Gene Page:GNB1

概括?
GeneID 2782
Symbol GNB1
Synonyms -
描述 G蛋白亚基β1
参考 MIM:139380|HGNC:HGNC:4396|Ensembl:ENSG00000078369|HPRD：00766|Vega:OTTHUMG00000000940
Gene type protein-coding
Map location 1p36.33
Pascal p-value 0.24
Sherlock P值 0.926
Fetal beta 0.503
DMG 2 (# studies)
Support canabinoid
DOPAMINE
G-PROTEIN RELAY
代谢性谷氨酸受体
SEROTONIN
G2Cdb.human_BAYES-COLLINS-HUMAN-PSD-CONSENSUS
G2Cdb.human_BAYES-COLLINS-HUMAN-PSD-FULL
G2Cdb.human_BAYES-COLLINS-MOUSE-PSD-CONSENSUS
G2Cdb.human_clathrin
G2Cdb.human_Synaptosome
G2Cdb.humanNRC
G2Cdb.humanPSD
G2Cdb.humanPSP
COMPOSITESET
Darnell FMRP targets

数据源中的基因
Gene set name Method of gene set 描述 Info
CV:PGCnp Genome-wide Association Study GWAS
DMG:Jaffe_2016 Genome-wide DNA methylation analysis This dataset includes 2,104 probes/CpGs associated with SZ patients (n=108) compared to 136 controls at Bonferroni-adjusted P < 0.05. 2
DMG:Wockner_2014 Genome-wide DNA methylation analysis This dataset includes 4641 differentially methylated probes corresponding to 2929 unique genes between schizophrenia patients (n=24) and controls (n=24). 2
Network 人蛋白蛋白质相互作用网络中核心基因的最短路径距离 Contribution to shortest path in PPI network: 0.0114

第一节遗传学和表观遗传学注释

@Differentially methylated gene

Probe Chromosome Position Nearest gene P (dis) beta（dis） FDR (dis) Study
cg11228874 1 1813727 GNB1 1.926E-4 0.194 0.035 DMG:Wockner_2014
cg18854735 1 1822972 GNB1 1.33e-8 -0.014 5.27E-6 DMG:Jaffe_2016


Section II. Transcriptome annotation

General gene expression (GTEx)

Not available

Gene expression during devlopment (BrainCloud)

脚注：
A total of 269 time points ploted, with n=38 fetal samples (x=1:38). Each triangle represents one time point.

Gene expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

Top co-expressed genes in brain regions

Top 10 positively co-expressed genes
Gene Pearson's Correlation Spearman's Correlation
FNDC3A 0.90 0.91
C6orf89 0.88 0.90
SEC23IP 0.87 0.88
KIAA0090 0.87 0.89
CASC4 0.87 0.88
杯 0.87 0.88
LRBA 0.86 0.88
USP38 0.86 0.86
ube4a 0.86 0.91
FAF2 0.86 0.87
Top 10 negatively co-expressed genes
Gene Pearson's Correlation Spearman's Correlation
AF347015.21 -0.65 -0.65
MT-CO2 -0.62 -0.63
AF347015.31 -0.61 -0.61
AF347015.8 -0.59 -0.60
FXYD1 -0.59 -0.57
AC098691.2 -0.58 -0.62
higd1b -0.58 -0.58
AF347015.33 -0.57 -0.56
C1orf54 -0.57 -0.62
MT-CYB -0.56 -0.56

Section III. Gene Ontology annotation

Molecular function GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
去：0004871 signal transducer activity IEA -
GO:0003924 GTPase活性 塔斯 3095147
Biological process GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0007200 G-protein signaling, coupled to IP3 second messenger (phospholipase C activating) IEA -
GO:0007265 Ras protein signal transduction 塔斯 8717044
GO:0007213 acetylcholine receptor signaling, muscarinic pathway 塔斯 8717044
GO:0007165 signal transduction 塔斯 7649993|8717044
去：0008283 细胞增殖 IEA -
GO:0009755 hormone-mediated signaling EXP 12626323
GO:0050909 sensory perception of taste IEA -
细胞分量 GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
去：0005834 heterotrimeric G-protein complex IEA -

