Gene Page:Hist1h1c

概括?
GeneID 3006
Symbol Hist1h1c
Synonyms H1.2|H1C|H1F2|H1s-1
Description histone cluster 1, H1c
参考 MIM:142710|HGNC:HGNC:4716|Ensembl:ENSG00000187837|HPRD:07514|Vega:OTTHUMG00000016140
Gene type protein-coding
Map location 6p21.3
Pascal p-value 2.996E-11
Sherlock P值 0.383
Fetal beta 0.433
DMG 1（＃研究）
eGene Caudate basal ganglia
Nucleus accumbens basal ganglia
Putamen basal ganglia
迈尔斯的顺式和跨性别

数据源中的基因
Gene set name Method of gene set Description Info
CV:PGCnp Genome-wide Association Study GWAS
DMG:Jaffe_2016 Genome-wide DNA methylation analysis This dataset includes 2,104 probes/CpGs associated with SZ patients (n=108) compared to 136 controls at Bonferroni-adjusted P < 0.05. 1
GSMA_I 基因组扫描荟萃分析 PSR：0.033

第一节遗传学和表观遗传学注释

@Differentially methylated gene

Probe Chromosome Position Nearest gene P (dis) Beta (dis) FDR (dis) Study
cg05476231 6 26055835 Hist1h1c 2.28E-9 -0.016 1.74E-6 DMG:Jaffe_2016

@eQTL annotation

SNP ID Chromosome Position eGene Gene Entrez ID pvalue qvalue TSS distance eQTL type
rs7543090 chr1 32231154 Hist1h1c 3006 0.02 trans
rs6890893 chr5 23696678 Hist1h1c 3006 0.12 trans
rs11656351 chr17 9489574 Hist1h1c 3006 0.13 trans
rs4401650 6 26035208 Hist1h1c ENSG00000187837.2 3.47168E-6 0.01 21491 gtex_brain_putamen_basal
rs7760848 6 26047473 Hist1h1c ENSG00000187837.2 2.17906E-7 0.01 9226 gtex_brain_putamen_basal
rs1935235 6 26067782 Hist1h1c ENSG00000187837.2 3.05956E-6 0.01 -11083 gtex_brain_putamen_basal
rs198853 6 26104096 Hist1h1c ENSG00000187837.2 2.91522E-6 0.01 -47397 gtex_brain_putamen_basal

Section II. Transcriptome annotation

General gene expression (GTEx)

Not available

Gene expression during devlopment (BrainCloud)

脚注：
A total of 269 time points ploted, with n=38 fetal samples (x=1:38). Each triangle represents one time point.

Gene expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

大脑区域没有共表达基因


Section III. Gene Ontology annotation

Molecular function GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0003677 DNA binding NAS -
GO:0005515 protein binding IEA -
Biological process GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0006334 核小体组装 NAS -
GO:0016584 核小体positioning IEA -
Cellular component GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0000786 核小体 NAS -
GO:0005634 核 IEA -
GO:0005694 染色体 IEA -

