Gene Page:IL4

概括?
基因 3565
象征 IL4
Synonyms BCGF-1|BCGF1|BSF-1|BSF1|IL-4
Description interleukin 4
Reference MIM:147780|HGNC：HGNC：6014|Ensembl:ENSG00000113520|HPRD：00989|Vega:OTTHUMG00000059724
Gene type protein-coding
Map location 5Q31.1
Pascal p-value 0.248
eGene Myers' cis & trans

数据源中的基因
Gene set name Method of gene set Description Info
CV:PGCnp Genome-wide Association Study GWAS
PMID:cooccur High-throughput literature-search Systematic search in PubMed for genes co-occurring with SCZ keywords. A total of 3027 genes were included.
Association A combined odds ratio method (Sun et al. 2008），协会研究 2 Link to SZGene
GSMA_I Genome scan meta-analysis Psr: 0.0032
Literature High-throughput literature-search Co-occurance with Schizophrenia keywords: schizophrenia,schizophrenias 点击to show details

第一节遗传学和表观遗传学注释

@eQTL annotation

SNP ID Chromosome Position eGene Gene Entrez ID pvalue qvalue TSS distance eQTL type
rs1382417 chr3 27953633 IL4 3565 0.19 trans

Section II. Transcriptome annotation

General gene expression (GTEx)

Not available

Gene expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

Top co-expressed genes in brain regions

Top 10 positively co-expressed genes
Gene Pearson's Correlation Spearman's Correlation
NPEPL1 0.75 0.65
SCNN1D 0.75 0.68
AP1G2 0.74 0.67
HSF4 0.74 0.69
INHA 0.73 0.59
Col7a1 0.72 0.62
ACCN3 0.71 0.69
MAN2C1 0.71 0.69
COL11A2 0.70 0.61
CPT1B 0.70 0.64
Top 10 negatively co-expressed genes
Gene Pearson's Correlation Spearman's Correlation
GUCY1A2 -0.30 -0.23
ppm1l -0.27 -0.15
AL512631.1 -0.26 -0.13
ABCD2 -0.25 -0.18
SEC62 -0.25 -0.28
SOX5 -0.25 -0.08
mobkl3 -0.24 -0.24
GNAI1 -0.24 -0.17
ppm1e -0.24 -0.14
UBE2K -0.24 -0.24

Section III. Gene Ontology annotation

Molecular function 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
去：0005136 interleukin-4 receptor binding TAS 11418631
GO:0005515 protein binding 新闻学会 8266078
生物过程 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0006968 cellular defense response TAS 10725748
GO:0008203 cholesterol metabolic process ISS 11971948
GO:0048304 同种型切换到IgG同种型的正调控 ISS -
GO:0006935 chemotaxis TAS 10725748
GO：0042523 positive regulation of tyrosine phosphorylation of Stat5 protein IEA -
去：0043066 negative regulation of apoptosis ISS -
GO:0042325 regulation of phosphorylation ISS -
GO:0042104 活化T细胞增殖的阳性调节 IEA -
GO:0030890 积极的调节B细胞反对堕胎ation ISS -
去：0042092 T-helper 2 type immune response TAS 11676128
GO：0048295 positive regulation of isotype switching to IgE isotypes ISS -
GO:0030183 B cell differentiation TAS 11418631
GO:0045944 positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter ISS -
GO:0045189 connective tissue growth factor biosynthetic process TAS 11967989
GO:0045191 regulation of isotype switching TAS 11418631
GO:0050731 positive regulation of peptidyl-tyrosine phosphorylation IEA -
GO:0050776 regulation of immune response ISS -
GO：0045348 MHC II类生物合成过程的积极调节 ISS -
GO:0045671 negative regulation of osteoclast differentiation ISS -
Cellular component 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0005576 extracellular region IEA -
GO:0005615 extracellular space TAS 11418631

V.途径注释

Pathway name Pathway size # SZGR 2.0 genes in pathway Info
KEGG CYTOKINE CYTOKINE RECEPTOR INTERACTION 267 161 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KEGG JAK STAT SIGNALING PATHWAY 155 105 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KEGG HEMATOPOIETIC CELL LINEAGE 88 60 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KEGG T CELL RECEPTOR SIGNALING PATHWAY 108 89 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KEGG FC EPSILON RI SIGNALING PATHWAY 79 58 该途径中的所有SZGR 2.0基因
IGA生产的KEGG肠道免疫网络 48 36 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KEGG LEISHMANIA INFECTION 72 56 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KEGG ASTHMA 30 25 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KEGG自身免疫性甲状腺疾病 53 49 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KEGG ALLOGRAFT REJECTION 38 34 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BIOCARTA ASBCELL PATHWAY 12 11 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BIOCARTA CYTOKINE PATHWAY 22 16 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BIOCARTA INFLAM PATHWAY 29 24 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BIOCARTA DC PATHWAY 22 20 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Biocarta GATA3途径 16 15 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BIOCARTA IL4 PATHWAY 11 8 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BIOCARTA IL5 PATHWAY 10 9 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BIOCARTA STEM PATHWAY 15 13 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BIOCARTA TOB1 PATHWAY 21 14 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Biocarta NKT途径 29 21 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BIOCARTA TH1TH2 PATHWAY 19 14 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BIOCARTA 41BB PATHWAY 17 15 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ST INTERLEUKIN 4 PATHWAY 26 18 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID NOTCH PATHWAY 59 49 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID IL4 2PATHWAY 65 43 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID CD40 PATHWAY 31 26 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID IL12 2PATHWAY 63 54 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID NFAT TFPATHWAY 47 39 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID REG GR PATHWAY 82 60 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID AP1 PATHWAY 70 60 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID IL2 STAT5 PATHWAY 30 23 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID TCR CALCIUM PATHWAY 29 23 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ROYLANCE BREAST CANCER 16Q COPY NUMBER UP 63 44 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DEBOSSCHER NFKB TARGETS REPRESSED BY GLUCOCORTICOIDS 24 18 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PUJANA BRCA1 PCC NETWORK 1652 1023 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PUJANA ATM PCC NETWORK 1442 892 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PUJANA CHEK2 PCC NETWORK 779 480 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BRUNO HEMATOPOIESIS 66 48 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KUMAR TARGETS OF MLL AF9 FUSION 405 264 该途径中的所有SZGR 2.0基因
伊万诺娃造血干细胞长期 302 191 该途径中的所有SZGR 2.0基因
JU AGING TERC TARGETS UP 10 6 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HOFFMANN LARGE TO SMALL PRE BII LYMPHOCYTE UP 163 102 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BUDHU LIVER CANCER METASTASIS UP 10 7 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ONO AML1 TARGETS DN 41 25 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ONO FOXP3 TARGETS DN 42 23 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WORSCHECH TUMOR EVASION AND TOLEROGENICITY UP 30 19 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GREGORY SYNTHETIC LETHAL WITH IMATINIB 145 83 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BRUINS UVC RESPONSE VIA TP53 GROUP A 898 516 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZWANG TRANSIENTLY UP BY 2ND EGF PULSE ONLY 1725 838 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NABA SECRETED FACTORS 344 197 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NABA MATRISOME ASSOCIATED 753 411 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NABA MATRISOME 1028 559 该途径中的所有SZGR 2.0基因

Section VI. microRNA annotation

miRNA family Target position miRNA ID miRNA seq
UTR start UTR end Match method
miR-410 45 51 1A hsa-miR-410 aauauaacacagauggcugu