基因页：COL28A1
概括？
| 基因 | 340267 |
| 象征 | COL28A1 |
| 同义词 | COL28 |
| 描述 | 胶原型XXVIII alpha 1 |
| 参考 | MIM：609996|HGNC：HGNC：22442|Ensembl：ENSG00000215018|Vega：Otthumg00000150034 |
| 基因类型 | 蛋白质编码 |
| 地图位置 | 7p21.3 |
| Pascal P值 | 0.491 |
| 胎儿β | -0.094 |
| 主持人 | 前扣带回皮层BA24 尾状基底神经节 小脑半球 小脑 皮质 额叶皮质BA9 海马 下丘脑 梭子基底神经节 |
数据源中的基因
| 基因集名称 | 基因组方法 | 描述 | 信息 |
|---|---|---|---|
| 简历：Gwascat | 全基因组关联研究 | 该数据集包括与精神分裂症相关的560个SNP。总共将486个基因映射到50kb内的这些SNP。 | |
| CV：GWASDB | 全基因组关联研究 | 精神分裂症的GWASDB记录 | |
| 简历：PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS |
第一节遗传学和表观遗传学注释
EQTL注释
EQTL注释| SNP ID | 染色体 | 位置 | 主持人 | Gene Entrez ID | PVALUE | QVALUE | TSS距离 | EQTL类型 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| RS1971649 | 7 | 7618622 | COL28A1 | ENSG00000215018.5 | 1.24142E-6 | 0.04 | -43138 | gtex_brain_ba24 |
| RS11771272 | 7 | 7643041 | COL28A1 | ENSG00000215018.5 | 1.14491E-6 | 0.04 | -67557 | gtex_brain_ba24 |
| RS7459399 | 7 | 7618152 | COL28A1 | ENSG00000215018.5 | 4.61255E-7 | 0.01 | -42668 | gtex_brain_putamen_basal |
| RS1971649 | 7 | 7618622 | COL28A1 | ENSG00000215018.5 | 8.5389E-7 | 0.01 | -43138 | gtex_brain_putamen_basal |
| RS75311406 | 7 | 7620607 | COL28A1 | ENSG00000215018.5 | 5.04091E-7 | 0.01 | -45123 | gtex_brain_putamen_basal |
| RS7803888 | 7 | 7628416 | COL28A1 | ENSG00000215018.5 | 4.60803E-7 | 0.01 | -52932 | gtex_brain_putamen_basal |
| RS7784747 | 7 | 7631718 | COL28A1 | ENSG00000215018.5 | 2.13534E-7 | 0.01 | -56234 | gtex_brain_putamen_basal |
第二节。转录组注释
一般基因表达（GTEX）
Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）
脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。
时间变化的基因表达（brainspan）
脚注：
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。
大脑区域没有共表达基因
V.途径注释
| 路径名 | 路径大小 | ＃szgr 2.0基因 | 信息 |
|---|---|---|---|
| Reactome细胞外基质组织 | 87 | 42 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Reactome胶原蛋白形成 | 58 | 31 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 周的炎症反应fima | 544 | 308 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 多德鼻咽癌 | 1821年 | 933 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Creighton内分泌疗法抗性5 | 482 | 296 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Zwang仅通过第二EGF脉冲瞬时向上 | 1725年 | 838 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Naba胶原蛋白 | 44 | 26 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| NABA核心母质 | 275 | 148 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| NABA矩阵 | 1028 | 559 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |