基因页：AGRN

概括?
GeneID 375790
Symbol AGRN
同义词 CMS8 | CMSPPD
描述 一咧嘴
参考 MIM:103320|HGNC:HGNC:329|Ensembl:ENSG00000188157|HPRD：10550|Vega：Otthumg0000000040778
Gene type protein-coding
地图位置 1p36.33
Pascal P值 0.488
Fetal beta 0.811
DMG 1（＃研究）
eGene Meta
支持 细胞粘附和透射信号传导
COMPOSITESET
Darnell FMRP targets

数据源中的基因
Gene set name 基因组方法 描述 Info
简历：PGCNP 全基因组协会研究 GWAS
DMG:Wockner_2014 Genome-wide DNA methylation analysis This dataset includes 4641 differentially methylated probes corresponding to 2929 unique genes between schizophrenia patients (n=24) and controls (n=24). 1
GO_Annotation Mapping neuro-related keywords to Gene Ontology annotations Hits with neuro-related keywords: 4

第一节遗传学和表观遗传学注释

@Differentially methylated gene

探测 Chromosome Position Nearest gene P (dis) beta（dis） FDR (dis) Study
cg12469361 1 982189 AGRN 3.159E-4 0.292 0.04 DMG:Wockner_2014


Section II. Transcriptome annotation

General gene expression (GTEx)

无法使用

Gene expression during devlopment (BrainCloud)

脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。

Gene expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

大脑区域没有共表达基因


Section III. Gene Ontology annotation

Molecular function 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0016783 sulfurtransferase activity IEA -
GO:0005200 structural constituent of cytoskeleton 塔斯 9652404
GO:0030548 acetylcholine receptor regulator activity IEA -
GO:0043236 laminin binding 塔斯 9652404
Biological process 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO：0045162 clustering of voltage-gated sodium channels 塔斯 neuron, axon (GO term level: 12) 9405491
GO:0008582 regulation of synaptic growth at neuromuscular junction IEA Synap (GO term level: 12) -
GO:0007528 neuromuscular junction development IEA Synap (GO term level: 10) -
GO：0045213 neurotransmitter receptor metabolic process IEA Synap, Neurotransmitter (GO term level: 7) -
GO:0007213 acetylcholine receptor signaling, muscarinic pathway 塔斯 9405491
去：0007165 signal transduction 塔斯 9652404
去：0008033 tRNA processing IEA -
GO:0007009 plasma membrane organization IEA -
GO:0043113 受体聚类 IDA 15340048
GO:0043113 受体聚类 小鬼 9151673
GO:0045944 积极的调控的转录RNA polymerase II promoter IEA -
细胞分量 去的术语 Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0005576 extracellular region IEA -
GO:0005578 蛋白质细胞外基质 IEA -
GO:0005605 basal lamina IDA 9405491
GO:0005615 extracellular space IEA -
GO:0005737 细胞质 IEA -
GO:0009986 cell surface IEA -

