Gene Page:GAS1

Summary？
基因 2619
象征 GAS1
Synonyms -
Description growth arrest specific 1
Reference MIM：139185|HGNC：HGNC：4165|ENSEMBL：ENSG00000180447|HPRD:00747|Vega：Otthumg00000020141
基因类型 蛋白质编码
Map location 9Q21.3-Q22
Pascal p-value 0.599
胎儿β 2.184
DMG 2（＃研究）
主持人 Myers' cis & trans

Gene in Data Sources
基因集名称 Method of gene set Description 信息
CV:PGCnp 全基因组协会研究 GWAS
DMG：JAFFE_2016 全基因组DNA甲基化分析 该数据集包括与SZ患者相关的2,104个探针/CPG（n = 108），而在Bonferroni调整后的P <0.05时，其中136个对照。 2
DMG：Nishioka_2013 全基因组DNA甲基化分析 作者研究了来自18例第一期精神分裂症（FESZ）和15个正常对照的18例外周血细胞中DNA的甲基化谱。 2

Section I. Genetics and epigenetics annotation

@差异甲基化基因

Probe 染色体 位置 最近的基因 p（dis） Beta (dis) fdr（dis） 学习
cg25141720 9 89561826 GAS1 -0.036 0.25 DMG：Nishioka_2013
cg25141720 9 89561826 GAS1 6.11E-8 -0.009 1.53E-5 DMG：JAFFE_2016

@EQTL注释

SNP ID 染色体 位置 主持人 Gene Entrez ID pvalue QVALUE TSS距离 EQTL类型
RS221032 CHR1 16525548 GAS1 2619 0.06 反式
rs1320385 CHR1 54064468 GAS1 2619 5.906E-4 反式
rs12036675 CHR1 54066317 GAS1 2619 5.906E-4 反式
RS12062528 CHR1 54070830 GAS1 2619 0 反式
RS17131472 CHR1 91962966 GAS1 2619 0.02 反式
rs4522651 CHR2 34048 GAS1 2619 0.09 反式
RS13388853 0 GAS1 2619 0.17 反式
RS2839839 CHR2 51691483 GAS1 2619 0.11 反式
RS6739534 CHR2 51702264 GAS1 2619 0.05 反式
RS2922180 CHR3 125280472 GAS1 2619 5.939E-11 反式
rs2971271 CHR3 125450402 GAS1 2619 0 反式
RS2976809 CHR3 125451738 GAS1 2619 4.001E-7 反式
rs4833212 CHR4 122400449 GAS1 2619 0.09 反式
rs1216383 CHR4 129503677 GAS1 2619 0.11 反式
rs7448349 0 GAS1 2619 2.15e-4 反式
snp_a-2229839 0 GAS1 2619 0 反式
RS10050805 CHR5 30805352 GAS1 2619 0.06 反式
RS17143695 CHR5 117520843 GAS1 2619 0.03 反式
RS185323 CHR5 154212519 GAS1 2619 0.07 反式
RS702743 CHR5 154271390 GAS1 2619 0.19 反式
RS816736 CHR5 154271947 GAS1 2619 3.175e-5 反式
RS816748 CHR5 154274691 GAS1 2619 0.07 反式
RS863650 CHR5 154281215 GAS1 2619 0.19 反式
RS1390602 CHR5 154385024 GAS1 2619 0.07 反式
RS17570361 CHR5 154397675 GAS1 2619 0.07 反式
RS11954814 CHR5 155088338 GAS1 2619 0.07 反式
RS6455226 CHR6 67930295 GAS1 2619 8.393E-4 反式
RS2430483 CHR7 104548631 GAS1 2619 0.05 反式
RS7841407 CHR8 9243427 GAS1 2619 0.19 反式
RS2739708 CHR8 17992280 GAS1 2619 8.696E-4 反式
RS714131 CHR8 17992832 GAS1 2619 0 反式
RS2739726 CHR8 17998576 GAS1 2619 0.12 反式
RS2919377 CHR8 32573740 GAS1 2619 0 反式
RS10955813 CHR8 118415080 GAS1 2619 0 反式
RS10969120 Chr9 29400711 GAS1 2619 0.03 反式
rs2253777 Chr9 93467893 GAS1 2619 0.11 反式
RS4743989 Chr9 97859191 GAS1 2619 0.18 反式
RS651134 Chr10 27549960 GAS1 2619 0.04 反式
RS7081666 Chr10 47673800 GAS1 2619 0.01 反式
rs7071168 Chr10 95829674 GAS1 2619 0.17 反式
RS12572674 Chr10 107733982 GAS1 2619 0.06 反式
rs11225974 Chr11 103560499 GAS1 2619 0.17 反式
RS10879027 CHR12 70237156 GAS1 2619 0.15 反式
RS11115813 CHR12 83808239 GAS1 2619 3.883E-4 反式
RS17073665 CHR13 81541961 GAS1 2619 2.75e-5 反式
rs17836680 CHR14 67671292 GAS1 2619 0.11 反式
RS951705 CHR14 88165689 GAS1 2619 0.13 反式
RS190183 CHR15 97546708 GAS1 2619 0.1 反式
RS9959804 CHR18 20264142 GAS1 2619 0.01 反式
RS17001072 CHR19 11099774 GAS1 2619 0.17 反式
RS6095741 CHR20 48666589 GAS1 2619 3.898E-4 反式
RS5915713 Chrx 4077883 GAS1 2619 0.17 反式
RS5991662 Chrx 43335796 GAS1 2619 0 反式
RS1545676 Chrx 93530472 GAS1 2619 0 反式

