基因页：IDH1

概括?
基因ID 3417
Symbol IDH1
同义词 HEL-216 | HEL-S-26 | IDCD | IDH | IDP | IDPC | PICD
描述 isocitrate dehydrogenase 1 (NADP+)
参考 MIM:147700|HGNC:HGNC:5382|ENSEMBL：ENSG00000138413|HPRD：00984|Vega:OTTHUMG00000132943
基因type protein-coding
地图位置 2q33.3
Pascal P值 0.317
Sherlock P值 0.64
度p-value DEG：Zhao_2015:p=6.17e-04:q=0.0938
Fetal beta 2.335
支持 CELL METABOLISM
Chromatin Remodeling Genes

数据源中的基因
基因set name 基因组方法 描述 Info
简历：PGCNP Genome-wide Association Study GWAS
DEG：Zhao_2015 RNA测序分析 Transcriptome sequencing and genome-wide association analyses reveal lysosomal function and actin cytoskeleton remodeling in schizophrenia and bipolar disorder.
PMID:cooccur 高通量文献搜索 系统搜索PubMed co-o基因ccurring with SCZ keywords. A total of 3027 genes were included.
GSMA_IIA 基因组扫描荟萃分析（所有样品） Psr: 0.00916
GSMA_IIE 基因组扫描荟萃分析（欧洲官方样品） Psr: 0.01016
Expression 基因表达的荟萃分析 P价值：1.488
文学 高通量文献搜索 与精神分裂症关键词共同存在：精神分裂症，精神分裂症 Click to show details

第一节遗传学和表观遗传学注释


Section II. Transcriptome annotation

基因ral gene expression (GTEx)

Not available

基因expression during devlopment (BrainCloud)

脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。

基因expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

Top co-expressed genes in brain regions

Top 10 positively co-expressed genes
基因 Pearson's Correlation Spearman's Correlation
IFIT1 0.93 0.82
IRF9 0.93 0.87
IFITM3 0.91 0.73
MX1 0.91 0.89
PLSCR1 0.90 0.81
ifi44l 0.89 0.82
TAP1 0.87 0.83
SP110 0.87 0.80
MT1M 0.87 0.76
GJB6 0.86 0.79
Top 10 negatively co-expressed genes
基因 Pearson's Correlation Spearman's Correlation
RTF1 -0.48 -0.65
SAFB -0.48 -0.69
TUBGCP2 -0.48 -0.67
SRRT -0.48 -0.66
PDCD11 -0.47 -0.70
RNF40 -0.47 -0.67
LSM14B -0.47 -0.68
PELP1 -0.47 -0.67
AC011498.3 -0.47 -0.69
tbcd -0.47 -0.67

Section III. Gene Ontology annotation

Molecular function 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0000287 magnesium ion binding IEA -
GO:0016616 氧化还原酶活性，作用于CH-OH组供体，NAD或NADP作为受体 IEA -
GO:0004450 异位酸脱氢酶（NADP+）活性 IEA -
GO:0004450 异位酸脱氢酶（NADP+）活性 塔斯 9866202
GO:0016491 oxidoreductase activity IEA -
GO:0030145 manganese ion binding IEA -
Biological process 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0006102 异位酸代谢过程 IEA -
GO:0006102 异位酸代谢过程 塔斯 9866202
GO:0006099 tricarboxylic acid cycle IEA -
GO:0006097 glyoxylate cycle IEA -
GO:0005975 carbohydrate metabolic process 塔斯 9866202
GO:0008152 metabolic process IEA -
GO:0006749 谷胱甘肽代谢过程 IEA -
GO:0006979 response to oxidative stress IEA -
GO:0055114 oxidation reduction IEA -
细胞分量 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
去：0005829 cytosol 塔斯 9866202
GO:0005737 细胞质 IEA -
GO:0005777 过氧化物酶体 IEA -

