基因页：Gli2

Summary？
基因ID 2736
Symbol Gli2
同义词 cjs | hpe9 | phs2 | thp1 | thp2
描述 GLI家庭锌指2
参考 MIM:165230|HGNC：HGNC：4318|Ensembl:ENSG00000074047|HPRD：01312|Vega：Otthumg00000153741
基因类型 蛋白质编码
地图位置 2Q14
Pascal P值 0.314
胎儿β 1.634
DMG 2（＃研究）
支持 CompositeSet

基因in Data Sources
基因集名称 基因组方法 描述 信息
CV:GWASdb 全基因组关联研究 精神分裂症的GWASDB记录
简历：PGCNP 全基因组协会研究 GWAS
DMG：JAFFE_2016 全基因组DNA甲基化分析 该数据集包括与SZ患者相关的2,104个探针/CPG（n = 108），而在Bonferroni调整后的P <0.05时，其中136个对照。 3
DMG：Wockner_2014 全基因组DNA甲基化分析 该数据集包括4641个差异甲基化探针，对应于精神分裂症患者（n = 24）和对照组（n = 24）之间的2929个独特基因。 3
DNM:Fromer_2014 整个外显子组测序分析 这项研究报道了WES对623个精神分裂症三重奏的研究，该研究使用基因组DNA报告了DNM。
PMID：cooccur 高通量文献搜索 PubMed中的系统搜索与SCZ关键字共发生的基因。总共包括3027个基因。
GSMA_I Genome scan meta-analysis Psr: 0.023
GSMA_IIA 基因组扫描荟萃分析（所有样品） PSR：0.00755
Literature 高通量文献搜索 Co-occurance with Schizophrenia keywords: schizophrenia,schizophrenias 点击显示详细信息
go_annotation 将与神经相关的关键字映射到基因本体论注释 Hits with neuro-related keywords: 7

Section I. Genetics and epigenetics annotation

@DNM表

基因 染色体 位置 参考 一个lt 成绩单 AA更改 突变类型 Sift CG46 特征 学习
Gli2 CHR2 121554927 G 一个 NM_005270 p.11E>K missense Schizophrenia DNM:Fromer_2014

@差异甲基化基因

探测 染色体 位置 最近的基因 p（dis） beta（dis） fdr（dis） 学习
ch.2.121457425R 2 121740955 Gli2 3.12e-5 -0.685 0.019 DMG：Wockner_2014
CG21759953 2 121748257 Gli2 5.31E-4 0.366 0.048 DMG：Wockner_2014
CG03575764 2 121493832 Gli2 2.92E-8 -0.01 9E-6 DMG：JAFFE_2016


