概括?
基因 3838
象征 KPNA2
同义词 iPOA1 | qip2 | rch1 | srp1-alpha | srp1alpha
描述 karyopherin subunit alpha 2
参考 MIM:600685|HGNC:HGNC:6395|ENSEMBL:ENSG00000182481|HPRD:02818|Vega:OTTHUMG00000179784
Gene type protein-coding
地图位置 17q24.2
Pascal P值 0.296
Sherlock P值 0.668
Fetal beta 0.88
DMG 1(#研究)
eGene 尾状基底神经节
Cortex
迈尔斯的顺式和跨性别

数据源中的基因
Gene set name 基因组方法 描述 Info
简历:PGCNP 全基因组协会研究 GWAS
DMG:Nishioka_2013 Genome-wide DNA methylation analysis The authors investigated the methylation profiles of DNA in peripheral blood cells from 18 patients with first-episode schizophrenia (FESZ) and from 15 normal controls. 1
网络 人蛋白蛋白质相互作用网络中核心基因的最短路径距离 PPI网络中最短路径的贡献:0.0208

第一节遗传学和表观遗传学注释

@差异甲基化基因

探测 Chromosome Position 最近的基因 P (dis) beta(dis) FDR (dis) Study
CG14732136 17 66031828 KPNA2 -0.028 0.25 DMG:Nishioka_2013

@EQTL注释

SNP ID Chromosome Position eGene Gene Entrez ID PVALUE qvalue TSS distance eQTL type
RS6902183 chr6 121963786 KPNA2 3838 0.11 trans

Section II. Transcriptome annotation

General gene expression (GTEx)

无法使用

Devlopment期间的基因表达(BrainCloud)

脚注:
总共绘制了269个时间点,n = 38个胎儿样品(x = 1:38)。每个三角形代表一个时间点。

Gene expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注:
SC:亚皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶皮层
ST1:胎儿(13-26个概念后周),ST2:婴儿早期至童年(4个月至11年)和ST3:青春期至成年期(13-23年)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

大脑区域没有共表达基因


Section III. Gene Ontology annotation

Molecular function GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0005488 捆绑 IEA -
GO:0005515 protein binding IPI 9497340
去:0008565 protein transporter activity IEA -
去:0008139 核定位序列结合 塔斯 9020106
生物过程 GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
去:0000018 DNA重组的调节 塔斯 8016130
GO:0000072 M phase specific microtubule process 塔斯 7565597
GO:0000085 丝分裂细胞周期的G2期 塔斯 7565597
GO:0006259 DNA代谢过程 塔斯 9168958
GO:0006606 蛋白进口到核中 IEA -
GO:0006607 含有NLS的底物进口到核中 塔斯 9020106
GO:0006886 intracellular protein transport IEA -
GO:0044419 生物之间的种间相互作用 IEA -
细胞分量 GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0005634 IEA -
GO:0005634 塔斯 9020106
GO:0005643 nuclear pore IEA -
GO:0005654 核质 塔斯 7565597
GO:0005737 细胞质 IEA -
GO:0005737 细胞质 塔斯 7754385

