SZGR2 - Beplay体育中心

概括?

基因ID	3172
Symbol	HNF4A
同义词	FRTS4\|HNF4\|HNF4a7\|HNF4a8\|HNF4a9\|HNF4alpha\|MODY\|MODY1\|NR2A1\|NR2A21\|TCF\|TCF14
描述	肝细胞核因子4α
参考	MIM:600281\|HGNC:HGNC:5024\|Ensembl:ENSG00000101076\|HPRD:02612\|Vega:OTTHUMG00000032531
基因type	protein-coding
地图位置	20q13.12
Pascal P值	0.919
Fetal beta	-0.466
eGene	Cortex 额叶皮质BA9

数据源中的基因

基因set name	基因组方法	描述	Info
简历：PGCNP	全基因组协会研究	GWAS
PMID:cooccur	高通量文献搜索	Systematic search in PubMed for genes co-occurring with SCZ keywords. A total of 3027 genes were included.
文学	高通量文献搜索	与精神分裂症关键词共同存在：精神分裂症，精神分裂症	Click to show details
GO_Annotation	Mapping neuro-related keywords to Gene Ontology annotations	Hits with neuro-related keywords: 1

第一节遗传学和表观遗传学注释

Section II. Transcriptome annotation

基因ral gene expression (GTEx)

基因expression during devlopment (BrainCloud)

脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。

基因expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

Top co-expressed genes in brain regions

Top 10 positively co-expressed genes
基因	皮尔逊的相关性	Spearman's Correlation
TOP1	0.97	0.97
HNRNPR	0.97	0.97
SFPQ	0.97	0.96
合并	0.97	0.97
NCL	0.96	0.96
thrap3	0.96	0.96
HNRNPD	0.96	0.96
SMC3	0.96	0.96
SUPT16H	0.96	0.96
CTCF	0.96	0.96

前10个负共表达基因
基因	皮尔逊的相关性	Spearman's Correlation
AF347015.31	-0.75	-0.91
MT-CO2	-0.73	-0.90
FXYD1	-0.73	-0.88
C5orf53	-0.73	-0.77
IFI27	-0.73	-0.88
HLA-F	-0.73	-0.79
AF347015.27	-0.72	-0.86
S100B	-0.72	-0.82
AF347015.33	-0.71	-0.86
AIFM3	-0.71	-0.77

Section III. Gene Ontology annotation

Molecular function	GO term	Evidence	Neuro keywords	PubMed ID
GO:0005102	受体结合	IDA	Neurotransmitter (GO term level: 4)	12220494
去：0003700	转录因子活性	IDA		7615825
去：0003707	steroid hormone receptor activity	IEA		-
GO:0005496	steroid binding	IEA		-
GO:0005504	fatty acid binding	IDA		12220494
去：0008270	zinc ion binding	IEA		-
GO:0042803	protein homodimerization activity	IDA		12220494
GO:0046872	金属离子结合	IEA		-
GO：0043565	序列特异性DNA结合	IEA		-
Biological process	GO term	Evidence	Neuro keywords	PubMed ID
GO:0006355	regulation of transcription, DNA-dependent	IEA		-
GO:0006350	transcription	IEA		-
GO：0010552	从RNA聚合酶II启动子对特异性转录的正调控	小鬼		17827783
去：0008285	细胞增殖的阴性调节	小鬼		18163890
GO:0007596	blood coagulation	IDA		12911579
去：0006805	xenobiotic metabolic process	小鬼		17827783
GO:0006591	ornithine metabolic process	小鬼		17827783
GO:0019216	调节脂质代谢过程	IDA		10551874
GO:0030308	negative regulation of cell growth	小鬼		18163890
GO：0055088	lipid homeostasis	小鬼		17827783
细胞分量	GO term	Evidence	Neuro keywords	PubMed ID
GO:0005794	Golgi apparatus	IDA		18029348
GO:0005634	核	IDA		7615825
GO:0005737	细胞质	IDA		14563941

