基因页：Rhoc

Summary？
基因 389
象征 Rhoc
同义词 ARH9 | ARHC | H9 | RHOH9
描述 ras homolog family member C
Reference MIM：165380|HGNC：HGNC：669|Ensembl：ENSG0000015536​​6|HPRD：01322|Vega：Otthumg00000011905
基因类型 蛋白质编码
地图位置 1p13.1
Pascal P值 0.001
Sherlock p-value 0.285
胎儿β -0.168
DMG 1(# studies)
主持人 元

基因in Data Sources
基因集名称 基因组方法 描述 信息
简历：PGCNP 全基因组协会研究 GWAS
DMG：JAFFE_2016 全基因组DNA甲基化分析 该数据集包括与SZ患者相关的2,104个探针/CPG（n = 108），而在Bonferroni调整后的P <0.05时，其中136个对照。 1
GSMA_I Genome scan meta-analysis PSR：0.0235

Section I. Genetics and epigenetics annotation

@差异甲基化基因

探测 染色体 位置 最近的基因 p（dis） beta（dis） fdr（dis） 学习
CG04859477 1 113249989 Rhoc 9.66e-8 -0.009 2.16e-5 DMG：JAFFE_2016


第二节。转录组注释

一般基因表达（GTEX）

无法使用

Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）

Footnote:
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。

时间变化的基因表达（brainspan）

Footnote:
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。

大脑区域的顶级共表达基因

前10个积极共表达的基因
基因 皮尔逊的相关性 斯皮尔曼的相关性
POM121 0.89 0.91
GBF1 0.89 0.89
CRTC3 0.89 0.91
Elmo2 0.89 0.90
GGA3 0.88 0.90
SYVN1 0.88 0.89
UPF1 0.88 0.91
POM121C 0.88 0.89
AC069234.1 0.88 0.88
RPAP1 0.87 0.91
前10个负共表达基因
基因 皮尔逊的相关性 斯皮尔曼的相关性
AF347015.21 -0.72 -0.78
AF347015.31 -0.68 -0.68
MT-CO2 -0.67 -0.68
C1orf54 -0.66 -0.74
AF347015.27 -0.63 -0.64
AF347015.8 -0.63 -0.65
higd1b -0.62 -0.62
GNG11 -0.62 -0.65
mt-cyb -0.62 -0.61
ifi27 -0.61 -0.59

第三节。基因本体论注释

分子功能 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
去：0000166 nucleotide binding IEA -
GO:0004871 信号传感器活性 IMP 12761501
去：0003924 GTPase activity TAS 8468062
去：0005515 蛋白质结合 IPI 15670823|17353931
去：0005525 GTP结合 IEA -
生物过程 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
去：0007264 小GTPase介导的信号转导 IEA -
GO：0043123 I-kappab激酶/NF-kappab级联的积极调节 IMP 12761501
细胞分量 去学期 证据 神经关键字 PubMed ID
去：0005622 细胞内 IEA -
去：0005886 质膜 IEA -

