基因页：HCN1
Summary？
| 基因ID | 348980 |
| 象征 | HCN1 |
| 同义词 | BCNG-1 | BCNG1 | EIEE24 | HAC-2 |
| 描述 | 超极化活化的环状核苷酸门通道1 |
| 参考 | MIM：602780|HGNC：HGNC：4845|Ensembl:ENSG00000164588|HPRD：09099|Vega：Otthumg00000131155 |
| 基因类型 | 蛋白质编码 |
| 地图位置 | 5p12 |
| Pascal P值 | 5.11E-7 |
| 胎儿β | -0.982 |
| DMG | 1（＃研究） |
| 支持 | 配体门控离子信号传导 |
数据源中的基因
| 基因集名称 | 基因组方法 | 描述 | 信息 |
|---|---|---|---|
| 简历：Gwascat | 全基因组关联研究 | 该数据集包括与精神分裂症相关的560个SNP。总共将486个基因映射到50kb内的这些SNP。 | |
| 简历：PGC128 | 全基因组协会研究 | 多达36,989例和113,075个对照的多阶段精神分裂症GWA。由PGC的精神分裂症工作组报告。128个跨越108个基因座的独立协会 | |
| 简历：PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
| DMG：Wockner_2014 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括4641个差异甲基化探针，对应于精神分裂症患者（n = 24）和对照组（n = 24）之间的2929个独特基因。 | 1 |
| PMID：cooccur | 高通量文献搜索 | PubMed中的系统搜索与SCZ关键字共发生的基因。总共包括3027个基因。 | |
| 文学 | 高通量文献搜索 | 与精神分裂症关键词共同存在：精神分裂症，精神分裂症 | 点击显示详细信息 |
| go_annotation | 将与神经相关的关键字映射到基因本体论注释 | 与神经相关关键字的命中：2 |
第一节遗传学和表观遗传学注释
简历：PGC128
简历：PGC128| SNP ID | 染色体 | 位置 | 等位基因 | p | 功能 | 基因 | 向上/向下距离 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| RS1501357 | CHR5 | 45364875 | TC | 1.236E-8 | 内含子 | HCN1 |
差异甲基化基因
| 探测 | 染色体 | 位置 | 最近的基因 | p（dis） | beta（dis） | fdr（dis） | 学习 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| CG05964600 | 5 | 45288543 | HCN1 | 5.297E-4 | -0.493 | 0.048 | DMG：Wockner_2014 |
第二节。转录组注释
一般基因表达（GTEX）
Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）
脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。
时间变化的基因表达（brainspan）
脚注：
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。
大脑区域没有共表达基因
第三节。基因本体论注释
| 分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|
| 去：0000166 | 核苷酸结合 | IEA | - | |
| 去：0005515 | 蛋白质结合 | IEA | - | |
| 去：0005244 | 电压门控离子通道活性 | IEA | - | |
| 去：0005249 | 电压门控钾通道活动 | IEA | - | |
| 去：0005272 | 钠通道活性 | IEA | - | |
| GO:0030552 | 营地约束 | IEA | - | |
| 去：0030955 | 钾离子结合 | IEA | - | |
| GO:0031402 | 钠离子结合 | IEA | - | |
| 生物过程 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| 去：0006814 | 钠离子运输 | IEA | - | |
| 去：0006811 | 离子运输 | IEA | - | |
| 去：0006813 | 钾离子运输 | nas | 9405696 | |
| GO：0045176 | 顶蛋白定位 | IEA | - | |
| 细胞分量 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| GO：0030425 | 树突 | IEA | 神经元，轴突，树突（GO期限：6） | - |
| GO：0030424 | 轴突 | IEA | 神经元，轴突，神经递质（GO期限：6） | - |
| GO:0016020 | 膜 | IEA | - | |
| GO:0016021 | 膜不可或缺 | nas | 9405696 |
V.途径注释
| 路径名 | 路径大小 | ＃szgr 2.0基因 | 信息 |
|---|---|---|---|
| Reactome神经元系统 | 279 | 221 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Reactome钾通道 | 98 | 68 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Xu GH1自分泌目标 | 268 | 157 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Meissner Brain HCP带有H3K4ME3和H3K27ME3 | 1069 | 729 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| 具有H3K4ME2和H3K27ME3的Meissner NPC HCP | 349 | 234 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Mikkelsen NPC HCP带有H3K27ME3 | 341 | 243 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Mikkelsen MEF HCP带有H3K27ME3 | 590 | 403 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| SMAD1和SMAD5 DN抑制Pangas肿瘤 | 157 | 106 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Servitja Islet HNF1A靶向 | 163 | 111 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
| Zwang仅通过第一egf脉冲瞬时向上 | 1839年 | 928 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
第六节。microRNA注释
| mirna家族 | 目标位置 | mirna id | mirna seq | ||
|---|---|---|---|---|---|
| UTR开始 | UTR结束 | 匹配方法 | |||
| mir-10 | 2333 | 2340 | 1A，M8 | HSA-MIR-10A | uacccuguagauccgaauuugug |
| HSA-MIR-10B | uacccuguagaaccgaauuugu | ||||
| mir-135 | 2612 | 2619 | 1A，M8 | HSA-MIR-135A | Uauggcuuuuuuuuccuauga |
| HSA-MIR-135B | UAUGGCUUUUCAUUCCUAUGUG | ||||
| mir-141/200a | 218 | 225 | 1A，M8 | HSA-MIR-141 | UAACACUGUCUGGUAAAGAUGG |
| HSA-MIR-200A | uaacacugucuguguguguaaacgaugu | ||||
| mir-224 | 1145 | 1151 | 1a | HSA-MIR-224 | caagucacuaguguguccuuua |
| mir-381 | 939 | 945 | M8 | HSA-MIR-381 | uauacaagggcaagcucucugu |
| mir-410 | 2174 | 2180 | 1a | HSA-MIR-410 | aauauaacacagauggcugu |
| mir-431 | 2027 | 2033 | M8 | HSA-MIR-431 | uguugcaggccguauga |
| mir-485-3p | 2567 | 2573 | M8 | hsa-miR-485-3p | gucauacgggcucucucucucucu |
| miR-496 | 140 | 146 | 1a | HSA-MIR-496 | Auuacauggccaaucuc |
| mir-543 | 700 | 706 | 1a | HSA-MIR-543 | aaacauucgcggugcacuucu |
| mir-544 | 19 | 25 | 1a | HSA-MIR-544 | auucugcauuuuuuagcaagu |
| mir-7 | 229 | 235 | M8 | HSA-MIR-7SZ | Uggaagacuaguuuuuguug |