基因页：STMN1

概括?
GeneID 3925
Symbol STMN1
同义词 C1orf215|LAP18|Lag|OP18|PP17|PP19|PR22|SMN
描述 stathmin 1
参考 MIM:151442|HGNC：HGNC：6510|Ensembl:ENSG00000117632|HPRD:01047|Vega:OTTHUMG00000007389
Gene type protein-coding
地图位置 1p36.11
Pascal P值 0.757
Sherlock P值 0.825
Fetal beta 0.997
支持 STRUCTURAL PLASTICITY

数据源中的基因
Gene set name 基因组方法 描述 Info
简历：PGCNP Genome-wide Association Study GWAS
PMID:cooccur 高通量文献搜索 Systematic search in PubMed for genes co-occurring with SCZ keywords. A total of 3027 genes were included.
文学 高通量文献搜索 与精神分裂症Co-occurance关键词:schizophrenia,schizophrenic,schizophrenias Click to show details
GO_Annotation Mapping neuro-related keywords to Gene Ontology annotations Hits with neuro-related keywords: 1

第一节遗传学和表观遗传学注释


Section II. Transcriptome annotation

General gene expression (GTEx)

Not available

Gene expression during devlopment (BrainCloud)

脚注：
总共绘制了269个时间点，n = 38个胎儿样品（x = 1：38）。每个三角形代表一个时间点。

Gene expression of temporal and spatial changes (BrainSpan)

脚注：
SC: sub-cortical regions; SM: sensory-motor regions; FC: frontal cortex; and TP: temporal-parietal cortex
ST1: fetal (13 - 26 postconception weeks), ST2: early infancy to late childhood (4 months to 11 years), and ST3: adolescence to adulthood (13 - 23 years)
The bar shown representes the lower 25% and upper 25% of the expression distribution.

大脑区域没有共表达基因


Section III. Gene Ontology annotation

Molecular function GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
去：0004871 signal transducer activity 塔斯 2917975|8003023
GO:0005515 protein binding 新闻学会 15652749
GO：0015631 tubulin binding IDA 10675326
Biological process GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
去：0007399 神经系统的发展 IEA neurite (GO term level: 5) -
GO:0007242 intracellular signaling cascade IEA -
GO:0007242 intracellular signaling cascade 塔斯 2917975
GO:0007019 microtubule depolymerization IDA 9880330
GO:0007052 mitotic spindle organization IDA 9271428
去：0007275 多细胞生物发育 IEA -
去：0030154 cell differentiation IEA -
细胞分量 GO term Evidence Neuro keywords PubMed ID
GO:0005874 microtubule IEA -
GO:0005622 intracellular IDA 11256614
GO:0005737 细胞质 IEA -

