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概括?

基因ID	328
Symbol	APEX1
同义词	ape \| ape1 \| apen \| apex \| apx \| hap1 \| ref1
描述	肾上腺素/肾上腺素脱氧核糖核酸酶1
参考	MIM：107748\|HGNC:HGNC:587\|Ensembl:ENSG00000100823\|HPRD:00136\|Vega:OTTHUMG00000029544
基因type	protein-coding
地图位置	14q11.2
Pascal P值	0.716
Sherlock P值	0.724
Fetal beta	1.364
DMG	1（＃研究）

数据源中的基因

设置na基因me	基因组方法	描述	Info
DMG:Nishioka_2013	Genome-wide DNA methylation analysis	The authors investigated the methylation profiles of DNA in peripheral blood cells from 18 patients with first-episode schizophrenia (FESZ) and from 15 normal controls.	1
GSMA_I	基因组扫描荟萃分析	PSR：0.047
网络	人蛋白蛋白质相互作用网络中核心基因的最短路径距离	Contribution to shortest path in PPI network: 0.0385

第一节遗传学和表观遗传学注释

差异甲基化基因

探测	Chromosome	Position	最近的基因	P (dis)	beta（dis）	FDR (dis)	Study
CG22438324	14	20922915	APEX1		-0.023	0.34	DMG:Nishioka_2013

Section II. Transcriptome annotation

基因ral gene expression (GTEx)

基因expression during devlopment (BrainCloud)

脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。

基因expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

Top co-expressed genes in brain regions

Top 10 positively co-expressed genes
基因	皮尔逊的相关性	Spearman's Correlation
钩3	0.92	0.92
UTP14C	0.91	0.92
TMF1	0.91	0.93
ZNF791	0.89	0.91
CLPX	0.89	0.90
rabgap1	0.89	0.91
ATRX	0.89	0.91
C9orf102	0.89	0.91
SEC63	0.89	0.90
UGCGL1	0.88	0.91

前10个负共表达基因
基因	皮尔逊的相关性	Spearman's Correlation
AF347015.31	-0.68	-0.73
FXYD1	-0.67	-0.72
higd1b	-0.67	-0.73
MT-CO2	-0.67	-0.72
增强	-0.66	-0.77
AF347015.21	-0.66	-0.72
IFI27	-0.66	-0.72
METRN	-0.64	-0.71
CST3	-0.63	-0.70
AF347015.27	-0.63	-0.67

Section III. Gene Ontology annotation

Molecular function	去的术语	Evidence	Neuro keywords	PubMed ID
GO:0000287	magnesium ion binding	IEA		-
GO:0003677	DNA结合	艾达		11286553
去：0003713	transcription coactivator activity	艾达		9119221
去：0003714	转录CorePressor活性	塔斯		7961715
去：0003906	DNA-(apurinic or apyrimidinic site) lyase activity	塔斯		9119221
GO:0005515	protein binding	新闻学会		12524539\|15518571
去：0004844	尿嘧啶DNA N-糖基化酶活性	塔斯		10805771
GO:0004520	脱氧核糖核酸酶活性	塔斯		1722334
GO:0004523	核糖核酸酶H活性	塔斯		11286553
GO:0004528	phosphodiesterase I activity	塔斯		9119221
GO：0016829	lyase activity	IEA		-
GO:0008408	3'-5'核酸酶活动	塔斯		11286553
GO:0016491	oxidoreductase activity	艾达		9119221
Biological process	去的术语	Evidence	Neuro keywords	PubMed ID
GO:0006366	transcription from RNA polymerase II promoter	塔斯		1380454
GO:0006284	base-excision repair	塔斯		11286553
GO:0051101	regulation of DNA binding	艾达		9119221
细胞分量	去的术语	Evidence	Neuro keywords	PubMed ID
去：0005813	中心体	艾达		18029348
去：0005840	ribosome	塔斯		12524539
GO:0005622	intracellular	IEA		-
GO:0005634	核	艾达		9119221
GO:0005654	nucleoplasm	EXP		9207062\|10559261\|11250913
GO:0005737	细胞质	IEA		-
GO:0005783	endoplasmic reticulum	塔斯		12524539
GO:0048471	perinuclear region of cytoplasm	艾达		12524539

第四节。蛋白质蛋白相互作用注释

Interactors	Aliases B	Official full name B	Experimental	资源	PubMed ID
ANP32A	C15orf1 \| I1PP2A \| LANP \| MAPM \| MGC119787 \| MGC150373 \| PHAP1 \| PHAPI \| PP32	酸性（富含亮氨酸）核磷蛋白32家族，成员A	Affinity Capture-Western	BioGRID	12524539
CDKN1A	CAP20 \| CDKN1 \| CIP1 \| MDA-6 \| P21 \| SDI1 \| WAF1 \| p21CIP1	cyclin-dependent kinase inhibitor 1A (p21, Cip1)	REF1与P21启动子弱相互作用。	BIND	15674341
DCTN1	DAP-150 \| DP-150 \| HMN7B \| P135	dynactin 1 (p150, glued homolog, Drosophila)	-	HPRD	9361024
fen1	FEN-1 \| MF1 \| RAD2	皮瓣结构特异性核酸内切酶1	-	HPRD，Biogrid	11601988
HIF1A	HIF-1alpha \| HIF1 \| HIF1-ALPHA \| MOP1 \| PASD8	hypoxia-inducible factor 1, alpha subunit (basic helix-loop-helix transcription factor)	-	HPRD，Biogrid	10594042
HMGB2	HMG2	high-mobility group box 2	-	HPRD	12524539
HNRNPL	FLJ35509 \|hnrpl \|p/okcl.14 \|HNRNP-L	异质核核糖核蛋白L	-	HPRD，Biogrid	11809897
HSPA1A	FLJ54303 \| FLJ54370 \| FLJ54392 \| FLJ54408 \| FLJ75127 \| HSP70-1 \| HSP70-1A \| HSP70I \| HSP72 \| HSPA1 \| HSPA1B	heat shock 70kDa protein 1A	-	HPRD	11133992
mutyh	MGC4416 \| MYH	mutY homolog (E. coli)	hMYH is associated in vivo with apurinic/apyrimidinic endonuclease (APE1)	BIND	11092888
mutyh	MGC4416 \| MYH	mutY homolog (E. coli)	-	HPRD，Biogrid	11092888
NME1	AWD \| GAAD \| NB \| NBS \| NDPK-A \| NDPKA \| NM23 \| NM23-H1	非转移细胞1，蛋白质（NM23A）在	-	HPRD	12524539
PCNA	MGC8367	proliferating cell nuclear antigen	-	HPRD，Biogrid	11601988
SET	2pp2a \|i2pp2a \|igaad \|ipp2a2 \|phapii \|taf-i \|taf-ibeta	设置核癌	-	HPRD	12628186
SET	2pp2a \|i2pp2a \|igaad \|ipp2a2 \|phapii \|taf-i \|taf-ibeta	设置核癌	Affinity Capture-Western	BioGRID	12524539
TP53	FLJ92943 \|LFS1 \|trp53 \|p53	tumor protein p53	p53与Ref-1相互作用。	BIND	15824742
TP53	FLJ92943 \|LFS1 \|trp53 \|p53	tumor protein p53	-	HPRD，Biogrid	9119221
TXN	DKFZp686B1993 \| MGC61975 \| TRX \| TRX1	thioredoxin	-	HPRD	10585464\|11118054
ube2i	C358B7.1 \|P18 \|UBC9	泛素结合酶E2I（UBC9同源物，酵母）	-	HPRD，Biogrid	12110916
XRCC1	RCC	X-ray repair complementing defective repair in Chinese hamster cells 1	-	HPRD，Biogrid	11707423
XRCC5	FLJ39089 \|karp-1 \|karp1 \|ku80 \|kub2 \|ku86 \|nfiv	X-ray repair complementing defective repair in Chinese hamster cells 5 (double-strand-break rejoining)	Reconstituted Complex	BioGRID	8621488
XRCC6	CTC75 \|CTCBF \|G22P1 \|ku70 \|ML8 \|TLAA	X-ray repair complementing defective repair in Chinese hamster cells 6	-	HPRD	8621488

