基因页:gdnf
概括?
基因 | 2668 |
象征 | gdnf |
同义词 | atf1 | atf2 | hfb1-gdnf | hscr3 |
描述 | 神经胶质细胞得出的神经营养因子 |
参考 | MIM:600837|HGNC:HGNC:4232|ENSEMBL:ENSG00000168621|HPRD:02906|Vega:Otthumg0000000090809 |
基因类型 | 蛋白质编码 |
地图位置 | 5P13.1-P12 |
Pascal P值 | 0.03 |
胎儿β | -0.033 |
DMG | 1(#研究) |
数据源中的基因
基因集名称 | 基因组方法 | 描述 | 信息 |
---|---|---|---|
简历:PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
DMG:Wockner_2014 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括4641个差异甲基化探针,对应于精神分裂症患者(n = 24)和对照组(n = 24)之间的2929个独特基因。 | 1 |
PMID:cooccur | 高通量文献搜索 | PubMed中的系统搜索与SCZ关键字共发生的基因。总共包括3027个基因。 | |
协会 | 组合的优势比方法(Sun等。2008),协会研究 | 1 | 链接到Szgene |
文学 | 高通量文献搜索 | 与精神分裂症关键词共同存在:精神分裂症,精神分裂症,精神分裂症,精神分裂症 | 点击显示详细信息 |
go_annotation | 将与神经相关的关键字映射到基因本体论注释 | 与神经相关关键字的命中:4 |
第一节遗传学和表观遗传学注释
差异甲基化基因
探测 | 染色体 | 位置 | 最近的基因 | p(dis) | beta(dis) | fdr(dis) | 学习 |
---|---|---|---|---|---|---|---|
CG21319053 | 5 | 37840725 | gdnf | 1.058E-4 | -0.469 | 0.028 | DMG:Wockner_2014 |
第二节。转录组注释
一般基因表达(GTEX)
![无法使用](http://www.tjghsg.com/bioinfo/SZGR/GeneImg/GDNF_DE_GTEx.png)
Devlopment期间的基因表达(BrainCloud)
脚注:
总共绘制了269个时间点,n = 38个胎儿样品(x = 1:38)。每个三角形代表一个时间点。
时间变化的基因表达(brainspan)
脚注:
SC:亚皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶皮层
ST1:胎儿(13-26个概念后周),ST2:婴儿早期至童年(4个月至11年)和ST3:青春期至成年期(13-23年)
所示的栏表示表达分布的较低25%和上层25%。
大脑区域没有共表达基因
第三节。基因本体论注释
分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
---|---|---|---|---|
去:0008083 | 生长因子活性 | IEA | - | |
去:0008083 | 生长因子活性 | nas | - | |
GO:0042803 | 蛋白质同构化活性 | 艾达 | 8493557|8988018 | |
生物过程 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
GO:0051584 | 多巴胺摄取的调节 | 艾达 | 突触,神经递质,多巴胺(GO期限:11) | 8493557 |
去:0031175 | 神经突发育 | 艾达 | 神经元,轴突,神经突,树突(GO期限:10) | 15242795 |
GO:0043524 | 神经元细胞凋亡的阴性调节 | 艾达 | 神经元(GO期限:9) | 8493557 |
去:0007399 | 神经系统的发展 | 塔斯 | 神经突(GO期限:5) | 8637574 |
去:0001755 | 神经rest细胞迁移 | 艾达 | 15242795 | |
去:0007165 | 信号转导 | 塔斯 | 7830769 | |
去:0008150 | 生物_Process | nd | - | |
去:0006916 | 抗凋亡 | 塔斯 | 7830769 | |
细胞分量 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
去:0005576 | 细胞外区域 | 艾达 | 9811930 |
V.途径注释
路径名 | 路径大小 | #szgr 2.0基因 | 信息 |
---|---|---|---|
PID RET路径 | 39 | 29 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
pid ajdiss 2Pathway | 48 | 38 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Reactome发育生物学 | 396 | 292 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Reactome Axon指导 | 251 | 188 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Reactome NCAM1相互作用 | 39 | 27 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Reactome NCAM信号传导,用于神经突的生长 | 64 | 49 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Chiaradonna肿瘤转化KRAS CDC25 UP | 58 | 39 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
chiaradonna肿瘤转化克拉斯 | 126 | 72 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
chebotaev gr目标dn | 120 | 73 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
berenjeno由Rhoa Up Troment | 536 | 340 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Perez TP53目标 | 1174 | 695 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
jazag tgfb1发出信号 | 108 | 69 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
FLI1和DAX1 DN的Garcia目标 | 176 | 104 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Koyama Sema3b靶向DN | 411 | 249 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Benporath Suz12目标 | 1038 | 678 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Benporath EED目标 | 1062 | 725 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
与H3K27me3的Benporath ES | 1118 | 744 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Benporath PRC2目标 | 652 | 441 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
BYSTRYKH造血干细胞QTL Trans | 882 | 572 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Nouzova在APL中甲基化 | 68 | 39 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Lee老化新皮层DN | 80 | 49 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
结肠癌中甲基化的甲基化 | 27 | 20 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Matzuk男性繁殖Sertoli | 28 | 23 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Matzuk精子 | 24 | 17 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
级结肠癌 | 871 | 505 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
雷·阿尔茨海默氏病 | 13 | 7 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Meissner Brain HCP带有H3K4ME3和H3K27ME3 | 1069 | 729 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
米利假足型haptotaxis dn | 668 | 419 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
具有H3K4ME2和H3K27ME3的Meissner NPC HCP | 349 | 234 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Mikkelsen MCV6 HCP带有H3K27ME3 | 435 | 318 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Mikkelsen NPC HCP,带有H3K4ME3和H3K27ME3 | 210 | 148 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Chicas RB1靶向衰老 | 572 | 352 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Wang Thoc1靶向DN | 20 | 14 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
ghandhi直接辐照 | 110 | 68 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
WARTERS红外响应5GY | 47 | 23 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Zwang仅通过第一egf脉冲瞬时向上 | 1839年 | 928 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
NABA分泌因素 | 344 | 197 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
NABA女性相关 | 753 | 411 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
NABA矩阵 | 1028 | 559 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |