Gene Page:GNB2

Summary？
基因 2783
象征 GNB2
Synonyms -
Description G protein subunit beta 2
参考erence MIM：139390|HGNC:HGNC:4398|ENSEMBL：ENSG00000172354|HPRD:11820|Vega:OTTHUMG00000137419
基因类型 蛋白质编码
Map location 7q22
Pascal p-value 4.787E-4
Sherlock p-value 0.078
TADA p-value 0.011
胎儿β 0.294
DMG 4 (# studies)
主持人 Myers' cis & trans
元
Support C一个NABINOID
多巴胺
G蛋白继电器
METABOTROPIC GLUTAMATE RECEPTOR
5-羟色胺
G2Cdb.human_BAYES-COLLINS-HUMAN-PSD-CONSENSUS
G2CDB.HUMAN_BAYES-COLLINS-HUMAN-PSD-FULL
G2CDB.HUMAN_BAYES-COLLINS-MOUSE-PSD-CONSUS
G2CDB.HUMAN_CLATHRIN
g2cdb.human_synaptosom
G2CDB.HUMANNRC
G2Cdb.humanPSD
G2Cdb.humanPSP
CompositeSet

Gene in Data Sources
基因集名称 Method of gene set Description 信息
CV:PGCnp Genome-wide Association Study GWAS
DMG：JAFFE_2016 全基因组DNA甲基化分析 This dataset includes 2,104 probes/CpGs associated with SZ patients (n=108) compared to 136 controls at Bonferroni-adjusted P < 0.05. 5
DMG：Nishioka_2013 全基因组DNA甲基化分析 作者研究了来自18例第一期精神分裂症（FESZ）和15个正常对照的18例外周血细胞中DNA的甲基化谱。 5
DMG:vanEijk_2014 全基因组DNA甲基化分析 该数据集包括432个差异甲基化的CpG位点，对应于精神分裂症患者（n = 260）和未受影响的对照（n = 250）之间的391个独特的转录本。 5
DMG：Wockner_2014 全基因组DNA甲基化分析 该数据集包括4641个差异甲基化探针，对应于精神分裂症患者（n = 24）和对照组（n = 24）之间的2929个独特基因。 5
DNM:Fromer_2014 Whole Exome Sequencing analysis 这项研究报道了WES对623个精神分裂症三重奏的研究，该研究使用基因组DNA报告了DNM。

Section I. Genetics and epigenetics annotation

@DNM表

Gene 染色体 位置 参考 alt 成绩单 一个一个change Mutation type 筛 CG46 特征 学习
GNB2 CHR7 100276061 一个 C NM_005273 p.247D>A missense Schizophrenia DNM:Fromer_2014

@Differentially methylated gene

Probe 染色体 位置 Nearest gene p（dis） Beta (dis) fdr（dis） 学习
CG01399255 7 100271274 GNB2 1.602E-4 -0.244 0.032 DMG：Wockner_2014
cg11223864 7 100271323 GNB2 -0.04 0.3 DMG：Nishioka_2013
cg11223864 7 100271323 GNB2 1.85e-8 -0.01 6.6e-6 DMG：JAFFE_2016
cg13650156 7 99970502 GNB2 1.49E-5 -4.307 DMG:vanEijk_2014
CG01274660 7 100465625 GNB2 6.497E-4 -4.343 DMG:vanEijk_2014

@eQTL annotation

SNP ID 染色体 位置 主持人 Gene Entrez ID pvalue QVALUE TSS距离 EQTL类型
rs9993882 CHR4 183824780 GNB2 2783 0.11 反式
rs10016530 CHR4 183824983 GNB2 2783 0.11 反式

第二节。转录组注释

一般基因表达（GTEX）

Not available

Gene expression during devlopment (BrainCloud)

Footnote:
一个total of 269 time points ploted, with n=38 fetal samples (x=1:38). Each triangle represents one time point.

