Gene Page:ldlrap1

Summary？
基因 26119
象征 ldlrap1
Synonyms arh | arh1 | arh2 | fhcb1 | fhcb2
Description 低密度脂蛋白受体适配器蛋白1
Reference MIM：605747|HGNC：HGNC：18640|Ensembl：ENSG00000157978|HPRD：05765|Vega：Otthumg00000007386
基因类型 蛋白质编码
Map location 1p36.11
Pascal p-value 0.97
Sherlock p-value 0.572
胎儿β -1.13
DMG 2（＃研究）
主持人 尾状基底神经节
Cerebellar Hemisphere
小脑
皮质
海马
伏隔核基底神经节
Putamen basal ganglia
Myers' cis & trans
元

Gene in Data Sources
基因集名称 Method of gene set Description 信息
CV:PGCnp 全基因组协会研究 GWAS
DMG：Vaneijk_2014 全基因组DNA甲基化分析 该数据集包括432个差异甲基化的CpG位点，对应于精神分裂症患者（n = 260）和未受影响的对照（n = 250）之间的391个独特的转录本。 4
DMG：Wockner_2014 全基因组DNA甲基化分析 该数据集包括4641个差异甲基化探针，对应于精神分裂症患者（n = 24）和对照组（n = 24）之间的2929个独特基因。 4
go_annotation 将与神经相关的关键字映射到基因本体论注释 与神经相关的关键字的命中：1

Section I. Genetics and epigenetics annotation

@差异甲基化基因

Probe 染色体 位置 最近的基因 p（dis） Beta (dis) fdr（dis） 学习
CG09261020 1 25869937 ldlrap1 1.671E-4 -0.424 0.033 DMG：Wockner_2014
CG20287514 1 25869837 ldlrap1 3.754e-4 -0.355 0.043 DMG：Wockner_2014
cg15662251 1 26197855 ldlrap1 1.5e-6 7.907 DMG：Vaneijk_2014
CG04631202 1 25942460 ldlrap1 1.048E-4 7.349 DMG：Vaneijk_2014

@EQTL注释

SNP ID 染色体 位置 主持人 Gene Entrez ID PVALUE QVALUE TSS距离 EQTL类型
RS6687849 CHR1 175904808 ldlrap1 26119 0.06 反式
rs2502827 CHR1 176044216 ldlrap1 26119 0 反式
RS17028363 CHR2 41913161 ldlrap1 26119 0.1 反式
RS16829545 CHR2 151977407 ldlrap1 26119 5.571e-19 反式
rs16841750 CHR2 158288461 ldlrap1 26119 0.01 反式
rs3845734 CHR2 171125572 ldlrap1 26119 0 反式
RS16863816 CHR2 177292762 ldlrap1 26119 0.12 反式
RS7584986 CHR2 184111432 ldlrap1 26119 6.207E-5 反式
RS9810143 CHR3 5060209 ldlrap1 26119 0 反式
RS6797307 CHR3 8601563 ldlrap1 26119 0.05 反式
RS4240295 CHR4 115550111 ldlrap1 26119 0.07 反式
RS2183142 CHR4 159232695 ldlrap1 26119 0.02 反式
RS1396222 CHR4 173279496 ldlrap1 26119 0.13 反式
rs335980 CHR4 173329784 ldlrap1 26119 0.07 反式
RS2914204 CHR5 3470913 ldlrap1 26119 0.16 反式
RS17762315 CHR5 76807576 ldlrap1 26119 0.1 反式
RS10474151 CHR5 84286402 ldlrap1 26119 0 反式
RS11738579 CHR5 95119841 ldlrap1 26119 0.09 反式
rs13360496 0 ldlrap1 26119 0.02 反式
rs12196880 CHR6 24313746 ldlrap1 26119 0.18 反式
rs10806988 CHR6 24341768 ldlrap1 26119 0.05 反式
RS16890367 CHR6 38078448 ldlrap1 26119 8.515E-4 反式
rs7787830 CHR7 98797019 ldlrap1 26119 0.06 反式
rs6996695 CHR8 77540580 ldlrap1 26119 0.02 反式
RS3118341 Chr9 25185518 ldlrap1 26119 5.46E-4 反式
RS1126130 Chr9 25209346 ldlrap1 26119 0.07 反式
rs1998746 Chr9 25211761 ldlrap1 26119 0.07 反式
RS1332433 Chr9 25214440 ldlrap1 26119 0.14 反式
RS9406868 Chr9 25223372 ldlrap1 26119 0.03 反式
rs11139334 Chr9 84209393 ldlrap1 26119 0.01 反式
SNP_A-2108530 0 ldlrap1 26119 0.13 反式
rs17176921 Chr10 50580874 ldlrap1 26119 0.1 反式
RS7337967 CHR13 53519044 ldlrap1 26119 0.05 反式
rs16955618 CHR15 29937543 ldlrap1 26119 2.641E-27 反式
RS11873184 CHR18 1584081 ldlrap1 26119 0.12 反式
RS7274477 CHR20 1676942 ldlrap1 26119 0.04 反式
RS1041786 CHR21 22617710 ldlrap1 26119 5.477E-6 反式
RS7288523 CHR22 50082517 ldlrap1 26119 0.18 反式
RS16990575 Chrx 32691327 ldlrap1 26119 0.01 反式
RS16993189 Chrx 144666166 ldlrap1 26119 0.06 反式
RS12096438 1 25889422 ldlrap1 ENSG00000157978.7 2.323E-6 0.01 19351年 gtex_brain_putamen_basal
RS6688931 1 25889672 ldlrap1 ENSG00000157978.7 8.619E-7 0.01 19601 gtex_brain_putamen_basal
rs4523506 1 25893221 ldlrap1 ENSG00000157978.7 3.406E-6 0.01 23150 gtex_brain_putamen_basal

第二节。转录组注释

一般基因表达（GTEX）

无法使用

Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）

Footnote:
A total of 269 time points ploted, with n=38 fetal samples (x=1:38). Each triangle represents one time point.

