Gene Page:APOE

概括?
GeneID 348
Symbol APOE
Synonyms AD2|APO-E|LDLCQ5|LPG
Description apolipoprotein E
参考 MIM：107741|HGNC:HGNC:613|Ensembl:ENSG00000130203|HPRD:00135|Vega:OTTHUMG00000128901
Gene type protein-coding
Map location 19q13.2
Pascal p-value 0.019
Sherlock P值 0.298
Fetal beta -2.818
eGene 迈尔斯的顺式和跨性别
Support CELL METABOLISM
COMPOSITESET
Darnell FMRP targets

数据源中的基因
Gene set name Method of gene set Description Info
PMID:cooccur High-throughput literature-search 系统的搜索in PubMed for genes co-occurring with SCZ keywords. A total of 3027 genes were included.
Association A combined odds ratio method (Sun et al. 2008），协会研究 2 Link to SZGene
文学 High-throughput literature-search Co-occurance with Schizophrenia keywords: schizophrenia,schizophrenic,schizophrenics,schizophrenias Click to show details
GO_Annotation Mapping neuro-related keywords to Gene Ontology annotations Hits with neuro-related keywords: 5
Network 人蛋白蛋白质相互作用网络中核心基因的最短路径距离 PPI网络中最短路径的贡献：31.2393

第一节遗传学和表观遗传学注释

@eQTL annotation

SNP ID Chromosome Position eGene Gene Entrez ID pvalue qvalue TSS distance eQTL type
rs16938766 chr8 74949940 APOE 348 0.15 trans
rs12545427 chr8 74954879 APOE 348 0.04 trans
rs6472816 chr8 74961543 APOE 348 0.06 trans
rs4783568 chr16 66602031 APOE 348 0.05 trans

Section II. Transcriptome annotation

General gene expression (GTEx)

Not available

Gene expression during devlopment (BrainCloud)

脚注：
A total of 269 time points ploted, with n=38 fetal samples (x=1:38). Each triangle represents one time point.

Gene expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

Top co-expressed genes in brain regions

Top 10 positively co-expressed genes
Gene Pearson's Correlation Spearman's Correlation
APLP2 0.93 0.92
SV2A 0.91 0.91
MAGEE1 0.90 0.92
DCTN1 0.90 0.90
STXBP1 0.90 0.90
WARS 0.90 0.89
MADD 0.90 0.89
DPP6 0.89 0.91
NFE2L1 0.89 0.89
CLSTN1 0.89 0.91
Top 10 negatively co-expressed genes
Gene Pearson's Correlation Spearman's Correlation
AF347015.21 -0.56 -0.43
C1orf61 -0.56 -0.61
C1orf54 -0.54 -0.49
GNG11 -0.54 -0.47
AP002478.3 -0.54 -0.50
HIGD1B -0.51 -0.42
PLA2G5 -0.50 -0.38
AF347015.31 -0.50 -0.42
RAB34 -0.50 -0.53
MT-CO2 -0.50 -0.42

