基因页：KCNMA1

概括?
GeneID 3778
Symbol KCNMA1
同义词 bktm | kca1.1 | maxik | sakca | slo | slo-alpha | slo1 | ba205k10.1 | mslo1
描述 钙钙激活的通道亚家族Mα1
参考 MIM:600150|HGNC:HGNC:6284|Ensembl：ENSG00000156113|HPRD：15967|Vega:OTTHUMG00000018543
Gene type protein-coding
地图位置 10q22.3
Pascal P值 0.011
Sherlock P值 0.02
Fetal beta -1.818
eGene Nucleus accumbens basal ganglia
梭子基底神经节
迈尔斯的顺式和跨性别
支持 EXCITABILITY
g2cdb.humanpsd
G2CDB.HUMANPSP
COMPOSITESET
Darnell FMRP targets

数据源中的基因
Gene set name 基因组方法 描述 Info
CV：GWASDB 全基因组关联研究 gwasdbrecords for schizophrenia
简历：PGCNP 全基因组协会研究 GWAS
PMID:cooccur 高通量文献搜索 Systematic search in PubMed for genes co-occurring with SCZ keywords. A total of 3027 genes were included.
文学 高通量文献搜索 与精神分裂症关键词共同存在：精神分裂症，精神分裂症 Click to show details
go_annotation Mapping neuro-related keywords to Gene Ontology annotations Hits with neuro-related keywords: 4

第一节遗传学和表观遗传学注释

@EQTL注释

SNP ID Chromosome Position eGene Gene Entrez ID PVALUE qvalue TSS distance eQTL type
RS877123 chr2 69944159 KCNMA1 3778 0.17 trans
RS17285269 chr5 36402793 KCNMA1 3778 0.02 trans
rs2199402 chr8 9201002 KCNMA1 3778 0.12 trans
rs7841407 chr8 9243427 KCNMA1 3778 0.04 trans
rs3848445 CHR17 14294020 KCNMA1 3778 0.03 trans
rs2673454 10 79363349 KCNMA1 ENSG00000156113.16 1.981E-6 0 35004 gtex_brain_putamen_basal
rs2673436 10 79363388 KCNMA1 ENSG00000156113.16 3.576E-7 0 34965 gtex_brain_putamen_basal
RS1473966 10 79363798 KCNMA1 ENSG00000156113.16 3.815E-7 0 34555 gtex_brain_putamen_basal
rs397775043 10 79364298 KCNMA1 ENSG00000156113.16 3.325E-7 0 34055 gtex_brain_putamen_basal
rs2670166 10 79365663 KCNMA1 ENSG00000156113.16 3.815E-7 0 32690 gtex_brain_putamen_basal
rs2619632 10 79365833 KCNMA1 ENSG00000156113.16 3.815E-7 0 32520 gtex_brain_putamen_basal
rs2673463 10 79369794 KCNMA1 ENSG00000156113.16 2.978E-7 0 28559 gtex_brain_putamen_basal
RS2670128 10 79369911 KCNMA1 ENSG00000156113.16 7.378E-7 0 28442 gtex_brain_putamen_basal
rs2246003 10 79370534 KCNMA1 ENSG00000156113.16 7.378E-7 0 27819 gtex_brain_putamen_basal
rs1877993 10 79373447 KCNMA1 ENSG00000156113.16 2.978E-7 0 24906 gtex_brain_putamen_basal
rs2619627 10 79374202 KCNMA1 ENSG00000156113.16 7.888e-8 0 24151 gtex_brain_putamen_basal
rs2619625 10 79376660 KCNMA1 ENSG00000156113.16 2.035E-7 0 21693 gtex_brain_putamen_basal
rs2673489 10 79377675 KCNMA1 ENSG00000156113.16 7.888e-8 0 20678 gtex_brain_putamen_basal
rs2673488 10 79377940 KCNMA1 ENSG00000156113.16 2.035E-7 0 20413 gtex_brain_putamen_basal
rs2673487 10 79378014 KCNMA1 ENSG00000156113.16 2.035E-7 0 20339 gtex_brain_putamen_basal
rs2619624 10 79379375 KCNMA1 ENSG00000156113.16 2.093E-7 0 18978 gtex_brain_putamen_basal
RS2280165 10 79380642 KCNMA1 ENSG00000156113.16 2.191E-7 0 17711 gtex_brain_putamen_basal
RS2395501 10 79382539 KCNMA1 ENSG00000156113.16 2.591E-7 0 15814 gtex_brain_putamen_basal
RS2255727 10 79383138 KCNMA1 ENSG00000156113.16 2.422E-7 0 15215 gtex_brain_putamen_basal
RS2255725 10 79383210 KCNMA1 ENSG00000156113.16 3.973E-6 0 15143 gtex_brain_putamen_basal
rs2619621 10 79385070 KCNMA1 ENSG00000156113.16 1.192E-6 0 13283 gtex_brain_putamen_basal
rs734949 10 79387112 KCNMA1 ENSG00000156113.16 2.603E-7 0 11241 gtex_brain_putamen_basal
rs10824556 10 79389828 KCNMA1 ENSG00000156113.16 8.202E-7 0 8525 gtex_brain_putamen_basal
rs7098001 10 79391115 KCNMA1 ENSG00000156113.16 1.565E-6 0 7238 gtex_brain_putamen_basal
RS2673406 10 79391584 KCNMA1 ENSG00000156113.16 2.5e-6 0 6769 gtex_brain_putamen_basal

