概括
基因 3700
象征 ITIH4
同义词 gp120 | h4p | ihrp | iti-hc4 | itihl1 | pk-1220 | pk120
描述 α-丁字裤抑制蛋白抑制剂重链家庭成员4
参考 MIM:600564|HGNC:HGNC:6169|Ensembl:ENSG00000055955|HPRD:02781|Vega:Otthumg00000159023
基因类型 蛋白质编码
地图位置 3P21.1
Pascal P值 1.521E-10
Sherlock P值 0.118
胎儿β -0.564
主持人 迈尔斯的顺式和跨性别

数据源中的基因
基因集名称 基因组方法 描述 信息
简历:Gwascat 全基因组关联研究 该数据集包括与精神分裂症相关的560个SNP。总共将486个基因映射到50kb内的这些SNP。
CV:GWASDB 全基因组关联研究 精神分裂症的GWASDB记录
简历:PGC128 全基因组协会研究 多达36,989例和113,075个对照的多阶段精神分裂症GWA。由PGC的精神分裂症工作组报告。128个跨越108个基因座的独立协会
简历:PGCNP 全基因组协会研究 GWAS
LK:是的 全基因组协会研究 该数据集包括映射到22个区域的99个基因。CV:RIPKE_2013中还包括24个领先的SNP
PMID:cooccur 高通量文献搜索 PubMed中的系统搜索与SCZ关键字共发生的基因。总共包括3027个基因。
文学 高通量文献搜索 与精神分裂症关键词共同存在:精神分裂症,精神分裂症,精神分裂症 点击显示详细信息

第一节遗传学和表观遗传学注释

@简历:PGC128

SNP ID 染色体 位置 等位基因 p 功能 基因 向上/向下距离
RS2535627 CHR3 52845105 TC 3.956e-11 基因间 ITIH3,ITIH4 dist = 2080; dist = 1901

@EQTL注释

SNP ID 染色体 位置 主持人 Gene Entrez ID PVALUE QVALUE TSS距离 EQTL类型
RS1961958 CHR3 52585989 ITIH4 3700 0.18 顺式
RS6778844 CHR3 52596397 ITIH4 3700 0.02 顺式
RS2336545 CHR3 52787602 ITIH4 3700 0.18 顺式
RS2240920 CHR3 52831008 ITIH4 3700 0.1 顺式
RS2276817 CHR3 52860935 ITIH4 3700 0 顺式
RS3733047 CHR3 52871928 ITIH4 3700 0.03 顺式
RS6803519 CHR3 52889770 ITIH4 3700 0 顺式
RS2581815 CHR3 52982158 ITIH4 3700 0.01 顺式
RS2336669 CHR3 52994137 ITIH4 3700 0.01 顺式
RS4519686 CHR3 52997870 ITIH4 3700 0.04 顺式
RS17304995 CHR3 53070754 ITIH4 3700 0.01 顺式
RS2276817 CHR3 52860935 ITIH4 3700 0.11 反式
RS6803519 CHR3 52889770 ITIH4 3700 0.19 反式

第二节。转录组注释

一般基因表达(GTEX)

无法使用

Devlopment期间的基因表达(BrainCloud)

脚注:
总共绘制了269个时间点,n = 38个胎儿样品(x = 1:38)。每个三角形代表一个时间点。

时间变化的基因表达(brainspan)

脚注:
SC:亚皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶皮层
ST1:胎儿(13-26个概念后周),ST2:婴儿早期至童年(4个月至11年)和ST3:青春期至成年期(13-23年)
所示的栏表示表达分布的较低25%和上层25%。

大脑区域的顶级共表达基因

前10个积极共表达的基因
基因 皮尔逊的相关性 斯皮尔曼的相关性
ddit4 0.69 0.45
KDM3A 0.66 0.58
TMPO 0.66 0.55
Hist2H2BE 0.65 0.56
ZFP36L1 0.65 0.57
HES1 0.64 0.43
MCL1 0.64 0.61
VEGFA 0.64 0.53
ZNF143 0.63 0.52
sord 0.63 0.56
前10个负共表达基因
基因 皮尔逊的相关性 斯皮尔曼的相关性
cldnd2 -0.40 -0.47
C5orf53 -0.40 -0.46
AF347015.21 -0.39 -0.49
ifi27 -0.39 -0.44
MT-CO2 -0.37 -0.45
AF347015.27 -0.36 -0.44
AF347015.31 -0.36 -0.42
C1orf54 -0.36 -0.44
PSMB9 -0.35 -0.37
higd1b -0.35 -0.41

V.途径注释

路径名 路径大小 #szgr 2.0基因 信息
Corre多发性骨髓瘤 74 45 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Hoebeke淋巴干细胞向上 95 64 该途径中的所有SZGR 2.0基因
tarte浆细胞与Plasmablast向上 398 262 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HSIAO肝特异性基因 244 154 该途径中的所有SZGR 2.0基因
iglesias e2f目标dn 16 11 该途径中的所有SZGR 2.0基因
王顺铂反应和XPC DN 228 146 该途径中的所有SZGR 2.0基因
阿尔茨海默氏症疾病 1691年 1088 该途径中的所有SZGR 2.0基因
李肝癌 49 29 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Stearman肿瘤场效应 36 22 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Stearman肺癌早期与晚期 125 89 该途径中的所有SZGR 2.0基因
甜肺癌克拉斯 491 316 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Boyault肝癌子类G123 DN 51 30 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Hoshida肝癌亚类S3 266 180 该途径中的所有SZGR 2.0基因
开罗肝母细胞瘤DN 267 160 该途径中的所有SZGR 2.0基因
开罗肝母细胞瘤课程DN 210 141 该途径中的所有SZGR 2.0基因
开罗肝脏发展DN 222 141 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FEVR CTNNB1靶向 682 433 该途径中的所有SZGR 2.0基因
wakabayashi脂肪形成PPARG绑定8D 658 397 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NABA ECM监管机构 238 125 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NABA女性相关 753 411 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NABA矩阵 1028 559 该途径中的所有SZGR 2.0基因