Gene Page:GFRA1

概括?
GeneID 2674
Symbol GFRA1
Synonyms GDNFR|GDNFRA|GFR-ALPHA-1|RET1L|RETL1|TRNR1
描述 GDNF family receptor alpha 1
参考 MIM:601496|HGNC:HGNC:4243|Ensembl:ENSG00000151892|HPRD:03291|Vega:OTTHUMG00000019097
Gene type protein-coding
Map location 10q26.11
Pascal p-value 0.886
Fetal beta -0.074
eGene Anterior cingulate cortex BA24
Caudate basal ganglia
Cortex
梭子基底神经节

数据源中的基因
Gene set name Method of gene set 描述 Info
CV：GWASDB 全基因组关联研究 gwasdbrecords for schizophrenia
CV:PGCnp Genome-wide Association Study GWAS
PMID:cooccur 高通量文献搜索 系统搜索PubMed的基因s co-occurring with SCZ keywords. A total of 3027 genes were included.
文学 高通量文献搜索 与精神分裂症关键词共同存在：精神分裂症，精神分裂症 Click to show details
GO_Annotation Mapping neuro-related keywords to Gene Ontology annotations Hits with neuro-related keywords: 2

第一节遗传学和表观遗传学注释

@eQTL annotation

SNP ID Chromosome Position eGene Gene Entrez ID pvalue qvalue TSS distance eQTL type
rs2420245 10 117935335 GFRA1 ENSG00000151892.10 7.316E-6 0.05 97644 gtex_brain_ba24
rs12267789 10 117922322 GFRA1 ENSG00000151892.10 2.354e-6 0 110657 gtex_brain_putamen_basal
rs4751955 10 117923225 GFRA1 ENSG00000151892.10 7.777E-7 0 109754 gtex_brain_putamen_basal
rs10749190 10 117923874 GFRA1 ENSG00000151892.10 6.622E-7 0 109105 gtex_brain_putamen_basal
rs10749191 10 117924012 GFRA1 ENSG00000151892.10 4.737E-7 0 108967 gtex_brain_putamen_basal
rs4553287 10 117924062 GFRA1 ENSG00000151892.10 7.771E-7 0 108917 gtex_brain_putamen_basal
RS7096448 10 117924565 GFRA1 ENSG00000151892.10 6.622E-7 0 108414 gtex_brain_putamen_basal
rs7078730 10 117924598 GFRA1 ENSG00000151892.10 6.622E-7 0 108381 gtex_brain_putamen_basal
rs7904057 10 117925132 GFRA1 ENSG00000151892.10 6.622E-7 0 107847 gtex_brain_putamen_basal
RS11197563 10 117926218 GFRA1 ENSG00000151892.10 2.411E-7 0 106761 gtex_brain_putamen_basal
RS2270181 10 117928218 GFRA1 ENSG00000151892.10 3.564E-6 0 104761 gtex_brain_putamen_basal
rs10749194 10 117929704 GFRA1 ENSG00000151892.10 2.385E-8 0 103275 gtex_brain_putamen_basal
rs3781536 10 117930678 GFRA1 ENSG00000151892.10 2.427E-7 0 102301 gtex_brain_putamen_basal
rs3781537 10 117930769 GFRA1 ENSG00000151892.10 2.409E-7 0 102210 gtex_brain_putamen_basal
rs3781538 10 117931031 GFRA1 ENSG00000151892.10 2.411E-7 0 101948 gtex_brain_putamen_basal
rs7087059 10 117931699 GFRA1 ENSG00000151892.10 2.411E-7 0 101280 gtex_brain_putamen_basal
rs10787632 10 117931862 GFRA1 ENSG00000151892.10 3.564E-6 0 101117 gtex_brain_putamen_basal
rs10749195 10 117932179 GFRA1 ENSG00000151892.10 2.411E-7 0 100800 gtex_brain_putamen_basal
rs10749196 10 117933073 GFRA1 ENSG00000151892.10 2.976E-7 0 99906 gtex_brain_putamen_basal
rs10749197 10 117933097 GFRA1 ENSG00000151892.10 3.001E-7 0 99882 gtex_brain_putamen_basal
RS4751579 10 117933284 GFRA1 ENSG00000151892.10 2.513E-7 0 99695 gtex_brain_putamen_basal
RS7080193 10 117933470 GFRA1 ENSG00000151892.10 7.278E-7 0 99509 gtex_brain_putamen_basal
rs7080212 10 117933516 GFRA1 ENSG00000151892.10 4.662E-7 0 99463 gtex_brain_putamen_basal
rs2420249 10 117955163 GFRA1 ENSG00000151892.10 1.806E-6 0 77816 gtex_brain_putamen_basal

Section II. Transcriptome annotation

General gene expression (GTEx)

Not available

Gene expression during devlopment (BrainCloud)

脚注：
A total of 269 time points ploted, with n=38 fetal samples (x=1:38). Each triangle represents one time point.