第四节。蛋白质蛋白相互作用注释

Interactors Aliases B Official full name B Experimental 资源 PubMed ID
Arhgef18 KIAA0521 | MGC15913 rho/rac guanine nucleotide exchange factor (GEF) 18 - HPRD，Biogrid 14512443
cacna1a APCA | CACNL1A4 | CAV2.1 | EA2 | FHM | HPCA | MHP | MHP1 | SCA6 calcium channel, voltage-dependent, P/Q type, alpha 1A subunit An unspecified isoform of Cav2.1 interacts with G-beta-1. This interaction was modeled on a demonstrated interaction between Cav2.1 and G-beta-1, both from unspecified species. BIND 15953418
cacna1b BIII | CACNL1A5 | CACNN | Cav2.2 calcium channel, voltage-dependent, N type, alpha 1B subunit CAV2.2与G-Beta-1相互作用。这种相互作用是基于未指定物种的人类cav2.2和g-beta-1之间的相互作用进行建模的。 BIND 15953418
cacna1c CACH2 | CACN2 | CACNL1A1 | CCHL1A1 | CaV1.2 | MGC120730 | TS calcium channel, voltage-dependent, L type, alpha 1C subunit Cav1.2 interacts with G-beta-1. This interaction was modeled on a demonstrated interaction between Cav1.2 and G-beta-1, both from unspecified species. BIND 15953418
DNAJC25 bA16L21.2.1 DnaJ (Hsp40) homolog, subfamily C , member 25 - HPRD 7665596
gnas AHO | C20orf45 | GNAS1 | GPSA | GSA | GSP | MGC33735 | PHP1A | PHP1B | POH | dJ309F20.1.1 | dJ806M20.3.3 gnascomplex locus G-Beta-1与G-Alpha-S相互作用。 BIND 15782186
gnas AHO | C20orf45 | GNAS1 | GPSA | GSA | GSP | MGC33735 | PHP1A | PHP1B | POH | dJ309F20.1.1 | dJ806M20.3.3 gnascomplex locus - HPRD 11294873
GNB2L1 Gnb2-rs1 | H12.3 | HLC-7 | PIG21 | RACK1 guanine nucleotide binding protein (G protein), beta polypeptide 2-like 1 - HPRD 12359736
GNG10 - guanine nucleotide binding protein (G protein), gamma 10 Reconstituted Complex BioGRID 7665596
GNG11 GNGT11 guanine nucleotide binding protein (G protein), gamma 11 - HPRD，Biogrid 7665596
GNG13 G（伽马）13 |H2-35 guanine nucleotide binding protein (G protein), gamma 13 - HPRD，Biogrid 10570481
GNG2 - guanine nucleotide binding protein (G protein), gamma 2 G-beta-1 interacts with G-gamma-2. BIND 15782186
GNG2 - guanine nucleotide binding protein (G protein), gamma 2 GNG2(G-gamma-2) interacts with GNB1 (G-beta-1). BIND 15889144
GNG2 - guanine nucleotide binding protein (G protein), gamma 2 - HPRD 11294873
GNG3 - guanine nucleotide binding protein (G protein), gamma 3 - HPRD 11294873
GNG4 DKFZP547K1018 |FLJ23803 |FLJ34187 guanine nucleotide binding protein (G protein), gamma 4 - HPRD，Biogrid 7665596
GNG7 FLJ00058 guanine nucleotide binding protein (G protein), gamma 7 - HPRD，Biogrid 8308009
KCNJ3 GIRK1 | KGA | KIR3.1 potassium inwardly-rectifying channel, subfamily J, member 3 Reconstituted Complex BioGRID 12743112
PDCL DKFZp564M1863 | PhLP phosducin-like PhLP (PDCL) interacts with GNB1 (G-beta-1). BIND 15889144


