基因页:AFF3
概括?
基因 | 3899 |
象征 | AFF3 |
同义词 | laf4 | mllt2 like |
描述 | AF4/FMR2家庭成员3 |
参考 | MIM:601464|HGNC:HGNC:6473|ENSEMBL:ENSG00000144218|HPRD:03272|Vega:Otthumg00000153011 |
基因类型 | 蛋白质编码 |
地图位置 | 2Q11.2-Q12 |
Pascal P值 | 0.028 |
胎儿β | 1.784 |
DMG | 1(#研究) |
主持人 | 尾状基底神经节 小脑 皮质 额叶皮质BA9 下丘脑 |
支持 | COMPOSITESET Darnell FMRP目标 |
数据源中的基因
基因集名称 | 基因组方法 | 描述 | 信息 |
---|---|---|---|
简历:PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
DMG:Wockner_2014 | 全基因组DNA甲基化分析 | 该数据集包括4641个差异甲基化探针,对应于精神分裂症患者(n = 24)和对照组(n = 24)之间的2929个独特基因。 | 3 |
GSMA_I | 基因组扫描荟萃分析 | PSR:0.0004 |
第一节遗传学和表观遗传学注释
差异甲基化基因
探测 | 染色体 | 位置 | 最近的基因 | p(dis) | beta(dis) | fdr(dis) | 学习 |
---|---|---|---|---|---|---|---|
CG11428546 | 2 | 100723110 | AFF3 | 1.227E-4 | 0.533 | 0.03 | DMG:Wockner_2014 |
CG25350306 | 2 | 100190218 | AFF3 | 3.266E-4 | 0.54 | 0.04 | DMG:Wockner_2014 |
CG11577355 | 2 | 100722474 | AFF3 | 5.69E-4 | 0.318 | 0.049 | DMG:Wockner_2014 |
第二节。转录组注释
一般基因表达(GTEX)
![无法使用](http://www.tjghsg.com/bioinfo/SZGR/GeneImg/AFF3_DE_GTEx.png)
Devlopment期间的基因表达(BrainCloud)
脚注:
总共绘制了269个时间点,n = 38个胎儿样品(x = 1:38)。每个三角形代表一个时间点。
时间变化的基因表达(brainspan)
脚注:
SC:亚皮质区域;SM:感觉运动区域;FC:额叶皮层;和TP:颞顶皮层
ST1:胎儿(13-26个概念后周),ST2:婴儿早期至童年(4个月至11年)和ST3:青春期至成年期(13-23年)
所示的栏表示表达分布的较低25%和上层25%。
大脑区域没有共表达基因
第三节。基因本体论注释
分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
---|---|---|---|---|
去:0003677 | DNA结合 | IEA | - | |
生物过程 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
去:0006355 | 调节转录,DNA依赖性的调节 | IEA | - | |
去:0006350 | 转录 | IEA | - | |
去:0007275 | 多细胞生物发育 | 塔斯 | 8555498 | |
细胞分量 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
去:0005634 | 核 | 塔斯 | 8555498 |
V.途径注释
路径名 | 路径大小 | #szgr 2.0基因 | 信息 |
---|---|---|---|
Gary CD5目标DN | 431 | 263 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
乳腺癌腔与基础 | 380 | 215 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
vecchi胃癌早期DN | 367 | 220 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
NUP98 HOXA9 Fusion 10D的Takeda目标 | 194 | 122 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
NUP98 HOXA9 Fusion 16D的Takeda目标 | 175 | 108 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Senese HDAC1和HDAC2靶向 | 238 | 144 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
周的炎症反应FIMA DN | 284 | 156 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
剑麻结肠直肠腺瘤DN | 291 | 176 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
多德鼻咽癌 | 1821年 | 933 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Gozgit ESR1靶向DN | 781 | 465 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Gaussmann MLL AF4融合靶向DN | 90 | 61 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Darwiche皮肤肿瘤启动子DN | 185 | 115 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Darwiche Papilloma风险低 | 162 | 104 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Darwiche Papilloma风险高DN | 180 | 110 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
darwiche鳞状细胞癌DN | 181 | 107 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
darwiche乳头状瘤进度风险 | 74 | 44 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Perez TP53目标 | 1174 | 695 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Darwiche Papilloma风险高与低DN | 32 | 21 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Schaeffer前列腺开发6小时DN | 514 | 330 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Schaeffer前列腺开发和癌症Box1 DN | 10 | 7 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
GC期DN的pasqualucci淋巴瘤 | 165 | 104 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Wang Smarce1靶向DN | 371 | 218 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Creighton内分泌疗法抗性1 | 528 | 324 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
格雷希克癌症复制号码 | 323 | 240 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Boylan多发性骨髓瘤C D | 139 | 95 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
具有H3K4ME2和H3K27ME3的Meissner NPC HCP | 349 | 234 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Mikkelsen MCV6 HCP带有H3K27ME3 | 435 | 318 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Mikkelsen NPC HCP,带有H3K4ME3和H3K27ME3 | 210 | 148 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Zembutsu对Nimustine的敏感性 | 17 | 13 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Chicas RB1目标汇合 | 567 | 365 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Bruins通过TP53组A的UVC响应 | 898 | 516 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
EWSR1 ETS融合DN的Miyagawa目标 | 229 | 135 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
Zwang仅通过第一egf脉冲瞬时向上 | 1839年 | 928 | 该途径中的所有SZGR 2.0基因 |
第六节。microRNA注释
mirna家族 | 目标位置 | mirna id | mirna seq | ||
---|---|---|---|---|---|
UTR开始 | UTR结束 | 匹配方法 | |||
mir-124.1 | 4074 | 4080 | 1a | HSA-MIR-124A | UUAAGGCACGCGGUGAAUGCCA |
mir-129-5p | 3964 | 3970 | 1a | HSA-MIR-129脑 | cuuuuugcgguggggcuugc |
HSA-MIR-129-5P | cuuuuugcgguggggcuugcu | ||||
mir-134 | 4065 | 4071 | M8 | HSA-MIR-134脑 | ugugacuggugaccagaggg |
mir-138 | 4069 | 4075 | M8 | HSA-MIR-138脑 | Agcugguuguguugaauc |
mir-145 | 3519 | 3525 | 1a | HSA-MIR-145 | guccaguuucccaggaaucccuu |
MiR-200BC/429 | 496 | 503 | 1A,M8 | HSA-MIR-200B | uaauacugccugguaaugaugac |
HSA-MIR-200C | uaauacugccggguaaugaugg | ||||
HSA-MIR-429 | uaauacuguguguguguguaaaaaccgu | ||||
mir-224 | 4101 | 4108 | 1A,M8 | HSA-MIR-224 | caagucacuaguguguccuuua |
mir-486 | 4086 | 4093 | 1A,M8 | HSA-MIR-486 | uccuguacugagcugcccccgag |
mir-493-5p | 4084 | 4090 | M8 | HSA-MIR-493-5p | uuguacaugguaggcuuucauu |