Gene expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

Top co-expressed genes in brain regions

Top 10 positively co-expressed genes
Gene Pearson's Correlation Spearman's Correlation
ABAT 0.67 0.69
KIAA1024 0.65 0.68
LRRTM3 0.64 0.71
SLITRK3 0.63 0.69
SPATS2L 0.63 0.61
GUCY1A3 0.63 0.64
LUZP2 0.63 0.67
ALDH5A1 0.63 0.70
RPAP3 0.63 0.65
PDE4B 0.63 0.61
Top 10 negatively co-expressed genes
Gene Pearson's Correlation Spearman's Correlation
AF347015.21 -0.38 -0.36
AC098691.2 -0.36 -0.41
MT-CO2 -0.35 -0.36
FXYD1 -0.35 -0.32
higd1b -0.35 -0.36
S100A13 -0.34 -0.32
MYL3 -0.33 -0.31
AF347015.31 -0.33 -0.35
CSAG1 -0.33 -0.31
C1orf54 -0.32 -0.35

Section III. Gene Ontology annotation

Molecular function 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0016167 glial cell line-derived neurotrophic factor receptor activity 塔斯 neurotrophic, Glial (GO term level: 7) 10829012
GO:0005102 receptor binding 塔斯 Neurotransmitter (GO term level: 4) 9545641
去：0004872 receptor activity NAS -
Biological process 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0007166 细胞表面受体连接的信号转导 NAS 8674117
细胞分量 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0005886 plasma membrane IEA -
GO:0031225 anchored to membrane IEA -
GO:0019898 外膜到膜 NAS -

V.途径注释

Pathway name Pathway size ＃szgr 2.0基因 Info
PID RET PATHWAY 39 29 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID AJDISS 2PATHWAY 48 38 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME DEVELOPMENTAL BIOLOGY 396 292 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME AXON GUIDANCE 251 188 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME NCAM1 INTERACTIONS 39 27 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME NCAM SIGNALING FOR NEURITE OUT GROWTH 64 49 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DOANE BREAST CANCER ESR1 UP 112 72 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GOZGIT ESR1 TARGETS DN 781 465 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MCBRYAN PUBERTAL TGFB1 TARGETS UP 169 127 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FARMER BREAST CANCER APOCRINE VS LUMINAL 326 213 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FARMER BREAST CANCER BASAL VS LULMINAL 330 215 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Martoriati MDM4靶向神经上皮DN 164 111 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PUJANA BRCA2 PCC NETWORK 423 265 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BENPORATH SUZ12 TARGETS 1038 678 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BENPORATH EED TARGETS 1062 725 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MORI MATURE B LYMPHOCYTE DN 75 43 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LE EGR2 TARGETS DN 108 84 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BYSTRYKH造血干细胞QTL Trans 882 572 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RODWELL AGING KIDNEY NO BLOOD UP 222 139 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RODWELL AGING KIDNEY UP 487 303 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DOUGLAS BMI1 TARGETS UP 566 371 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Creighton内分泌疗法抗性1 528 324 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LEIN MIDBRAIN MARKERS 82 55 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Massarweh他莫昔芬抵抗DN 258 160 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SMID BREAST CANCER RELAPSE IN BONE UP 97 61 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SMID BREAST CANCER LUMINAL B UP 172 109 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Smid乳腺癌腔 84 52 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SMID BREAST CANCER BASAL DN 701 446 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BONOME OVARIAN CANCER SURVIVAL OPTIMAL DEBULKING 246 152 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GRADE COLON CANCER UP 871 505 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Vantveer乳腺癌ESR1 UP 167 99 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HOFFMANN SMALL PRE BII TO IMMATURE B LYMPHOCYTE DN 50 33 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MEISSNER BRAIN HCP WITH H3K4ME3 AND H3K27ME3 1069 729 该途径中的所有SZGR 2.0基因
POOLA INVASIVE BREAST CANCER DN 134 83 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHIANG LIVER CANCER SUBCLASS CTNNB1 UP 176 110 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Yagi AML与T 9 11易位 130 87 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Yagi AML与11q23重新排列 351 238 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DUTERTRE ESTRADIOL RESPONSE 24HR UP 324 193 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHYLA CBFA2T3 TARGETS UP 387 225 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PEDERSEN METASTASIS BY ERBB2 ISOFORM 4 110 66 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GUO TARGETS OF IRS1 AND IRS2 98 67 该途径中的所有SZGR 2.0基因

Section VI. microRNA annotation

miRNA family Target position mirna id miRNA seq
UTR start UTR end Match method
mir-381 67 74 1A,m8 hsa-miR-381 UAUACAAGGGCAAGCUCUCUGU