V.途径注释

Pathway name Pathway size ＃szgr 2.0基因 Info
KEGG CHEMOKINE SIGNALING PATHWAY 190 128 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KEGG TASTE TRANSDUCTION 52 28 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BIOCARTA CSK PATHWAY 24 20 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BIOCARTA SPPA PATHWAY 22 18 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BIOCARTA AGPCR PATHWAY 13 12 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BIOCARTA BIOPEPTIDES PATHWAY 45 35 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BIOCARTA CCR3 PATHWAY 23 21 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Biocarta GCR途径 22 17 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BIOCARTA CXCR4 PATHWAY 24 22 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BIOCARTA ERK PATHWAY 28 22 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Biocarta FMLP途径 39 29 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BIOCARTA MPR PATHWAY 34 28 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BIOCARTA EDG1 PATHWAY 27 24 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BIOCARTA MYOSIN PATHWAY 31 22 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BIOCARTA BARR MAPK PATHWAY 12 11 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BIOCARTA BARRESTIN SRC PATHWAY 15 14 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BIOCARTA GPCR PATHWAY 37 31 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BIOCARTA BARRESTIN PATHWAY 10 8 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BIOCARTA PAR1 PATHWAY 37 28 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID溶物磷脂途径 66 53 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID HDAC CLASSII PATHWAY 34 27 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID ER NONGENOMIC PATHWAY 41 35 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID TXA2 Pathway 57 43 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID CXCR4途径 102 78 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID THROMBIN PAR4 PATHWAY 15 11 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID Rhodopsin途径 24 10 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID IL8 CXCR2途径 34 26 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID AR NONGENOMIC PATHWAY 31 27 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID刺猬Gli途径 48 35 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID CXCR3途径 43 34 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID THROMBIN PAR1 PATHWAY 43 32 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID IL8 CXCR1 PATHWAY 28 19 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME GASTRIN CREB SIGNALLING PATHWAY VIA PKC AND MAPK 205 136 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME TRANSMISSION ACROSS CHEMICAL SYNAPSES 186 155 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME NEURONAL SYSTEM 279 221 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GPCR的反应组信号传导 920 449 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME INTEGRATION OF ENERGY METABOLISM 120 84 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME OPIOID SIGNALLING 78 56 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME NEUROTRANSMITTER RECEPTOR BINDING AND DOWNSTREAM TRANSMISSION IN THE POSTSYNAPTIC CELL 137 110 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME G PROTEIN ACTIVATION 27 15 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME OLFACTORY SIGNALING PATHWAY 328 60 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME TRANSMEMBRANE TRANSPORT OF SMALL MOLECULES 413 270 该途径中的所有SZGR 2.0基因
代谢调节中的反应组胰高血糖素信号传导 34 23 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME REGULATION OF INSULIN SECRETION BY GLUCAGON LIKE PEPTIDE1 43 28 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME G ALPHA Q SIGNALLING EVENTS 184 116 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME REGULATION OF INSULIN SECRETION 93 65 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME INHIBITION OF INSULIN SECRETION BY ADRENALINE NORADRENALINE 25 15 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome B类2 Secralin家族受体 88 58 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME GLUCAGON TYPE LIGAND RECEPTORS 33 22 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME G ALPHA1213 SIGNALLING EVENTS 74 56 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME ADP SIGNALLING THROUGH P2RY1 25 16 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome G Beta伽马通过PLC Beta发出信号 20 12 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome GPCR下游信号传导 805 368 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME G ALPHA I SIGNALLING EVENTS 195 114 该途径中的所有SZGR 2.0基因
通过PI3KGAMMA REACTOME Gβ射线信号 25 15 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME G ALPHA S SIGNALLING EVENTS 121 82 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME G ALPHA Z SIGNALLING EVENTS 44 29 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME G PROTEIN BETA GAMMA SIGNALLING 28 18 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME SIGNAL AMPLIFICATION 31 19 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME THROMBOXANE SIGNALLING THROUGH TP RECEPTOR 23 14 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME ADP SIGNALLING THROUGH P2RY12 21 10 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME ACTIVATION OF KAINATE RECEPTORS UPON GLUTAMATE BINDING 31 23 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME GPCR LIGAND BINDING 408 246 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME THROMBIN SIGNALLING THROUGH PROTEINASE ACTIVATED RECEPTORS PARS 32 20 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome血小板稳态 78 49 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME AQUAPORIN MEDIATED TRANSPORT 51 34 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME PROSTACYCLIN SIGNALLING THROUGH PROSTACYCLIN RECEPTOR 19 11 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME REGULATION OF WATER BALANCE BY RENAL AQUAPORINS 44 30 该途径中的所有SZGR 2.0基因
通过GBETA伽马亚基对电压门控Ca2通道的反应组抑制 25 17 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME GABA B RECEPTOR ACTIVATION 38 26 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME GABA RECEPTOR ACTIVATION 52 40 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME HEMOSTASIS 466 331 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME POTASSIUM CHANNELS 98 68 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME INWARDLY RECTIFYING K CHANNELS 31 20 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME PLATELET ACTIVATION SIGNALING AND AGGREGATION 208 138 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Onken紫菜叶黑色素瘤DN 526 357 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DAVICIONI MOLECULAR ARMS VS ERMS UP 332 228 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GARY CD5 TARGETS UP 473 314 该途径中的所有SZGR 2.0基因
奥斯曼膀胱癌 404 246 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HAHTOLA MYCOSIS FUNGOIDES SKIN UP 177 113 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GRAESSMANN APOPTOSIS BY DOXORUBICIN DN 1781年 1082 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LASTOWSKA NEUROBLASTOMA COPY NUMBER DN 800 473 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Martoriati MDM4靶向胎儿肝 227 137 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SPIELMAN LYMPHOBLAST EUROPEAN VS ASIAN DN 584 395 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LOPEZ MBD TARGETS 957 597 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BENPORATH CYCLING GENES 648 385 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BYSTRYKH HEMATOPOIESIS STEM CELL QTL CIS 128 77 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHESLER BRAIN QTL CIS 75 51 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BYSTRYKH造血干细胞和大脑QTL CIS 65 38 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NING CHRONIC OBSTRUCTIVE PULMONARY DISEASE DN 121 79 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHESLER BRAIN HIGHEST GENETIC VARIANCE 37 21 该途径中的所有SZGR 2.0基因
切斯勒大脑最高表达 40 29 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TARTE PLASMA CELL VS PLASMABLAST DN 309 206 该途径中的所有SZGR 2.0基因
IGLESIAS E2F TARGETS UP 151 103 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WEIGEL OXIDATIVE STRESS BY HNE AND H2O2 39 29 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BLALOCK ALZHEIMERS DISEASE DN 1237 837 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Ramalho Stemness 206 118 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CUI TCF21 TARGETS 2 DN 830 547 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KAYO AGING MUSCLE DN 123 76 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BURTON ADIPOGENESIS 8 86 57 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MCCLUNG CREB1 TARGETS UP 100 72 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WELCSH BRCA1 TARGETS UP 198 132 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BLALOCK ALZHEIMERS DISEASE INCIPIENT DN 165 106 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KEEN RESPONSE TO ROSIGLITAZONE DN 106 68 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MITSIADES RESPONSE TO APLIDIN DN 249 165 该途径中的所有SZGR 2.0基因
IZADPANAH STEM CELL ADIPOSE VS BONE UP 126 92 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WANG TUMOR INVASIVENESS DN 210 128 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TOOKER GEMCITABINE RESISTANCE DN 122 84 该途径中的所有SZGR 2.0基因
YOSHIMURA MAPK8 TARGETS DN 366 257 该途径中的所有SZGR 2.0基因
陈代谢综合征网络 1210 725 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HSIAO HOUSEKEEPING GENES 389 245 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MILI PSEUDOPODIA CHEMOTAXIS DN 457 302 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Boyault肝癌子类G3 UP 188 121 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FOURNIER ACINAR DEVELOPMENT LATE 2 277 172 该途径中的所有SZGR 2.0基因
YAO TEMPORAL RESPONSE TO PROGESTERONE CLUSTER 7 76 46 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BAUS TFF2 TARGETS UP 32 22 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SASSON RESPONSE TO GONADOTROPHINS UP 91 59 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Sasson对Forskolin DN的反应 88 68 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WHITFIELD CELL CYCLE M G1 148 95 该途径中的所有SZGR 2.0基因
STAMBOLSKY RESPONSE TO VITAMIN D3 UP 84 48 该途径中的所有SZGR 2.0基因
金双相情感障碍少突胶质细胞密度相关 682 440 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KIM ALL DISORDERS CALB1 CORR UP 548 370 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHICAS RB1 TARGETS SENESCENT 572 352 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PLASARI TGFB1 SIGNALING VIA NFIC 1HR DN 106 77 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FORTSCHEGGER PHF8 TARGETS DN 784 464 该途径中的所有SZGR 2.0基因

