基因页:SP110
Summary?
基因 | 3431 |
象征 | SP110 |
同义词 | ifi41 | ifi75 | ipr1 | vodi |
描述 | SP110核体蛋白 |
参考 | MIM:604457|HGNC:HGNC:5401|Ensembl:ENSG00000135899|HPRD:06832|Vega:OTTHUMG00000133204 |
基因类型 | 蛋白质编码 |
地图位置 | 2q37.1 |
Pascal P值 | 0.021 |
Sherlock p-value | 0.873 |
胎儿β | -1.256 |
DMG | 1(# studies) |
主持人 | 小脑 皮质 梭子基底神经节 Myers' cis & trans 元 |
Gene in Data Sources
基因集名称 | 基因组方法 | 描述 | 信息 |
---|---|---|---|
CV:GWASdb | 全基因组关联研究 | 精神分裂症的GWASDB记录 | |
简历:PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
DMG:Wockner_2014 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括4641个差异甲基化探针,对应于精神分裂症患者(n = 24)和对照组(n = 24)之间的2929个独特基因。 | 1 |
表达 | 元-analysis of gene expression | p价值:3.131 |
Section I. Genetics and epigenetics annotation
差异甲基化基因
探测 | 染色体 | 位置 | 最近的基因 | p(dis) | beta(dis) | fdr(dis) | 学习 |
---|---|---|---|---|---|---|---|
CG02056135 | 2 | 231084523 | SP110 | 5.48e-5 | -0.697 | 0.022 | DMG:Wockner_2014 |
EQTL注释
SNP ID | 染色体 | 位置 | 主持人 | Gene Entrez ID | PVALUE | QVALUE | TSS距离 | EQTL类型 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
RS4973285 | CHR2 | 231045942 | SP110 | 3431 | 0.01 | 顺式 | ||
rs10804364 | CHR2 | 231047302 | SP110 | 3431 | 0.02 | 顺式 | ||
rs10755048 | CHR2 | 231047644 | SP110 | 3431 | 0.01 | 顺式 | ||
RS3948464 | CHR2 | 231050714 | SP110 | 3431 | 0.2 | 顺式 | ||
RS6752361 | CHR2 | 231053317 | SP110 | 3431 | 0.03 | 顺式 | ||
RS4973298 | CHR2 | 231060002 | SP110 | 3431 | 0.01 | 顺式 | ||
RS12474683 | CHR2 | 231060445 | SP110 | 3431 | 0.05 | 顺式 | ||
RS7601299 | CHR2 | 231077993 | SP110 | 3431 | 0.03 | 顺式 | ||
rs13023481 | CHR2 | 213839772 | SP110 | 3431 | 0.18 | 反式 | ||
RS9784019 | 2 | 231035575 | SP110 | ENSG00000135899.12 | 1.035E-6 | 0 | 54869 | gtex_brain_putamen_basal |
RS9783992 | 2 | 231035589 | SP110 | ENSG00000135899.12 | 1.035E-6 | 0 | 54855 | gtex_brain_putamen_basal |
RS13010998 | 2 | 231035729 | SP110 | ENSG00000135899.12 | 1.035E-6 | 0 | 54715 | gtex_brain_putamen_basal |
RS13010639 | 2 | 231035745 | SP110 | ENSG00000135899.12 | 1.035E-6 | 0 | 54699 | gtex_brain_putamen_basal |
RS9783994 | 2 | 231035957 | SP110 | ENSG00000135899.12 | 1.035E-6 | 0 | 54487 | gtex_brain_putamen_basal |
rs12988385 | 2 | 231036311 | SP110 | ENSG00000135899.12 | 1.035E-6 | 0 | 54133 | gtex_brain_putamen_basal |
RS34897866 | 2 | 231036754 | SP110 | ENSG00000135899.12 | 1.035E-6 | 0 | 53690 | gtex_brain_putamen_basal |
RS34034766 | 2 | 231036768 | SP110 | ENSG00000135899.12 | 1.035E-6 | 0 | 53676 | gtex_brain_putamen_basal |
RS13018234 | 2 | 231036866 | SP110 | ENSG00000135899.12 | 1.035E-6 | 0 | 53578 | gtex_brain_putamen_basal |
RS12995739 | 2 | 231037481 | SP110 | ENSG00000135899.12 | 1.035E-6 | 0 | 52963 | gtex_brain_putamen_basal |
rs13025520 | 2 | 231038029 | SP110 | ENSG00000135899.12 | 1.035E-6 | 0 | 52415 | gtex_brain_putamen_basal |
RS13025209 | 2 | 231038169 | SP110 | ENSG00000135899.12 | 1.035E-6 | 0 | 52275 | gtex_brain_putamen_basal |
RS13026323 | 2 | 231038403 | SP110 | ENSG00000135899.12 | 1.035E-6 | 0 | 52041 | gtex_brain_putamen_basal |
RS2162478 | 2 | 231038640 | SP110 | ENSG00000135899.12 | 1.035E-6 | 0 | 51804 | gtex_brain_putamen_basal |
RS139482435 | 2 | 231038830 | SP110 | ENSG00000135899.12 | 1.035E-6 | 0 | 51614 | gtex_brain_putamen_basal |
RS5839362 | 2 | 231038831 | SP110 | ENSG00000135899.12 | 1.035E-6 | 0 | 51613 | gtex_brain_putamen_basal |
RS1004868 | 2 | 231038910 | SP110 | ENSG00000135899.12 | 1.035E-6 | 0 | 51534 | gtex_brain_putamen_basal |
RS2114585 | 2 | 231039341 | SP110 | ENSG00000135899.12 | 1.035E-6 | 0 | 51103 | gtex_brain_putamen_basal |
rs34122378 | 2 | 231040163 | SP110 | ENSG00000135899.12 | 1.035E-6 | 0 | 50281 | gtex_brain_putamen_basal |
RS41543719 | 2 | 231041940 | SP110 | ENSG00000135899.12 | 1.035E-6 | 0 | 48504 | gtex_brain_putamen_basal |
RS35574529 | 2 | 231043479 | SP110 | ENSG00000135899.12 | 1.712E-7 | 0 | 46965 | gtex_brain_putamen_basal |
RS35849510 | 2 | 231043495 | SP110 | ENSG00000135899.12 | 1.712E-7 | 0 | 46949 | gtex_brain_putamen_basal |
RS3948464 | 2 | 231050715 | SP110 | ENSG00000135899.12 | 6.942E-7 | 0 | 39729 | gtex_brain_putamen_basal |
RS6756480 | 2 | 231054329 | SP110 | ENSG00000135899.12 | 6.301E-7 | 0 | 36115 | gtex_brain_putamen_basal |
RS2894695 | 2 | 231057189 | SP110 | ENSG00000135899.12 | 6.647E-7 | 0 | 33255 | gtex_brain_putamen_basal |
RS1007661 | 2 | 231062616 | SP110 | ENSG00000135899.12 | 6.061E-7 | 0 | 27828 | gtex_brain_putamen_basal |
RS4973299 | 2 | 231076617 | SP110 | ENSG00000135899.12 | 1.77E-8 | 0 | 13827 | gtex_brain_putamen_basal |
RS6749386 | 2 | 231077360 | SP110 | ENSG00000135899.12 | 1.764E-8 | 0 | 13084 | gtex_brain_putamen_basal |
RS1129411 | 2 | 231077725 | SP110 | ENSG00000135899.12 | 1.761E-8 | 0 | 12719 | gtex_brain_putamen_basal |
RS1427294 | 2 | 231078448 | SP110 | ENSG00000135899.12 | 1.761E-8 | 0 | 11996 | gtex_brain_putamen_basal |
RS1427293 | 2 | 231078645 | SP110 | ENSG00000135899.12 | 2.34E-8 | 0 | 11799 | gtex_brain_putamen_basal |
第二节。转录组注释
一般基因表达(GTEX)
![无法使用](http://www.tjghsg.com/bioinfo/SZGR/GeneImg/SP110_DE_GTEx.png)
Devlopment期间的基因表达(BrainCloud)
Footnote:
总共绘制了269个时间点,n = 38个胎儿样品(x = 1:38)。每个三角形代表一个时间点。
时间变化的基因表达(brainspan)
Footnote:
SC:亚皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶皮层
ST1:胎儿(13-26个概念后周),ST2:婴儿早期至童年(4个月至11年)和ST3:青春期至成年期(13-23年)
所示的栏表示表达分布的较低25%和上层25%。
No co-expressed genes in brain regions
第三节。基因本体论注释
分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
---|---|---|---|---|
去:0003677 | DNA结合 | TAS | 7693701 | |
去:0005062 | 造血素/干扰素级(D200域)细胞因子受体信号传感器活性 | TAS | 7693701 | |
去:0005515 | 蛋白质结合 | IEA | - | |
去:0008270 | 锌离子结合 | IEA | - | |
GO:0046872 | 金属离子结合 | IEA | - | |
生物过程 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
去:0006355 | 调节转录,DNA依赖性的调节 | IEA | - | |
去:0006350 | 转录 | IEA | - | |
GO:0044419 | 种间国际米兰action between organisms | IEA | - | |
细胞分量 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
去:0005634 | 核 | IEA | - | |
去:0005634 | 核 | TAS | 7693701 |