基因页：IRF4

概括?
基因ID 3662
Symbol IRF4
同义词 LSIRF | MUM1 | NF-EM5 | SHEP8
描述 干扰素调节因子4
参考 MIM:601900|HGNC:HGNC:6119|Ensembl:ENSG00000137265|HPRD:03543|Vega:OTTHUMG00000016294
基因type protein-coding
地图位置 6p25.3
Pascal P值 0.921
Fetal beta -0.194
DMG 1（＃研究）
eGene Meta

数据源中的基因
基因set name 基因组方法 描述 Info
CV:GWAScat 全基因组关联研究 This data set includes 560 SNPs associated with schizophrenia. A total of 486 genes were mapped to these SNPs within 50kb.
CV：GWASDB 全基因组关联研究 gwasdbrecords for schizophrenia
简历：PGCNP Genome-wide Association Study GWAS
DMG:Wockner_2014 Genome-wide DNA methylation analysis This dataset includes 4641 differentially methylated probes corresponding to 2929 unique genes between schizophrenia patients (n=24) and controls (n=24). 1
GSMA_I 基因组扫描荟萃分析 Psr: 0.0159
GO_Annotation Mapping neuro-related keywords to Gene Ontology annotations Hits with neuro-related keywords: 1

第一节遗传学和表观遗传学注释

@Differentially methylated gene

探测 Chromosome Position Nearest gene P (dis) beta（dis） FDR (dis) Study
cg06223767 6 393616 IRF4 8.83E-7 -0.302 0.007 DMG:Wockner_2014


Section II. Transcriptome annotation

基因ral gene expression (GTEx)

Not available

基因expression during devlopment (BrainCloud)

脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。

基因expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

Top co-expressed genes in brain regions

Top 10 positively co-expressed genes
基因 皮尔逊的相关性 Spearman's Correlation
lilrb1 0.72 0.63
FGD2 0.72 0.70
AC055839.1 0.71 0.69
DEF6 0.70 0.71
PRAM1 0.68 0.71
P2RX7 0.67 0.70
COBL 0.67 0.68
CSF3R 0.67 0.71
WDFY4 0.67 0.68
TPPP 0.67 0.64
前10个负共表达基因
基因 皮尔逊的相关性 Spearman's Correlation
RPSA -0.40 -0.53
RPL18 -0.40 -0.58
TUBB2B -0.39 -0.43
RPL5 -0.39 -0.50
RPL24 -0.39 -0.56
RPL35 -0.39 -0.54
PPP1R14B -0.39 -0.56
RPS6 -0.39 -0.55
rps3p3 -0.39 -0.54
RPS9 -0.38 -0.53

Section III. Gene Ontology annotation

Molecular function GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
去：0003700 转录因子活性 NAS 8657101|12374808
去：0003702 RNA polymerase II transcription factor activity 塔斯 8921401
去：0008134 transcription factor binding NAS 12374808
GO:0016563 转录激活剂活性 IDA 12374808
GO:0016563 转录激活剂活性 ISS -
Biological process GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0043011 髓样树枝状细胞分化 IEA dendrite (GO term level: 10) -
GO:0006355 regulation of transcription, DNA-dependent IEA -
GO:0006355 regulation of transcription, DNA-dependent NAS 8657101
GO：0042110 T cell activation NAS 12374808
GO：0045368 白介素13生物合成过程的正调节 IDA 12374808
GO：0045368 白介素13生物合成过程的正调节 ISS -
GO：0045622 调节辅助细胞产生rentiation NAS 12374808
GO:0045941 转录的正调节 IDA 12374808
GO:0045941 转录的正调节 ISS -
GO:0045086 positive regulation of interleukin-2 biosynthetic process IDA 12374808
GO:0045086 positive regulation of interleukin-2 biosynthetic process ISS -
GO:0045082 白介素-10生物合成过程的阳性调节 IDA 12374808
GO:0045082 白介素-10生物合成过程的阳性调节 ISS -
GO:0045404 白介素-4生物合成过程的阳性调节 IDA 12374808
GO:0045404 白介素-4生物合成过程的阳性调节 ISS -
细胞分量 GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0005634 核 IC 12374808
GO:0005634 核 NAS 8657101
GO:0005737 细胞质 IDA 18029348