Section II. Transcriptome annotation

General gene expression (GTEx)

无法使用

Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）

脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。

Gene expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

大脑区域没有共表达基因


Section III. Gene Ontology annotation

Molecular function GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0000287 镁离子结合 IEA -
去：0003824 catalytic activity IEA -
GO:0005509 钙离子结合 IEA -
GO:0005515 protein binding 新闻学会 10692449|15528406
GO:0005244 voltage-gated ion channel activity IEA -
GO:0005249 voltage-gated potassium channel activity 艾达 7877450|12388065
GO:0015269 calcium-activated potassium channel activity IEA -
GO:0030955 potassium ion binding IEA -
GO:0060072 large conductance calcium-activated potassium channel activity 艾达 7993625
Biological process GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
去：0007268 突触传输 ISS neuron, Synap, Neurotransmitter (GO term level: 6) -
GO：0019228 regulation of action potential in neuron ISS 神经元（GO期限：10） -
去：0001666 response to hypoxia 艾达 15528406
去：0030007 cellular potassium ion homeostasis 艾达 11245614
GO:0048469 cell maturation ISS -
去：0008152 metabolic process IEA -
GO:0007628 成人步行行为 ISS -
GO:0007623 昼夜节律 ISS -
GO:0007605 sensory perception of sound ISS -
GO:0007605 sensory perception of sound ISS -
GO:0006811 离子运输 IEA -
GO:0006813 钾离子运输 艾达 7573516|7877450|11245614
|12388065|17706472
|18458941
GO:0006813 钾离子运输 IEA -
GO:0006970 response to osmotic stress 艾达 10840032|12388065
去：0043065 positive regulation of apoptosis 小鬼 11245614
GO：0042391 调节膜电位 艾达 7877450|7993625
GO:0050885 neuromuscular process controlling balance ISS -
GO：0032344 醛固酮代谢过程的调节 ISS -
GO：0034465 response to carbon monoxide 艾达 15528406
GO：0034465 response to carbon monoxide 小鬼 18180950
GO：0042491 听觉受体细胞分化 ISS -
GO：0045794 negative regulation of cell volume 艾达 12388065
GO：0046541 唾液分泌 ISS -
GO:0060083 smooth muscle contraction involved in micturition 艾达 11641143
GO:0060082 eye blink reflex ISS -
GO:0060087 relaxation of vascular smooth muscle ISS -
GO：0045475 运动节奏 ISS -
GO:0051592 对钙离子的反应 艾达 12388065|18458941
细胞分量 GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
去：0043195 terminal button ISS axon, Synap, Neurotransmitter (GO term level: 8) -
GO：0045211 突触后膜 ISS Synap, Neurotransmitter (GO term level: 5) -
GO:0016020 膜 IEA -
GO:0016021 integral to membrane 艾达 7573516|7877450
去：0009897 质膜的外侧 ISS -
去：0008076 电压门控钾通道复合物 艾达 7573516|7877450
GO:0016324 顶质膜 艾达 10840032

V.途径注释

Pathway name Pathway size ＃szgr 2.0基因 Info
kegg血管平滑肌收缩 115 81 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Piccaluga血管免疫细胞淋巴瘤 205 140 该途径中的所有SZGR 2.0基因
刘前列腺癌DN 481 290 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Sengupta鼻咽癌 294 178 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DOANE BREAST CANCER CLASSES UP 72 38 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TAKEDA TARGETS OF NUP98 HOXA9 FUSION 8D DN 205 127 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Senese HDAC3靶向 501 327 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DODD NASOPHARYNGEAL CARCINOMA DN 1375 806 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RODRIGUES THYROID CARCINOMA ANAPLASTIC UP 722 443 该途径中的所有SZGR 2.0基因
甲状腺癌DN 77 52 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CONCANNON APOPTOSIS BY EPOXOMICIN DN 172 112 该途径中的所有SZGR 2.0基因
田中甲基化食管癌中的甲基化 103 58 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Roversi Glioma副本编号DN 54 37 该途径中的所有SZGR 2.0基因
农民乳腺癌根源与腔内 326 213 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FARMER BREAST CANCER APOCRINE VS BASAL 330 217 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PUJANA ATM PCC NETWORK 1442 892 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WEI MYCN TARGETS WITH E BOX 795 478 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KOYAMA SEMA3B TARGETS UP 292 168 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Benporath Suz12目标 1038 678 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Benporath EED目标 1062 725 该途径中的所有SZGR 2.0基因
与H3K27me3的Benporath ES 1118 744 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Benporath PRC2目标 652 441 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ONDER CDH1 TARGETS 2 UP 256 159 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Onder CDH1目标1向上 140 85 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ONDER CDH1 TARGETS 3 UP 17 11 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ONDER CDH1 SIGNALING VIA CTNNB1 83 58 该途径中的所有SZGR 2.0基因
tarte浆细胞与Plasmablast向上 398 262 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MODY HIPPOCAMPUS POSTNATAL 63 50 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Browne HCMV感染24小时DN 148 102 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Kayo衰老的肌肉 244 165 该途径中的所有SZGR 2.0基因
通过nova2拼接 43 38 该途径中的所有SZGR 2.0基因
JIANG HYPOXIA NORMAL 311 205 该途径中的所有SZGR 2.0基因
JIANG AGING CEREBRAL CORTEX DN 54 43 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Creighton内分泌疗法抗性5 482 296 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RIGGINS TAMOXIFEN RESISTANCE UP 66 44 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Kondo EZH2目标 245 148 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MASSARWEH TAMOXIFEN RESISTANCE UP 578 341 该途径中的所有SZGR 2.0基因
IWANAGA CARCINOGENESIS BY KRAS PTEN DN 353 226 该途径中的所有SZGR 2.0基因
麦凯布（McCabe）由HOXC6绑定 469 239 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Smid乳腺癌基础DN 701 446 该途径中的所有SZGR 2.0基因
YAUCH HEDGEHOG SIGNALING PARACRINE UP 149 85 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Rutella对CSF2RB和IL4的响应 338 225 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RUTELLA RESPONSE TO HGF UP 418 282 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Rutella对HGF与CSF2RB和IL4的反应 408 276 该途径中的所有SZGR 2.0基因
具有H3K4ME3和H3K27ME3的Meissner NPC HCP 142 103 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Mikkelsen MCV6 HCP带有H3K27ME3 435 318 该途径中的所有SZGR 2.0基因
黄成人组织茎模块 721 492 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MIKKELSEN NPC HCP WITH H3K4ME3 AND H3K27ME3 210 148 该途径中的所有SZGR 2.0基因
国外RB1增长目标 243 155 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Chicas RB1目标汇合 567 365 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BRUINS UVC RESPONSE VIA TP53 GROUP D 280 158 该途径中的所有SZGR 2.0基因
AZARE NEOPLASTIC TRANSFORMATION BY STAT3 UP 121 70 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PURBEY TARGETS OF CTBP1 AND SATB1 UP 87 52 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KRIEG HYPOXIA NOT VIA KDM3A 770 480 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PHONG TNF RESPONSE VIA P38 COMPLETE 227 151 该途径中的所有SZGR 2.0基因
前列腺癌模型中的Acevedo FGFR1靶标 289 184 该途径中的所有SZGR 2.0基因
林乳腺干细胞向上 489 314 该途径中的所有SZGR 2.0基因

Section VI. microRNA annotation

miRNA family 目标位置 mirna id miRNA seq
UTR start UTR end Match method
mir-138 1336 1342 1a hsa-miR-138脑 Agcugguuguguugaauc
hsa-miR-138脑 Agcugguuguguugaauc
mir-181 121 127 m8 hsa-miR-181a脑 aacauucaacgcugucggugagu
hsa-miR-181bSZ aacauucauugcugucggggg
hsa-miR-181c脑 aacauucaaccugucggugagu
hsa-miR-181d脑 aacauucauuguugucggggguggguu
mir-203.1 2027 2033 m8 HSA-MIR-203 UGAAAUGUUUAGGACCACUAG
miR-204/211 558 564 1a HSA-MIR-204脑 Uucccuuugucauccuaugccu
HSA-MIR-211 uucccuuugucauccuucgccu
miR-224 187 193 m8 HSA-MIR-224 caagucacuaguguguccuuua
mir-29 8119 8125 m8 hsa-miR-29aSZ uagcaccaucugaaaucgguu
hsa-miR-29bSZ uagcaccauuugaaaucaguguu
hsa-miR-29cSZ UAGCACCAUUUGAAAUCGGU
mir-299-3p 48 54 m8 HSA-MIR-299-3P uauggggaugguaaaaCcgcuu
mir-33 448 455 1a,m8 HSA-MIR-33 GUGCAUUGUAGUUGCAUUG
HSA-MIR-33B Gugcauugcuguugcauugca
mir-338 8115 8121 m8 HSA-MIR-338脑 UCCAGCAUCAGUGAUUUUGUUGA
mir-34b 7858 7864 1a HSA-MIR-34B UAGGCAGUGUCAUUAGCUGAUUG
miR-380-5p 66 72 1a HSA-MIR-380-5p ugguugaccauagaacaugcgc
HSA-MIR-563 agguugacauacguuccc
miR-409-3p 23 30 1a,m8 hsa-miR-409-3p CGAAUGUUGCUCGGUGAACCCCU
mir-496 1584 1590 1a hsa-miR-496 AUUACAUGGCCAAUCUC
miR-543 122 128 m8 HSA-MIR-543 AAACAUUCGCGGUGCACUUCU