基因页:KCNJ10
概括?
基因 | 3766 |
象征 | KCNJ10 |
同义词 | birk-10 | kcnj13-pen | kir1.2 | kir4.1 |芝麻 |
描述 | 钾电源门控通道亚家族j成员10 |
参考 | MIM:602208|HGNC:HGNC:6256|ENSEMBL:ENSG00000177807|HPRD:03732|Vega:Otthumg00000024073 |
基因类型 | 蛋白质编码 |
地图位置 | 1q23.2 |
Sherlock P值 | 0.314 |
胎儿β | -2.301 |
支持 | 兴奋性 |
数据源中的基因
基因集名称 | 基因组方法 | 描述 | 信息 |
---|---|---|---|
简历:PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
PMID:cooccur | 高通量文献搜索 | PubMed中的系统搜索与SCZ关键字共发生的基因。总共包括3027个基因。 | |
GSMA_I | 基因组扫描荟萃分析 | PSR:0.0235 | |
GSMA_IIA | 基因组扫描荟萃分析(所有样品) | PSR:0.00814 | |
文学 | 高通量文献搜索 | 与精神分裂症关键词共同存在:精神分裂症,精神分裂症 | 点击显示详细信息 |
第一节遗传学和表观遗传学注释
第二节。转录组注释
一般基因表达(GTEX)
![无法使用](http://www.tjghsg.com/bioinfo/SZGR/GeneImg/KCNJ10_DE_GTEx.png)
Devlopment期间的基因表达(BrainCloud)
脚注:
总共绘制了269个时间点,n = 38个胎儿样品(x = 1:38)。每个三角形代表一个时间点。
时间变化的基因表达(brainspan)
脚注:
SC:亚皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶皮层
ST1:胎儿(13-26个概念后周),ST2:婴儿早期至童年(4个月至11年)和ST3:青春期至成年期(13-23年)
所示的栏表示表达分布的较低25%和上层25%。
大脑区域的顶级共表达基因
前10个积极共表达的基因 | ||
基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
FN1 | 0.84 | 0.84 |
LAMC1 | 0.80 | 0.78 |
itga1 | 0.79 | 0.79 |
喇嘛4 | 0.77 | 0.76 |
ETS1 | 0.76 | 0.73 |
AFAP1L1 | 0.76 | 0.72 |
CD93 | 0.74 | 0.77 |
NID1 | 0.74 | 0.78 |
VCL | 0.74 | 0.71 |
FAM124B | 0.73 | 0.64 |
前10个负共表达基因 | ||
基因 | 皮尔逊的相关性 | 斯皮尔曼的相关性 |
Trex1 | -0.42 | -0.51 |
AC018755.7 | -0.42 | -0.50 |
aspdh | -0.40 | -0.46 |
josd2 | -0.40 | -0.42 |
MT3 | -0.40 | -0.46 |
arl6ip4 | -0.39 | -0.46 |
CHCHD10 | -0.39 | -0.47 |
KB-1839H6.1 | -0.39 | -0.47 |
TMEM219 | -0.38 | -0.46 |
sftpc | -0.38 | -0.43 |
第三节。基因本体论注释
分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
---|---|---|---|---|
去:0000166 | 核苷酸结合 | IEA | - | |
去:0005515 | 蛋白质结合 | IEA | - | |
去:0005524 | ATP结合 | IEA | - | |
去:0005244 | 电压门控离子通道活性 | IEA | - | |
去:0005267 | 钾通道活动 | IEA | - | |
GO:0015272 | ATP激活的向内整流钾通道活性 | 塔斯 | 8995301 | |
去:0030955 | 钾离子结合 | IEA | - | |
生物过程 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
去:0006811 | 离子运输 | IEA | - | |
去:0006813 | 钾离子运输 | 塔斯 | 8995301 | |
细胞分量 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
去:0016020 | 膜 | IEA | - | |
去:0005887 | 质膜的积分 | 塔斯 | 8995301 |
V.途径注释
路径名 | 路径大小 | #szgr 2.0基因 | 信息 |
---|---|---|---|
跨化学突触的反应组传播 | 186 | 155 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Reactome神经元系统 | 279 | 221 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
反应组神经递质受体结合和突触后细胞中的下游传播 | 137 | 110 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
通过GBETA伽马亚基对电压门控Ca2通道的反应组抑制 | 25 | 17 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Reactome GABA B受体激活 | 38 | 26 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Reactome GABA受体激活 | 52 | 40 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Reactome钾通道 | 98 | 68 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
反应组向内纠正K通道 | 31 | 20 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Piccaluga血管免疫细胞淋巴瘤 | 205 | 140 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
与H3K27me3的Benporath ES | 1118 | 744 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Shen Smarca2靶向DN | 357 | 212 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
coates巨噬细胞M1 vs M2向上 | 81 | 52 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
阿塞维多肝癌DN | 540 | 340 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Yoshimura mapk8靶向 | 1305 | 895 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Meissner Brain HCP带有H3K4ME3和H3K27ME3 | 1069 | 729 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Meissner NPC HCP带有H3K4ME2 | 491 | 319 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Mikkelsen MEF HCP带有H3K27ME3 | 590 | 403 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Zwang仅通过第二EGF脉冲瞬时向上 | 1725年 | 838 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
第六节。microRNA注释
mirna家族 | 目标位置 | mirna id | mirna seq | ||
---|---|---|---|---|---|
UTR开始 | UTR结束 | 匹配方法 | |||
mir-17-5p/20/93.mr/106/519.D | 2221 | 2228 | 1A,M8 | HSA-MIR-17-5P | caaagugcuuacugcagguagu |
HSA-MIR-20A脑 | uaaagugcuuauagugcagguag | ||||
HSA-MIR-106A | aaaagugcuuacugugcagguagc | ||||
HSA-MIR-106BSZ | uaaagugcugacagugcagau | ||||
HSA-MIR-20BSZ | caaagugcuugugcagguag | ||||
HSA-MIR-519D | caaagugccucccuuuagugugu |