V.途径注释

Pathway name Pathway size ＃szgr 2.0基因 Info
反应组凋亡INDUCED DNA FRAGMENTATION 13 10 该途径中的所有SZGR 2.0基因
反应组凋亡 148 94 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME APOPTOTIC EXECUTION PHASE 54 37 该途径中的所有SZGR 2.0基因
通过CD40 DN的Hollmann凋亡 267 178 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Onken紫菜叶黑色素瘤DN 526 357 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GAZDA DIAMOND BLACKFAN ANEMIA ERYTHROID DN 493 298 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHONG RESPONSE TO AZACITIDINE AND TSA UP 183 119 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DEURIG T细胞PROLYMPHOCYTIC白血病 368 234 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WANG LMO4 TARGETS DN 352 225 该途径中的所有SZGR 2.0基因
OSMAN BLADDER CANCER DN 406 230 该途径中的所有SZGR 2.0基因
UDAYAKUMAR MED1 TARGETS DN 240 171 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Graham CML静止与正常静止 87 45 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Graham CML静止与正常分裂 57 33 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Graham CML分裂与正常分裂 13 7 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GRAHAM CML DIVIDING VS NORMAL QUIESCENT UP 181 101 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HAHTOLA SEZARY SYNDROM UP 98 58 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LINDGREN BLADDER CANCER CLUSTER 3 UP 329 196 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARKEY RB1 ACUTE LOF UP 215 137 该途径中的所有SZGR 2.0基因
OLSSON E2F3 TARGETS DN 49 33 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GALLUZZI PERMEABILIZE MITOCHONDRIA 43 31 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MOHANKUMAR TLX1 TARGETS UP 414 287 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WIEMANN TELOMERE SHORTENING AND CHRONIC LIVER DAMAGE UP 8 5 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WANG RESPONSE TO BEXAROTENE DN 29 19 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SHETH LIVER CANCER VS TXNIP LOSS PAM2 153 102 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NUYTTEN NIPP1 TARGETS UP 769 437 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LOPEZ MBD TARGETS 957 597 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SCHAEFFER PROSTATE DEVELOPMENT 6HR DN 514 330 该途径中的所有SZGR 2.0基因
UEDA PERIFERAL CLOCK 169 111 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BYSTRYKH造血干细胞QTL Trans 882 572 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HESS TARGETS OF HOXA9 AND MEIS1 DN 77 48 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Zhan多发性骨髓瘤 64 46 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HADDAD B LYMPHOCYTE PROGENITOR 293 193 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NPM1的Verhaak AML突变 183 111 该途径中的所有SZGR 2.0基因
AFFAR YY1 TARGETS UP 214 133 该途径中的所有SZGR 2.0基因
IGLESIAS E2F TARGETS DN 16 11 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CUI TCF21 TARGETS 2 DN 830 547 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARTINEZ RESPONSE TO TRABECTEDIN UP 71 49 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KRASNOSELSKAYA ILF3 TARGETS UP 38 24 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BLALOCK ALZHEIMERS DISEASE UP 1691年 1088 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARIADASON REGULATED BY HISTONE ACETYLATION UP 83 49 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KAAB HEART ATRIUM VS VENTRICLE DN 261 183 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GEORGANTAS HSC MARKERS 71 47 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Lee Calorie限制新皮层DN 88 58 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WANG CISPLATIN RESPONSE AND XPC UP 202 115 该途径中的所有SZGR 2.0基因
VARELA ZMPSTE24 TARGETS UP 40 30 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SATO SILENCED BY DEACETYLATION IN PANCREATIC CANCER 50 30 该途径中的所有SZGR 2.0基因
JI RESPONSE TO FSH UP 74 56 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KRIGE RESPONSE TO TOSEDOSTAT 6HR UP 953 554 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KRIGE RESPONSE TO TOSEDOSTAT 24HR DN 1011 592 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RIGGINS TAMOXIFEN RESISTANCE UP 66 44 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HELLER HDAC TARGETS SILENCED BY METHYLATION UP 461 298 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARTINEZ RB1 TARGETS DN 543 317 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARTINEZ TP53 TARGETS UP 602 364 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARTINEZ RB1 AND TP53 TARGETS UP 601 369 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MASSARWEH TAMOXIFEN RESISTANCE UP 578 341 该途径中的所有SZGR 2.0基因
IWANAGA CARCINOGENESIS BY KRAS DN 120 81 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ACEVEDO NORMAL TISSUE ADJACENT TO LIVER TUMOR UP 174 96 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ACEVEDO LIVER CANCER UP 973 570 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ACEVEDO LIVER TUMOR VS NORMAL ADJACENT TISSUE UP 863 514 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BERNARD PPAPDC1B TARGETS UP 40 20 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GRADE COLON CANCER UP 871 505 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LABBE WNT3A TARGETS DN 97 53 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BHATI G2M ARREST BY 2METHOXYESTRADIOL UP 125 68 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GOLDRATH ANTIGEN RESPONSE 346 192 该途径中的所有SZGR 2.0基因
VANASSE BCL2 TARGETS UP 40 25 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHANG TLX TARGETS 36HR UP 221 150 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHANG TLX TARGETS 60HR UP 293 203 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHANG TLX TARGETS UP 108 78 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KOBAYASHI EGFR SIGNALING 24HR UP 101 65 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHAN MULTIPLE MYELOMA CD2 DN 46 29 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ONGUSAHA BRCA1 TARGETS UP 13 11 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BROWNE HCMV INFECTION 2HR DN 49 33 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DEMAGALHAES AGING UP 55 39 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DUTERTRE ESTRADIOL RESPONSE 24HR UP 324 193 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BRUINS UVC RESPONSE VIA TP53 GROUP B 549 316 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LEE BMP2 TARGETS UP 745 475 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FEVR CTNNB1 TARGETS UP 682 433 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GOBERT OLIGODENDROCYTE DIFFERENTIATION DN 1080 713 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DELACROIX RARG BOUND MEF 367 231 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KRIEG HYPOXIA NOT VIA KDM3A 770 480 该途径中的所有SZGR 2.0基因