基因页：GATA2

概括?
GeneID 2624
Symbol GATA2
同义词 dcml | imd21 | monomac | nfe1b
描述 GATA结合蛋白2
参考 MIM：137295|HGNC:HGNC:4171|Ensembl:ENSG00000179348|HPRD:00673|Vega:OTTHUMG00000159689
Gene type protein-coding
地图位置 3Q21.3
Pascal P值 0.098
Fetal beta -0.758
DMG 1（＃研究）

数据源中的基因
Gene set name 基因组方法 描述 Info
简历：PGCNP 全基因组协会研究 GWAS
DMG:Jaffe_2016 Genome-wide DNA methylation analysis This dataset includes 2,104 probes/CpGs associated with SZ patients (n=108) compared to 136 controls at Bonferroni-adjusted P < 0.05. 1
PMID:cooccur 高通量文献搜索 Systematic search in PubMed for genes co-occurring with SCZ keywords. A total of 3027 genes were included.
Expression 基因表达的荟萃分析 Pvalue: 2.243
文学 高通量文献搜索 与精神分裂症Co-occurance关键词:schizophrenia,schizophrenic,schizophrenias Click to show details
GO_Annotation Mapping neuro-related keywords to Gene Ontology annotations Hits with neuro-related keywords: 1

第一节遗传学和表观遗传学注释

@差异甲基化基因

探测 Chromosome Position 最近的基因 P (dis) beta（dis） FDR (dis) Study
cg02836487 3 128206457 GATA2 8.44e-8 -0.01 1.96E-5 DMG:Jaffe_2016


Section II. Transcriptome annotation

General gene expression (GTEx)

无法使用

Gene expression during devlopment (BrainCloud)

脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。

Gene expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

大脑区域没有共表达基因


Section III. Gene Ontology annotation

Molecular function GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
去：0003700 转录因子活性 IEA -
去：0003700 转录因子活性 塔斯 8078582
GO:0005515 protein binding IEA -
去：0008270 zinc ion binding IEA -
去：0008134 transcription factor binding 新闻学会 15016828
GO:0046872 金属离子结合 IEA -
GO：0043565 序列特异性DNA结合 IEA -
Biological process GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO：0030182 neuron differentiation IEA neuron (GO term level: 8) -
GO:0001709 cell fate determination IEA -
GO:0006355 regulation of transcription, DNA-dependent IEA -
GO:0006350 transcription IEA -
GO:0006366 transcription from RNA polymerase II promoter 塔斯 1370462
GO：0010552 从RNA聚合酶II启动子对特异性转录的正调控 艾达 15016828
GO:0048469 cell maturation IEA -
GO:0021983 垂体发育 IEA -
GO:0050766 positive regulation of phagocytosis ISS -
细胞分量 GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0005634 核 IEA -
GO:0005634 核 塔斯 1370462
GO:0005730 核仁 艾达 18029348

第四节。蛋白质蛋白相互作用注释

Interactors Aliases B Official full name B Experimental 资源 PubMed ID
HDAC3 HD3 | RPD3 | RPD3-2 组蛋白脱乙酰基酶3 - HPRD，Biogrid 11567998
HDAC5 FLJ90614 | HD5 | NY-CO-9 组蛋白脱乙酰基酶5 - HPRD，Biogrid 11567998
JUN AP-1 | AP1 | c-Jun Jun Oncogene - HPRD，Biogrid 11278891
LMO2 RBTN2 | RBTNL1 | RHOM2 | TTG2 Lim域仅2（菱形素状1） Affinity Capture-Western
Reconstituted Complex
两个杂交		 BioGRID 7568177
PML MYL | PP8675 | RNF71 | TRIM19 promyelocytic leukemia - HPRD，Biogrid 10938104
POU1F1 GHF-1 | PIT1 | Pit-1 POU class 1 homeobox 1 - HPRD，Biogrid 10367888
RARA NR1B1 |RAR 视黄酸受体，α - HPRD 10938104
SPI1 |pu.1 |SFPI1 |SPI-1 |spi-a spleen focus forming virus (SFFV) proviral integration oncogene spi1 - HPRD，Biogrid 10411939
TAL1 SCL | TCL5 | bHLHa17 | tal-1 T细胞急性淋巴细胞性白血病1 两个杂交 BioGRID 7568177
ZBTB16 PLZF | ZNF145 锌指和包含16的BTB结构域 - HPRD，Biogrid 11964310
ZBTB32 faxf |fazf |罗格|TZFP |ZNF538 锌指和包含32的BTB结构域 - HPRD，Biogrid 11964310
ZFPM1 雾|fog1 |Znf408 |Znf89a zinc finger protein, multitype 1 - HPRD，Biogrid 12483298


V.途径注释

Pathway name Pathway size ＃szgr 2.0基因 Info
PID HDAC CLASSII PATHWAY 34 27 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID HDAC CLASSI PATHWAY 66 50 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID AR TF PATHWAY 53 38 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID AP1途径 70 60 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID HIF1 TFPATHWAY 66 52 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME FACTORS INVOLVED IN MEGAKARYOCYTE DEVELOPMENT AND PLATELET PRODUCTION 132 101 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME HEMOSTASIS 466 331 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PAX FOXO1融合的Davicioni目标 255 177 该途径中的所有SZGR 2.0基因
casorelli急性临时细胞白血病DN 663 425 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DIAZ CHRONIC MEYLOGENOUS LEUKEMIA UP 1382 904 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WANG LMO4 TARGETS DN 352 225 该途径中的所有SZGR 2.0基因
王攀登目标DN 186 114 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TONKS TARGETS OF RUNX1 RUNX1T1 FUSION HSC DN 187 115 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NAGASHIMA NRG1 SIGNALING UP 176 123 该途径中的所有SZGR 2.0基因
JAATINEN HEMATOPOIETIC STEM CELL UP 316 190 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Bidus转移DN 161 93 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GOZGIT ESR1 TARGETS UP 149 84 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GRAESSMANN APOPTOSIS BY SERUM DEPRIVATION DN 234 147 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Vanharanta子宫肌瘤DN 67 45 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ODONNELL METASTASIS UP 82 58 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Streicher LSM1靶向 44 34 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PEREZ TP53 TARGETS 1174 695 该途径中的所有SZGR 2.0基因
马丁与HDAC互动 44 31 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Schramm Inhba目标DN 24 12 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DAIRKEE TERT TARGETS DN 124 79 该途径中的所有SZGR 2.0基因
通过ELK3 UP总缺氧 209 139 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GROSS HYPOXIA VIA ELK3 AND HIF1A DN 103 71 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SCHAEFFER PROSTATE DEVELOPMENT 6HR DN 514 330 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Koyama Sema3b靶向DN 411 249 该途径中的所有SZGR 2.0基因
gotzmann上皮到间充质过渡 69 55 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Benporath Suz12目标 1038 678 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BENPORATH EED TARGETS 1062 725 该途径中的所有SZGR 2.0基因
与H3K27me3的Benporath ES 1118 744 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BENPORATH PRC2 TARGETS 652 441 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BENPORATH CYCLING GENES 648 385 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BYSTROEM CORRELATED WITH IL5 UP 51 30 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TENEDINI MEGAKARYOCYTE MARKERS 66 48 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Fab M7类型的Ross Aml 68 44 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MAGRANGEAS MULTIPLE MYELOMA IGG VS IGA UP 22 12 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DORSAM HOXA9 TARGETS DN 32 22 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ALCALAY AML BY NPM1 LOCALIZATION UP 140 83 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ASTIER INTEGRIN SIGNALING 59 44 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BROWN MYELOID CELL DEVELOPMENT DN 129 86 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Tavor Cebpa靶向DN 30 21 该途径中的所有SZGR 2.0基因
中岛肥大细胞 46 34 该途径中的所有SZGR 2.0基因
EWSR1 FLI1融合DN的Rorie目标 30 23 该途径中的所有SZGR 2.0基因
YAGI AML FAB MARKERS 191 131 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GENTILE UV RESPONSE CLUSTER D4 55 37 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DELLA RESPONSE TO TSA AND BUTYRATE 21 17 该途径中的所有SZGR 2.0基因
外邦紫外线高剂量DN 312 203 该途径中的所有SZGR 2.0基因
JACKSON DNMT1 TARGETS UP 77 57 该途径中的所有SZGR 2.0基因
IVANOVA HEMATOPOIESIS STEM CELL AND PROGENITOR 681 420 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Creighton内分泌疗法抗性5 482 296 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MASSARWEH TAMOXIFEN RESISTANCE UP 578 341 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RIZKI TUMOR INVASIVENESS 3D UP 210 124 该途径中的所有SZGR 2.0基因
riggi ewing肉瘤祖先 430 288 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ACEVEDO METHYLATED IN LIVER CANCER DN 940 425 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Smid乳腺癌基础DN 701 446 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GRADE COLON CANCER UP 871 505 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Boquest干细胞DN 216 143 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SHEDDEN LUNG CANCER GOOD SURVIVAL A12 317 177 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MEISSNER BRAIN HCP WITH H3K4ME3 AND H3K27ME3 1069 729 该途径中的所有SZGR 2.0基因
具有H3K4ME2和H3K27ME3的Meissner NPC HCP 349 234 该途径中的所有SZGR 2.0基因
tian tnf信令不通过NFKB 22 16 该途径中的所有SZGR 2.0基因
黄成人组织茎模块 721 492 该途径中的所有SZGR 2.0基因
YAO TEMPORAL RESPONSE TO PROGESTERONE CLUSTER 8 49 36 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Sengupta EBNA1反相关 173 85 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WHITFIELD CELL CYCLE M G1 148 95 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WIERENGA STAT5A TARGETS UP 217 131 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Wierenga Stat5a Targets Group1 136 76 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Pilon KLF1靶向DN 1972年 1213 该途径中的所有SZGR 2.0基因
EWSR1 ETS融合的Miyagawa目标 259 159 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HUANG GATA2 TARGETS DN 72 52 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PHONG TNF RESPONSE NOT VIA P38 337 236 该途径中的所有SZGR 2.0基因