Section III. Gene Ontology annotation

Molecular function 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
去：0001540 β-淀粉样蛋白结合 IDA 11305869
GO:0005543 phospholipid binding IDA 4066713
GO:0005319 lipid transporter activity IEA -
GO:0008201 heparin binding IEA -
GO:0008289 lipid binding IEA -
GO:0008034 lipoprotein binding IEA -
GO:0017127 cholesterol transporter activity IEA -
GO:0016209 antioxidant activity IDA 9685360
GO:0042803 protein homodimerization activity IDA 8245722
GO:0046911 metal chelating activity IDA 9685360
GO:0048156 tau protein binding 新闻学会 7566652
GO：0050749 载脂蛋白E受体结合 IDA 1384047
GO：0050749 载脂蛋白E受体结合 新闻学会 12950167
GO:0046982 protein heterodimerization activity 新闻学会 8245722
Biological process 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0007271 synaptic transmission, cholinergic 塔斯 neuron, Cholinergic, Synap, Neurotransmitter (GO term level: 7) 9622609
GO:0030516 轴突延伸的调节 塔斯 Axon（GO术语级别：14） 9622609
GO:0048168 regulation of neuronal synaptic plasticity 塔斯 neuron, Synap (GO term level: 9) 9622609
GO:0000302 response to reactive oxygen species NAS 11743999
GO:0001937 negative regulation of endothelial cell proliferation IDA 9685360
GO:0007186 G-protein coupled receptor protein signaling pathway IDA 16443932
GO:0007263 nitric oxide mediated signal transduction IDA 8995232
GO:0010544 negative regulation of platelet activation IDA 8995232
去：0006917 induction of apoptosis IDA 12753088
GO:0007010 cytoskeleton organization 塔斯 9622609
GO:0006707 cholesterol catabolic process IEA -
GO:0006979 response to oxidative stress IEA -
GO:0006641 triacylglycerol metabolic process IDA 9649566
GO:0006641 triacylglycerol metabolic process 小鬼 3771793
去：0006916 anti-apoptosis IDA 9685360
GO:0006869 lipid transport IEA -
GO:0006874 cellular calcium ion homeostasis IEA -
GO:0042311 vasodilation IEA -
GO：0033344 胆固醇外排 IEA -
GO:0051044 positive regulation of membrane protein ectodomain proteolysis IDA 15950758
GO:0051000 positive regulation of nitric-oxide synthase activity IDA 8995232
GO:0034447 very-low-density lipoprotein particle clearance 小鬼 9649566
GO:0042158 lipoprotein biosynthetic process IEA -
GO:0019934 cGMP-mediated signaling IDA 8995232
GO:0030828 positive regulation of cGMP biosynthetic process IDA 8995232
GO:0032805 positive regulation of low-density lipoprotein receptor catabolic process IDA 15950758
GO：0034382 chylomicron remnant clearance 小鬼 7175379
GO:0032488 Cdc42 protein signal transduction IDA 16443932
GO:0033700 phospholipid efflux IDA 11162594
GO:0043407 negative regulation of MAP kinase activity IDA 9685360
GO:0042632 胆固醇稳态 IEA -
GO:0046907 intracellular transport 塔斯 9622609
GO:0050728 negative regulation of inflammatory response IC 8995232
GO:0043537 negative regulation of blood vessel endothelial cell migration IDA 9685360
GO:0043691 reverse cholesterol transport IDA 8127890
Cellular component 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
去：0043025 cell soma NAS axon, dendrite (GO term level: 4) 8083695
GO:0030425 dendrite NAS neuron, axon, dendrite (GO term level: 6) 8083695
GO:0005576 extracellular region EXP 4345202|8300609
GO:0005576 extracellular region IEA -
GO:0005737 细胞质 塔斯 9622609
GO:0005886 plasma membrane EXP 8300609
GO：0034364 high-density lipoprotein particle IDA 210174
GO：0034362 low-density lipoprotein particle IDA 8245722
GO：0034363 intermediate-density lipoprotein particle IDA 17336988
GO：0034361 very-low-density lipoprotein particle IDA 8245722
GO:0042627 chylomicron IEA -

第四节。蛋白质蛋白相互作用注释

Interactors Aliases B Official full name B Experimental 资源 PubMed ID
A2M CPAMD5 | DKFZp779B086 | FWP007 | S863-7 alpha-2-macroglobulin - HPRD,BioGRID 9831625
ALB DKFZp779N1935 | PRO0883 | PRO0903 | PRO1341 albumin - HPRD 8063017
APP AAA | ABETA | ABPP | AD1 | APPI | CTFgamma | CVAP | PN2 amyloid beta (A4) precursor protein - HPRD 10559559
据 HCNTF ciliary neurotrophic factor Apolipoprotein E binds to ciliary neurotrophic factor BIND 9236223
CTSB APPS | CPSB cathepsin B - HPRD 12057992
LDLR FH | FHC 低密度脂蛋白受体 - HPRD 12036962
LRP1 A2MR | APOER | APR | CD91 | FLJ16451 | IGFBP3R | LRP | MGC88725 | TGFBR5 low density lipoprotein-related protein 1 (alpha-2-macroglobulin receptor) - HPRD 11421580
LRP2 DBS | gp330 低密度lipoprotein-related蛋白2 - HPRD 11421580
LRP2 DBS | gp330 低密度lipoprotein-related蛋白2 Reconstituted Complex BioGRID 7768901
LRP8 APOER2 | HSZ75190 | MCI1 低密度脂蛋白受体-related protein 8, apolipoprotein e receptor - HPRD,BioGRID 12167620|12950167
MAP2 DKFZp686I2148 | MAP2A | MAP2B | MAP2C microtubule-associated protein 2 - HPRD 8624078
MAPT DDPAC | FLJ31424 | FTDP-17 | MAPTL | MGC138549 | MSTD | MTBT1 | MTBT2 | PPND | TAU microtubule-associated protein tau Reconstituted Complex BioGRID 8620924
MAPT DDPAC | FLJ31424 | FTDP-17 | MAPTL | MGC138549 | MSTD | MTBT1 | MTBT2 | PPND | TAU microtubule-associated protein tau - HPRD 7566652|9147408
NEFM NEF3 | NF-M | NFM neurofilament, medium polypeptide Reconstituted Complex BioGRID 8620924
PLTP HDLCQ9 phospholipid transfer protein - HPRD,BioGRID 12810820
SCARB1 CD36L1 | CLA-1 | CLA1 | MGC138242 | SR-BI | SRB1 scavenger receptor class B, member 1 - HPRD 12138091
SDC2 HSPG | HSPG1 | SYND2 syndecan 2 - HPRD 9869645
VLDLR CHRMQ1 | FLJ35024 | VLDLRCH very low density lipoprotein receptor - HPRD 12167620


