基因页:commd5
概括?
基因 | 28991 |
象征 | commd5 |
同义词 | HCARG | HT002 |
描述 | 包含5的通信域 |
参考 | MIM:608216|HGNC:HGNC:17902|ENSEMBL:ENSG00000170619|HPRD:16301|Vega:Otthumg00000165251 |
基因类型 | 蛋白质编码 |
地图位置 | 8Q24.3 |
Pascal P值 | 0.041 |
Sherlock P值 | 0.413 |
胎儿β | -0.699 |
DMG | 2(#研究) |
主持人 | 小脑 迈尔斯的顺式和跨性别 |
数据源中的基因
基因集名称 | 基因组方法 | 描述 | 信息 |
---|---|---|---|
简历:PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
DMG:JAFFE_2016 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括与SZ患者相关的2,104个探针/CPG(n = 108),而在Bonferroni调整后的P <0.05时,其中136个对照。 | 2 |
DMG:Wockner_2014 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括4641个差异甲基化探针,对应于精神分裂症患者(n = 24)和对照组(n = 24)之间的2929个独特基因。 | 2 |
第一节遗传学和表观遗传学注释
差异甲基化基因
探测 | 染色体 | 位置 | 最近的基因 | p(dis) | beta(dis) | fdr(dis) | 学习 |
---|---|---|---|---|---|---|---|
CG10719100 | 8 | 146078187 | commd5 | 2.3e-5 | -0.25 | 0.017 | DMG:Wockner_2014 |
CG24648864 | 8 | 146078283 | commd5 | 3.72E-10 | -0.019 | 7.47E-7 | DMG:JAFFE_2016 |
EQTL注释
SNP ID | 染色体 | 位置 | 主持人 | Gene Entrez ID | PVALUE | QVALUE | TSS距离 | EQTL类型 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
RS16829545 | CHR2 | 151977407 | commd5 | 28991 | 4.229E-9 | 反式 | ||
RS7584986 | CHR2 | 184111432 | commd5 | 28991 | 0 | 反式 | ||
RS6797307 | CHR3 | 8601563 | commd5 | 28991 | 0.12 | 反式 | ||
RS17762315 | CHR5 | 76807576 | commd5 | 28991 | 0.01 | 反式 | ||
RS7787830 | CHR7 | 98797019 | commd5 | 28991 | 0.03 | 反式 | ||
RS11139334 | Chr9 | 84209393 | commd5 | 28991 | 0.06 | 反式 | ||
RS16955618 | CHR15 | 29937543 | commd5 | 28991 | 5.513E-13 | 反式 |
第二节。转录组注释
一般基因表达(GTEX)
![无法使用](http://www.tjghsg.com/bioinfo/SZGR/GeneImg/COMMD5_DE_GTEx.png)
Devlopment期间的基因表达(BrainCloud)
脚注:
总共绘制了269个时间点,n = 38个胎儿样品(x = 1:38)。每个三角形代表一个时间点。
时间变化的基因表达(brainspan)
脚注:
SC:亚皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶皮层
ST1:胎儿(13-26个概念后周),ST2:婴儿早期至童年(4个月至11年)和ST3:青春期至成年期(13-23年)
所示的栏表示表达分布的较低25%和上层25%。
大脑区域没有共表达基因
V.途径注释
路径名 | 路径大小 | #szgr 2.0基因 | 信息 |
---|---|---|---|
Gary CD5目标DN | 431 | 263 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
vecchi胃癌早期 | 430 | 232 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Nikolsky乳腺癌8Q23 Q24 AMPLICON | 157 | 87 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
伊万诺娃造血晚期祖先 | 544 | 307 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
张乳腺癌祖细胞DN | 145 | 93 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Johnstone Parvb目标2 DN | 336 | 211 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
wakabayashi脂肪形成PPARG绑定8D | 658 | 397 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |