基因页：HOXC4
概括？
| 基因 | 3221 |
| 象征 | HOXC4 |
| 同义词 | HOX3 | HOX3E | CP19 |
| 描述 | HONEOBOX C4 |
| 参考 | MIM：142974|HGNC：HGNC：5126|Ensembl：ENSG00000198353|HPRD：00860|Vega：Otthumg00000160036 |
| 基因类型 | 蛋白质编码 |
| 地图位置 | 12q13.3 |
| Pascal P值 | 0.89 |
| 胎儿β | -1.502 |
| DMG | 2（＃研究） |
| 主持人 | 迈尔斯的顺式和跨性别 |
数据源中的基因
| 基因集名称 | 基因组方法 | 描述 | 信息 |
|---|---|---|---|
| 简历：PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
| DMG：Vaneijk_2014 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括432个差异甲基化的CpG位点，对应于精神分裂症患者（n = 260）和未受影响的对照（n = 250）之间的391个独特的转录本。 | 5 |
| DMG：Wockner_2014 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括4641个差异甲基化探针，对应于精神分裂症患者（n = 24）和对照组（n = 24）之间的2929个独特基因。 | 5 |
第一节遗传学和表观遗传学注释
差异甲基化基因
差异甲基化基因| 探测 | 染色体 | 位置 | 最近的基因 | p（dis） | beta（dis） | fdr（dis） | 学习 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| CG21703606 | 12 | 54427884 | HOXC4; HOXC5 | 7.45e-5 | -0.339 | 0.025 | DMG：Wockner_2014 |
| CG05349837 | 12 | 54430991 | HOXC4 | 1.381E-4 | -0.425 | 0.031 | DMG：Wockner_2014 |
| CG02721000 | 12 | 54441213 | HOXC4 | 2.494E-4 | -0.175 | 0.037 | DMG：Wockner_2014 |
| CG19696083 | 12 | 54438419 | HOXC4 | 5.604E-4 | -0.482 | 0.049 | DMG：Wockner_2014 |
| CG20587394 | 12 | 54332209 | HOXC4 | 1.764E-4 | 3.976 | DMG：Vaneijk_2014 |
EQTL注释
| SNP ID | 染色体 | 位置 | 主持人 | Gene Entrez ID | PVALUE | QVALUE | TSS距离 | EQTL类型 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| RS214657 | CHR12 | 47709570 | HOXC4 | 3221 | 0.14 | 反式 |
第二节。转录组注释
一般基因表达（GTEX）
Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）
脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。
时间变化的基因表达（brainspan）
脚注：
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。
大脑区域的顶级共表达基因
| 前10个积极共表达的基因 | ||
| 基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
| Tollip | 0.85 | 0.87 |
| SH3BP1 | 0.82 | 0.84 |
| extl1 | 0.82 | 0.74 |
| PPP1R3F | 0.81 | 0.83 |
| prkar1b | 0.81 | 0.82 |
| SYN1 | 0.81 | 0.82 |
| Tyro3 | 0.80 | 0.81 |
| MCHR1 | 0.80 | 0.82 |
| C16orf5 | 0.80 | 0.82 |
| 阿尔多亚 | 0.80 | 0.78 |
| 前10个负共表达基因 | ||
| 基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
| EIF5B | -0.43 | -0.48 |
| AC005921.3 | -0.42 | -0.52 |
| FAM36A | -0.42 | -0.37 |
| RBMX2 | -0.41 | -0.41 |
| FAM159B | -0.39 | -0.59 |
| AC010300.1 | -0.39 | -0.36 |
| C21orf57 | -0.38 | -0.37 |
| RP9P | -0.38 | -0.41 |
| AC011475.1 | -0.37 | -0.41 |
| C9orf46 | -0.37 | -0.38 |
V.途径注释
| 路径名 | 路径大小 | ＃szgr 2.0基因 | 信息 |
|---|---|---|---|
| Mullighan NPM1突变签名1 DN | 126 | 86 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Mullighan NPM1突变签名2 DN | 77 | 46 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Mullighan NPM1签名3 DN | 162 | 116 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Ferreira Ewings肉瘤不稳定与稳定DN | 98 | 59 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 洛佩兹MBD目标 | 957 | 597 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Benporath Suz12目标 | 1038 | 678 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Benporath EED目标 | 1062 | 725 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 与H3K27me3的Benporath ES | 1118 | 744 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Benporath PRC2目标 | 652 | 441 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Frasor对雌二醇的反应 | 37 | 28 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| lu IL4信号传导 | 94 | 56 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Lee老化新皮层DN | 80 | 49 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 阿尔茨海默氏症疾病初期 | 390 | 242 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 阿尔茨海默氏症疾病 | 1691年 | 1088 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Lein Medulla标记 | 81 | 48 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Yoshimura mapk8靶向 | 1305 | 895 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Aguirre胰腺癌拷贝编号DN | 238 | 145 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 具有H3K4ME3和H3K27ME3的Meissner NPC HCP | 142 | 103 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Meissner Brain HCP带有H3K27Me3 | 269 | 159 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Boylan多发性骨髓瘤PCA3 DN | 69 | 38 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 黄成人组织茎模块 | 721 | 492 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Mikkelsen NPC HCP，带有H3K4ME3和H3K27ME3 | 210 | 148 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Bruins通过TP53组A的UVC响应 | 898 | 516 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |