所有SZGR 2.0基因
IKEDA MIR30 TARGETS UP 116 87 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PHONG TNF RESPONSE NOT VIA P38 337 236 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RAO BOUND BY SALL4 ISOFORM B 517 302 该途径中的所有SZGR 2.0基因

Section VI. microRNA annotation

miRNA family Target position miRNA ID miRNA seq
UTR start UTR end Match method
miR-103/107 1652 1659 1A,m8 HSA-MIR-103brain AGCAGCAUUGUACAGGGCUAUGA
HSA-MIR-107brain AGCAGCAUUGUACAGGGCUAUCA
miR-124.1 555 561 m8 hsa-miR-124a UUAAGGCACGCGGUGAAUGCCA
miR-124/506 555 561 1A hsa-miR-506 UAAGGCACCCUUCUGAGUAGA
hsa-miR-124brain UAAGGCACGCGGUGAAUGCC
miR-153 695 702 1A,m8 hsa-miR-153 Uugcauagucacaaaaguga
miR-183 387 393 m8 hsa-miR-183 UAUGGCACUGGUAGAAUUCACUG
miR-23 1583 1590 1A,m8 hsa-miR-23abrain aucacauugccagggauucc
hsa-miR-23bbrain AUCACAUUGCCAGGGAUUACC
miR-30-5p 778 785 1A,m8 HSA-MIR-30A-5P UGUAAACAUCCUCGACUGGAAG
hsa-miR-30cbrain uguaaacauccuacucucucucucagc
hsa-miR-30dSZ uguaaacauccccgacuggaag
hsa-miR-30bSZ UGUAAACAUCCUACACUCAGCU
hsa-miR-30e-5p UGUAAACAUCCUUGACUGGA
miR-323 1583 1589 1A hsa-miR-323brain gcacauuacggucgaccucu
mir-378 731 737 1A hsa-miR-378 CUCCUGACUCCAGGUCCUGUGU
miR-410 1768 1774 m8 hsa-miR-410 aauauaacacagauggcugu
miR-448 696 702 1A hsa-miR-448 UUGCAUAUGUAGGAUGUCCCAU
miR-452 698 704 m8 hsa-miR-452 UguuugcaggaaacugagaC
miR-9 1576 1582 1A hsa-miR-9SZ UCUUUGGUUAUCUAGCUGUAUGA