基因页：TLX3
概括？
| 基因 | 30012 |
| 象征 | TLX3 |
| 同义词 | HOX11L2 | RNX |
| 描述 | T细胞白血病HONEOBOX 3 |
| 参考 | MIM：604640|HGNC：HGNC：13532|ENSEMBL：ENSG00000164438|HPRD：06868|Vega：Otthumg00000163207 |
| 基因类型 | 蛋白质编码 |
| 地图位置 | 5Q35.1 |
| Pascal P值 | 0.134 |
| 胎儿β | 0.204 |
| DMG | 1（＃研究） |
数据源中的基因
| 基因集名称 | 基因组方法 | 描述 | 信息 |
|---|---|---|---|
| 简历：PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
| DMG：JAFFE_2016 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括与SZ患者相关的2,104个探针/CPG（n = 108），而在Bonferroni调整后的P <0.05时，其中136个对照。 | 1 |
| GSMA_IIA | 基因组扫描荟萃分析（所有样品） | PSR：0.0276 | |
| go_annotation | 将与神经相关的关键字映射到基因本体论注释 | 与神经相关关键字的命中：4 |
第一节遗传学和表观遗传学注释
差异甲基化基因
差异甲基化基因| 探测 | 染色体 | 位置 | 最近的基因 | p（dis） | beta（dis） | fdr（dis） | 学习 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| CG05787556 | 5 | 170735186 | TLX3 | 9.97e-9 | -0.02 | 4.35e-6 | DMG：JAFFE_2016 |
第二节。转录组注释
一般基因表达（GTEX）
Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）
脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。
时间变化的基因表达（brainspan）
脚注：
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。
大脑区域没有共表达基因
第三节。基因本体论注释
| 分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|
| 去：0003700 | 转录因子活性 | IEA | - | |
| 去：0005515 | 蛋白质结合 | IEA | - | |
| GO：0043565 | 序列特异性DNA结合 | IEA | - | |
| 生物过程 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| 去：0007417 | 中枢神经系统发展 | IEA | 大脑（GO期限：6） | - |
| 去：0001764 | 神经元迁移 | IEA | 神经元（GO期限：8） | - |
| GO：0048665 | 神经元命运规格 | IEA | 神经元（GO期限：10） | - |
| GO：0045665 | 神经元分化的负调节 | IEA | 神经元（GO期限：10） | - |
| 去：0006355 | 调节转录，DNA依赖性的调节 | IEA | - | |
| 去：0007585 | 呼吸气态交换 | IEA | - | |
| 去：0007275 | 多细胞生物发育 | IEA | - | |
| 细胞分量 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| 去：0005634 | 核 | IEA | - |
V.途径注释
| 路径名 | 路径大小 | ＃szgr 2.0基因 | 信息 |
|---|---|---|---|
| myllykangas放大热点27 | 15 | 8 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Benporath EED目标 | 1062 | 725 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 与H3K27me3的Benporath ES | 1118 | 744 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 格雷希克癌症复制号码 | 323 | 240 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Meissner Brain HCP带有H3K27Me3 | 269 | 159 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 具有H3K4ME2和H3K27ME3的Meissner NPC HCP | 349 | 234 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Mikkelsen NPC HCP带有H3K27ME3 | 341 | 243 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Mikkelsen MEF HCP带有H3K27ME3 | 590 | 403 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
第六节。microRNA注释
| mirna家族 | 目标位置 | mirna id | mirna seq | ||
|---|---|---|---|---|---|
| UTR开始 | UTR结束 | 匹配方法 | |||
| mir-186 | 355 | 361 | 1a | HSA-MIR-186 | caaagaauuuugggcuu |
| mir-191 | 483 | 489 | M8 | HSA-MIR-191脑 | caacggaaucccaaaagcagcu |
| mir-369-3p | 298 | 305 | 1A，M8 | HSA-MIR-369-3P | aauauacaugguugaucuuu |
| mir-374 | 299 | 305 | M8 | HSA-MIR-374 | uuauaauacaAccugauaagug |