第二节。转录组注释

一般基因表达（GTEX）

无法使用

Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）

Footnote:
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。

时间变化的基因表达（brainspan）

Footnote:
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。

No co-expressed genes in brain regions


第三节。基因本体论注释

Molecular function 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
去：0003700 转录factor activity 艾达 15994174
去：0008270 锌离子结合 艾达 8378770
GO：0016563 转录激活剂活性 艾达 15175043
GO：0046872 金属离子结合 IEA -
GO：0043565 序列特异性DNA结合 艾达 9557682|15175043
Biological process 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
去：0007411 轴突指导 ISS axon (GO term level: 13) -
GO：0048666 神经元发展 ISS 神经元（GO期限：9） -
GO:0021965 脊髓腹侧连合形形态发生 ISS 神经元，轴突（GO术语级别：15） -
GO:0030902 hindbrain development ISS 大脑（GO期限：8） -
GO:0021517 腹侧脊髓发育 ISS 神经元（GO期限：8） -
GO:0021508 地板构成 ISS 神经元，神经胶质（GO期限：10） -
GO：0021775 腹侧脊髓间神经元规范涉及的平滑信号通路 ISS neuron (GO term level: 12) -
GO:0000122 RNA聚合酶II启动子的转录负调控 IMP 15994174
去：0001501 骨骼系统开发 ISS -
去：0001822 肾脏发展 ISS -
去：0002076 osteoblast development ISS -
GO:0006355 调节转录，DNA依赖性的调节 IEA -
GO:0006350 转录 IEA -
去：0009954 近端/远端模式形成 ISS -
GO:0007224 平滑的信号通路 艾达 15994174
去：0008283 细胞增殖 艾达 15994174
去：0007507 心脏发展 ISS -
GO:0007442 后肠形态发生 ISS -
去：0007389 模式规范过程 ISS -
GO：0042475 含牙齿的牙齿的牙生成 ISS -
GO:0021983 垂体发育 ISS -
GO：0048754 管的分支形态发生 ISS -
去:0030879 mammary gland development ISS -
GO:0030324 肺发展 ISS -
GO：0035295 管发展 ISS -
GO:0030903 notochord development ISS -
GO:0021513 脊髓背或腹侧图案 ISS -
GO：0021696 小脑皮层形态发生 ISS -
GO：0045740 是e regulation of DNA replication 艾达 12165851
GO：0045944 RNA聚合酶II启动子的转录阳性调节 艾达 12165851|15994174
GO：0048566 胚胎肠发展 ISS -
GO：0048589 发展增长 ISS -
细胞分量 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
去：0005622 细胞内 IEA -
去：0005634 核 IEA -

Section V. Pathway annotation

路径名 路径大小 ＃szgr 2.0基因 信息
KEGG HEDGEHOG SIGNALING PATHWAY 56 42 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
癌症中的KEGG途径 328 259 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
KEGG BASAL CELL CARCINOMA 55 44 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
Biocarta SHH途径 16 15 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
PID刺猬2 Pathway 22 17 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
PID刺猬Gli途径 48 35 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
Basaki YBX1靶向 290 177 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
Senese HDAC1靶向DN 260 143 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
SENESE HDAC1 AND HDAC2 TARGETS DN 232 139 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
Kim WT1靶向12小时 162 116 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
阿霉素DN的Graessmann凋亡 1781 1082 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
SNIJDERS AMPLIFIED IN HEAD AND NECK TUMORS 37 27 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
SHIN B CELL LYMPHOMA CLUSTER 7 27 22 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
LEE TARGETS OF PTCH1 AND SUFU UP 53 37 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
阿尔茨海默氏症疾病初期 390 242 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
阿尔茨海默氏症疾病 1691 1088 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
Browne HCMV感染6小时DN 160 101 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
肝癌DN中的阿塞维多甲基化 940 425 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
PODAR RESPONSE TO ADAPHOSTIN DN 18 16 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
Yauch刺猬信号传导旁分泌 149 85 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
Meissner Brain HCP带有H3K4ME3和H3K27ME3 1069 729 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
Valk AML群集2 29 14 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
Verhaak胶质母细胞瘤经典 162 122 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
寄养KDM1A靶向DN 211 119 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway

第六节。microRNA注释

miRNA family 目标位置 miRNA ID mirna seq
UTR开始 UTR结束 匹配方法
mir-182 1410 1417 1A，M8 HSA-MIR-182 UUUGGCAAUGGUAGAACUCACA
mir-30-5p 953 959 M8 hsa-miR-30a-5p uguaaaacauccuccugagaag
HSA-MIR-30C脑 UGUAAACAUCCUACACUCUCAGC
HSA-MIR-30DSZ UGUAAACAUCCCCGACUGGAAG
HSA-MIR-30BSZ uguaaacauccuaccucucagcu
HSA-MIR-30E-5P UGUAAACAUCCUUGACUGGA
hsa-miR-30a-5p uguaaaacauccuccugagaag
HSA-MIR-30C脑 UGUAAACAUCCUACACUCUCAGC
HSA-MIR-30DSZ UGUAAACAUCCCCGACUGGAAG
HSA-MIR-30BSZ uguaaacauccuaccucucagcu
HSA-MIR-30E-5P UGUAAACAUCCUUGACUGGA