基因页面:LNP1
总结吗?
| GeneID | 348801年 |
| 象征 | LNP1 |
| 同义词 | 这类 |
| 描述 | 白血病NUP98融合伙伴1 |
| 参考 | HGNC: HGNC: 28014|运用:ENSG00000206535|织女:OTTHUMG00000159082 |
| 基因型 | 蛋白质编码 |
| 地图上的位置 | 3 q12.2 |
| 帕斯卡假定值 | 0.917 |
| 胎儿β | -0.693 |
| DMG | 1(#研究) |
| eGene | 前扣带皮层BA24 尾状基底神经节 小脑半球 小脑 皮质 额叶皮质BA9 下丘脑 伏隔核基底神经节 硬膜基底神经节 |
基因数据来源
| 基因集名称 | 基因的方法设置 | 描述 | 信息 |
|---|---|---|---|
| 简历:PGCnp | 全基因组关联研究 | GWAS | |
| DMG: Jaffe_2016 | 全基因组DNA甲基化分析 | 这个数据集包括2104探针/论文认定与深圳病人(n = 108)比136年控制在Bonferroni-adjusted P < 0.05。 | 1 |
| GSMA_IIA | 基因组扫描荟萃分析(所有样品) | Psr: 0.04047 | |
| GSMA_IIE | 基因组扫描荟萃分析(欧洲血统的样品) | Psr: 0.04359 |
部分即遗传学和表观遗传学注释
不同甲基化基因
不同甲基化基因| 探针 | 染色体 | 位置 | 最近的基因 | P (dis) | β(dis) | 罗斯福(dis) | 研究 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| cg03160445 | 3 | 100120349 | LNP1 | 3.37平台以及 | -0.019 | 7.22 e - | DMG: Jaffe_2016 |
eQTL注释
| SNP ID | 染色体 | 位置 | eGene | 基因Entrez ID | pvalue | qvalue | TSS距离 | eQTL类型 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| rs7434167 | 3 | 100162881 | LNP1 | ENSG00000206535.3 | 1.542 e - | 0 | 14340年 | gtex_brain_ba24 |
| rs11712077 | 3 | 100164261 | LNP1 | ENSG00000206535.3 | 1.425 e - | 0 | 15720年 | gtex_brain_ba24 |
| rs9820973 | 3 | 100164750 | LNP1 | ENSG00000206535.3 | 6.492 e - | 0 | 16209年 | gtex_brain_ba24 |
| rs76117730 | 3 | 100165160 | LNP1 | ENSG00000206535.3 | 4.209 e - | 0 | 16619年 | gtex_brain_ba24 |
| rs4928071 | 3 | 100167796 | LNP1 | ENSG00000206535.3 | 1.211 e - | 0 | 19255年 | gtex_brain_ba24 |
| rs9290059 | 3 | 100169270 | LNP1 | ENSG00000206535.3 | 1.075 e - | 0 | 20729年 | gtex_brain_ba24 |
| rs6797397 | 3 | 100170825 | LNP1 | ENSG00000206535.3 | 2.523 e - | 0 | 22284年 | gtex_brain_ba24 |
| rs57677048 | 3 | 100171766 | LNP1 | ENSG00000206535.3 | 1.207 e - | 0 | 23225年 | gtex_brain_ba24 |
| rs7434244 | 3 | 100172198 | LNP1 | ENSG00000206535.3 | 2.523 e - | 0 | 23657年 | gtex_brain_ba24 |
| rs9840370 | 3 | 100173525 | LNP1 | ENSG00000206535.3 | 2.523 e - | 0 | 24984年 | gtex_brain_ba24 |
| rs1132022 | 3 | 100174722 | LNP1 | ENSG00000206535.3 | 2.523 e - | 0 | 26181年 | gtex_brain_ba24 |
| rs67151780 | 3 | 100175801 | LNP1 | ENSG00000206535.3 | 8.496 e - | 0 | 27260年 | gtex_brain_ba24 |
| rs4928050 | 3 | 100178459 | LNP1 | ENSG00000206535.3 | 2.94 e - | 0 | 29918年 | gtex_brain_ba24 |
| rs3830303 | 3 | 100053684 | LNP1 | ENSG00000206535.3 | 2.566 e - | 0 | -94857年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs277627 | 3 | 100055273 | LNP1 | ENSG00000206535.3 | 8.756 e-8 | 0 | -93268年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs277621 | 3 | 100057203 | LNP1 | ENSG00000206535.3 | 8.162 e-8 | 0 | -91338年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs277648 | 3 | 100065826 | LNP1 | ENSG00000206535.3 | 3.095 e - | 0 | -82715年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs277649 | 3 | 100067468 | LNP1 | ENSG00000206535.3 | 3.095 e - | 0 | -81073年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs277646 | 3 | 100073826 | LNP1 | ENSG00000206535.3 | 1.562 e-8 | 0 | -74715年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs378535 | 3 | 100076688 | LNP1 | ENSG00000206535.3 | 9.395 e-8 | 0 | -71853年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs397800340 | 3 | 100076878 | LNP1 | ENSG00000206535.3 | 5.643 e-8 | 0 | -71663年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs1214374 | 3 | 100085854 | LNP1 | ENSG00000206535.3 | 1.562 e-8 | 0 | -62687年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs2316701 | 3 | 100086477 | LNP1 | ENSG00000206535.3 | 1.132 e - | 0 | -62064年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs277640 | 3 | 100086861 | LNP1 | ENSG00000206535.3 | 1.562 e-8 | 0 | -61680年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs11384494 | 3 | 100092526 | LNP1 | ENSG00000206535.3 | 1.356 e-8 | 0 | -56015年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs34039127 | 3 | 100092527 | LNP1 | ENSG00000206535.3 | 2.349 e-8 | 0 | -56014年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs277631 | 3 | 100098152 | LNP1 | ENSG00000206535.3 | 1.237 e-8 | 0 | -50389年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs421855 | 3 | 100099142 | LNP1 | ENSG00000206535.3 | 1.237 e-8 | 0 | -49399年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs4928171 | 3 | 100106412 | LNP1 | ENSG00000206535.3 | 1.409 e-8 | 0 | -42129年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs2119686 | 3 | 100110360 | LNP1 | ENSG00000206535.3 | 6.23 e-8 | 0 | -38181年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs11711112 | 3 | 100112168 | LNP1 | ENSG00000206535.3 | 1.562 e-8 | 0 | -36373年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs12696105 | 3 | 100112816 | LNP1 | ENSG00000206535.3 | 1.562 e-8 | 0 | -35725年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs6781422 | 3 | 100114263 | LNP1 | ENSG00000206535.3 | 1.562 e-8 | 0 | -34278年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs58719358 | 3 | 100116813 | LNP1 | ENSG00000206535.3 | 5.415 e-9 | 0 | -31728年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs2289504 | 3 | 100120850 | LNP1 | ENSG00000206535.3 | 1.562 e-8 | 0 | -27691年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs2289503 | 3 | 100121121 | LNP1 | ENSG00000206535.3 | 1.562 e-8 | 0 | -27420年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs1036769 | 3 | 100122081 | LNP1 | ENSG00000206535.3 | 1.571 e-8 | 0 | -26460年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs10936200 | 3 | 100154075 | LNP1 | ENSG00000206535.3 | 1.42 e-8 | 0 | 5534年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs7434167 | 3 | 100162881 | LNP1 | ENSG00000206535.3 | 4.38 e - | 0 | 14340年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs11712077 | 3 | 100164261 | LNP1 | ENSG00000206535.3 | 4.12 e - | 0 | 15720年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs9820973 | 3 | 100164750 | LNP1 | ENSG00000206535.3 | 5.736 e - | 0 | 16209年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs76117730 | 3 | 100165160 | LNP1 | ENSG00000206535.3 | 3.978 e - | 0 | 16619年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs4928071 | 3 | 100167796 | LNP1 | ENSG00000206535.3 | 1.612 e - | 0 | 19255年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs9290059 | 3 | 100169270 | LNP1 | ENSG00000206535.3 | 3.583 e - | 0 | 20729年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs6797397 | 3 | 100170825 | LNP1 | ENSG00000206535.3 | 1.344 e - | 0 | 22284年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs57677048 | 3 | 100171766 | LNP1 | ENSG00000206535.3 | 1.333 e - | 0 | 23225年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs7434244 | 3 | 100172198 | LNP1 | ENSG00000206535.3 | 1.344 e - | 0 | 23657年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs9840370 | 3 | 100173525 | LNP1 | ENSG00000206535.3 | 1.344 e - | 0 | 24984年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs1132022 | 3 | 100174722 | LNP1 | ENSG00000206535.3 | 1.344 e - | 0 | 26181年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs67151780 | 3 | 100175801 | LNP1 | ENSG00000206535.3 | 1.165 e-8 | 0 | 27260年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs7643442 | 3 | 100176360 | LNP1 | ENSG00000206535.3 | 3.953 e-8 | 0 | 27819年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs4928050 | 3 | 100178459 | LNP1 | ENSG00000206535.3 | 2.015 e - | 0 | 29918年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs9290061 | 3 | 100181868 | LNP1 | ENSG00000206535.3 | 3.953 e-8 | 0 | 33327年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs9872227 | 3 | 100186245 | LNP1 | ENSG00000206535.3 | 1.007 e-6 | 0 | 37704年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs397874573 | 3 | 100187582 | LNP1 | ENSG00000206535.3 | 1.983 e-6 | 0 | 39041年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs4928074 | 3 | 100188071 | LNP1 | ENSG00000206535.3 | 4.455 e - | 0 | 39530年 | gtex_brain_putamen_basal |
| rs398082304 | 3 | 100188360 | LNP1 | ENSG00000206535.3 | 3.131 e-6 | 0 | 39819年 | gtex_brain_putamen_basal |
第二部分。转录组注释
通用基因表达(GTEx)
基因表达在发展脉络(BrainCloud)
补充说明:
共有269个时间点秘密策划,n = 38胎儿样本(x = 1) 38分到来。每个三角形代表一个时间点。
基因表达的时空变化(BrainSpan)
补充说明:
SC:分皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶部皮层
某胎儿(13 - 26 postconception周),ST2:婴儿早期到晚期的童年(4个月到11年),和ST3:青春期到成年(13 - 23年)
代表低25%,显示的栏上25%的表达分布。
没有大脑中的基因区域
部分诉通路注释
| 路径名称 | 通道尺寸 | # SZGR 2.0基因通路 | 信息 |
|---|---|---|---|
| 开回应前列腺素E2 DN | 391年 | 222年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 金正日MYC放大目标 | 201年 | 127年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 里克曼转移了 | 344年 | 180年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| 小山SEMA3B DN的目标 | 411年 | 249年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| MOLENAAR CCND1和到的目标 | 67年 | 48 | 所有SZGR 2.0基因通路 |
| WHITFIELD细胞周期G1 | 148年 | 95年 | 所有SZGR 2.0基因通路 |