V.途径注释

Pathway name Pathway size ＃szgr 2.0基因 Info
KEGG ECM RECEPTOR INTERACTION 84 53 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome发育生物学 396 292 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome HS堵嘴降解 20 15 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME CHONDROITIN SULFATE DERMATAN SULFATE METABOLISM 49 33 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME HS GAG BIOSYNTHESIS 31 17 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME HEPARAN SULFATE HEPARIN HS GAG METABOLISM 52 33 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome糖胺聚糖代谢 111 69 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME A TETRASACCHARIDE LINKER SEQUENCE IS REQUIRED FOR GAG SYNTHESIS 25 17 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME AXON GUIDANCE 251 188 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME NCAM1 INTERACTIONS 39 27 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME NCAM SIGNALING FOR NEURITE OUT GROWTH 64 49 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME METABOLISM OF CARBOHYDRATES 247 154 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NAKAMURA TUMOR ZONE PERIPHERAL VS CENTRAL DN 634 384 该途径中的所有SZGR 2.0基因
渡边直肠癌放射疗法反应性DN 92 51 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GARY CD5 TARGETS UP 473 314 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Ginestier乳腺癌Znf217扩增DN 335 193 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MULLIGHAN MLL SIGNATURE 1 DN 242 165 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MULLIGHAN MLL SIGNATURE 2 DN 281 186 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DELYS THYROID CANCER UP 443 294 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CHIARADONNA NEOPLASTIC TRANSFORMATION CDC25 DN 153 100 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARKEY RB1 ACUTE LOF UP 215 137 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PAX3 FOXO1融合的Ebauer目标 207 128 该途径中的所有SZGR 2.0基因
patil肝癌 747 453 该途径中的所有SZGR 2.0基因
OXFORD RALA OR RALB TARGETS DN 24 17 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LI WILMS TUMOR VS FETAL KIDNEY 2 DN 51 42 该途径中的所有SZGR 2.0基因
liang造血细胞数量小vs巨大 38 29 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GROSS HYPOXIA VIA ELK3 AND HIF1A DN 103 71 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NUYTTEN EZH2 TARGETS UP 1037 673 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LIAO METASTASIS 539 324 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TAGHAVI NEOPLASTIC TRANSFORMATION 12 10 该途径中的所有SZGR 2.0基因
AMIT EGF RESPONSE 480 HELA 164 118 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SUNG METASTASIS STROMA UP 110 70 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ONDER CDH1 TARGETS 2 DN 464 276 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ROSS AML WITH PML RARA FUSION 77 62 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LIN APC TARGETS 77 55 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PETROVA ENDOTHELIUM LYMPHATIC VS BLOOD DN 162 102 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LI WILMS TUMOR VS FETAL KIDNEY 1 UP 182 119 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Bennett系统性狼疮红斑 31 21 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RADMACHER AML PROGNOSIS 78 52 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RAMASWAMY METASTASIS DN 61 47 该途径中的所有SZGR 2.0基因
通过nova2拼接 43 38 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BLALOCK ALZHEIMERS DISEASE UP 1691年 1088 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DASU IL6 SIGNALING SCAR UP 30 21 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DEBIASI APOPTOSIS BY REOVIRUS INFECTION DN 287 208 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BAELDE DIABETIC NEPHROPATHY DN 434 302 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHONG SECRETOME OF LUNG CANCER AND MACROPHAGE 77 50 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHONG SECRETOME OF LUNG CANCER AND FIBROBLAST 132 93 该途径中的所有SZGR 2.0基因
促进耐受巨噬细胞DN 409 268 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HELLER SILENCED BY METHYLATION UP 282 183 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HELLER HDAC TARGETS UP 317 208 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HELLER HDAC TARGETS SILENCED BY METHYLATION UP 461 298 该途径中的所有SZGR 2.0基因
AMUNDSON POOR SURVIVAL AFTER GAMMA RADIATION 2G 171 96 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Lee Liver Cancer生存DN 175 103 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Yagi AML带8 21易位 368 247 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DASU IL6 SIGNALING UP 59 44 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PILON KLF1 TARGETS UP 504 321 该途径中的所有SZGR 2.0基因
JOHNSTONE PARVB TARGETS 3 UP 430 288 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BRUINS UVC RESPONSE VIA TP53 GROUP A 898 516 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BRUINS UVC RESPONSE VIA TP53 GROUP B 549 316 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BRUINS UVC RESPONSE VIA TP53 GROUP C 92 60 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BRUINS UVC RESPONSE LATE 1137 655 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Lee BMP2目标 745 475 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ALFANO MYC TARGETS 239 156 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PHONG TNF RESPONSE VIA P38 COMPLETE 227 151 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PHONG TNF RESPONSE VIA P38 PARTIAL 160 106 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NABA ECM GLYCOPROTEINS 196 99 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NABA核心母质 275 148 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NABA BASEMENT MEMBRANES 40 22 该途径中的所有SZGR 2.0基因
NABA矩阵 1028 559 该途径中的所有SZGR 2.0基因

Section VI. microRNA annotation

miRNA family 目标位置 mirna id miRNA seq
UTR start UTR end Match method
mir-128 471 477 1A HSA-MIR-128A UCACAGUGAACCGGUCUCUUUU
HSA-MIR-128B UCACAGUGAACCGGUCUCUUUC
mir-144 469 475 m8 hsa-miR-144 uacaguauagauguauguaguag
mir-27 471 477 m8 hsa-miR-27a脑 UUCACAGUGGCUAAGUUCCGC
hsa-miR-27b脑 UUCACAGUGGCUAAGUUCUGC