V.途径注释

Pathway name Pathway size # SZGR 2.0 genes in pathway Info
KEGG ALZHEIMERS DISEASE 169 110 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome HDL介导的脂质转运 15 12 该途径中的所有SZGR 2.0基因
脂质和脂蛋白的反应组代谢 478 302 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME LIPID DIGESTION MOBILIZATION AND TRANSPORT 46 37 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME LIPOPROTEIN METABOLISM 28 24 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME CHYLOMICRON MEDIATED LIPID TRANSPORT 16 15 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NAKAMURA CANCER MICROENVIRONMENT UP 26 14 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PICCALUGA ANGIOIMMUNOBLASTIC LYMPHOMA UP 205 140 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ONKEN UVEAL MELANOMA DN 526 357 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BERTUCCI MEDULLARY VS DUCTAL BREAST CANCER UP 206 111 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SCHUETZ BREAST CANCER DUCTAL INVASIVE UP 351 230 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FOURNIER ACINAR DEVELOPMENT LATE UP 11 6 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GAZDA DIAMOND BLACKFAN ANEMIA MYELOID DN 38 25 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TAKEDA TARGETS OF NUP98 HOXA9 FUSION 10D DN 142 90 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TAKEDA TARGETS OF NUP98 HOXA9 FUSION 16D DN 143 83 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TONKS TARGETS OF RUNX1 RUNX1T1 FUSION HSC UP 185 126 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TONKS TARGETS OF RUNX1 RUNX1T1 FUSION MONOCYTE UP 204 140 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KIM WT1 TARGETS DN 459 276 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Graham CML静止与正常静止 87 45 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Graham CML静止与正常分裂 57 33 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ENK UV RESPONSE EPIDERMIS DN 508 354 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ENK UV响应角质形成细胞 530 342 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DELYS THYROID CANCER UP 443 294 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARKEY RB1 CHRONIC LOF DN 118 78 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HAMAI APOPTOSIS VIA TRAIL DN 186 107 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DARWICHE SKIN TUMOR PROMOTER DN 185 115 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DARWICHE PAPILLOMA RISK LOW DN 165 107 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Darwiche Papilloma风险高DN 180 110 该途径中的所有SZGR 2.0基因
darwiche鳞状细胞癌DN 181 107 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ROVERSI GLIOMA COPY NUMBER UP 100 75 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARTORIATI MDM4 TARGETS FETAL LIVER DN 514 319 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LI WILMS TUMOR VS FETAL KIDNEY 2 DN 51 42 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MORI MATURE B LYMPHOCYTE UP 90 62 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Onder CDH1目标1向上 140 85 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SHEPARD BMYB MORPHOLINO DN 200 112 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TARTE PLASMA CELL VS PLASMABLAST UP 398 262 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ROSS AML OF FAB M7 TYPE 68 44 该途径中的所有SZGR 2.0基因
YAO HOXA10 TARGETS VIA PROGESTERONE UP 79 58 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HSIAO LIVER SPECIFIC GENES 244 154 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NADLER OBESITY DN 48 34 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LENAOUR DENDRITIC CELL MATURATION UP 114 84 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ABRAHAM ALPC VS MULTIPLE MYELOMA UP 26 22 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LI WILMS TUMOR VS FETAL KIDNEY 1 UP 182 119 该途径中的所有SZGR 2.0基因
APPEL IMATINIB RESPONSE 33 22 该途径中的所有SZGR 2.0基因
IGLESIAS E2F TARGETS UP 151 103 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHAN MULTIPLE MYELOMA DN 41 27 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BROWNE HCMV INFECTION 20HR UP 240 152 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ABE VEGFA TARGETS 2HR 34 21 该途径中的所有SZGR 2.0基因
JIANG AGING HYPOTHALAMUS DN 40 31 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BROWNE HCMV INFECTION 8HR UP 105 73 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KRASNOSELSKAYA ILF3 TARGETS UP 38 24 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BROWNE HCMV INFECTION 14HR UP 156 101 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Yamazaki TCEB3靶向DN 215 132 该途径中的所有SZGR 2.0基因