Section VI. microRNA annotation

miRNA family 目标位置 mirna id miRNA seq
UTR start UTR end Match method
mir-128 155 161 1A HSA-MIR-128A UCACAGUGAACCGGUCUCUUUU
HSA-MIR-128B UCACAGUGAACCGGUCUCUUUC
miR-132/212 1561年 1567年 1A HSA-MIR-212SZ uaacagucuccagucacgccc
hsa-miR-132脑 uaacagucuacccaugggg
MiR-200BC/429 1425 1431 m8 HSA-MIR-200B uaauacugccugguaaugaugac
HSA-MIR-200C uaauacugccggguaaugaugg
HSA-MIR-429 uaauacuguguguguguguaaaaaccgu
miR-25/32/92/363/367 1336 1343 1A,m8 HSA-MIR-25脑 CAUUGCACUUGUCUCGGUCUGA
HSA-MIR-32 UAUUGCACAUUACUAAGUUGC
hsa-miR-92 UAUUGCACUUGUCCCGGCCUG
hsa-miR-367 AAUUGCACUUUAGCAAUGGUGA
hsa-miR-92bSZ UAUUGCACUCGUCCCGGCCUC
mir-27 155 162 1A,m8 hsa-miR-27a脑 UUCACAGUGGCUAAGUUCCGC
hsa-miR-27b脑 uucacaguggcuaaguucugc
mir-493-5p 1496 1503 1A,m8 hsa-miR-493-5p UUGUACAUGGUAGGCUUUCAUU