第四节。蛋白质蛋白相互作用注释

Interactors Aliases B Official full name B Experimental 资源 PubMed ID
APOBEC1 APOBEC-1 | BEDP | CDAR1 | HEPR 载脂蛋白B mRNA编辑酶,催化多肽1 - HPRD,Biogrid 12881431
ARL4A ARL4 ADP-核糖基化因子样4A - HPRD,Biogrid 10980193
ARL5A ARFLP5 | ARL5 ADP-核糖基化因子样5A - HPRD,Biogrid 12414990
BRCA1 BRCAI | BRCC1 | IRIS | PSCP | RNF53 乳腺癌1,早发 两个杂交 BioGRID 8955125
BRCA1 BRCAI | BRCC1 | IRIS | PSCP | RNF53 乳腺癌1,早发 - HPRD 9497340
CASP2 CASP-2 | ICH-1L | ICH-1L/1S | ICH1 | NEDD2 caspase 2, apoptosis-related cysteine peptidase - HPRD 12477715
CDA CDD cytidine deaminase - HPRD 10497201
CDKN1B CDKN4 | KIP1 | MEN1B | MEN4 | P27KIP1 细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂1B(P27,KIP1) p27与intiment-alpha相互作用。 BIND 15579463
CSE1L 中科院| CSE1 | MGC117283 | MGC130036 | MGC130037 | XPO2 CSE1 chromosome segregation 1-like (yeast) Reconstituted Complex BioGRID 9323134|10523667
CSNK1A1 CK1 | HLCDGP1 | PRO2975 酪蛋白激酶1,α1 - HPRD,Biogrid 12062430
EPB41 4.1R | EL1 | HE erythrocyte membrane protein band 4.1 (elliptocytosis 1, RH-linked) - HPRD,Biogrid 10359596
H1F0 H10 | H1FV | MGC5241 H1 histone family, member 0 in vitro BioGRID 10228156
HSPA4 APG-2 |HS24/p52 |MGC131852 |Ry |HSP70 |HSP70RY 热休克70KDA蛋白4 HSP70与核蛋白α(K-Alpha)相互作用。 BIND 10964507
ITK EMT |lyk |MGC126257 |MGC126258 |PSCTK2 IL2诱导的T细胞激酶 Affinity Capture-Western
Reconstituted Complex
BioGRID 11581171
ITK EMT |lyk |MGC126257 |MGC126258 |PSCTK2 IL2诱导的T细胞激酶 ITK与RCH1-α相互作用并磷酸化。 BIND 11581171
KPNB1 IMB1 |IPOB |impnb |MGC2155 |MGC2156 |MGC2157 |NTF97 核桃蛋白(importin)beta 1 Reconstituted Complex BioGRID 9323134|10523667
|11283257
KPNB1 IMB1 |IPOB |impnb |MGC2155 |MGC2156 |MGC2157 |NTF97 核桃蛋白(importin)beta 1 - HPRD 8617226
lef1 DKFZP586H0919 |tcf1alpha 淋巴增强剂结合因子1 - HPRD 8631802
NUP50 MGC39961 | NPAP60 | NPAP60L nucleoporin 50kDa - HPRD,Biogrid 12176322
PAX5 BSAP 配对框5 - HPRD 10748034
plag1 PSA |SGPA pleiomorphic adenoma gene 1 - HPRD,Biogrid 11882654
PTMA MGC104802 |TMSA 螺赛蛋白,α - HPRD 11310559
rag1 MGC43321 | RNF74 重组激活基因1 - HPRD,Biogrid 8016130
recql recql1 |RECQ1 RecQ protein-like (DNA helicase Q1-like) - HPRD,Biogrid 9168958
Rela MGC131774 | NFKB3 | p65 v-rel reticuloendotheliosis viral oncogene homolog A (avian) - HPRD,Biogrid 12504098
relb i-Rel |艾尔 v-rel reticuloendotheliosis viral oncogene homolog B 亲和力捕获ms BioGRID 14743216
SGK1 SGK 血清/糖皮质激素调节激酶1 - HPRD,Biogrid 12631736
SLC2A2 glut2 溶质载体家族2(促进葡萄糖转运蛋白),成员2 - HPRD,Biogrid 11988093
STAT1 DKFZp686B04100 | ISGF-3 | STAT91 signal transducer and activator of transcription 1, 91kDa STAT1的未指定同工型与Karyopherinα(K-Alpha)相互作用。 BIND 10964507
TXNIP EST01027 | HHCPA78 | THIF | VDUP1 thioredoxin interacting protein TXNIP (TBP-2) interacts with KPNA2 (Rch1). BIND 15234975
UBR5 DD5 |EDD |EDD1 |FLJ11310 |hyd |KIAA0896 |MGC57263 泛素蛋白连接酶E3成分N-验证蛋白5 - HPRD 12011095