dazard对紫外线nhek的反应 244 151 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHU CMV 8 HR DN 53 40 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MCLACHLAN DENTAL CARIES DN 245 144 该途径中的所有SZGR 2.0基因
李反对G CEREBELLUM UP 84 58 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RODWELL AGING KIDNEY UP 487 303 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHU CMV ALL DN 128 93 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ABE VEGFA TARGETS 30MIN 29 21 该途径中的所有SZGR 2.0基因
JIANG AGING CEREBRAL CORTEX DN 54 43 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MCLACHLAN DENTAL CARIES UP 253 147 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GERHOLD ADIPOGENESIS UP 49 40 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BURTON ADIPOGENESIS 6 189 112 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LEIN ASTROCYTE MARKERS 42 35 该途径中的所有SZGR 2.0基因
JEPSEN SMRT TARGETS 33 23 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HELLER SILENCED BY METHYLATION UP 282 183 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HELLER HDAC TARGETS SILENCED BY METHYLATION UP 461 298 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARTINEZ RB1 TARGETS DN 543 317 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARTINEZ TP53 TARGETS DN 593 372 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARTINEZ RB1 AND TP53 TARGETS DN 591 366 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WALLACE PROSTATE CANCER RACE UP 299 167 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ACEVEDO METHYLATED IN LIVER CANCER DN 940 425 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BOCHKIS FOXA2 TARGETS 425 261 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BOQUEST STEM CELL UP 260 174 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BOQUEST STEM CELL CULTURED VS FRESH UP 425 298 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BOQUEST STEM CELL CULTURED VS FRESH DN 31 25 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WEST ADRENOCORTICAL CARCINOMA VS ADENOMA DN 24 18 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MUELLER PLURINET 299 189 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BOYLAN MULTIPLE MYELOMA C DN 59 39 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HELLEBREKERS SILENCED DURING TUMOR ANGIOGENESIS 80 56 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Yoshimura mapk8靶向 1305 895 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RUIZ TNC TARGETS UP 153 107 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RUTELLA RESPONSE TO CSF2RB AND IL4 UP 338 225 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RUTELLA RESPONSE TO HGF UP 418 282 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RUTELLA RESPONSE TO HGF VS CSF2RB AND IL4 UP 408 276 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HOFFMANN IMMATURE TO MATURE B LYMPHOCYTE UP 43 34 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHANG TLX TARGETS 60HR UP 293 203 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MELLMAN TUT1 TARGETS DN 47 29 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CAIRO LIVER DEVELOPMENT DN 222 141 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WONG ADULT TISSUE STEM MODULE 721 492 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GERHOLD RESPONSE TO TZD DN 13 11 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ONGUSAHA BRCA1 TARGETS UP 13 11 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BROWNE HCMV INFECTION 2HR UP 39 30 该途径中的所有SZGR 2.0基因
VANDESLUIS COMMD1 TARGETS GROUP 4 UP 19 12 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LEE BMP2 TARGETS UP 745 475 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TORCHIA TARGETS OF EWSR1 FLI1 FUSION TOP20 UP 20 14 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TORCHIA TARGETS OF EWSR1 FLI1 FUSION UP 271 165 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KATSANOU ELAVL1 TARGETS UP 169 105 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SERVITJA ISLET HNF1A TARGETS UP 163 111 该途径中的所有SZGR 2.0基因
因宗乳腺干细胞向上 146 75 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LIM MAMMARY STEM CELL UP 489 314 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LIM MAMMARY LUMINAL MATURE DN 99 74 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZWANG TRANSIENTLY UP BY 1ST EGF PULSE ONLY 1839 928 该途径中的所有SZGR 2.0基因