时间变化的基因表达（brainspan）

Footnote:
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。

大脑区域的顶级共表达基因

Top 10 positively co-expressed genes
Gene Pearson's Correlation Spearman's Correlation
NSUN2 0.89 0.90
ZC3H7A 0.88 0.87
ZC3H11A 0.87 0.90
INTS3 0.87 0.88
夹子1 0.87 0.88
Ino80 0.87 0.89
USP48 0.86 0.88
CCDC93 0.86 0.90
BRWD2 0.86 0.87
VPS54 0.86 0.89
Top 10 negatively co-expressed genes
Gene Pearson's Correlation Spearman's Correlation
AF347015.31 -0.72 -0.74
AF347015.21 -0.70 -0.76
MT-CO2 -0.70 -0.72
AF347015.27 -0.68 -0.69
IFI27 -0.68 -0.68
HIGD1B -0.67 -0.70
AF347015.8 -0.66 -0.69
mt-cyb -0.66 -0.67
AF347015.33 -0.64 -0.64
FXYD1 -0.63 -0.64

第三节。基因本体论注释

分子功能 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
GO:0004871 信号传感器活性 IEA -
GO:0003924 GTPase activity TAS 2902634
生物过程 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
GO:0007186 G蛋白偶联受体蛋白信号通路 TAS 7649993
GO:0007165 信号转导 IEA -
去：0009755 激素介导的信号传导 经验 12626323

Section IV. Protein-protein interaction annotation

互动者 别名b 官方全名b 实验 Source PubMed ID
CAPNS1 30K | CALPAIN4 | CANP | CANPS | CAPN4 | CDPS calpain,小亚基1 Two-hybrid Biogrid 16169070
DNAJC25 BA16L21.2.1 DnaJ (Hsp40) homolog, subfamily C , member 25 - HPRD 7665596
Fanca fa |FA-H |FA1 |FAA |FACA |法|Fanch |MGC75158 Fanconi贫血，互补小组A Two-hybrid Biogrid 14499622
GNG10 - 鸟嘌呤核苷酸结合蛋白（G蛋白），伽马10 重构的复合物 Biogrid 7665596
GNG12 FLJ31352 |FLJ34695 鸟嘌呤核苷酸结合蛋白（G蛋白），伽马12 - HPRD 10409705
GNG13 G(gamma)13 | h2-35 鸟嘌呤核苷酸结合蛋白（G蛋白），伽马13 - HPRD 11675383
GNG4 DKFZp547K1018 | FLJ23803 | FLJ34187 鸟嘌呤nucleotide binding protein (G protein), gamma 4 - HPRD 7665596
GNG7 FLJ00058 鸟嘌呤nucleotide binding protein (G protein), gamma 7 - HPRD,BioGRID 8308009
MAP3K3 MAPKKK3 |mekk3 有丝分裂原激活的蛋白激酶激酶激酶3 - HPRD 14743216
PCBP1 hnrpe1 |HNRPX |HNRNP-E1 |HNRNP-X 聚（RC）结合蛋白1 - HPRD 11591653
RAF1 克拉夫|NS5 |RAF-1 |C-Raf v-raf-1 murine leukemia viral oncogene homolog 1 亲和力捕获 - 韦斯特恩 Biogrid 7782277


