基因页：GBX2
概括？
| 基因 | 2637 |
| 象征 | GBX2 |
| 同义词 | - |
| 描述 | 胃脑脑同源2 |
| 参考 | MIM：601135|HGNC：HGNC：4186|Ensembl：ENSG00000168505|HPRD：03087|Vega：Otthumg00000133294 |
| 基因类型 | 蛋白质编码 |
| 地图位置 | 2q37.2 |
| Pascal P值 | 0.172 |
| 胎儿β | 0.198 |
| DMG | 1（＃研究） |
| 主持人 | 迈尔斯的顺式和跨性别 |
数据源中的基因
| 基因集名称 | 基因组方法 | 描述 | 信息 |
|---|---|---|---|
| 简历：PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
| DMG：JAFFE_2016 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括与SZ患者相关的2,104个探针/CPG（n = 108），而在Bonferroni调整后的P <0.05时，其中136个对照。 | 1 |
| go_annotation | 将与神经相关的关键字映射到基因本体论注释 | 与神经相关关键字的命中：6 |
第一节遗传学和表观遗传学注释
差异甲基化基因
差异甲基化基因| 探测 | 染色体 | 位置 | 最近的基因 | p（dis） | beta（dis） | fdr（dis） | 学习 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| CG18065680 | 2 | 237087147 | GBX2 | 1.51E-9 | -0.019 | 1.41E-6 | DMG：JAFFE_2016 |
EQTL注释
| SNP ID | 染色体 | 位置 | 主持人 | Gene Entrez ID | PVALUE | QVALUE | TSS距离 | EQTL类型 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| RS10929202 | CHR2 | 237843949 | GBX2 | 2637 | 0.19 | 顺式 |
第二节。转录组注释
一般基因表达（GTEX）
Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）
脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。
时间变化的基因表达（brainspan）
脚注：
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。
大脑区域的顶级共表达基因
| 前10个积极共表达的基因 | ||
| 基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
| SLC2A5 | 0.55 | 0.50 |
| MRPL41 | 0.55 | 0.53 |
| PTPMT1 | 0.54 | 0.59 |
| BRP44L | 0.54 | 0.56 |
| MSRB2 | 0.53 | 0.57 |
| DCXR | 0.53 | 0.55 |
| MTHFS | 0.53 | 0.56 |
| IL17D | 0.52 | 0.52 |
| C17orf89 | 0.51 | 0.49 |
| Mid1ip1 | 0.51 | 0.42 |
| 前10个负共表达基因 | ||
| 基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
| ZNF611 | -0.37 | -0.32 |
| AFF2 | -0.37 | -0.29 |
| Znf91 | -0.36 | -0.32 |
| AC010522.1 | -0.36 | -0.38 |
| ZNF445 | -0.36 | -0.29 |
| MAP1B | -0.35 | -0.28 |
| RP11-468B6.3 | -0.35 | -0.25 |
| WNK3 | -0.35 | -0.24 |
| ZNF749 | -0.35 | -0.30 |
| AC011477.2 | -0.35 | -0.27 |
第三节。基因本体论注释
| 分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|
| 去：0003700 | 转录因子活性 | 塔斯 | 9346236 | |
| GO：0043565 | 序列特异性DNA结合 | IEA | - | |
| 生物过程 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| 去：0007411 | 轴突指导 | IEA | Axon（GO期限：13） | - |
| 去：0030902 | 后脑发展 | IEA | 大脑（GO期限：8） | - |
| GO：0021555 | 中脑 - 脑边界形态发生 | IEA | 大脑（GO期限：11） | - |
| GO：0021549 | 小脑发育 | IEA | 大脑（GO期限：10） | - |
| 去：0021930 | 颗粒细胞前体增殖 | IEA | 神经元，谷氨酸（GO期限：11） | - |
| GO：0048483 | 自主神经系统发展 | IEA | 神经元（GO期限：6） | - |
| 去：0001755 | 神经rest细胞迁移 | IEA | - | |
| 去：0001569 | 血管 | IEA | - | |
| 去：0006355 | 调节转录，DNA依赖性的调节 | IEA | - | |
| 去：0008283 | 细胞增殖 | IEA | - | |
| GO：0042472 | 内耳形态发生 | IEA | - | |
| GO：0021568 | 菱形2发展 | IEA | - | |
| GO：0035239 | 管形态发生 | IEA | - | |
| 细胞分量 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| 去：0005634 | 核 | IEA | - |
V.途径注释
| 路径名 | 路径大小 | ＃szgr 2.0基因 | 信息 |
|---|---|---|---|
| Tang衰老TP53靶向 | 33 | 20 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Nuytten Nipp1靶向DN | 848 | 527 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Nuytten EZH2靶向DN | 1024 | 594 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Benporath Suz12目标 | 1038 | 678 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Benporath EED目标 | 1062 | 725 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 与H3K27me3的Benporath ES | 1118 | 744 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Benporath PRC2目标 | 652 | 441 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Tesar Alk靶向人类5D | 5 | 5 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| XU GH1外源目标DN | 120 | 69 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| TESAR ALK目标Episc 3D UP | 7 | 7 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Meissner Brain HCP带有H3K27Me3 | 269 | 159 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| figueroa aml甲基化簇4 dn | 15 | 9 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| figueroa aml甲基化簇6 dn | 38 | 19 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| CHYLA CBFA2T3靶向 | 387 | 225 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Huang GATA2靶向DN | 72 | 52 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Delacroix Rar Bound ES | 462 | 273 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Zwang仅通过第二EGF脉冲瞬时向上 | 1725年 | 838 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
第六节。microRNA注释
| mirna家族 | 目标位置 | mirna id | mirna seq | ||
|---|---|---|---|---|---|
| UTR开始 | UTR结束 | 匹配方法 | |||
| mir-369-3p | 207 | 213 | 1a | HSA-MIR-369-3P | aauauacaugguugaucuuu |
| mir-374 | 207 | 213 | M8 | HSA-MIR-374 | uuauaauacaAccugauaagug |