第四节。蛋白质蛋白相互作用注释

Interactors	Aliases B	Official full name B	Experimental	资源	PubMed ID
AR	AIS \|DHTR \|Humara \|KD \|NR3C4 \|SBMA \|smax1 \|TFM	androgen receptor	Co-localization	BioGRID	12944908
CREBBP	CBP \|kat3a \|RST	CREB binding protein	CBP interacts with the HNF-4 gene.	BIND	15616580
CREBBP	CBP \|kat3a \|RST	CREB binding protein	-	HPRD，Biogrid	9434765\|10085149
CTNNB1	CTNNB \| DKFZp686D02253 \| FLJ25606 \| FLJ37923	catenin (cadherin-associated protein), beta 1, 88kDa	Affinity Capture-Western Reconstituted Complex	BioGRID	12944908
ELP3	FLJ10422 \|Kat9	elongation protein 3 homolog (S. cerevisiae)	Elp3 interacts with the HNF-4 gene.	BIND	15616580
EXT2	SOTV	exostoses (multiple) 2	亲和力捕获ms	BioGRID	17353931
FOXO1	FKH1 \|fkhr \|foxo1a	forkhead box O1	-	HPRD，Biogrid	12519792
H3F3A	H3.3A \| H3F3 \| MGC87782 \| MGC87783	H3组蛋白，家庭3a	H3F3A (Histone 3) interacts with the HNF4A gene.	BIND	15616580
HNF1A	HNF1 \| LFB1 \| MODY3 \| TCF1	HNF1 homeobox A	-	HPRD	9792724
MECR	CGI-63 \| FASN2B \| NRBF1	线粒体trans-2-烯烃还原酶	-	HPRD	9795230
MED1	CRSP1 \| CRSP200 \| DRIP205 \| DRIP230 \| MGC71488 \| PBP \| PPARBP \| PPARGBP \| RB18A \| TRAP220 \| TRIP2	mediator complex subunit 1	-	HPRD，Biogrid	12089346
MED14	CRSP150 \| CRSP2 \| CSRP \| CXorf4 \| DRIP150 \| EXLM1 \| MGC104513 \| RGR1 \| TRAP170	中介复合体亚基14	-	HPRD，Biogrid	12101254
MED23	CRSP130 \| CRSP133 \| CRSP3 \| DKFZp434H0117 \| DRIP130 \| SUR2	中介复合体亚基23	Affinity Capture-Western	BioGRID	12089346
NCOA1	F-SRC-1 \|kat13a \|MGC129719 \|MGC129720 \|NCOA-1 \|RIP160 \|SRC-1 \|src1 \|Bhlhe42	nuclear receptor coactivator 1	-	HPRD，Biogrid	9812974
NCOA2	GRIP1 \| KAT13C \| MGC138808 \| NCoA-2 \| TIF2	nuclear receptor coactivator 2	-	HPRD，Biogrid	9812974
NR0B2	FLJ17090 \| SHP \| SHP1	nuclear receptor subfamily 0, group B, member 2	Reconstituted Complex 两个杂交	BioGRID	10594021
NR2C2	TAK1 \| TR2R1 \| TR4 \| hTAK1	nuclear receptor subfamily 2, group C, member 2	-	HPRD，Biogrid	12522137
NR2F1	COUP-TFI \|ear-3 \|Ear3 \|erbal3 \|NR2F2 \|SVP44 \|TCFCOUP1 \|TFCOUP1	nuclear receptor subfamily 2, group F, member 1	-	HPRD	10652338
NRBF2	copr1 \|copr2 \|DKFZP564C1664 \|FLJ30395 \|NRBF-2	nuclear receptor binding factor 2	-	HPRD，Biogrid	10786636
PABPC4	APP-1 \| APP1 \| FLJ43938 \| PABP4 \| iPABP	保利(A)结合蛋白、胞质4(诱导form)	亲和力捕获ms	BioGRID	17353931
PPARGC1B	errl1 \|Perc \|PGC-1（beta）\|PGC1B	peroxisome proliferator-activated receptor gamma, coactivator 1 beta	-	HPRD，Biogrid	11733490
RAD50	rad50-2 \|HRAD50	RAD50 homolog (S. cerevisiae)	亲和力捕获ms	BioGRID	17353931
Smad2	JV18 \|JV18-1 \|madh2 \|Madr2 \|MGC22139 \|MGC34440 \|HMAD-2 \|HSMAD2	SMAD family member 2	-	HPRD	11229886
SMARCA4	BAF190 \| BRG1 \| FLJ39786 \| SNF2 \| SNF2-BETA \| SNF2L4 \| SNF2LB \| SWI2 \| hSNF2b	SWI/SNF相关，矩阵相关，染色质的肌动蛋白依赖性调节剂，亚家族A，成员4	BRG-1与HNF-4基因相互作用。	BIND	15616580
SNCG	BCSG1 \| SR	突触核蛋白，伽马（乳腺癌特异性蛋白1）	亲和力捕获ms	BioGRID	17353931
STK16	FLJ39635 \| KRCT \| MPSK \| PKL12 \| TSF1	丝氨酸/苏氨酸激酶16	亲和力捕获ms	BioGRID	17353931
SUB1	MGC102747 \| P15 \| PC4 \| p14	SUB1 homolog (S. cerevisiae)	-	HPRD，Biogrid	11741883
TP53	FLJ92943 \|LFS1 \|trp53 \|p53	tumor protein p53	-	HPRD，Biogrid	11818510
TRIM24	PTC6 \| RNF82 \| TF1A \| TIF1 \| TIF1A \| TIF1ALPHA \| hTIF1	tripartite motif-containing 24	-	HPRD	9115274
ZNHIT3	TRIP3	zinc finger, HIT type 3	-	HPRD，Biogrid	11916906