V.途径注释

Pathway name Pathway size #szgr 2.0基因 Info
Biocarta Ranms途径 10 7 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID TCPTP途径 43 33 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID NFAT 3 Pathway 54 47 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID SMAD2 3 Pathway 17 13 该途径中的所有SZGR 2.0基因
IFN刺激基因的反应组抗病毒机制 66 45 该途径中的所有SZGR 2.0基因
REACTOME INTERFERON SIGNALING 159 116 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Reactome免疫系统 933 616 该途径中的所有SZGR 2.0基因
免疫系统中的反应组细胞因子信号传导 270 204 该途径中的所有SZGR 2.0基因
中村肿瘤区周围与中央 285 181 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ONKEN UVEAL MELANOMA UP 783 507 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SOTIRIOU BREAST CANCER GRADE 1 VS 3 UP 151 84 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Gary CD5目标DN 431 263 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Puiffe入侵被腹水抑制 82 51 该途径中的所有SZGR 2.0基因
casorelli急性临时细胞白血病DN 663 425 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Borczuk恶性间皮瘤 305 185 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BASAKI YBX1 TARGETS UP 290 177 该途径中的所有SZGR 2.0基因
EWSR1 FLII融合的Kinsey目标 1278 748 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GRAHAM CML DIVIDING VS NORMAL QUIESCENT UP 181 101 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DODD NASOPHARYNGEAL CARCINOMA DN 1375 806 该途径中的所有SZGR 2.0基因
罗德里格甲状腺癌的分化不佳 633 376 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RODRIGUES THYROID CARCINOMA ANAPLASTIC UP 722 443 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LINDGREN BLADDER CANCER CLUSTER 1 DN 378 231 该途径中的所有SZGR 2.0基因
林格伦膀胱癌群集3 329 196 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Markey RB1急性LOF DN 228 137 该途径中的所有SZGR 2.0基因
berenjeno由Rhoa Up Troment 536 340 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LASTOWSKA NEUROBLASTOMA COPY NUMBER UP 181 108 该途径中的所有SZGR 2.0基因
马丁与HDAC互动 44 31 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Schlosser MYC靶向血清抑制 159 93 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ROSTY CERVICAL CANCER PROLIFERATION CLUSTER 140 73 该途径中的所有SZGR 2.0基因
patil肝癌 747 453 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Amundson遗传毒性签名 105 68 该途径中的所有SZGR 2.0基因
李·威尔姆斯肿瘤的肿瘤变性 19 12 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MOHANKUMAR TLX1 TARGETS UP 414 287 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PUJANA BREAST CANCER LIT INT NETWORK 101 73 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PUJANA BRCA1 PCC NETWORK 1652 1023 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PUJANA CHEK2 PCC NETWORK 779 480 该途径中的所有SZGR 2.0基因
通过ELK3 UP总缺氧 209 139 该途径中的所有SZGR 2.0基因
通过HIF1A的总缺氧 77 49 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GROSS HYPOXIA VIA ELK3 AND HIF1A DN 103 71 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FERREIRA EWINGS SARCOMA UNSTABLE VS STABLE UP 167 92 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Schaeffer前列腺开发12小时DN 57 45 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BENPORATH ES 1 379 235 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BENPORATH CYCLING GENES 648 385 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BENPORATH PROLIFERATION 147 80 该途径中的所有SZGR 2.0基因
STARK PREFRONTAL CORTEX 22Q11 DELETION DN 517 309 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Mori前BI淋巴细胞向上 80 54 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Mori大型BII淋巴细胞向上 86 49 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MORI IMMATURE B LYMPHOCYTE DN 90 55 该途径中的所有SZGR 2.0基因
公园HSC vs多功能祖先DN 18 12 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Peng Leucine剥夺DN 187 122 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PEART HDAC PROLIFERATION CLUSTER UP 57 35 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HBV感染的Wieland 101 66 该途径中的所有SZGR 2.0基因
TARTE PLASMA CELL VS PLASMABLAST DN 309 206 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LE EGR2目标 108 75 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Shipp DLBCL与卵泡淋巴瘤 45 30 该途径中的所有SZGR 2.0基因
彭谷氨酰胺剥夺DN 337 230 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FLECHNER PBL KIDNEY TRANSPLANT REJECTED VS OK UP 63 48 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FLECHNER BIOPSY KIDNEY TRANSPLANT OK VS DONOR UP 555 346 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Bhattacharya胚胎干细胞 89 60 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Yu Myc的目标 42 26 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Li Wilms肿瘤与胎儿肾脏1 DN 163 115 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Zhan多发性骨髓瘤PR 45 20 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Kamminga EZH2目标 41 26 该途径中的所有SZGR 2.0基因
阿尔茨海默氏病dn 1237 837 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GENTILE UV RESPONSE CLUSTER D4 55 37 该途径中的所有SZGR 2.0基因
罗德斯癌元签名 64 47 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PAL PRMT5 TARGETS UP 203 135 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RHODES UNDIFFERENTIATED CANCER 69 44 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Yamazaki TCEB3靶向DN 215 132 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BURTON ADIPOGENESIS 3 101 64 该途径中的所有SZGR 2.0基因
伯顿成年时期24小时 43 30 该途径中的所有SZGR 2.0基因
外邦紫外线高剂量DN 312 203 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SESTO RESPONSE TO UV C0 107 72 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MCLACHLAN DENTAL CARIES DN 245 144 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HU GENOTOXIC DAMAGE 4HR 35 28 该途径中的所有SZGR 2.0基因
麦克拉克兰牙科龋齿 253 147 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARSON BOUND BY E2F4 UNSTIMULATED 728 415 该途径中的所有SZGR 2.0基因
阿塞维多肝癌 973 570 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ACEVEDO LIVER TUMOR VS NORMAL ADJACENT TISSUE UP 863 514 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WHITEFORD PEDIATRIC CANCER MARKERS 116 63 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LABBE WNT3A TARGETS UP 112 71 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MALONEY RESPONSE TO 17AAG DN 79 45 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BLUM RESPONSE TO SALIRASIB DN 342 220 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MUELLER PLURINET 299 189 该途径中的所有SZGR 2.0基因
王肿瘤的侵入性 374 247 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Goldrath抗原反应 346 192 该途径中的所有SZGR 2.0基因
霍夫曼大到小淋巴细胞向上 163 102 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Shedden肺癌的生存率差A6 456 285 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CROONQUIST IL6 DEPRIVATION DN 98 69 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Ishida E2F目标 53 27 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Boyault肝癌子类G123 UP 45 21 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FONTAINE FOLLICULAR THYROID ADENOMA DN 68 45 该途径中的所有SZGR 2.0基因
fontaine甲状腺肿瘤不确定恶性肿瘤 36 23 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FONTAINE PAPILLARY THYROID CARCINOMA UP 66 38 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SYED雌二醇反应 19 15 该途径中的所有SZGR 2.0基因
KOBAYASHI EGFR SIGNALING 24HR DN 251 151 该途径中的所有SZGR 2.0基因
开罗肝母细胞瘤上课 605 377 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WINNEPENNINCKX MELANOMA METASTASIS UP 162 86 该途径中的所有SZGR 2.0基因
黄胚胎干细胞核心 335 193 该途径中的所有SZGR 2.0基因
YAO TEMPORAL RESPONSE TO PROGESTERONE CLUSTER 11 103 68 该途径中的所有SZGR 2.0基因
惠特菲尔德细胞周期G2 182 102 该途径中的所有SZGR 2.0基因
乳腺癌ESR1的王转移 22 14 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LU EZH2 TARGETS DN 414 237 该途径中的所有SZGR 2.0基因
卡mir302a目标 77 62 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LEE BMP2 TARGETS DN 882 538 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FEVR CTNNB1 TARGETS DN 553 343 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PURBEY TARGETS OF CTBP1 NOT SATB1 UP 344 215 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CTBP1的Purbey目标不是SATB1 DN 448 282 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Gobert少突胶质细胞分化 570 339 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HOLLEMAN VINCRISTINE RESISTANCE ALL UP 27 16 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHOU CELL CYCLE GENES IN IR RESPONSE 24HR 128 73 该途径中的所有SZGR 2.0基因

第六节。microRNA注释

miRNA family 目标位置 mirna id miRNA seq
UTR start UTR end Match method
mir-17-5p/20/93.mr/106/519.D 102 108 m8 HSA-MIR-17-5P caaagugcuuacugcagguagu
HSA-MIR-20A uaaagugcuuauagugcagguag
HSA-MIR-106A aaaagugcuuacugugcagguagc
HSA-MIR-106BSZ uaaagugcugacagugcagau
HSA-MIR-20BSZ caaagugcuugugcagguag
HSA-MIR-519D caaagugccucccuuuagugugu
miR-221/222 98 104 1a HSA-MIR-221 AGCUACAUUGUCUGCUGGGUUUC
HSA-MIR-222 AGCUACAUCUGGCUACUGGGUCUC
mir-26 123 130 1a,m8 hsa-miR-26a Uucaaguaauccaggauaggc
hsa-miR-26bSZ uucaaguaauucaggauagguu
mir-376c 189 195 m8 HSA-MIR-376C AACAUAGAGGAAAUUCCACG
mir-495 89 96 1a,m8 hsa-miR-495 AAACAAACAUGGUGCACUUCUUU
mir-93.hd/291-3p/294/295/302/372/373/520 101 107 m8 HSA-MIR-93 AAAGUGCUGUUCGUGCAGGUAG
HSA-MIR-302A UAAGUGCUUCCAUGUUUUGGUGA
HSA-MIR-302B uaagugcuuccauguuuaguag
HSA-MIR-302C uaagugcuuccauguucagugg
HSA-MIR-302D Uaagugcuauguugugugu
hsa-miR-372 aaagugcugcgacauuugagcgu
hsa-miR-373 GAAGUGCUUCGAUUUUGGGGUGU
hsa-miR-520e Aaagugcuuuuuugaggg
HSA-MIR-520A aaagugcuucccuuguggugu
HSA-MIR-520B AAAGUGCUUCCUUUUAGAGGG
HSA-MIR-520C aaagugcuuuuuuaggggug
HSA-MIR-520D AAAGUGCUUCUCUUUGGUGGGUU