基因页：MSH6

概括?
GeneID 2956
Symbol MSH6
同义词 GTBP|GTMBP|HNPCC5|HSAP|p160
描述 mutS homolog 6
参考 MIM:600678|HGNC：HGNC：7329|Ensembl:ENSG00000116062|HPRD：07202|
Gene type protein-coding
地图位置 2p16
Pascal P值 0.013
Sherlock P值 0.295
Fetal beta 1.657
DMG 1（＃研究）
eGene 迈尔斯的顺式和跨性别

数据源中的基因
Gene set name 基因组方法 描述 Info
简历：PGCNP 全基因组协会研究 GWAS
DMG:Nishioka_2013 Genome-wide DNA methylation analysis The authors investigated the methylation profiles of DNA in peripheral blood cells from 18 patients with first-episode schizophrenia (FESZ) and from 15 normal controls. 1
网络 人蛋白蛋白质相互作用网络中核心基因的最短路径距离 PPI网络中最短路径的贡献：0.0132

第一节遗传学和表观遗传学注释

@差异甲基化基因

探测 Chromosome Position 最近的基因 P (dis) beta（dis） FDR (dis) Study
CG07652213 2 48010362 MSH6 -0.03 0.25 DMG:Nishioka_2013

@EQTL注释

SNP ID Chromosome Position eGene Gene Entrez ID PVALUE qvalue TSS distance eQTL type
RS9555862 CHR13 87208015 MSH6 2956 0.19 trans

Section II. Transcriptome annotation

General gene expression (GTEx)

无法使用

Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）

脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。

Gene expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23岁）
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

大脑区域没有共表达基因


Section III. Gene Ontology annotation

Molecular function 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0000166 核苷酸结合 IEA -
GO:0000287 镁离子结合 艾达 16403449
去：0000400 four-way junction DNA binding 艾达 12034830
GO:0000701 嘌呤特异性不匹配碱基对DNA N-糖基酶活性 小鬼 11005803
GO:0003682 chromatin binding IEA -
GO:0003684 DNA结合受损 IEA -
GO:0005515 protein binding 新闻学会 14657349
GO:0005524 ATP结合 艾达 15105434
GO:0005524 ATP结合 IEA -
去:0016887 ATPase活性 艾达 16403449
GO：0032142 single guanine insertion binding 艾达 8942985
GO：0032143 single thymine insertion binding 艾达 8942985
GO:0030983 不匹配的DNA结合 IEA -
GO:0042803 protein homodimerization activity 艾达 8942985
GO:0032405 mutlalpha复合物结合 艾达 16403449
GO：0032139 二核苷酸插入或删除结合 小鬼 11005803
GO：0032137 guanine/thymine mispair binding 艾达 8942985|11809883
GO：0032137 guanine/thymine mispair binding IEA -
GO：0032357 氧化的嘌呤DNA结合 艾达 11756455|11801590
GO:0043531 ADP binding 艾达 15105434
Biological process 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
去：0006298 不匹配维修 艾达 10871409|11005803
去：0006298 不匹配维修 IEA -
去：0006298 不匹配维修 小鬼 8782829
GO:0008340 determination of adult life span IEA -
GO:0006284 base-excision repair 艾达 8942985
GO:0008630 DNA damage response, signal transduction resulting in induction of apoptosis IEA -
去：0009411 对紫外线的反应 IEA -
GO:0016446 免疫球蛋白基因的体细胞超数 IEA -
GO:0016447 somatic recombination of immunoglobulin gene segments IEA -
GO:0045910 negative regulation of DNA recombination IEA -
GO:0045190 同型切换 IEA -
细胞分量 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
去：0000790 核染色质 IEA -
GO:0005634 核 IEA -
去：0032301 MutSalpha complex 艾达 8942985
去：0032301 MutSalpha complex IEA -

