基因页:FOXP1
概括?
基因 | 27086 |
象征 | FOXP1 |
同义词 | 12cc4 | hspc215 | mfh | qrf1 | hfkh1b |
描述 | 叉子盒P1 |
参考 | MIM:605515|HGNC:HGNC:3823|ENSEMBL:ENSG00000114861|HPRD:18518|Vega:Otthumg00000158803 |
基因类型 | 蛋白质编码 |
地图位置 | 3P14.1 |
Pascal P值 | 5.045e-9 |
Sherlock P值 | 0.836 |
胎儿β | 0.06 |
DMG | 1(#研究) |
主持人 | 迈尔斯的顺式和跨性别 |
数据源中的基因
基因集名称 | 基因组方法 | 描述 | 信息 |
---|---|---|---|
CV:GWASDB | 全基因组关联研究 | 精神分裂症的GWASDB记录 | |
简历:PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
DMG:Nishioka_2013 | 全基因组DNA甲基化分析 | 作者研究了来自18例第一期精神分裂症(FESZ)和15个正常对照的18例外周血细胞中DNA的甲基化谱。 | 1 |
PMID:cooccur | 高通量文献搜索 | PubMed中的系统搜索与SCZ关键字共发生的基因。总共包括3027个基因。 | |
GSMA_IIA | 基因组扫描荟萃分析(所有样品) | PSR:0.04047 | |
gsma_iie | 基因组扫描荟萃分析(欧洲官方样品) | PSR:0.04359 | |
表达 | 基因表达的荟萃分析 | p价值:1.87 | |
文学 | 高通量文献搜索 | 与精神分裂症关键词共同存在:精神分裂症,精神分裂症 | 点击显示详细信息 |
go_annotation | 将与神经相关的关键字映射到基因本体论注释 | 与神经相关的关键字的命中:1 |
第一节遗传学和表观遗传学注释
差异甲基化基因
探测 | 染色体 | 位置 | 最近的基因 | p(dis) | beta(dis) | fdr(dis) | 学习 |
---|---|---|---|---|---|---|---|
CG24980458 | 3 | 71632677 | FOXP1 | -0.02 | 0.41 | DMG:Nishioka_2013 |
EQTL注释
SNP ID | 染色体 | 位置 | 主持人 | Gene Entrez ID | PVALUE | QVALUE | TSS距离 | EQTL类型 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
RS2033050 | CHR7 | 134933767 | FOXP1 | 27086 | 0.19 | 反式 |
第二节。转录组注释
一般基因表达(GTEX)
![无法使用](http://www.tjghsg.com/bioinfo/SZGR/GeneImg/FOXP1_DE_GTEx.png)
Devlopment期间的基因表达(BrainCloud)
脚注:
总共绘制了269个时间点,n = 38个胎儿样品(x = 1:38)。每个三角形代表一个时间点。
时间变化的基因表达(brainspan)
脚注:
SC:亚皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶皮层
ST1:胎儿(13-26个概念后周),ST2:婴儿早期至童年(4个月至11年)和ST3:青春期至成年期(13-23年)
所示的栏表示表达分布的较低25%和上层25%。
大脑区域的顶级共表达基因
前10个积极共表达的基因 | ||
基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
MRTO4 | 0.79 | 0.79 |
纳尔夫 | 0.78 | 0.78 |
CDK10 | 0.78 | 0.79 |
NCAPH2 | 0.77 | 0.80 |
Rab24 | 0.77 | 0.77 |
Pick1 | 0.77 | 0.76 |
TTLL3 | 0.77 | 0.77 |
STK25 | 0.76 | 0.76 |
ring1 | 0.76 | 0.77 |
PNKP | 0.76 | 0.75 |
前10个负共表达基因 | ||
基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
AF347015.2 | -0.64 | -0.59 |
AF347015.8 | -0.63 | -0.58 |
AF347015.15 | -0.62 | -0.59 |
AF347015.31 | -0.62 | -0.58 |
mt-cyb | -0.62 | -0.59 |
AF347015.27 | -0.61 | -0.59 |
MT-ATP8 | -0.61 | -0.63 |
AF347015.26 | -0.60 | -0.59 |
MT-CO2 | -0.60 | -0.54 |
AF347015.33 | -0.59 | -0.56 |
第三节。基因本体论注释
分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
---|---|---|---|---|
去:0003700 | 转录因子活性 | IEA | - | |
去:0003705 | RNA聚合酶II转录因子活性,增强子结合 | IEA | - | |
去:0008270 | 锌离子结合 | IEA | - | |
GO:0016566 | 特定的转录阻遏活性 | IEA | - | |
GO:0042803 | 蛋白质同构化活性 | IEA | - | |
GO:0046872 | 金属离子结合 | IEA | - | |
GO:0046982 | 蛋白质异二聚化活性 | IEA | - | |
GO:0043565 | 序列特异性DNA结合 | IEA | - | |
生物过程 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
去:0007519 | 骨骼肌发育 | IEA | 神经元(GO期限:8) | - |
GO:0000122 | RNA聚合酶II启动子的转录负调控 | IEA | - | |
去:0002639 | 免疫球蛋白产生的阳性调节 | IEA | - | |
去:0002053 | 间充质细胞增殖的阳性调节 | IEA | - | |
去:0002329 | 前B细胞分化 | IEA | - | |
去:0055007 | 心肌细胞分化 | IEA | - | |
去:0006355 | 调节转录,DNA依赖性的调节 | IEA | - | |
去:0009790 | 胚胎发展 | IEA | - | |
去:0007507 | 心脏发展 | IEA | - | |
GO:0016481 | 转录的负调节 | IEA | - | |
GO:0033152 | 免疫球蛋白V(D)J重组 | IEA | - | |
GO:0030324 | 肺发展 | IEA | - | |
GO:0048745 | 平滑肌发育 | IEA | - | |
去:0050679 | 上皮细胞增殖的阳性调节 | IEA | - | |
细胞分量 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
去:0005622 | 细胞内 | IEA | - | |
去:0005634 | 核 | IEA | - | |
去:0005730 | 核仁 | 艾达 | 18029348 |
V.途径注释
路径名 | 路径大小 | #szgr 2.0基因 | 信息 |
---|---|---|---|
Piccaluga血管免疫细胞淋巴瘤DN | 136 | 86 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Rodrigues DCC目标DN | 121 | 84 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
多德鼻咽癌 | 1821年 | 933 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
甲状腺癌的Rodrigues分化不佳的DN | 805 | 505 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
甲状腺癌变性DN | 537 | 339 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Gozgit ESR1靶向DN | 781 | 465 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Chiaradonna肿瘤转化KRAS CDC25 DN | 51 | 35 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
chiaradonna肿瘤转化Kras DN | 142 | 95 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Markey RB1慢性洛夫 | 115 | 78 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
阿霉素DN的Graessmann凋亡 | 1781年 | 1082 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Graessmann对MC和阿霉素DN的反应 | 770 | 415 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
McBryan Pubertal TGFB1靶向 | 169 | 127 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Martoriati MDM4靶向胎儿肝DN | 514 | 319 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Schaeffer前列腺开发48小时DN | 428 | 306 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Koyama Sema3b靶向DN | 411 | 249 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Benporath SOX2目标 | 734 | 436 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Stark前额叶皮层22Q11删除 | 195 | 138 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
McClung Creb1靶向DN | 57 | 39 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
汉·詹克(Han Jnk)唱歌 | 35 | 21 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
XU GH1自分泌目标DN | 142 | 94 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
safford t淋巴细胞厌食 | 87 | 54 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Creighton内分泌疗法抗性5 | 482 | 296 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Zheng由Foxp3绑定 | 491 | 310 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Zheng Foxp3 t淋巴细胞DN中的靶标 | 37 | 29 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
促进耐受巨噬细胞DN | 409 | 268 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
马丁内斯RB1靶向 | 673 | 430 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Martinez TP53目标DN | 593 | 372 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Martinez RB1和TP53靶向DN | 591 | 366 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
肝癌DN中的阿塞维多甲基化 | 940 | 425 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
4EBP1和4EBP2的COLINA目标 | 356 | 214 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
陈代谢综合征网络 | 1210 | 725 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Mikkelsen去分化状态DN | 7 | 7 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
MARSON FOXP3目标DN | 54 | 38 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Asgharzadeh神经母细胞瘤生存率差DN | 46 | 30 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
黄成人组织茎模块 | 721 | 492 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
YAO对孕酮簇0的时间反应0 | 76 | 54 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Pilon KLF1靶向DN | 1972年 | 1213 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
pasini suz12靶向DN | 315 | 215 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Lee BMP2目标 | 745 | 475 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Gobert少突胶质细胞分化DN | 1080 | 713 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
wakabayashi脂肪形成PPARG绑定8D | 658 | 397 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
前列腺癌模型中的Acevedo FGFR1靶标 | 289 | 184 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
林乳腺干细胞向上 | 489 | 314 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Zwang EGF持续DN | 61 | 36 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
第六节。microRNA注释
mirna家族 | 目标位置 | mirna id | mirna seq | ||
---|---|---|---|---|---|
UTR开始 | UTR结束 | 匹配方法 | |||
mir-1/206 | 773 | 779 | 1a | HSA-MIR-1 | Uggaauguaaagaaguaugua |
HSA-MIR-206SZ | Uggaauguaaggaagugugugg | ||||
HSA-MIR-613 | aggaauguucuuugcc | ||||
HSA-MIR-1 | Uggaauguaaagaaguaugua | ||||
HSA-MIR-206SZ | Uggaauguaaggaagugugugg | ||||
HSA-MIR-613 | aggaauguucuuugcc | ||||
HSA-MIR-1 | Uggaauguaaagaaguaugua | ||||
HSA-MIR-206SZ | Uggaauguaaggaagugugugg | ||||
HSA-MIR-613 | aggaauguucuuugcc | ||||
mir-132/212 | 2697 | 2703 | 1a | HSA-MIR-212SZ | uaacagucuccagucacgccc |
HSA-MIR-132脑 | uaacagucuacccaugggg | ||||
mir-139 | 2808 | 2814 | M8 | HSA-MIR-139脑 | ucuacagugcacgugucu |
mir-141/200a | 282 | 288 | M8 | HSA-MIR-141 | uaacacugucugugugugugaugg |
HSA-MIR-200A | uaacacugucuguguguguaaacgaugu | ||||
mir-150 | 172 | 178 | M8 | HSA-MIR-150 | ucucccaacccuuguaccagug |
mir-181 | 705 | 711 | M8 | HSA-MIR-181A脑 | aacauucaacgcugucggugagu |
HSA-MIR-181BSZ | aacauucauugcugucggggg | ||||
HSA-MIR-181C脑 | aacauucaaccugucggugagu | ||||
HSA-MIR-181D脑 | aacauucauuguugucggggguggguu | ||||
mir-183 | 153 | 159 | M8 | HSA-MIR-183 | uauggcacugguagaauucacug |
mir-19 | 439 | 446 | 1A,M8 | HSA-MIR-19A | ugugcaaauaugauaugaaaacuga |
HSA-MIR-19B | ugugcaaauccaugcaaaacuga | ||||
mir-191 | 823 | 829 | M8 | HSA-MIR-191脑 | caacggaaucccaaaagcagcu |
mir-22 | 2523 | 2529 | M8 | HSA-MIR-22脑 | Aagcugccaguugaagaacugu |
mir-221/222 | 2810 | 2816 | 1a | HSA-MIR-221脑 | agcuacauugucugugggggguc |
HSA-MIR-222脑 | agcuacaucuggcuacugggucuc | ||||
mir-30-3p | 2886 | 2893 | 1A,M8 | HSA-MIR-30A-3P | cuuucagucggauguugcagc |
HSA-MIR-30E-3P | cuuucagucggauguauacagc | ||||
mir-324-3p | 71 | 77 | 1a | HSA-MIR-324-3P | ccacugccccaggugcugcugg |
mir-329 | 540 | 546 | 1a | HSA-MIR-329脑 | aacacaccugguaaccucuuu |
mir-33 | 1356 | 1362 | 1a | HSA-MIR-33 | Gugcauuguuguugcauug |
HSA-MIR-33B | Gugcauugcuguugcauugca | ||||
mir-34/449 | 465 | 471 | M8 | HSA-MIR-34A脑 | uggcaguguuaguguguuuu |
HSA-MIR-34C | Aggcaguguaguagcugauugc | ||||
HSA-MIR-449 | uggcaguguauuguagcuggu | ||||
HSA-MIR-449B | Aggcaguguauuguuagcuggc | ||||
HSA-MIR-34A脑 | uggcaguguuaguguguuuu | ||||
HSA-MIR-34C | Aggcaguguaguagcugauugc | ||||
HSA-MIR-449 | uggcaguguauuguagcuggu | ||||
HSA-MIR-449B | Aggcaguguauuguuagcuggc | ||||
mir-34b | 466 | 472 | M8 | HSA-MIR-34B | uaggcagugucauagcugauug |
HSA-MIR-34B | uaggcagugucauagcugauug | ||||
mir-369-3p | 725 | 731 | 1a | HSA-MIR-369-3P | aauauacaugguugaucuuu |
mir-374 | 725 | 731 | M8 | HSA-MIR-374 | uuauaauacaAccugauaagug |
mir-409-3p | 819 | 825 | M8 | HSA-MIR-409-3P | cgauauguugcucggugaaccccu |
mir-543 | 706 | 713 | 1A,M8 | HSA-MIR-543 | aaacauucgcggugcacuucu |
mir-9 | 1730年 | 1737年 | 1A,M8 | HSA-MIR-9SZ | ucuuuguuaucuagcuguauga |
HSA-MIR-9SZ | ucuuuguuaucuagcuguauga |