第二节。转录组注释

一般基因表达（GTEX）

无法使用

Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）

Footnote:
A total of 269 time points ploted, with n=38 fetal samples (x=1:38). Each triangle represents one time point.

时间变化的基因表达（brainspan）

Footnote:
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。

大脑区域的顶级共表达基因

前10个积极共表达的基因
Gene 皮尔森的Correlation 斯皮尔曼的相关性
GBP1 0.81 0.82
HLA-B 0.78 0.76
GBP2 0.76 0.78
apol3 0.75 0.81
ACSL5 0.75 0.79
BTN3A3 0.73 0.77
SLC19A3 0.73 0.68
OAS2 0.72 0.75
ABCG2 0.72 0.76
CYP2J2 0.72 0.79
Top 10 negatively co-expressed genes
Gene 皮尔森的Correlation 斯皮尔曼的相关性
Med19 -0.63 -0.71
ZNF821 -0.62 -0.66
DUSP12 -0.62 -0.66
MPP3 -0.61 -0.64
WDR70 -0.61 -0.64
DBN1 -0.60 -0.63
GSTA4 -0.60 -0.64
DPF1 -0.60 -0.65
zbed5 -0.60 -0.67
HN1 -0.60 -0.66

Section V. Pathway annotation

路径名 路径大小 # SZGR 2.0 genes in pathway 信息
kegg刺猬信号通路 56 42 All SZGR 2.0 genes in this pathway
PID FOXM1 PATHWAY 40 30 All SZGR 2.0 genes in this pathway
PID刺猬2 Pathway 22 17 All SZGR 2.0 genes in this pathway
西肾上腺皮质标记DN 20 14 All SZGR 2.0 genes in this pathway
中村肿瘤区周围与中央DN 634 384 All SZGR 2.0 genes in this pathway
ONKEN UVEAL MELANOMA DN 526 357 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Schuetz乳腺癌导管侵入性 351 230 All SZGR 2.0 genes in this pathway
DAVICIONI TARGETS OF PAX FOXO1 FUSIONS UP 255 177 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Corre多发性骨髓瘤DN 62 41 All SZGR 2.0 genes in this pathway
乳腺癌腔与基础DN 455 304 All SZGR 2.0 genes in this pathway
vecchi胃癌先进与早期 175 120 All SZGR 2.0 genes in this pathway
VECCHI GASTRIC CANCER EARLY DN 367 220 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Wamunyokoli卵巢癌LMP DN 199 124 All SZGR 2.0 genes in this pathway
WAMUNYOKOLI卵巢癌成绩1 2 DN 67 43 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Gozgit ESR1靶向 149 84 All SZGR 2.0 genes in this pathway
DELYS THYROID CANCER DN 232 154 All SZGR 2.0 genes in this pathway
chiaradonna肿瘤转化Kras DN 142 95 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Gaussmann MLL AF4融合靶向F 185 119 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Berenjeno由Rhoa DN转变 394 258 All SZGR 2.0 genes in this pathway
McBryan Pubertal乳房3 4WK 214 144 All SZGR 2.0 genes in this pathway
MCBRYAN PUBERTAL BREAST 4 5WK UP 271 175 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Lucas HNF4A靶向DN 8 8 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Dacosta UV响应通过ERCC3 UP 309 199 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Dawson TCL1中的甲基化 59 45 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Sheth肝癌与TXNIP损失PAM4 261 153 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Tomlins前列腺癌DN 40 33 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Schaeffer前列腺开发48小时DN 428 306 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Benporath Oct4目标 290 172 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Benporath循环基因 648 385 All SZGR 2.0 genes in this pathway
阿米特血清反应60 mcf10a 57 42 All SZGR 2.0 genes in this pathway
LEI HOXC8 TARGETS DN 17 13 All SZGR 2.0 genes in this pathway
JECHLINGER EPITHELIAL TO MESENCHYMAL TRANSITION UP 71 51 All SZGR 2.0 genes in this pathway