第四节。蛋白质蛋白相互作用注释

Interactors Aliases B Official full name B Experimental 资源 PubMed ID
ATM AT1 |ata |ATC |ATD |ATDC |吃饭|DKFZP781A0353 |MGC74674 |Tel1 |Telo1 毛细血管炎突变 Co-purification BioGRID 10783165
BARD1 - BRCA1associated RING domain 1 Reconstituted Complex BioGRID 11498787
BLM BS | MGC126616 | MGC131618 | MGC131620 | RECQ2 | RECQL2 | RECQL3 Bloom syndrome Co-purification BioGRID 10783165
BRCA1 BRCAI | BRCC1 | IRIS | PSCP | RNF53 乳腺癌1，早发 BRCA1与MSH6合作。 BIND 10783165|11498787
BRCA1 BRCAI | BRCC1 | IRIS | PSCP | RNF53 乳腺癌1，早发 - HPRD，Biogrid 11498787
CASP4 冰（Rel）II |ICEREL-II |ICH-2 |mih1/tx |TX caspase 4, apoptosis-related cysteine peptidase 亲和力捕获ms BioGRID 17353931
MLH1 可口可乐2 |FCC2 |HNPCC |HNPCC2 |MGC5172 |HMLH1 MUTL同源物1，结肠癌，非型型2型（大肠杆菌） Co-purification BioGRID 10783165
mre11a atld |HNGS1 |mre11 |mre11b MRE11减数分裂重组11同源物A（S. cerevisiae） Co-purification BioGRID 10783165
MSH2 可口可乐|FCC1 |HNPCC |HNPCC1 |LCFS2 mutS homolog 2, colon cancer, nonpolyposis type 1 (E. coli) MSH2 interacts with MSH6. BIND 15753043
MSH2 可口可乐|FCC1 |HNPCC |HNPCC1 |LCFS2 mutS homolog 2, colon cancer, nonpolyposis type 1 (E. coli) MSH2 interacts with MSH6. BIND 9428522
MSH2 可口可乐|FCC1 |HNPCC |HNPCC1 |LCFS2 mutS homolog 2, colon cancer, nonpolyposis type 1 (E. coli) - HPRD，Biogrid 8942985|9774676
mutyh MGC4416 | MYH mutY homolog (E. coli) hMYH interacts with hMSH6. BIND 11801590
MYC bHLHe39 | c-Myc v-myc myelocytomatosis viral oncogene homolog (avian) 亲和力捕获ms BioGRID 17353931
NBN AT-V1 | AT-V2 | ATV | FLJ10155 | MGC87362 | NBS | NBS1 | P95 nibrin Co-purification BioGRID 10783165
PCNA MGC8367 proliferating cell nuclear antigen - HPRD 11005803|12171929
PCNA MGC8367 proliferating cell nuclear antigen 亲和力捕获ms
Affinity Capture-Western
远西方
Protein-peptide		 BioGRID 11005803|11274057
|12171929
PCNA MGC8367 proliferating cell nuclear antigen MSH6 is a PCNA-binding protein BIND 12171929
RAD50 rad50-2 |HRAD50 Rad50同源物（S. cerevisiae） Co-purification BioGRID 10783165
RFC1 A1 | MGC51786 | MHCBFB | PO-GA | RECC1 | RFC | RFC140 复制因子C（激活剂1）1，145KDA Co-purification BioGRID 10783165
SMC1A CDLS2 | DKFZp686L19178 | DXS423E | KIAA0178 | MGC138332 | SB1.8 | SMC1 | SMC1L1 | SMC1alpha | SMCB structural maintenance of chromosomes 1A Reconstituted Complex BioGRID 14657349