Section V. Pathway annotation

路径名 路径大小 ＃szgr 2.0基因 信息
PID PRL信号事件途径 23 17 All SZGR 2.0 genes in this pathway
PID CXCR4 PATHWAY 102 78 All SZGR 2.0 genes in this pathway
PID P75 NTR途径 69 51 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Rho GTPases的Reactome信号传导 113 81 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Reactome发育生物学 396 292 All SZGR 2.0 genes in this pathway
REACTOME SIGNALING BY GPCR 920 449 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Reactome Axon指导 251 188 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Reactome G alpha1213信号传导事件 74 56 All SZGR 2.0 genes in this pathway
REACTOME GPCR陶氏NSTREAM SIGNALING 805 368 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Semaphorin信号中的Reactome SemA4D 32 22 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Reactome Smaphorin相互作用 68 53 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Reactome SemA4D诱导细胞迁移和生长锥塌陷 27 21 All SZGR 2.0 genes in this pathway
冬季缺氧 92 57 All SZGR 2.0 genes in this pathway
FULCHER INFLAMMATORY RESPONSE LECTIN VS LPS UP 579 346 All SZGR 2.0 genes in this pathway
runx1 runx1t1融合HSC的TONKS目标UP 185 126 All SZGR 2.0 genes in this pathway
UDayakumar Med1靶向DN 240 171 All SZGR 2.0 genes in this pathway
SENESE HDAC3 TARGETS UP 501 327 All SZGR 2.0 genes in this pathway
HUMMERICH SKIN CANCER PROGRESSION UP 88 58 All SZGR 2.0 genes in this pathway
PATIL LIVER CANCER 747 453 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Borlak肝癌EGF UP 57 41 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Sheth肝癌与TXNIP损失PAM2 153 102 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Sheth肝癌与TXNIP损失PAM3 70 37 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Nuytten EZH2靶向 1037 673 All SZGR 2.0 genes in this pathway
洛佩兹MBD目标 957 597 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Amit EGF响应480 HELA 164 118 All SZGR 2.0 genes in this pathway
der ifn alpha响应 74 48 All SZGR 2.0 genes in this pathway
DER IFN BETA RESPONSE UP 102 67 All SZGR 2.0 genes in this pathway
SANA对IFNG DN的回应 85 56 All SZGR 2.0 genes in this pathway
der ifn伽马响应 71 45 All SZGR 2.0 genes in this pathway
SANSOM APC TARGETS DN 366 238 All SZGR 2.0 genes in this pathway
FAELT B CLL与VH重新排列 48 34 All SZGR 2.0 genes in this pathway
MATSUDA NATURAL KILLER DIFFERENTIATION 475 313 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Nemeth炎症反应LPS 88 64 All SZGR 2.0 genes in this pathway
任肺泡横纹肌肉瘤DN 408 274 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Verrecchia对TGFB1 C2的反应 25 18 All SZGR 2.0 genes in this pathway
VERRECCHIA EARLY RESPONSE TO TGFB1 58 43 All SZGR 2.0 genes in this pathway
ZHANG RESPONSE TO CANTHARIDIN DN 69 46 All SZGR 2.0 genes in this pathway
welcsh brca1靶向 198 132 All SZGR 2.0 genes in this pathway
ehlers neuploidy up 41 29 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Nutt GBM与AO胶质瘤 46 34 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Chang Core血清反应 212 128 All SZGR 2.0 genes in this pathway
CHEN METABOLIC SYNDROM NETWORK 1210 725 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Meissner Brain HCP带有H3K4ME3和H3K27ME3 1069 729 All SZGR 2.0 genes in this pathway
DUTERTRE ESTRADIOL RESPONSE 24HR DN 505 328 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Acosta增殖独立MYC目标DN 116 74 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Pilon KLF1靶向 504 321 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Linsley mir16目标 206 127 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Smad2或Smad3的Koinuma目标 824 528 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Servitja Islet HNF1A靶向 163 111 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Delacroix Rarg Bound MEF 367 231 All SZGR 2.0 genes in this pathway
Rattenbacher由Celf1绑定 467 251 All SZGR 2.0 genes in this pathway

第六节。microRNA注释

mirna家族 目标位置 miRNA ID mirna seq
UTR开始 UTR结束 匹配方法
miR-138 263 270 1A，M8 HSA-MIR-138brain Agcugguuguguugaauc
mir-142-5p 270 277 1A，M8 HSA-MIR-142-5P cauaaaguagaaagcacuac
mir-17-5p/20/93.mr/106/519.D 268 275 1A，M8 HSA-MIR-17-5P caaagugcuuacugcagguagu
hsa-miR-20abrain UAAAGUGCUUAUAGUGCAGGUAG
HSA-MIR-106A aaaagugcuuacugugcagguagc
HSA-MIR-106BSZ UAAAGUGCUGACAGUGCAGAU
hsa-miR-20bSZ caaagugcuugugcagguag
HSA-MIR-519D caaagugccucccuuuagugugu
mir-93.hd/291-3p/294/295/302/372/373/520 267 273 M8 HSA-MIR-93brain aaagugcuguucgugcagguag
hsa-miR-302a uaagugcuugcauguuuguga
hsa-miR-302b uaagugcuuccauguuuaguag
hsa-miR-302c uaagugcuuccauguucagugg
hsa-miR-302d Uaagugcuauguugugugu
HSA-MIR-372 aaagugcugcgacauuugagcgu
HSA-MIR-373 Gaagugcuucgauuuggggugu
HSA-MIR-520E Aaagugcuuuuuugaggg
hsa-miR-520a aaagugcuucccuuguggugu
hsa-miR-520b aaagugcuuuuuuagaggg
hsa-miR-520c aaagugcuuuuuuaggggug
hsa-miR-520d aaaguguuugugggguggguu