Gene Page:ACACA

概括?
基因 31
Symbol ACACA
Synonyms ACAC|ACACAD|ACC|ACC1|ACCA
Description 乙酰辅酶a羧化酶α
Reference MIM:200350|HGNC:HGNC:84|Ensembl:ENSG00000278540|HPRD:01938|Vega:OTTHUMG00000188463
Gene type protein-coding
Map location 17q21
Pascal p-value 0.074
Sherlock p-value 0.359
DMG 1 (# studies)
eGene 元
Support G2Cdb.humanPSD
G2Cdb.humanPSP

数据源中的基因
Gene set name Method of gene set Description Info
CNV:YES Copy number variation studies Manual curation
CV:PGCnp Genome-wide Association Study GWAS
DMG:Jaffe_2016 Genome-wide DNA methylation analysis This dataset includes 2,104 probes/CpGs associated with SZ patients (n=108) compared to 136 controls at Bonferroni-adjusted P < 0.05. 1
Network Shortest path distance of core genes in the Human protein-protein interaction network Contribution to shortest path in PPI network: 0.0962

Section I. Genetics and epigenetics annotation

@Differentially methylated gene

Probe Chromosome Position Nearest gene P (dis) Beta (dis) FDR (dis) Study
CG09036203 17 35715797 ACACA 7.73E-9 -0.03 3.76E-6 DMG:Jaffe_2016


Section II. Transcriptome annotation

General gene expression (GTEx)

Not available

Gene expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

Top co-expressed genes in brain regions

Top 10 positively co-expressed genes
Gene Pearson's Correlation Spearman's Correlation
DARS 0.79 0.74
C11orf54 0.78 0.68
C6orf72 0.78 0.77
SCP2 0.76 0.72
DPY19L4 0.75 0.70
PNRC2 0.75 0.68
SEPT2 0.73 0.68
RHOA 0.73 0.62
ZNF680 0.72 0.67
PTCD3 0.72 0.65
Top 10 negatively co-expressed genes
Gene Pearson's Correlation Spearman's Correlation
AF347015.21 -0.37 -0.15
IL32 -0.36 -0.21
C10orf10 -0.33 -0.24
AL022328.1 -0.33 -0.23
IFI27 -0.32 -0.19
MT-CO2 -0.32 -0.18
ISG20 -0.31 -0.19
TMEM88 -0.31 -0.32
gzmm -0.30 -0.26
CSAG1 -0.30 -0.20

Section III. Gene Ontology annotation

Molecular function GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0000166 nucleotide binding IEA -
去：0003989 acetyl-CoA carboxylase activity TAS 7905825
GO:0004075 biotin carboxylase activity IEA -
GO:0005515 protein binding 新闻学会 16326698
GO:0005524 ATP binding IEA -
GO:0016874 ligase activity IEA -
GO:0009374 biotin binding IEA -
GO:0030145 锰离子结合 IEA -
GO:0046872 metal ion binding IEA -
生物过程 GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0008152 metabolic process IEA -
GO:0006633 fatty acid biosynthetic process IEA -
Cellular component GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0005737 细胞质 IEA -

Section V. Pathway annotation

Pathway name Pathway size # SZGR 2.0 genes in pathway Info
KEGG PYRUVATE METABOLISM 40 26 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KEGG PROPANOATE METABOLISM 33 22 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KEGG INSULIN SIGNALING PATHWAY 137 103 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BIOCARTA CHREBP2 PATHWAY 42 35 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BIOCARTA LEPTIN PATHWAY 11 11 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME TRIGLYCERIDE BIOSYNTHESIS 38 26 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME FATTY ACYL COA BIOSYNTHESIS 18 15 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME INTEGRATION OF ENERGY METABOLISM 120 84 该途径中的所有SZGR 2.0基因
脂质和脂蛋白的反应组代谢 478 302 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME FATTY ACID TRIACYLGLYCEROL AND KETONE BODY METABOLISM 168 115 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CASORELLI ACUTE PROMYELOCYTIC LEUKEMIA DN 663 425 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DOANE RESPONSE TO ANDROGEN UP 184 125 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GRABARCZYK BCL11B TARGETS UP 81 40 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MULLIGHAN MLL SIGNATURE 2 DN 281 186 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ODONNELL TFRC TARGETS DN 139 76 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ODONNELL TARGETS OF MYC AND TFRC DN 45 25 该途径中的所有SZGR 2.0基因
JAATINEN HEMATOPOIETIC STEM CELL UP 316 190 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MCBRYAN PUBERTAL BREAST 3 4WK UP 214 144 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MCBRYAN PUBERTAL BREAST 4 5WK DN 196 131 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MCBRYAN PUBERTAL BREAST 5 6WK DN 137 97 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MCBRYAN PUBERTAL BREAST 6 7WK UP 197 135 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MIDORIKAWA AMPLIFIED IN LIVER CANCER 55 38 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FARMER BREAST CANCER APOCRINE VS BASAL 330 217 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ROSTY CERVICAL CANCER PROLIFERATION CLUSTER 140 73 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PATIL LIVER CANCER 747 453 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PUJANA BREAST CANCER LIT INT NETWORK 101 73 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NIKOLSKY BREAST CANCER 17Q11 Q21 AMPLICON 133 78 该途径中的所有SZGR 2.0基因
史密斯肝癌 45 27 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DOUGLAS BMI1 TARGETS UP 566 371 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Creighton内分泌疗法抗性3 720 440 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HELLER HDAC TARGETS UP 317 208 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MASSARWEH TAMOXIFEN RESISTANCE UP 578 341 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SMID BREAST CANCER BASAL DN 701 446 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BLUM RESPONSE TO SALIRASIB DN 342 220 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Yoshimura MAPK8目标DN 366 257 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BOYAULT LIVER CANCER SUBCLASS G3 UP 188 121 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FOURNIER ACINAR DEVELOPMENT LATE 2 277 172 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CAIRO HEPATOBLASTOMA UP 207 143 该途径中的所有SZGR 2.0基因
中村脂肪形成晚期 104 67 该途径中的所有SZGR 2.0基因
STAMBOLSKY RESPONSE TO VITAMIN D3 UP 84 48 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PILON KLF1 TARGETS DN 1972 1213 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WAKABAYASHI ADIPOGENESIS PPARG BOUND 8D 658 397 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GUO TARGETS OF IRS1 AND IRS2 98 67 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PHONG TNF RESPONSE VIA P38 COMPLETE 227 151 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HORTON SREBF TARGETS 25 20 该途径中的所有SZGR 2.0基因

Section VI. microRNA annotation

miRNA family Target position miRNA ID miRNA seq
UTR start UTR end Match method
miR-124.1 1506 1512 1A hsa-miR-124a UUAAGGCACGCGGUGAAUGCCA
miR-200bc/429 211 217 m8 HSA-MIR-200B UAAUACUGCCUGGUAAUGAUGAC
HSA-MIR-200C UAAUACUGCCGGGUAAUGAUGG
hsa-miR-429 UAAUACUGUCUGGUAAAACCGU
miR-378* 465 471 m8 hsa-miR-422b CUGGACUUGGAGUCAGAAGGCC
hsa-miR-422a CUGGACUUAGGGUCAGAAGGCC
miR-505 2294 2300 1A hsa-miR-505 GUCAACACUUGCUGGUUUCCUC