时间变化的基因表达（brainspan）

Footnote:
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。

No co-expressed genes in brain regions


第三节。基因本体论注释

分子功能 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
GO:0030276 网格蛋白结合 艾达 突触（GO期限：4） 12451172
GO:0001784 磷酸酪氨酸结合 艾达 12451172
去：0005515 蛋白质结合 IEA -
去：0008022 蛋白C末端结合 IPI 12221107
GO：0015460 反式port accessory protein activity nas 12451172
去：0030674 蛋白质结合，桥接 nas 12451172
GO:0030159 受体信号复杂支架活性 IMP 15166224
生物过程 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
去：0008202 类固醇代谢过程 IEA -
去：0008203 胆固醇代谢过程 nas 12451172
去：0006629 脂质代谢过程 IEA -
去：0006897 内吞作用 IEA -
GO：0048260 positive regulation of receptor-mediated endocytosis IMP 15166224
GO:0043393 蛋白结合的调节 IMP 15166224
GO：0042632 cholesterol homeostasis IEA -
GO：0042632 cholesterol homeostasis nas 12451172
Cellular component 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
GO:0005829 细胞质 艾达 12451172
去：0005737 cytoplasm IEA -
去：0005769 早期内体 艾达 14528014
去：0005769 早期内体 IEA -
去：0030121 AP-1适配器复合物 艾达 12451172
GO：0030122 AP-2 adaptor complex 艾达 12451172
GO：0030122 AP-2 adaptor complex IPI 12221107
去：0009925 基底质膜 艾达 12451172

Section V. Pathway annotation

路径名 路径大小 # SZGR 2.0 genes in pathway 信息
KEGG内吞作用 183 132 All SZGR 2.0 genes in this pathway
REACTOME METABOLISM OF LIPIDS AND LIPOPROTEINS 478 302 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Reactome脂质消化和运输 46 37 All SZGR 2.0 genes in this pathway
反应组脂蛋白代谢 28 24 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Reactome Chylomicron介导的脂质转运 16 15 All SZGR 2.0 genes in this pathway
周炎性反应活DN 384 220 All SZGR 2.0 genes in this pathway
runx1 runx1t1融合HSC DN的TONKS目标 187 115 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Lee神经Crest干细胞向上 146 99 All SZGR 2.0 genes in this pathway
周的炎症反应FIMA DN 284 156 All SZGR 2.0 genes in this pathway
JAATINEN HEMATOPOIETIC STEM CELL DN 226 132 All SZGR 2.0 genes in this pathway
DODD NASOPHARYNGEAL CARCINOMA UP 1821年 933 All SZGR 2.0 genes in this pathway
阿霉素的Graessmann凋亡 1142 669 All SZGR 2.0 genes in this pathway
GRAESSMANN RESPONSE TO MC AND DOXORUBICIN UP 612 367 All SZGR 2.0 genes in this pathway
LASTOWSKA NEUROBLASTOMA COPY NUMBER DN 800 473 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Perez TP53目标 1174 695 All SZGR 2.0 genes in this pathway
阿尔茨海默氏症疾病 1691 1088 All SZGR 2.0 genes in this pathway
罗德韦尔老化的肾脏 487 303 All SZGR 2.0 genes in this pathway
CREIGHTON ENDOCRINE THERAPY RESISTANCE 5 482 296 All SZGR 2.0 genes in this pathway
MARSON BOUND BY FOXP3 UNSTIMULATED 1229 713 All SZGR 2.0 genes in this pathway
LEE EARLY T LYMPHOCYTE DN 57 36 All SZGR 2.0 genes in this pathway
李幼稚T淋巴细胞 19 10 All SZGR 2.0 genes in this pathway
CHEN METABOLIC SYNDROM NETWORK 1210 725 All SZGR 2.0 genes in this pathway
骨髓瘤与成熟B淋巴细胞中的Shaffer IRF4靶标 101 76 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Meissner Brain HCP带有H3K4ME3和H3K27ME3 1069 729 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Pilon KLF1靶向DN 1972 1213 All SZGR 2.0 genes in this pathway

第六节。microRNA注释

mirna家族 目标位置 miRNA ID mirna seq
UTR开始 UTR结束 匹配方法
miR-124/506 1169 1175 M8 hsa-miR-506 uaaggcacccuucugugaguaga
HSA-MIR-124brain UAAGGCACGCGGUGAAUGCC
miR-17-5p/20/93.mr/106/519.d 608 615 1A，M8 HSA-MIR-17-5P caaagugcuuacugcagguagu
hsa-miR-20abrain UAAAGUGCUUAUAGUGCAGGUAG
hsa-miR-106a AAAAGUGCUUACAGUGCAGGUAGC
hsa-miR-106bSZ UAAAGUGCUGACAGUGCAGAU
hsa-miR-20bSZ caaagugcuugugcagguag
HSA-MIR-519D caaagugccucccuuuagugugu
mir-29 654 660 M8 HSA-MIR-29ASZ UAGCACCAUCUGAAAUCGGUU
HSA-MIR-29BSZ UAGCACCAUUUGAAAUCAGUGUU
HSA-MIR-29CSZ uagcaccauuugaaaucggu
miR-494 1148 1154 1a HSA-MIR-494brain ugaaacauacgggaaaccucuu
mir-9 355 361 M8 HSA-MIR-9SZ UCUUUGGUUAUCUAGCUGUAUGA
HSA-MIR-9SZ UCUUUGGUUAUCUAGCUGUAUGA