V.途径注释

Pathway name Pathway size ＃szgr 2.0基因 Info
PID IL4 2 Pathway 65 43 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID NFAT TFPATHWAY 47 39 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome干扰素伽马信号传导 63 48 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME INTERFERON ALPHA BETA SIGNALING 64 50 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME INTERFERON SIGNALING 159 116 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome免疫系统 933 616 该途径中的所有SZGR 2.0基因
免疫系统中的反应组细胞因子信号传导 270 204 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Fulcher炎症反应凝集素与LPS 579 346 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NUP98 HOXA9 Fusion 16D的Takeda目标 175 108 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BILBAN B CLL LPL UP 63 39 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TONKS TARGETS OF RUNX1 RUNX1T1 FUSION MONOCYTE DN 54 38 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHOU INFLAMMATORY RESPONSE FIMA DN 284 156 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHEBOTAEV GR TARGETS DN 120 73 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PEREZ TP53 TARGETS 1174 695 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KLEIN TARGETS OF BCR ABL1 FUSION 45 34 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MYLLYKANGAS AMPLIFICATION HOT SPOT 15 13 9 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Schlosser血清反应DN 712 443 该途径中的所有SZGR 2.0基因
真菌IL2信号2 12 8 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FUNG IL2 TARGETS WITH STAT5 BINDING SITES T1 9 7 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TSAI对电离辐射的响应 149 101 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HATADA METHYLATED IN LUNG CANCER UP 390 236 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PUJANA BRCA1 PCC NETWORK 1652 1023 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PUJANA ATM PCC NETWORK 1442 892 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PUJANA CHEK2 PCC NETWORK 779 480 该途径中的所有SZGR 2.0基因
pasqualucci淋巴瘤通过GC阶段 283 177 该途径中的所有SZGR 2.0基因
与H3K27me3的Benporath ES 1118 744 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Shen Smarca2靶向DN 357 212 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SHIN B CELL LYMPHOMA CLUSTER 2 30 23 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MORI SMALL PRE BII LYMPHOCYTE UP 86 57 该途径中的所有SZGR 2.0基因
tarte浆细胞与B淋巴细胞向上 78 51 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BROCKE APOPTOSIS REVERSED BY IL6 144 98 该途径中的所有SZGR 2.0基因
克莱因原发性积液淋巴瘤 51 29 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SASAKI ADULT T CELL LEUKEMIA 176 122 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Sansom APC目标DN 366 238 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Lenaour树突状细胞成熟 114 84 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HADDAD B LYMPHOCYTE PROGENITOR 293 193 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Basso CD40信号向上 101 76 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KUMAR TARGETS OF MLL AF9 FUSION 405 264 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SU THYMUS 20 12 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BROWNE HCMV INFECTION 8HR UP 105 73 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SAFFORD T LYMPHOCYTE ANERGY 87 54 该途径中的所有SZGR 2.0基因
麦克拉克兰牙科龋齿 253 147 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Gavin Foxp3目标集群T4 94 69 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHENG BOUND BY FOXP3 491 310 该途径中的所有SZGR 2.0基因
由Foxp3绑定的Marson未刺激 1229 713 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHENG FOXP3 TARGETS IN THYMUS UP 196 137 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Heller HDAC靶向由甲基化DN沉默 281 179 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WORSCHECH TUMOR REJECTION UP 56 32 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WEST ADRENOCORTICAL TUMOR DN 546 362 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GRESHOCK CANCER COPY NUMBER UP 323 240 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Goldrath抗原反应 346 192 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RUTELLA RESPONSE TO CSF2RB AND IL4 UP 338 225 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RUTELLA RESPONSE TO HGF UP 418 282 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RUTELLA RESPONSE TO HGF VS CSF2RB AND IL4 DN 245 150 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SHEDDEN LUNG CANCER GOOD SURVIVAL A12 317 177 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SHAFFER IRF4 MULTIPLE MYELOMA PROGRAM 36 25 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SHAFFER IRF4 TARGETS IN PLASMA CELL VS MATURE B LYMPHOCYTE 67 51 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SHAFFER IRF4 TARGETS IN ACTIVATED B LYMPHOCYTE 81 66 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SHAFFER IRF4 TARGETS IN ACTIVATED DENDRITIC CELL 65 49 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHAN EARLY DIFFERENTIATION GENES UP 7 6 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ONO AML1 TARGETS DN 41 25 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ONO FOXP3 TARGETS DN 42 23 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DANG BOUND BY MYC 1103 714 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ACOSTA PROLIFERATION INDEPENDENT MYC TARGETS DN 116 74 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KASLER HDAC7 TARGETS 1 UP 194 133 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WAKABAYASHI ADIPOGENESIS PPARG BOUND 8D 658 397 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BOSCO ALLERGEN INDUCED TH2 ASSOCIATED MODULE 151 86 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BOSCO TH1细胞毒性模块 114 62 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZWANG TRANSIENTLY UP BY 2ND EGF PULSE ONLY 1725年 838 该途径中的所有SZGR 2.0基因

Section VI. microRNA annotation

miRNA family 目标位置 mirna id miRNA seq
UTR start UTR end Match method
mir-125/351 592 599 1A,m8 HSA-MIR-125B脑 UCCCUGAGACCCUAACUUGUGA
HSA-MIR-125A脑 UCCCUGAGACCCUUUAACCUGUG
mir-128 436 443 1A,m8 HSA-MIR-128A UCACAGUGAACCGGUCUCUUUU
HSA-MIR-128B UCACAGUGAACCGGUCUCUUUC
mir-27 437 444 1A,m8 hsa-miR-27a脑 UUCACAGUGGCUAAGUUCCGC
hsa-miR-27b脑 UUCACAGUGGCUAAGUUCUGC
miR-30-5p 461 468 1A,m8 hsa-miR-30a-5p UGUAAACAUCCUCGACUGGAAG
HSA-MIR-30C脑 uguaaacauccuacucucucucucagc
HSA-MIR-30DSZ uguaaacauccccgacuggaag
HSA-MIR-30BSZ UGUAAACAUCCUACACUCAGCU
HSA-MIR-30E-5P uguaaacauccuugacugga