Section V. Pathway annotation

路径名 路径大小 # SZGR 2.0 genes in pathway 信息
KEGG趋化因子信号传导途径 190 128 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
Reactome胃胃CREB信号传导途径通过PKC和MAPK 205 136 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
REACTOME TRANSMISSION ACROSS CHEMICAL SYNAPSES 186 155 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
REACTOME NEURONAL SYSTEM 279 221 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
REACTOME SIGNALING BY GPCR 920 449 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
能量代谢的反应组整合 120 84 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
Reactome阿片类药物信号传导 78 56 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
反应组神经递质受体结合和突触后细胞中的下游传播 137 110 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
Reactome G蛋白激活 27 15 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
小分子的反应组跨膜转运 413 270 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
REACTOME GLUCAGON SIGNALING IN METABOLIC REGULATION 34 23 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
胰像肽等胰高血糖素分泌的反应组调节胰岛素分泌1 43 28 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
Reactome G alpha Q信号事件 184 116 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
REACTOME REGULATION OF INSULIN SECRETION 93 65 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
反应组抑制肾上腺素去肾上腺素的胰岛素分泌 25 15 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
REACTOME CLASS B 2 SECRETIN FAMILY RECEPTORS 88 58 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
反应组胰高血糖素型配体受体 33 22 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
REACTOME G ALPHA1213 SIGNALLING EVENTS 74 56 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
Reactome ADP通过P2RY1信号传导 25 16 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
REACTOME G BETA GAMMA SIGNALLING THROUGH PLC BETA 20 12 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
REACTOME GPCR DOWNSTREAM SIGNALING 805 368 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
REACTOME G ALPHA I SIGNALLING EVENTS 195 114 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
Reactome G Beta伽马通过PI3KGAMMA发出信号 25 15 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
Reactome G alpha的信号事件 121 82 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
Reactome G alpha z信号事件 44 29 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
Reactome G蛋白β伽马信号传导 28 18 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
Reactome信号扩增 31 19 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
通过TP受体的Reactome血栓烷信号传导 23 14 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
Reactome ADP信号通过P2RY12 21 10 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
谷氨酸结合上海藻酸盐受体的反应组激活 31 23 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
Reactome GPCR配体结合 408 246 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
REACTOME THROMBIN SIGNALLING THROUGH PROTEINASE ACTIVATED RECEPTORS PARS 32 20 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
REACTOME PLATELET HOMEOSTASIS 78 49 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
REACTOME AQUAPORIN MEDIATED TRANSPORT 51 34 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
REACTOME PROSTACYCLIN SIGNALLING THROUGH PROSTACYCLIN RECEPTOR 19 11 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
肾水通道蛋白对水平衡的反应组调节 44 30 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
REACTOME INHIBITION OF VOLTAGE GATED CA2 CHANNELS VIA GBETA GAMMA SUBUNITS 25 17 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
Reactome GABA B受体激活 38 26 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
REACTOME GABA RECEPTOR ACTIVATION 52 40 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
REACTOME HEMOSTASIS 466 331 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
REACTOME POTASSIUM CHANNELS 98 68 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
REACTOME INWARDLY RECTIFYING K CHANNELS 31 20 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
Reactome血小板激活信号传导和聚集 208 138 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
Gary CD5目标 473 314 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
迪亚兹慢性巨态性白血病 1382 904 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
ENK UV RESPONSE KERATINOCYTE UP 530 342 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
Schlosser血清反应 134 93 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
DAIRKEE TERT TARGETS UP 380 213 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
LOCKWOOD AMPLIFIED IN LUNG CANCER 214 139 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
MATSUDA NATURAL KILLER DIFFERENTIATION 475 313 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
THEILGAARD NEUTROPHIL AT SKIN WOUND DN 225 163 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
HNE和H2O2的Weigel氧化应激 39 29 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
李小脑老化 84 58 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
JAZAERI BREAST CANCER BRCA1 VS BRCA2 UP 49 28 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
ZAMORA NOS2 TARGETS DN 96 71 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
级结肠癌 871 505 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
一个GUIRRE PANCREATIC CANCER COPY NUMBER UP 298 174 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
由PML Rara Fusion绑定的Martens 456 287 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway
SMIRNOV RESPONSE TO IR 6HR UP 166 97 一个ll SZGR 2.0 genes in this pathway

第六节。microRNA注释

mirna家族 Target position miRNA ID mirna seq
UTR开始 UTR结束 匹配方法
miR-128 159 165 M8 hsa-miR-128a ucacagugaaccggucuuuu
hsa-miR-128b ucacagugaaccggucuuc
miR-142-3p 50 57 1A，M8 hsa-miR-142-3p UGUAGUGUUUCCUACUUUAUGGA
mir-331 281 287 M8 hsa-miR-331brain GCCCCUGGGCCUAUCCUAGAA
mir-369-3p 322 328 1A hsa-miR-369-3p 一个一个UAAUACAUGGUUGAUCUUU
miR-374 322 328 M8 HSA-MIR-374 uuauaauacaAccugauaagug
miR-490 133 139 M8 HSA-MIR-490 caaccuggaggacuaugcugcug