V.途径注释

Pathway name Pathway size ＃szgr 2.0基因 Info
KEGG MISMATCH REPAIR 23 14 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KEGG PATHWAYS IN CANCER 328 259 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KEGG COLORECTAL CANCER 62 47 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LIU SOX4 TARGETS DN 309 191 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DIAZ CHRONIC MEYLOGENOUS LEUKEMIA UP 1382 904 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Borczuk恶性间皮瘤 305 185 该途径中的所有SZGR 2.0基因
tien肠益生菌24小时 557 331 该途径中的所有SZGR 2.0基因
EWSR1 FLII融合的Kinsey目标 1278 748 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Kim WT1靶向 214 155 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DODD NASOPHARYNGEAL CARCINOMA DN 1375 806 该途径中的所有SZGR 2.0基因
罗德里格甲状腺癌的分化不佳 633 376 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RODRIGUES THYROID CARCINOMA ANAPLASTIC UP 722 443 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GRAESSMANN APOPTOSIS BY DOXORUBICIN UP 1142 669 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Graessmann对MC和阿霉素的反应 612 367 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MISSIAGLIA REGULATED BY METHYLATION DN 122 67 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Wakasugi有Znf143绑定位点 58 33 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DACOSTA UV RESPONSE VIA ERCC3 XPCS DN 88 71 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MATTIOLI MGUS VS PCL 116 62 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Schlosser血清反应DN 712 443 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Dacosta UV响应通过ERCC3 DN 855 609 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PUJANA BREAST CANCER LIT INT NETWORK 101 73 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PUJANA BRCA1 PCC NETWORK 1652 1023 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PUJANA ATM PCC NETWORK 1442 892 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PUJANA CHEK2 PCC NETWORK 779 480 该途径中的所有SZGR 2.0基因
考夫曼黑色素瘤复发 61 25 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RICKMAN TUMOR DIFFERENTIATED WELL VS POORLY UP 236 139 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BENPORATH ES 1 379 235 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GEORGES TARGETS OF MIR192 AND MIR215 893 528 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHANG RESPONSE TO IKK INHIBITOR AND TNF DN 103 64 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KAUFFMANN DNA REPAIR GENES 230 137 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Li Wilms肿瘤与胎儿肾脏1 DN 163 115 该途径中的所有SZGR 2.0基因
IVANOVA HEMATOPOIESIS STEM CELL LONG TERM 302 191 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Yamazaki TCEB3靶向DN 215 132 该途径中的所有SZGR 2.0基因
张对Cantharidin DN的反应 69 46 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DEBIASI APOPTOSIS BY REOVIRUS INFECTION DN 287 208 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DAZARD RESPONSE TO UV NHEK DN 318 220 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WANG CISPLATIN RESPONSE AND XPC UP 202 115 该途径中的所有SZGR 2.0基因
伯顿成年时期16小时 40 24 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KRIGE RESPONSE TO TOSEDOSTAT 6HR DN 911 527 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KRIGE RESPONSE TO TOSEDOSTAT 24HR DN 1011 592 该途径中的所有SZGR 2.0基因
结肠癌DN中甲基化的甲基化 28 26 该途径中的所有SZGR 2.0基因
由Foxp3绑定的Marson未刺激 1229 713 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARSON BOUND BY E2F4 UNSTIMULATED 728 415 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Stein Esrra目标DN 105 63 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ACEVEDO LIVER TUMOR VS NORMAL ADJACENT TISSUE UP 863 514 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MITSIADES RESPONSE TO APLIDIN DN 249 165 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SMID BREAST CANCER RELAPSE IN BONE DN 315 197 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SMID BREAST CANCER BASAL UP 648 398 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BLUM RESPONSE TO SALIRASIB DN 342 220 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MUELLER PLURINET 299 189 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GRESHOCK CANCER COPY NUMBER UP 323 240 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Lee Liver Cancer生存DN 175 103 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Shedden肺癌的生存率差A6 456 285 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHANG TLX TARGETS 60HR DN 277 166 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HOSHIDA LIVER CANCER SURVIVAL DN 113 76 该途径中的所有SZGR 2.0基因
YAGI AML WITH INV 16 TRANSLOCATION 422 277 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Stein Esrra目标 535 325 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KOBAYASHI EGFR SIGNALING 24HR DN 251 151 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Fournier腺泡开发2 277 172 该途径中的所有SZGR 2.0基因
开罗肝母细胞瘤上课 605 377 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WINNEPENNINCKX MELANOMA METASTASIS UP 162 86 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LI INDUCED T TO NATURAL KILLER DN 116 83 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHICAS RB1 TARGETS SENESCENT 572 352 该途径中的所有SZGR 2.0基因
国外RB1增长目标 243 155 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WANG RESPONSE TO GSK3 INHIBITOR SB216763 DN 374 217 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Pilon KLF1靶向DN 1972年 1213 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Johnstone Parvb目标3 DN 918 550 该途径中的所有SZGR 2.0基因
棕熊UVC响应中间 98 56 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LEE BMP2 TARGETS DN 882 538 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FEVR CTNNB1 TARGETS DN 553 343 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Gobert少突胶质细胞分化 570 339 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Plasari TGFB1目标10小时DN 244 157 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DELACROIX RAR BOUND ES 462 273 该途径中的所有SZGR 2.0基因
艾布拉姆森与艾尔互动 45 33 该途径中的所有SZGR 2.0基因

第六节。microRNA注释

miRNA family 目标位置 mirna id miRNA seq
UTR start UTR end Match method
mir-142-5p 74 80 m8 HSA-MIR-142-5P CAUAAAGUAGAAAGCACUAC