基因页:Glrb
概括?
基因 | 2743 |
象征 | Glrb |
同义词 | hkpx2 |
描述 | 甘氨酸受体β |
参考 | MIM:138492|HGNC:HGNC:4329|ENSEMBL:ENSG00000109738|HPRD:11751|Vega:Otthumg00000161954 |
基因类型 | 蛋白质编码 |
地图位置 | 4Q31.3 |
Pascal P值 | 0.328 |
Sherlock P值 | 0.959 |
胎儿β | -1.865 |
DMG | 1(#研究) |
数据源中的基因
基因集名称 | 基因组方法 | 描述 | 信息 |
---|---|---|---|
简历:PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
DMG:Wockner_2014 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括4641个差异甲基化探针,对应于精神分裂症患者(n = 24)和对照组(n = 24)之间的2929个独特基因。 | 1 |
go_annotation | 将与神经相关的关键字映射到基因本体论注释 | 与神经相关关键字的命中:5 |
第一节遗传学和表观遗传学注释
差异甲基化基因
探测 | 染色体 | 位置 | 最近的基因 | p(dis) | beta(dis) | fdr(dis) | 学习 |
---|---|---|---|---|---|---|---|
CG10120856 | 4 | 157996959 | Glrb | 2.863E-4 | 0.382 | 0.039 | DMG:Wockner_2014 |
第二节。转录组注释
一般基因表达(GTEX)
![无法使用](http://www.tjghsg.com/bioinfo/SZGR/GeneImg/GLRB_DE_GTEx.png)
Devlopment期间的基因表达(BrainCloud)
脚注:
总共绘制了269个时间点,n = 38个胎儿样品(x = 1:38)。每个三角形代表一个时间点。
时间变化的基因表达(brainspan)
脚注:
SC:亚皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶皮层
ST1:胎儿(13-26个概念后周),ST2:婴儿早期至童年(4个月至11年)和ST3:青春期至成年期(13-23年)
所示的栏表示表达分布的较低25%和上层25%。
大脑区域的顶级共表达基因
前10个积极共表达的基因 | ||
基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
TPP1 | 0.90 | 0.93 |
C5orf4 | 0.88 | 0.87 |
CDH20 | 0.87 | 0.86 |
IGSF11 | 0.86 | 0.86 |
galntl2 | 0.86 | 0.82 |
GPRC5B | 0.85 | 0.83 |
PADI2 | 0.85 | 0.84 |
WIPF1 | 0.85 | 0.90 |
KCNJ10 | 0.85 | 0.90 |
ATP10B | 0.85 | 0.83 |
前10个负共表达基因 | ||
基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
NR2C2AP | -0.57 | -0.59 |
AIM2 | -0.56 | -0.62 |
KIAA1949 | -0.54 | -0.45 |
STMN1 | -0.53 | -0.51 |
Med19 | -0.53 | -0.56 |
ZNF300 | -0.53 | -0.43 |
tubb2b | -0.53 | -0.50 |
RBMX2 | -0.53 | -0.61 |
CCDC28B | -0.53 | -0.60 |
ZNF821 | -0.52 | -0.45 |
第三节。基因本体论注释
分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
---|---|---|---|---|
去:0030594 | 神经递质受体活性 | IEA | 神经递质(GO期限:5) | - |
去:0005515 | 蛋白质结合 | IPI | 11929858|15215304 | |
去:0005216 | 离子通道活动 | IEA | - | |
去:0005230 | 细胞外配体门控离子通道活性 | IEA | - | |
GO:0016934 | 细胞外基因门控氯化物通道活性 | 艾达 | 8717357 | |
GO:0016594 | 甘氨酸结合 | 小鬼 | 15748848 | |
GO:0031404 | 氯离子结合 | IEA | - | |
生物过程 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
去:0007268 | 突触传输 | 小鬼 | 神经元,突触,神经递质(GO期限:6) | 11929858 |
去:0007218 | 神经肽信号通路 | 艾达 | 神经递质(GO期限:8) | 8717357 |
去:0007399 | 神经系统的发展 | 小鬼 | 神经突(GO期限:5) | 11929858 |
去:0001964 | 惊吓反应 | 小鬼 | 11929858 | |
去:0006821 | 氯化物运输 | IEA | - | |
去:0006811 | 离子运输 | 艾达 | 8717357 | |
细胞分量 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
GO:0045211 | 突触后膜 | IEA | 突触,神经递质(GO期限:5) | - |
GO:0045202 | 突触 | IEA | 神经元,突触,神经递质,神经胶质(GO期限:2) | - |
去:0005886 | 质膜 | IEA | - | |
去:0005887 | 质膜的积分 | nas | 8717357 | |
GO:0030054 | 细胞连接 | IEA | - |
V.途径注释
路径名 | 路径大小 | #szgr 2.0基因 | 信息 |
---|---|---|---|
KEGG神经活性配体受体相互作用 | 272 | 195 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
小分子的反应组跨膜转运 | 413 | 270 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Reactome离子通道传输 | 55 | 42 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Reactome配体门控离子通道传输 | 21 | 21 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Kim WT1靶向DN | 459 | 276 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
甲状腺癌 | 443 | 294 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Dacosta UV响应通过ERCC3 DN | 855 | 609 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Dacosta UV响应通过ERCC3公共DN | 483 | 336 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Nuytten Nipp1靶向 | 769 | 437 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Onder CDH1目标2向上 | 256 | 159 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Frasor对雌二醇的反应 | 37 | 28 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
阿尔茨海默氏病dn | 1237 | 837 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
CUI TCF21目标2向上 | 428 | 266 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
tseng irs1靶向 | 113 | 71 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Tseng成脂潜力 | 30 | 19 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Bild E2F3致癌特征 | 246 | 153 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Acevedo肝癌,H3K27me3 UP | 295 | 149 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
肝脏DN中的Smid乳腺癌复发 | 10 | 9 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
SMID乳腺癌腔内B | 172 | 109 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Smid乳腺癌基础DN | 701 | 446 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
张乳腺癌祖细胞 | 425 | 253 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Yagi AML与11q23重新排列 | 351 | 238 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
YAO对孕酮簇0的时间反应0 | 76 | 54 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Kim所有疾病少突胶质细胞编号corr up | 756 | 494 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
金双相情感障碍少突胶质细胞密度相关 | 682 | 440 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Kim所有疾病Calb1 Corr Up | 548 | 370 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Gobert少突胶质细胞分化DN | 1080 | 713 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Pedrioli mir31靶向DN | 418 | 245 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
前列腺癌模型DN中的Acevedo FGFR1靶标 | 308 | 187 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
第六节。microRNA注释
mirna家族 | 目标位置 | mirna id | mirna seq | ||
---|---|---|---|---|---|
UTR开始 | UTR结束 | 匹配方法 | |||
mir-124.1 | 797 | 804 | 1A,M8 | HSA-MIR-124A | UUAAGGCACGCGGUGAAUGCCA |
mir-135 | 404 | 410 | M8 | HSA-MIR-135A | Uauggcuuuuuuuuccuauga |
HSA-MIR-135B | Uauggcuuuucauuccuaugug | ||||
mir-18 | 139 | 146 | 1A,M8 | HSA-MIR-18A | uaagguggaugugcagaua |
HSA-MIR-18B | uaaggugcaucuagugcagua | ||||
mir-203.1 | 33 | 39 | 1a | HSA-MIR-203 | ugaaauguuuaggaccacuag |
mir-369-3p | 435 | 441 | M8 | HSA-MIR-369-3P | aauauacaugguugaucuuu |