V.途径注释

Pathway name	Pathway size	＃szgr 2.0基因	Info
kegg基础切除修复	35	22	该途径中的所有SZGR 2.0基因
BIOCARTA SET PATHWAY	11	6	该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID HIF2PATHWAY	34	29	该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME BASE EXCISION REPAIR	19	13	该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME RESOLUTION OF AP SITES VIA THE MULTIPLE NUCLEOTIDE PATCH REPLACEMENT PATHWAY	17	11	该途径中的所有SZGR 2.0基因
通过单核苷酸替换途径去除反应组基碱基磷酸盐	10	5	该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME DNA REPAIR	112	59	该途径中的所有SZGR 2.0基因
AP位点通过单核苷酸替换途径的反应组分辨率	12	7	该途径中的所有SZGR 2.0基因
RHEIN ALL GLUCOCORTICOID THERAPY DN	362	238	该途径中的所有SZGR 2.0基因
HAHTOLA MYCOSIS FUNGOIDES SKIN UP	177	113	该途径中的所有SZGR 2.0基因
GRAESSMANN APOPTOSIS BY DOXORUBICIN DN	1781年	1082	该途径中的所有SZGR 2.0基因
GRAESSMANN RESPONSE TO MC AND DOXORUBICIN DN	770	415	该途径中的所有SZGR 2.0基因
Wakasugi有Znf143绑定位点	58	33	该途径中的所有SZGR 2.0基因
PUJANA BRCA1 PCC NETWORK	1652	1023	该途径中的所有SZGR 2.0基因
PUJANA ATM PCC NETWORK	1442	892	该途径中的所有SZGR 2.0基因
LOPEZ MBD TARGETS	957	597	该途径中的所有SZGR 2.0基因
BENPORATH SOX2 TARGETS	734	436	该途径中的所有SZGR 2.0基因
BENPORATH MYC TARGETS WITH EBOX	230	156	该途径中的所有SZGR 2.0基因
考夫曼DNA修复基因	230	137	该途径中的所有SZGR 2.0基因
Menssen MYC目标	53	35	该途径中的所有SZGR 2.0基因
SMITH TERT TARGETS DN	87	69	该途径中的所有SZGR 2.0基因
SANA RESPONSE TO IFNG DN	85	56	该途径中的所有SZGR 2.0基因
FERRANDO LYL1 NEIGHBORS	15	12	该途径中的所有SZGR 2.0基因
SANSOM APC TARGETS UP	126	84	该途径中的所有SZGR 2.0基因
LEI MYB TARGETS	318	215	该途径中的所有SZGR 2.0基因
BROWN MYELOID CELL DEVELOPMENT DN	129	86	该途径中的所有SZGR 2.0基因
Nemeth炎症反应LPS DN	32	25	该途径中的所有SZGR 2.0基因
Nguyen Notch1靶向DN	86	67	该途径中的所有SZGR 2.0基因
JAZAERI BREAST CANCER BRCA1 VS BRCA2 DN	43	31	该途径中的所有SZGR 2.0基因
Hedenfalk乳腺癌遗传与零星	50	32	该途径中的所有SZGR 2.0基因
BLALOCK ALZHEIMERS DISEASE DN	1237	837	该途径中的所有SZGR 2.0基因
HARRIS HYPOXIA	81	64	该途径中的所有SZGR 2.0基因
PAL PRMT5 TARGETS UP	203	135	该途径中的所有SZGR 2.0基因
HU基因毒素作用直接与间接24小时	55	38	该途径中的所有SZGR 2.0基因
IVANOVA HEMATOPOIESIS INTERMEDIATE PROGENITOR	149	84	该途径中的所有SZGR 2.0基因
CUI TCF21 TARGETS 2 UP	428	266	该途径中的所有SZGR 2.0基因
WELCSH BRCA1 TARGETS DN	141	92	该途径中的所有SZGR 2.0基因
Browne HCMV感染12小时DN	101	64	该途径中的所有SZGR 2.0基因
Creighton内分泌疗法抗性1	528	324	该途径中的所有SZGR 2.0基因
Creighton内分泌疗法抗性4	307	185	该途径中的所有SZGR 2.0基因
ACEVEDO LIVER TUMOR VS NORMAL ADJACENT TISSUE UP	863	514	该途径中的所有SZGR 2.0基因
GRADE COLON CANCER UP	871	505	该途径中的所有SZGR 2.0基因
ALONSO METASTASIS UP	198	128	该途径中的所有SZGR 2.0基因
MUELLER PLURINET	299	189	该途径中的所有SZGR 2.0基因
甜肺癌克拉斯	491	316	该途径中的所有SZGR 2.0基因
HSIAO HOUSEKEEPING GENES	389	245	该途径中的所有SZGR 2.0基因
iritani mad1靶向DN	47	30	该途径中的所有SZGR 2.0基因
开罗肝母细胞瘤上课	605	377	该途径中的所有SZGR 2.0基因
dang myc的目标	143	100	该途径中的所有SZGR 2.0基因
DANG BOUND BY MYC	1103	714	该途径中的所有SZGR 2.0基因
黄胚胎干细胞核心	335	193	该途径中的所有SZGR 2.0基因
YAO TEMPORAL RESPONSE TO PROGESTERONE CLUSTER 14	143	86	该途径中的所有SZGR 2.0基因
金双相情感障碍少突胶质细胞密度相关	682	440	该途径中的所有SZGR 2.0基因
Pilon KLF1靶向DN	1972年	1213	该途径中的所有SZGR 2.0基因
DELPUECH FOXO3 TARGETS DN	41	27	该途径中的所有SZGR 2.0基因
LEE BMP2 TARGETS DN	882	538	该途径中的所有SZGR 2.0基因
FEVR CTNNB1 TARGETS DN	553	343	该途径中的所有SZGR 2.0基因

基因页：APEX1