Gene Page:IFNG
Summary?
基因 | 3458 |
象征 | IFNG |
Synonyms | IFG|IFI |
Description | 干扰素,伽玛 |
Reference | MIM:147570|HGNC:HGNC:5438|ENSEMBL:ENSG00000111537|HPRD:00957|Vega:Otthumg00000169113 |
基因类型 | 蛋白质编码 |
Map location | 12Q14 |
Pascal p-value | 0.719 |
主持人 | Myers' cis & trans 元 |
Gene in Data Sources
基因集名称 | Method of gene set | Description | 信息 |
---|---|---|---|
简历:Gwascat | Genome-wide Association Studies | 该数据集包括与精神分裂症相关的560个SNP。总共将486个基因映射到50kb内的这些SNP。 | |
CV:GWASdb | Genome-wide Association Studies | 精神分裂症的GWASDB记录 | |
CV:PGCnp | Genome-wide Association Study | GWAS | |
PMID:cooccur | High-throughput literature-search | PubMed中的系统搜索与SCZ关键字共发生的基因。总共包括3027个基因。 | |
Literature | High-throughput literature-search | Co-occurance with Schizophrenia keywords: schizophrenia,schizophrenias | 点击显示详细信息 |
go_annotation | 将与神经相关的关键字映射到基因本体论注释 | 与神经相关的关键字的命中:1 |
Section I. Genetics and epigenetics annotation
eQTL注释
SNP ID | 染色体 | 位置 | 主持人 | Gene Entrez ID | pvalue | QVALUE | TSS距离 | EQTL类型 |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
RS16869851 | CHR4 | 20690056 | IFNG | 3458 | 0.04 | 反式 | ||
RS10994209 | Chr10 | 61877705 | IFNG | 3458 | 0.15 | 反式 |
第二节。转录组注释
一般基因表达(GTEX)
![Not available](http://www.tjghsg.com/bioinfo/SZGR/GeneImg/IFNG_DE_GTEx.png)
Devlopment期间的基因表达(BrainCloud)
Footnote:
A total of 269 time points ploted, with n=38 fetal samples (x=1:38). Each triangle represents one time point.
时间变化的基因表达(brainspan)
Footnote:
SC:亚皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶皮层
ST1:胎儿(13-26个概念后周),ST2:婴儿早期至童年(4个月至11年)和ST3:青春期至成年期(13-23年)
所示的栏表示表达分布的较低25%和上层25%。
No co-expressed genes in brain regions
第三节。基因本体论注释
分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
---|---|---|---|---|
去:0005133 | 干扰素γ受体结合 | TAS | 10477596 | |
去:0005125 | 细胞因子活性 | IEA | - | |
生物过程 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
GO:0031642 | 负调节髓鞘 | IEA | axon (GO term level: 15) | - |
去:0000060 | 蛋白质进口到核,易位 | 艾达 | 15604419 | |
GO:0001558 | 细胞生长调节 | IEA | - | |
GO:0001781 | neutrophil apoptosis | IEA | - | |
GO:0007166 | cell surface receptor linked signal transduction | TAS | 10477596 | |
去:0007050 | cell cycle arrest | 艾达 | 16942485 | |
GO:0019882 | 抗原处理和演示 | IEA | - | |
GO:0048304 | positive regulation of isotype switching to IgG isotypes | IEA | - | |
去:0009615 | response to virus | IEA | - | |
GO:0006928 | 细胞运动 | TAS | 10477596 | |
GO:0006925 | 炎性细胞凋亡 | IEA | - | |
GO:0042508 | Stat1蛋白的酪氨酸磷酸化 | 艾达 | 15604419 | |
去:0030968 | 内质网展开的蛋白质反应 | IEA | - | |
GO:0042742 | defense response to bacterium | IEA | - | |
GO:0032735 | positive regulation of interleukin-12 production | 艾达 | 7605994|8557999 | |
GO:0034393 | 平滑肌细胞凋亡的正调控 | 艾达 | 16942485 | |
去:0030593 | neutrophil chemotaxis | IEA | - | |
GO:0045893 | 转录,DNA依赖性的阳性调节 | IEA | - | |
GO:0050718 | 白介素-1 beta分泌的积极调节 | IEA | - | |
GO:0050776 | regulation of immune response | IEA | - | |
GO:0045084 | 白介素12生物合成过程的阳性调节 | IEA | - | |
GO:0045080 | 趋化因子生物合成过程的阳性调节 | IEA | - | |
GO:0045348 | positive regulation of MHC class II biosynthetic process | IEA | - | |
GO:0048662 | 平滑肌细胞增殖的负调节 | 艾达 | 16942485 | |
GO:0045410 | 白介素6生物合成过程的正调节 | IEA | - | |
GO:0045429 | positive regulation of nitric oxide biosynthetic process | 艾达 | 8383325 | |
GO:0045449 | 转录的调节 | IEA | - | |
去:0050796 | 胰岛素分泌的调节 | 艾达 | 8383325 | |
GO:0051712 | 另一生物细胞杀死的积极调节 | 艾达 | 7544003 | |
Cellular component | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
去:0005576 | 细胞外区域 | IEA | - | |
去:0005615 | 细胞外空间 | IEA | - |
Section V. Pathway annotation
第六节。microRNA注释
mirna家族 | Target position | miRNA ID | mirna seq | ||
---|---|---|---|---|---|
UTR开始 | UTR结束 | 匹配方法 | |||
miR-29 | 475 | 481 | M8 | HSA-MIR-29ASZ | UAGCACCAUCUGAAAUCGGUU |
HSA-MIR-29BSZ | UAGCACCAUUUGAAAUCAGUGUU | ||||
HSA-MIR-29CSZ | uagcaccauuugaaaucggu |