V.途径注释

Pathway name	Pathway size	＃szgr 2.0基因	Info
KEGG MATURITY ONSET DIABETES OF THE YOUNG	25	19	该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID SMAD2 3NUCLEAR PATHWAY	82	63	该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID HNF3B PATHWAY	45	37	该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID HIF1 TFPATHWAY	66	52	该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome发育生物学	396	292	该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME GENERIC TRANSCRIPTION PATHWAY	352	181	该途径中的所有SZGR 2.0基因
β细胞开发的反应组调节	30	23	该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME REGULATION OF GENE EXPRESSION IN BETA CELLS	20	15	该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME NUCLEAR RECEPTOR TRANSCRIPTION PATHWAY	49	36	该途径中的所有SZGR 2.0基因
血清剥夺的Graessmann凋亡	552	347	该途径中的所有SZGR 2.0基因
GRAESSMANN APOPTOSIS BY DOXORUBICIN DN	1781年	1082	该途径中的所有SZGR 2.0基因
LUCAS HNF4A TARGETS UP	58	36	该途径中的所有SZGR 2.0基因
Shepard BMYB Morpholino Up	205	126	该途径中的所有SZGR 2.0基因
MA MYELOID DIFFERENTIATION DN	44	30	该途径中的所有SZGR 2.0基因
YAGI AML SURVIVAL	129	87	该途径中的所有SZGR 2.0基因
在胰腺癌中被甲基化沉默的Sato 1	419	273	该途径中的所有SZGR 2.0基因
TGFB1和WNT3A DN的LABBE目标	108	68	该途径中的所有SZGR 2.0基因
WEST ADRENOCORTICAL TUMOR DN	546	362	该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHOU PANCREATIC EXOCRINE PROGENITOR	11	10	该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHOU PANCREATIC BETA CELL	11	9	该途径中的所有SZGR 2.0基因
Mueller AML融合DN的共同靶标	31	21	该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHIANG LIVER CANCER SUBCLASS PROLIFERATION DN	179	97	该途径中的所有SZGR 2.0基因
Yamashita肝癌干细胞向上	47	38	该途径中的所有SZGR 2.0基因
YAMASHITA LIVER CANCER STEM CELL DN	76	51	该途径中的所有SZGR 2.0基因
WOO LIVER CANCER RECURRENCE DN	80	54	该途径中的所有SZGR 2.0基因
黄成人组织茎模块	721	492	该途径中的所有SZGR 2.0基因
Zembutsu对长春新碱的敏感性	19	10	该途径中的所有SZGR 2.0基因
Zembutsu对黄胶的敏感性	18	12	该途径中的所有SZGR 2.0基因
FIGUEROA AML METHYLATION CLUSTER 3 UP	170	97	该途径中的所有SZGR 2.0基因
FIGUEROA AML METHYLATION CLUSTER 4 UP	112	64	该途径中的所有SZGR 2.0基因
figueroa aml甲基化簇6	140	81	该途径中的所有SZGR 2.0基因
figueroa aml甲基化簇7	118	68	该途径中的所有SZGR 2.0基因
PILON KLF1 TARGETS UP	504	321	该途径中的所有SZGR 2.0基因
Servitja Islet HNF1A靶向DN	109	71	该途径中的所有SZGR 2.0基因

基因页：HNF4A