Section VI. microRNA annotation

miRNA family Target position mirna id miRNA seq
UTR start UTR end Match method
miR-1/206 38 44 1A hsa-miR-1 Uggaauguaaagaaguaugua
HSA-MIR-206SZ UGGAAUGUAAGGAAGUGUGUGG
hsa-miR-613 AGGAAUGUUCCUUCUUUGCC
miR-101 1735 1741年 m8 HSA-MIR-101 UACAGUACUGUGAUAACUGAAG
miR-132/212 1737 1743年 1A HSA-MIR-212SZ uaacagucuccagucacgccc
hsa-miR-132脑 uaacagucuacccaugggg
mir-139 1049 1055 1A hsa-miR-139脑 UCUACAGUGCACGUGUCU
hsa-miR-139脑 UCUACAGUGCACGUGUCU
mir-145 28 34 1A hsa-miR-145 GUCCAGUUUUCCCAGGAAUCCCUU
miR-183 1013 1019 1A hsa-miR-183 UAUGGCACUGGUAGAAUUCACUG
miR-186 1242 1248 1A hsa-miR-186 CAAAGAAUUCUCCUUUUGGGCUU
hsa-miR-186 CAAAGAAUUCUCCUUUUGGGCUU
miR-218 670 676 m8 HSA-MIR-218脑 uugugcuugaucuaaccaugu
HSA-MIR-218脑 uugugcuugaucuaaccaugu
miR-324-5p 1707 1713 1A HSA-MIR-324-5p CGCAUCCCCUAGGGCAUUGGUGU
miR-485-3p 931 938 1A,m8 HSA-MIR-485-3P GUCAUACACGGCUCUCCUCUCU
mir-493-5p 942 949 1A,m8 hsa-miR-493-5p UUGUACAUGGUAGGCUUUCAUU
mir-542-3p 605 611 1A hsa-miR-542-3p ugugacauugauaacugaaa