基因页：Gli3
概括？
| 基因 | 2737 |
| 象征 | Gli3 |
| 同义词 | ACLS | GCPS | Gli3-190 | Gli3fl | Pap-a | Papa | Papa1 | Papb | PHS | PPDIV |
| 描述 | GLI家庭锌指3 |
| 参考 | MIM：165240|HGNC：HGNC：4319|ENSEMBL：ENSG00000106571|HPRD：01313|Vega：Otthumg00000023630 |
| 基因类型 | 蛋白质编码 |
| 地图位置 | 7p13 |
| Pascal P值 | 0.053 |
| Sherlock P值 | 0.414 |
| TADA P值 | 0.028 |
| 胎儿β | 3.141 |
| 主持人 | 迈尔斯的顺式和跨性别 |
| 支持 | COMPOSITESET |
数据源中的基因
| 基因集名称 | 基因组方法 | 描述 | 信息 |
|---|---|---|---|
| CV：GWASDB | 全基因组关联研究 | 精神分裂症的GWASDB记录 | |
| 简历：PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
| DNM：Fromer_2014 | 整个外显子组测序分析 | 这项研究报道了WES对623个精神分裂症三重奏的研究，该研究使用基因组DNA报告了DNM。 | |
| go_annotation | 将与神经相关的关键字映射到基因本体论注释 | 与神经相关关键字的命中：6 |
第一节遗传学和表观遗传学注释
DNM表
DNM表| 基因 | 染色体 | 位置 | 参考 | alt | 成绩单 | AA更改 | 突变类型 | 筛 | CG46 | 特征 | 学习 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| Gli3 | CHR7 | 42079692 | G | 一个 | NM_000168 | p.325r> c | 错过 | 精神分裂症 | DNM：Fromer_2014 |
EQTL注释
| SNP ID | 染色体 | 位置 | 主持人 | Gene Entrez ID | PVALUE | QVALUE | TSS距离 | EQTL类型 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| RS846300 | CHR7 | 42055260 | Gli3 | 2737 | 0.06 | 顺式 | ||
| RS17301762 | CHR1 | 180794652 | Gli3 | 2737 | 0.07 | 反式 | ||
| RS17302102 | CHR1 | 180866344 | Gli3 | 2737 | 0.07 | 反式 | ||
| RS17801458 | CHR2 | 142468471 | Gli3 | 2737 | 0.02 | 反式 | ||
| RS16870771 | CHR4 | 21307780 | Gli3 | 2737 | 0.05 | 反式 | ||
| RS6879593 | CHR5 | 75253310 | Gli3 | 2737 | 0.03 | 反式 | ||
| RS17061935 | CHR6 | 101873751 | Gli3 | 2737 | 0.06 | 反式 | ||
| RS2225177 | Chr10 | 108777243 | Gli3 | 2737 | 0.14 | 反式 | ||
| RS1111195 | CHR16 | 51416325 | Gli3 | 2737 | 0.15 | 反式 | ||
| RS9944345 | CHR16 | 51419164 | Gli3 | 2737 | 0.15 | 反式 | ||
| RS16981461 | CHR20 | 56490699 | Gli3 | 2737 | 0.13 | 反式 | ||
| RS3099706 | 0 | Gli3 | 2737 | 0.16 | 反式 |
第二节。转录组注释
一般基因表达（GTEX）
Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）
脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。
时间变化的基因表达（brainspan）
脚注：
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。
大脑区域没有共表达基因
第三节。基因本体论注释
| 分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|
| 去：0003682 | 染色质结合 | IEA | - | |
| 去：0003700 | 转录因子活性 | 塔斯 | 9054938|10077605 | |
| 去：0005515 | 蛋白质结合 | IPI | 10564661|10806483|11238441 |
|
| 去：0008270 | 锌离子结合 | IEA | - | |
| GO：0046872 | 金属离子结合 | IEA | - | |
| GO：0043565 | 序列特异性DNA结合 | IEA | - | |
| 生物过程 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| GO：0048663 | 神经元的命运承诺 | IEA | 神经元（GO期限：9） | - |
| GO：0021631 | 视神经形态发生 | IEA | 大脑（GO期限：9） | - |
| 去：0030900 | 前脑发展 | IEA | 大脑（GO期限：8） | - |
| GO：0021915 | 神经管发育 | IEA | 大脑（GO期限：7） | - |
| GO：0021776 | 脊髓运动神经元细胞命运规格中涉及的平滑信号通路 | IEA | 神经元（GO期限：12） | - |
| GO：0021775 | 腹侧脊髓间神经元规范涉及的平滑信号通路 | IEA | 神经元（GO期限：12） | - |
| 去：0000060 | 蛋白质进口到核，易位 | 塔斯 | 10077605 | |
| 去：0001658 | 输尿管芽分支 | IEA | - | |
| 去：0001656 | Metanephros开发 | IEA | - | |
| 去：0006355 | 调节转录，DNA依赖性的调节 | IEA | - | |
| 去：0009954 | 近端/远端模式形成 | IEA | - | |
| 去：0007224 | 平滑的信号通路 | IEA | - | |
| 去：0009952 | 前/后模式形成 | IEA | - | |
| 去：0007165 | 信号转导 | 塔斯 | 10077605 | |
| 去：0008285 | 细胞增殖的阴性调节 | IEA | - | |
| 去：0007507 | 心脏发展 | IEA | - | |
| 去：0007442 | 后肠形态发生 | IEA | - | |
| 去：0007389 | 模式规范过程 | IEA | - | |
| GO：0016481 | 转录的负调节 | IEA | - | |
| GO：0042475 | 含牙齿的牙齿的牙生成 | IEA | - | |
| GO：0030879 | 乳腺发育 | IEA | - | |
| 去：0030326 | 胚胎肢体发生 | IEA | - | |
| GO：0030324 | 肺发展 | IEA | - | |
| GO：0035295 | 管发展 | IEA | - | |
| GO：0021513 | 脊髓背或腹侧图案 | IEA | - | |
| GO：0045596 | 细胞分化的负调控 | IEA | - | |
| GO：0048558 | 胚胎肠道形态发生 | IEA | - | |
| GO：0048589 | 发展增长 | IEA | - | |
| GO：0048593 | 摄像机型眼形形态发生 | IEA | - | |
| GO：0048598 | 胚胎形态发生 | IEA | - | |
| GO：0048646 | 解剖结构形成 | IEA | - | |
| 细胞分量 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| 去：0005622 | 细胞内 | IEA | - | |
| 去：0005634 | 核 | 塔斯 | 10077605 | |
| 去：0005730 | 核仁 | 艾达 | 18029348 | |
| 去：0005737 | 细胞质 | 塔斯 | 10077605 | |
| GO：0017053 | 转录阻遏物复合物 | IEA | - |
第四节。蛋白质蛋白相互作用注释
| 互动者 | 别名b | 官方全名b | 实验 | 资源 | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|---|
| 克雷布 | CBP |kat3a |RST | CREB结合蛋白 | 亲和力捕获 - 韦斯特恩 重构的复合物 |
Biogrid | 10075717 |
| Smad1 | BSP1 |JV4-1 |JV41 |madh1 |MADR1 | SMAD家庭成员1 | - | HPRD | 9843199 |
| Smad2 | JV18 |JV18-1 |madh2 |Madr2 |MGC22139 |MGC34440 |HMAD-2 |HSMAD2 | SMAD家庭成员2 | - | HPRD | 9843199 |
| Smad3 | DKFZP586N0721 |DKFZP686J10186 |HSPC193 |HST17436 |JV15-2 |madh3 |MGC60396 | SMAD家庭成员3 | - | HPRD | 9843199 |
| Smad4 | DPC4 |jip |madh4 | SMAD家庭成员4 | - | HPRD | 9843199 |
| STK36 | DKFZP434N0223 |fu |KIAA1278 | 丝氨酸/苏氨酸激酶36，融合同源物（果蝇） | - | HPRD，Biogrid | 10806483 |
| 苏富 | Pro1280 |Sufuh |sufuxl | 融合同源物（果蝇）的抑制剂 | - | HPRD，Biogrid | 10564661 |
| Twist1 | ACS3 |bpes2 |bpes3 |SCS |扭曲|BHLHA38 | 扭曲同源1（果蝇） | - | HPRD | 12142027 |
| ZIC1 | zic |ZNF201 | ZIC家族成员1（果蝇奇异同源物） | - | HPRD，Biogrid | 11238441 |
| ZIC2 | HPE5 | ZIC家族成员2（果蝇奇异同源物） | 亲和力捕获 - 韦斯特恩 重构的复合物 |
Biogrid | 11238441 |
| ZIC3 | htx |HTX1 |ZNF203 | ZIC家族成员3（果蝇奇怪同源物） | 重构的复合物 | Biogrid | 11238441 |
V.途径注释
| 路径名 | 路径大小 | ＃szgr 2.0基因 | 信息 |
|---|---|---|---|
| kegg刺猬信号通路 | 56 | 42 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 癌症中的KEGG途径 | 328 | 259 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| KEGG基底细胞癌 | 55 | 44 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Biocarta SHH途径 | 16 | 15 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| PID刺猬Gli途径 | 48 | 35 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Wamunyokoli卵巢癌LMP DN | 199 | 124 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Lindgren膀胱癌簇3 DN | 229 | 142 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Ouellet培养的卵巢癌侵入性与LMP DN | 35 | 20 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Martoriati MDM4靶向胎儿肝DN | 514 | 319 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Nuytten Nipp1靶向DN | 848 | 527 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Lee老化新皮层DN | 80 | 49 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Kayo卡路里限制肌肉DN | 87 | 59 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 由组蛋白乙酰化调节的玛丽亚达森 | 83 | 49 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Browne HCMV感染18小时DN | 178 | 121 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| CUI TCF21目标2向上 | 428 | 266 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Browne HCMV感染12小时DN | 101 | 64 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 道格拉斯BMI1靶向 | 566 | 371 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 中村转移模型DN | 43 | 28 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Vantveer乳腺癌ESR1 UP | 167 | 99 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Vantveer乳腺癌BRCA1 DN | 44 | 28 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 李·威尔姆斯肿瘤 | 27 | 12 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Meissner Brain HCP带有H3K4ME3和H3K27ME3 | 1069 | 729 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 钱德兰转移DN | 306 | 191 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| pasini suz12靶向DN | 315 | 215 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
第六节。microRNA注释
| mirna家族 | 目标位置 | mirna id | mirna seq | ||
|---|---|---|---|---|---|
| UTR开始 | UTR结束 | 匹配方法 | |||
| mir-124.1 | 2859 | 2865 | M8 | HSA-MIR-124A | UUAAGGCACGCGGUGAAUGCCA |
| mir-124/506 | 2858 | 2865 | 1A，M8 | HSA-MIR-506 | uaaggcacccuucugugaguaga |
| HSA-MIR-124脑 | UAAGGCACGCGGUGAAUGCC | ||||
| mir-143 | 107 | 114 | 1A，M8 | HSA-MIR-143脑 | ugagaugaagcacuguagcuca |
| MiR-200BC/429 | 217 | 223 | M8 | HSA-MIR-200B | uaauacugccugguaaugaugac |
| HSA-MIR-200C | uaauacugccggguaaugaugg | ||||
| HSA-MIR-429 | uaauacuguguguguguguaaaaaccgu | ||||
| mir-203.1 | 201 | 207 | 1a | HSA-MIR-203 | ugaaauguuuaggaccacuag |
| mir-24 | 2826 | 2832 | 1a | HSA-MIR-24SZ | uggcucucagagcaggaagag |
| mir-494 | 3333 | 3339 | M8 | HSA-MIR-494脑 | ugaaacauacgggaaaccucuu |
| mir-496 | 3149 | 3156 | 1A，M8 | HSA-MIR-496 | Auuacauggccaaucuc |
| mir-7 | 195 | 202 | 1A，M8 | HSA-MIR-7SZ | Uggaagacuaguuuuuguug |