基因页：LAMA4
Summary？
| 基因 | 3910 |
| 象征 | LAMA4 |
| Synonyms | cmd1jj | lama3 |喇嘛4*-1 |
| Description | 层粘连蛋白亚基4 |
| 参考erence | MIM：600133|HGNC：HGNC：6484|Ensembl：ENSG00000112769|HPRD：02532|Vega：Otthumg0000000015386 |
| 基因类型 | 蛋白质编码 |
| Map location | 6Q21 |
| Pascal P值 | 0.351 |
| 胎儿β | 0.207 |
| 主持人 | Myers' cis & trans 元 |
| 支持 | CompositeSet |
Gene in Data Sources
| 基因集名称 | Method of gene set | Description | 信息 |
|---|---|---|---|
| 简历：PGCNP | 全基因组协会研究 | GWAS | |
| DNM:Fromer_2014 | 整个外显子组测序分析 | 这项研究报道了WES对623个精神分裂症三重奏的研究，该研究使用基因组DNA报告了DNM。 | |
| go_annotation | 将与神经相关的关键字映射到基因本体论注释 | 与神经相关的关键字的命中：1 |
Section I. Genetics and epigenetics annotation
DNM表
DNM表| Gene | 染色体 | 位置 | 参考 | alt | 成绩单 | AA更改 | 突变类型 | 筛 | CG46 | 特征 | 学习 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| LAMA4 | CHR6 | 112443287 | C | t | NM_001105206 NM_001105207 NM_002290 |
p.1469a> t p.1462A>T p.1462A>T |
missense missense missense |
Schizophrenia | DNM:Fromer_2014 |
EQTL注释
| SNP ID | 染色体 | 位置 | 主持人 | Gene Entrez ID | PVALUE | QVALUE | TSS距离 | EQTL类型 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| RS17131472 | CHR1 | 91962966 | LAMA4 | 3910 | 0.14 | 反式 | ||
| RS12447283 | CHR16 | 65595638 | LAMA4 | 3910 | 0.15 | 反式 |
第二节。转录组注释
一般基因表达（GTEX）
Devlopment期间的基因表达（BrainCloud）
Footnote:
A total of 269 time points ploted, with n=38 fetal samples (x=1:38). Each triangle represents one time point.
时间变化的基因表达（brainspan）
Footnote:
SC：亚皮质区域；SM：感觉运动区域；FC：额叶皮层；和TP：颞顶皮层
ST1：胎儿（13-26个概念后周），ST2：婴儿早期至童年（4个月至11年）和ST3：青春期至成年期（13-23年）
所示的栏表示表达分布的较低25％和上层25％。
No co-expressed genes in brain regions
第三节。基因本体论注释
| 分子功能 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|
| 去：0005102 | 受体结合 | IEA | 神经递质（GO期限：4） | - |
| 去：0005201 | 细胞外基质结构成分 | tAS | 7959779 | |
| 生物过程 | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| GO:0001568 | blood vessel development | IEA | - | |
| 去：0030155 | regulation of cell adhesion | IEA | - | |
| 去：0030334 | 细胞迁移的调节 | IEA | - | |
| GO：0045995 | regulation of embryonic development | IEA | - | |
| Cellular component | 去学期 | 证据 | 神经关键字 | PubMed ID |
| 去：0005576 | 细胞外区域 | IEA | - | |
| 去：0005605 | 基底薄片 | IEA | - | |
| 去：0005605 | 基底薄片 | tAS | 7959779 | |
| 去：0005606 | 层粘连蛋白-1复合物 | IEA | - |
Section IV. Protein-protein interaction annotation
| 互动者 | 别名b | 官方全名b | 实验 | Source | PubMed ID |
|---|---|---|---|---|---|
| BRD7 | BP75 |Celtix1 |Nag4 | 含有7的溴结构域 | two-hybrid | Biogrid | 16169070 |
| C1orf103 | FLJ11269 | RIF1 | RP11-96K19.1 | 染色体1开放阅读框103 | two-hybrid | Biogrid | 16169070 |
| COPS6 | CSN6 |MOV34-34KD | COP9本构型显微类同源物亚基6（拟南芥） | two-hybrid | Biogrid | 16169070 |
| EEF1A1 | CCS-3 |CCS3 |EEF-1 |EEF1A |ef-tu |EF1A |FLJ25721 |graf-1ef |HNGC：16303 |leng7 | MGC102687 | MGC131894 | MGC16224 | PTI1 | eEF1A-1 | 真核翻译伸长因子1 alpha 1 | two-hybrid | Biogrid | 16169070 |
| gapdh | G3PD |GAPD |MGC88685 | 3-磷酸甘油醛脱氢酶 | two-hybrid | Biogrid | 16169070 |
| Med31 | 3110004H13Rik | CGI-125 | FLJ27436 | FLJ36714 | Soh1 | mediator complex subunit 31 | two-hybrid | Biogrid | 16169070 |
| PTN | 竖琴|HBGF8 |hbnf |negf1 | pleiotiotirophin | two-hybrid | Biogrid | 16169070 |
| TP53 | FLJ92943 | LFS1 | TRP53 | p53 | 肿瘤蛋白p53 | two-hybrid | Biogrid | 16169070 |
| tubb2a | tubb |tubb2 |DJ40E16.7 | 微管蛋白，β2A | two-hybrid | Biogrid | 16169070 |
| UBR1 | JBS |MGC142065 |MGC142067 | 泛素蛋白连接酶E3成分N-验证1 | two-hybrid | Biogrid | 16169070 |
| UNC119 | HRG4 | unc-119 homolog (C. elegans) | two-hybrid | Biogrid | 16169070 |
| ZHX1 | - | zinc fingers and homeoboxes 1 | two-hybrid | Biogrid | 16169070 |