V.途径注释

Pathway name Pathway size ＃szgr 2.0基因 Info
KEGG MAPK SIGNALING PATHWAY 267 205 该途径中的所有SZGR 2.0基因
pid aurora b途径 39 24 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PID P38 GAMMA DELTA PATHWAY 11 9 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SOTIRIOU BREAST CANCER GRADE 1 VS 3 UP 151 84 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SLEBOS HEAD AND NECK CANCER WITH HPV UP 84 43 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RHEIN ALL GLUCOCORTICOID THERAPY DN 362 238 该途径中的所有SZGR 2.0基因
JAATINEN HEMATOPOIETIC STEM CELL UP 316 190 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GRAHAM CML DIVIDING VS NORMAL QUIESCENT UP 181 101 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DODD NASOPHARYNGEAL CARCINOMA DN 1375 806 该途径中的所有SZGR 2.0基因
罗德里格甲状腺癌的分化不佳 633 376 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LINDGREN BLADDER CANCER CLUSTER 1 DN 378 231 该途径中的所有SZGR 2.0基因
林格伦膀胱癌群集3 329 196 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARKEY RB1 CHRONIC LOF UP 115 78 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARKEY RB1 ACUTE LOF DN 228 137 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CONCANNON APOPTOSIS BY EPOXOMICIN DN 172 112 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BERENJENO TRANSFORMED BY RHOA UP 536 340 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MISSIAGLIA REGULATED BY METHYLATION DN 122 67 该途径中的所有SZGR 2.0基因
lastowska神经母细胞瘤副本编号dn 800 473 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HUMMERICH SKIN CANCER PROGRESSION DN 100 64 该途径中的所有SZGR 2.0基因
patil肝癌 747 453 该途径中的所有SZGR 2.0基因
OXFORD RALA OR RALB TARGETS UP 48 23 该途径中的所有SZGR 2.0基因
GRUETZMANN PANCREATIC CANCER UP 358 245 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LI WILMS TUMOR VS FETAL KIDNEY 2 UP 30 24 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SHETH LIVER CANCER VS TXNIP LOSS PAM1 229 137 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PUJANA XPRSS INT NETWORK 168 103 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PUJANA BRCA1 PCC NETWORK 1652 1023 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PUJANA BRCA2 PCC NETWORK 423 265 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PUJANA ATM PCC NETWORK 1442 892 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PUJANA CHEK2 PCC NETWORK 779 480 该途径中的所有SZGR 2.0基因
通过ELK3 UP总缺氧 209 139 该途径中的所有SZGR 2.0基因
仅通过ELK3 DN的缺氧总缺氧 44 30 该途径中的所有SZGR 2.0基因
LOPEZ MBD TARGETS 957 597 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SCHAEFFER PROSTATE DEVELOPMENT 12HR DN 57 45 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Schaeffer Sox9在前列腺发展中的目标DN 45 33 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BENPORATH MYC TARGETS WITH EBOX 230 156 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BENPORATH PROLIFERATION 147 80 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Mori前BI淋巴细胞向上 80 54 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MORI LARGE PRE BII LYMPHOCYTE UP 86 49 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MORI IMMATURE B LYMPHOCYTE DN 90 55 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MORI MATURE B LYMPHOCYTE DN 75 43 该途径中的所有SZGR 2.0基因
golub所有vs aml up 24 20 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Vantveer乳腺癌转移DN 121 65 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FERNANDEZ BOUND BY MYC 182 116 该途径中的所有SZGR 2.0基因
松本自然杀手差分 475 313 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Li Wilms肿瘤与胎儿肾脏1 DN 163 115 该途径中的所有SZGR 2.0基因
AFFAR YY1 TARGETS DN 234 137 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BRACHAT RESPONSE TO METHOTREXATE DN 27 19 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZAMORA NOS2 TARGETS UP 69 41 该途径中的所有SZGR 2.0基因
RAMALHO STEMNESS DN 74 55 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PAL PRMT5 TARGETS UP 203 135 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MCCLUNG DELTA FOSB TARGETS 2WK 48 36 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Yamazaki TCEB3靶向DN 215 132 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BURTON ADIPOGENESIS PEAK AT 24HR 43 30 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MCCLUNG CREB1 TARGETS UP 100 72 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CUI TCF21 TARGETS 2 UP 428 266 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Brachat对Camptothecin DN的反应 46 31 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SESTO RESPONSE TO UV C7 68 44 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Simbulan Parp1靶向DN 17 10 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DURCHDEWALD SKIN CARCINOGENESIS UP 88 47 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SARRIO EPITHELIAL MESENCHYMAL TRANSITION UP 180 114 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ZHANG BREAST CANCER PROGENITORS UP 425 253 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WHITEFORD PEDIATRIC CANCER MARKERS 116 63 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MATTHEWS AP1 TARGETS 17 12 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BLUM RESPONSE TO SALIRASIB DN 342 220 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FRASOR RESPONSE TO SERM OR FULVESTRANT DN 50 29 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Goldrath抗原反应 346 192 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Aguirre胰腺癌拷贝编号DN 238 145 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HOFFMANN LARGE TO SMALL PRE BII LYMPHOCYTE UP 163 102 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Shedden肺癌的生存率差A6 456 285 该途径中的所有SZGR 2.0基因
HSIAO HOUSEKEEPING GENES 389 245 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FERRANDO HOX11 NEIGHBORS 23 13 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CROONQUIST IL6 DEPRIVATION DN 98 69 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CROONQUIST NRAS SIGNALING DN 72 47 该途径中的所有SZGR 2.0基因
CROONQUIST NRAS VS STROMAL STIMULATION DN 99 65 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ISHIDA E2F TARGETS 53 27 该途径中的所有SZGR 2.0基因
POOLA INVASIVE BREAST CANCER UP 288 168 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Boyault肝癌子类G3 UP 188 121 该途径中的所有SZGR 2.0基因
非政府组织恶性神经胶质瘤1p loh 17 13 该途径中的所有SZGR 2.0基因
BRCA1的Pujana乳腺癌突变 56 27 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DANG BOUND BY MYC 1103 714 该途径中的所有SZGR 2.0基因
YAO TEMPORAL RESPONSE TO PROGESTERONE CLUSTER 15 35 23 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Karlsson TGFB1靶向DN 207 139 该途径中的所有SZGR 2.0基因
MARTENS TRETINOIN RESPONSE DN 841 431 该途径中的所有SZGR 2.0基因
verhaak胶质母细胞瘤pro 177 132 该途径中的所有SZGR 2.0基因
WANG RESPONSE TO GSK3 INHIBITOR SB216763 DN 374 217 该途径中的所有SZGR 2.0基因
DUTERTRE ESTRADIOL RESPONSE 24HR UP 324 193 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Pilon KLF1靶向DN 1972年 1213 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Johnstone Parvb目标3 DN 918 550 该途径中的所有SZGR 2.0基因
FEVR CTNNB1 TARGETS DN 553 343 该途径中的所有SZGR 2.0基因
PURBEY TARGETS OF CTBP1 NOT SATB1 DN 448 282 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Gobert少突胶质细胞分化 570 339 该途径中的所有SZGR 2.0基因
SERVITJA LIVER HNF1A TARGETS UP 135 96 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Plasari TGFB1目标10小时DN 244 157 该途径中的所有SZGR 2.0基因
ALFANO MYC TARGETS 239 156 该途径中的所有SZGR 2.0基因
Rao由Sall4绑定 227 149 该途径中的所有SZGR 2.0基因

Section VI. microRNA annotation

miRNA family 目标位置 mirna id miRNA seq
UTR start UTR end Match method
mir-193 59 65 m8 hsa-miR-193a Aacuggccuacaaagucccag
hsa-miR-193b AACUGGCCCUCAAAGUCCCGCUUU
miR-223 12 18 m8 HSA-MIR-223 UGUCAGUUUGUCAAAUACCCC
miR-224 456 462 m8 HSA-MIR-224 CAAGUCACUAGUGGUUCCGUUUA
mir-26 415 421 1A hsa-miR-26a脑 Uucaaguaauccaggauaggc
hsa-miR-26bSZ uucaaguaauucaggauagguu
mir-324-3p 452 459 1A,m8 HSA-MIR-324-3P ccacugccccaggugcugcugg
miR-452 686 693 1A,m8 HSA-MIR-452 UguuugcaggaaacugagaC
miR-9 45 51 1A hsa-miR-9SZ ucuuuguuaucuagcuguauga