宁慢性阻塞性肺疾病DN 121 79 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Shepard粉碎和燃烧突变体DN 185 111 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Magrangeas多发性骨髓瘤IgG与IgA 22 12 All SZGR 2.0 genes in this pathway
MATSUDA NATURAL KILLER DIFFERENTIATION 475 313 All SZGR 2.0 genes in this pathway
KAAB HEART ATRIUM VS VENTRICLE UP 249 170 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Nielsen Gist vs滑膜肉瘤 19 12 All SZGR 2.0 genes in this pathway
PAL PRMT5靶向 203 135 All SZGR 2.0 genes in this pathway
BROWNE HCMV INFECTION 14HR DN 298 200 All SZGR 2.0 genes in this pathway
阿尔茨海默氏症疾病 1691 1088 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Gerhold脂肪形成DN 64 44 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Zhu CMV 8小时DN 53 40 All SZGR 2.0 genes in this pathway
ZHU CMV 24 HR DN 91 64 All SZGR 2.0 genes in this pathway
外邦紫外线响应集群D2 41 30 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Sato在胰腺癌中表观遗传沉默 49 30 All SZGR 2.0 genes in this pathway
GENTILE UV HIGH DOSE DN 312 203 All SZGR 2.0 genes in this pathway
ZHU CMV ALL DN 128 93 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Burton脂肪形成峰在0hr 63 48 All SZGR 2.0 genes in this pathway
伯顿成生成11 57 40 All SZGR 2.0 genes in this pathway
KAYO CALORIE RESTRICTION MUSCLE UP 95 64 All SZGR 2.0 genes in this pathway
贝尔德糖尿病性肾病DN 434 302 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Browne HCMV感染6小时DN 160 101 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Bild HRAS致癌特征 261 166 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Martinez RB1靶向DN 543 317 All SZGR 2.0 genes in this pathway
MARTINEZ TP53 TARGETS DN 593 372 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Martinez RB1和TP53靶向DN 591 366 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Sarrio上皮间质转变DN 154 101 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Iwanaga癌变由Kras Pten DN 353 226 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Bochkis foxa2目标 425 261 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Boquest干细胞向上 260 174 All SZGR 2.0 genes in this pathway
西肾上腺皮质肿瘤DN 546 362 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Ichiba移植与宿主疾病35D DN 49 34 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Schraets MLL靶向DN 33 24 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Mikkelsen去分化状态DN 7 7 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Meissner Brain HCP带有H3K4ME3和H3K27ME3 1069 729 All SZGR 2.0 genes in this pathway
CAIRO LIVER DEVELOPMENT UP 166 105 All SZGR 2.0 genes in this pathway
由MYC DN监管 253 192 All SZGR 2.0 genes in this pathway
NAKAMURA ADIPOGENESIS EARLY UP 66 44 All SZGR 2.0 genes in this pathway
NIELSEN SCHWANNOMA DN 18 9 All SZGR 2.0 genes in this pathway
WHITFIELD CELL CYCLE G2 182 102 All SZGR 2.0 genes in this pathway
KARLSSON TGFB1 TARGETS DN 207 139 All SZGR 2.0 genes in this pathway
VERHAAK GLIOBLASTOMA CLASSICAL 162 122 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Hirsch细胞转换签名 242 159 All SZGR 2.0 genes in this pathway
PLASARI TGFB1 TARGETS 10HR DN 244 157 All SZGR 2.0 genes in this pathway
前列腺癌模型DN中的Acevedo FGFR1靶标 308 187 All SZGR 2.0 genes in this pathway