V.途径注释

Pathway name Pathway size ＃szgr 2.0基因 Info
KEGG CITRATE CYCLE TCA CYCLE 32 23 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KEGG GLUTATHIONE METABOLISM 50 34 该途径中的所有SZGR 2.0基因
kegg过氧化物酶体 78 47 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME PYRUVATE METABOLISM AND CITRIC ACID TCA CYCLE 48 32 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME TCA CYCLE AND RESPIRATORY ELECTRON TRANSPORT 141 85 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME PEROXISOMAL LIPID METABOLISM 21 11 该途径中的所有SZGR 2.0基因
脂质和脂蛋白的反应组代谢 478 302 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PICCALUGA ANGIOIMMUNOBLASTIC LYMPHOMA UP 205 140 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Sengupta鼻咽癌 294 178 该途径中的所有SZGR 2.0基因
威尔科克斯对孕酮的反应 152 90 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PAPASPYRIDONOS UNSTABLE ATEROSCLEROTIC PLAQUE UP 52 36 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DODD NASOPHARYNGEAL CARCINOMA DN 1375 806 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Landis乳腺癌进展DN 70 43 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GRAESSMANN APOPTOSIS BY DOXORUBICIN UP 1142 669 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Graessmann对MC和阿霉素的反应 612 367 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LANDIS ERBB2 BREAST TUMORS 324 DN 149 93 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BERENJENO TRANSFORMED BY RHOA DN 394 258 该途径中的所有SZGR 2.0基因
McBryan Pubertal乳房3 4WK DN 39 27 该途径中的所有SZGR 2.0基因
McBryan Pubertal乳房5 6WK 116 68 该途径中的所有SZGR 2.0基因
McBryan Pubertal TGFB1靶向DN 62 44 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FARMER BREAST CANCER APOCRINE VS LUMINAL 326 213 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FARMER BREAST CANCER APOCRINE VS BASAL 330 217 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TERAMOTO OPN TARGETS CLUSTER 1 13 10 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SHETH LIVER CANCER VS TXNIP LOSS PAM4 261 153 该途径中的所有SZGR 2.0基因
里克曼转移 344 180 该途径中的所有SZGR 2.0基因
STARK PREFRONTAL CORTEX 22Q11 DELETION DN 517 309 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FLECHNER BIOPSY KIDNEY TRANSPLANT REJECTED VS OK DN 546 351 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SASAKI ADULT T CELL LEUKEMIA 176 122 该途径中的所有SZGR 2.0基因
彭谷氨酰胺剥夺DN 337 230 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FLECHNER BIOPSY KIDNEY TRANSPLANT OK VS DONOR UP 555 346 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BHATTACHARYA EMBRYONIC STEM CELL 89 60 该途径中的所有SZGR 2.0基因
AFFAR YY1 TARGETS DN 234 137 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KUMAR TARGETS OF MLL AF9 FUSION 405 264 该途径中的所有SZGR 2.0基因
牙肺纹状横纹肌肉瘤DN 408 274 该途径中的所有SZGR 2.0基因
IVANOVA HEMATOPOIESIS LATE PROGENITOR 544 307 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RUAN对TNF Troglitazone DN的反应 42 24 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHEN LVAD SUPPORT OF FAILING HEART DN 42 32 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RUAN对TNF DN的反应 84 50 该途径中的所有SZGR 2.0基因
welcsh brca1靶向 198 132 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DEBIASI APOPTOSIS BY REOVIRUS INFECTION DN 287 208 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BURTON ADIPOGENESIS PEAK AT 0HR 63 48 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KRIGE RESPONSE TO TOSEDOSTAT 6HR UP 953 554 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Krige对Tosedostat的反应24小时 783 442 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MONNIER POSTRADIATION TUMOR ESCAPE DN 373 196 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Creighton内分泌疗法抗性3 720 440 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHENG BOUND BY FOXP3 491 310 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARSON BOUND BY FOXP3 STIMULATED 1022 619 该途径中的所有SZGR 2.0基因
由Foxp3绑定的Marson未刺激 1229 713 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HELLER SILENCED BY METHYLATION DN 105 67 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MASSARWEH TAMOXIFEN RESISTANCE UP 578 341 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ACEVEDO LIVER TUMOR VS NORMAL ADJACENT TISSUE UP 863 514 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BOCHKIS FOXA2 TARGETS 425 261 该途径中的所有SZGR 2.0基因
公园维甲酸的反应和PML RARA FUSION 30 21 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PARK TRETINOIN RESPONSE AND RARA PLZF FUSION 22 14 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SHAFFER IRF4 TARGETS IN ACTIVATED B LYMPHOCYTE 81 66 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Coulouarn颞TGFB1签名DN 138 99 该途径中的所有SZGR 2.0基因
YAO TEMPORAL RESPONSE TO PROGESTERONE CLUSTER 12 79 54 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NOUSHMEHR GBM SOMATIC MUTATED 9 7 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARTENS BOUND BY PML RARA FUSION 456 287 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHYLA CBFA2T3 TARGETS UP 387 225 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PILON KLF1 TARGETS DN 1972年 1213 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WAKABAYASHI ADIPOGENESIS PPARG RXRA BOUND 36HR 152 88 该途径中的所有SZGR 2.0基因
wakabayashi脂肪生成PPARG RXRA绑定8D 882 506 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WAKABAYASHI ADIPOGENESIS PPARG RXRA BOUND WITH H4K20ME1 MARK 145 82 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Plasari TGFB1目标10小时DN 244 157 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PHONG TNF RESPONSE VIA P38 COMPLETE 227 151 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FOSTER KDM1A TARGETS UP 266 142 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Rao由Sall4绑定 227 149 该途径中的所有SZGR 2.0基因

Section VI. microRNA annotation

miRNA family Target position mirna id miRNA seq
UTR start UTR end Match method
mir-23 764 770 m8 hsa-miR-23a脑 aucacauugccagggauucc
hsa-miR-23b脑 AUCACAUUGCCAGGGAUUACC
miR-30-5p 140 146 1A hsa-miR-30a-5p UGUAAACAUCCUCGACUGGAAG
HSA-MIR-30C脑 uguaaacauccuacucucucucucagc
HSA-MIR-30DSZ uguaaacauccccgacuggaag
HSA-MIR-30BSZ UGUAAACAUCCUACACUCAGCU
HSA-MIR-30E-5P uguaaacauccuugacugga
miR-323 764 770 1A HSA-MIR-323脑 GCACAUUACACGGUCGACCUCU